基于甲基化增强基因表达（MEGE）的癌症标志物筛选方法技术

本发明专利技术提供一种癌症标志物筛选方法，包括以下步骤：基于目标癌症与其他癌症组织基因表达水平差异、与正常组织基因表达水平差异和甲基化水平差异来筛选癌症标志物；在目标癌症和其他癌症组织中的基因表达水平差异是指标志物在目标癌症中的基因表达水平显著高于在其他癌症组织中的基因表达水平；在目标癌症和正常组织中的基因表达水平差异是指标志物在目标癌症中的基因表达水平显著高于正常组织中的基因表达水平；在目标癌症和正常组织中的甲基化水平差异是指标志物在目标癌症中的甲基化水平显著高于在正常组织中的甲基化水平。本发明专利技术的方法有望与常规甲基化标志物存在互补，更好的提高癌症的检出率，具有精准、快速、高通量的优点。量的优点。

【技术实现步骤摘要】
基于甲基化增强基因表达（MEGE）的癌症标志物筛选方法


[0001]本专利技术属于生物医药领域，具体涉及一种基于甲基化增强基因表达（MEGE）的癌症标志物筛选方法。

技术介绍

[0002]癌症已成为人类的主要杀手。癌症的早期检测可以显著提高治愈率，并降低患者及其家人和医疗保健系统的可怕的个人和财务费用。由于现有标记物灵敏度差，许多癌症患者诊断时往往已是中晚期，丧失了根治切除的机会。
[0003]主流理论认为，在癌症细胞中，部分基因启动子区超甲基化，会引起基因表达的下调，从而引起癌症。因此这些超甲基化的片段，可以作为癌症筛查的标志物。根据最新的理论，部分基因内部位点的甲基化，会引起基因表达的上调，即MEGE（Methylation Enhanced Gene Expression），也会引起癌症。

技术实现思路

[0004]针对现有技术存在的上述问题，本专利技术提供一种基于甲基化增强基因表达（MEGE）的癌症标志物筛选方法。
[0005]具体来说，本专利技术涉及如下方面： 1．一种基于甲基化增强基因表达（MEGE）的癌症标志物筛选方法，其中，所述方法包括以下步骤：基于目标癌症与其他癌症组织基因表达水平差异、与正常组织基因表达水平差异和甲基化水平差异来筛选癌症标志物；在所述目标癌症和其他癌症组织中的基因表达水平差异是指所述标志物在目标癌症中的基因表达水平显著高于在其他癌症的患癌组织中的基因表达水平；在所述目标癌症和正常组织中的基因表达水平差异是指所述标志物在癌症患者的患有目标癌症的组织中的基因表达水平显著高于未患有目标癌症时在该组织中的基因表达水平；在所述目标癌症和正常组织中的甲基化水平差异是指所述标志物在癌症患者的患有目标癌症的组织中的甲基化水平显著高于在未患有目标癌症时在该组织中的甲基化水平。
[0006]2. 根据项1所述的方法，其中，基因表达水平差异通过标志物的转录水平差异和/或蛋白表达水平差异来体现。
[0007]3. 根据项1所述的方法，其中，在基于标志物在所述目标癌症与其他癌症组织的基因表达水平差异、正常组织基因表达水平差异和甲基化水平差异来筛选癌症标志物之后还包括：针对所述筛选出的癌症标志物，根据其针对目标癌症的检测特异性和灵敏度进一步筛选获得癌症标志物。
[0008]4. 根据项1所述的方法，其中，基于目标癌症与其他癌症组织基因表达水平差异、与正常组织基因表达水平差异和甲基化水平差异来筛选癌症标志物包括以下步骤：基于目标癌症与其他癌症组织基因表达水平差异来进行筛选以获得第一候选基因；基于所述第一候选基因在目标癌症和正常组织中的基因表达水平差异来进行筛选以获得第二候选基因；基于所述第二候选基因在目标癌症和正常组织中的甲基化水平差异来进行筛选以获得第三候选基因。
[0009]5. 根据项4所述的方法，其中，基于标志物在所述目标癌症和其他癌症组织中的基因表达水平差异来进行筛选以获得第一候选基因是指基于第一数据库确认到在目标癌症中的平均基因表达水平显著高于其他癌症组织中的平均基因表达水平（P＜0.01）的基因作为第一候选基因。
[0010]6. 根据项4所述的方法，其中，基于所述第一候选基因在目标癌症和正常组织中的基因表达水平差异来进行筛选以获得第二候选基因是指基于第二数据库确认到在目标癌症中的平均基因表达水平显著高于正常组织中的平均基因表达水平（P＜0.01）的基因作为第二候选基因。
[0011]7. 根据项4所述的方法，其中，基于所述第二候选基因在目标癌症和正常组织中的甲基化水平差异来进行筛选以获得第三候选基因是指基于第三数据库确认到的在目标癌症中的平均甲基化水平显著高于正常组织中的平均甲基化水平（P＜0.01）的基因作为第三候选基因。
[0012]8. 根据项5所述的方法，其中，所述第一数据库为Human Protein Atalas数据库。
[0013]9．根据项6所述的方法，其中，所述第二数据库为GENT2 数据库。
[0014]10、根据项7所述的筛选方法，其中，所述第三数据库为MethHC2.0数据库。
[0015]11、根据项3所述的筛选方法，其特征在于，针对所述筛选出的癌症标志物，根据其针对目标癌症的检测特异性和灵敏度进一步筛选获得癌症标志物的筛选标准为，特异性大于或等于90%，并且灵敏性大于或等于74%。
[0016]12、一种根据项1~11中任一项所述的方法筛选得到的甲基化标志物。
[0017]本专利技术的癌症标志物筛选方法基于基因内部位点的甲基化，来进行的生物标志物筛选，通过该方法，可拓展目前该领域用于癌症诊断甲基化标志物筛选范围，并且由于与启动子区域甲基化导致癌症的机理不同，该方法也有望与常规甲基化标志物存在互补，更好的提高癌症的检出率，具有精准、快速、高通量的优点。
具体实施方式
[0018]下面结合实施例进一步说明本专利技术，应当理解，实施例仅用于进一步说明和阐释本专利技术，并非用于限制本专利技术。
[0019]除非另外定义，本说明书中有关技术的和科学的术语与本领域内的技术人员所通常理解的意思相同。虽然在实验或实际应用中可以应用与此间所述相似或相同的方法和材料，本文还是在下文中对材料和方法做了描述。在相冲突的情况下，以本说明书包括其中定
义为准，另外，材料、方法和例子仅供说明，而不具限制性。以下结合具体实施例对本专利技术作进一步的说明，但不用来限制本专利技术的范围。
[0020]定义除非在本文的其他地方具体限定，否则本文使用的所有其他技术和科学术语具有本申请所属领域的普通技术人员通常理解的含义。
[0021]甲基化甲基化是蛋白质和核酸的一种重要的修饰，调节基因的表达和关闭，与癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容之一。 最常见的甲基化修饰有DNA甲基化和组蛋白甲基化。
[0022]DNA甲基化是指发生在CpG二核苷酸中胞嘧啶上第5位碳原子的甲基化过程，作为一种相对稳定的修饰状态，在DNA甲基转移酶的作用下，可随DNA的复制过程遗传给新生的子代DNA，是一种重要的表观遗传机制，DNA甲基化时，基因启动子区的甲基化可导致抑癌基因转录沉寂，因此它与肿瘤的发生关系密切。异常甲基化包括抑癌基因和DNA修复基因的高甲基化、重复序列DNA的低甲基化、某些基因的印记丢失，其与多种肿瘤的发生有关。
[0023]甲基化增强基因表达甲基化增强基因表达（Methylation Enhanced Gene Expression，MEGE）是指由于基因内部某些位点发生甲基化而增加了该基因表达。原理上，由于该基因的过表达会导致相应癌症的发生。在本专利中，MEGE指的是，基因内部甲基化标志物的筛选方法，该方法旨在筛选癌症组织中基因内部相应位点发生甲基化的序列片段，通过检测该片段的甲基化状态，即可提示癌症的发生。
[0024]目标癌症目标癌症是指待检测的癌症，即使用本专利技术筛选出的标志物进行检测的癌症。该目标癌症可以是任何癌症，例如肝癌、肺癌、胰腺癌、乳腺癌、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于甲基化增强基因表达（MEGE）的癌症标志物筛选方法，其中，所述方法包括以下步骤：基于目标癌症与其他癌症组织基因表达水平差异、与正常组织基因表达水平差异和甲基化水平差异来筛选癌症标志物；在所述目标癌症和其他癌症组织中的基因表达水平差异是指所述标志物在目标癌症中的基因表达水平显著高于在其他癌症的患癌组织中的基因表达水平；在所述目标癌症和正常组织中的基因表达水平差异是指所述标志物在癌症患者的患有目标癌症的组织中的基因表达水平显著高于未患有目标癌症时在该组织中的基因表达水平；在所述目标癌症和正常组织中的甲基化水平差异是指所述标志物在癌症患者的患有目标癌症的组织中的甲基化水平显著高于在未患有目标癌症时在该组织中的甲基化水平。2.根据权利要求1所述的方法，其中，基因表达水平差异通过标志物的转录水平差异和/或蛋白表达水平差异来体现。3.根据权利要求1所述的方法，其中，在基于标志物在所述目标癌症与其他癌症组织的基因表达水平差异、正常组织基因表达水平差异和甲基化水平差异来筛选癌症标志物之后还包括：针对所述筛选出的癌症标志物，根据其针对目标癌症的检测特异性和灵敏度进一步筛选获得癌症标志物。4.根据权利要求1所述的方法，其中，基于目标癌症与其他癌症组织基因表达水平差异、与正常组织基因表达水平差异和甲基化水平差异来筛选癌症标志物包括以下步骤：基于目标癌症与其他癌症组织基因表达水平差异来进行筛选以获得第一候选基因；基于所述第一候选基因在目标癌症和正常组织中的基因表达水平差异来进行筛选以获得第二候选基因；基于所述第二候选基因在目标癌症和正常组织中的甲基...

【专利技术属性】
技术研发人员：聂海珍，吴振，朱真毓，应彬欣，韩晓亮，
申请(专利权)人：博尔诚北京科技有限公司，
类型：发明
国别省市：