用于进行甲基化检测测定的组合物和方法技术

本文提供了涉及用于检测来自受试者的血液或血液制品中的组织细胞特异性DNA诸如上皮细胞特异性DNA的组合物和方法的技术。所述技术还涉及使用组织细胞特异性DNA作为甲基化测定的内部对照。本文提供了涉及表征样品例如血液样品、粪便样品等的不同种类核酸的存在或不存在和/或量的技术，所述不同种类核酸的存在或不存在和/或量例如可能与受试者的健康状态相关。例如，在一些实施方案中，所述技术涉及检测和测量与样品类型中的特定组织相关的DNA，所述样品类型通常不含有来自此组织的DNA。在优选的实施方案中，所述技术涉及检测和/或测量血液或血液制品样品中的上皮细胞和/或上皮细胞特异性DNA。细胞特异性DNA。细胞特异性DNA。

【技术实现步骤摘要】
用于进行甲基化检测测定的组合物和方法
[0001]本申请是申请日：2015年12月11日，申请号：201580062917.7，专利技术名称为“用于进行甲基化检测测定的组合物和方法”的中国专利技术专利申请的分案申请。
[0002]本申请要求2014年12月12日提交的美国临时申请序列号62/091,069的优先权，所述专利申请以引用方式并入本文。


[0003]本文提供了涉及用于检测来自受试者的血液或血液制品中的上皮细胞特异性DNA的组合物和方法的技术，其中血液或血液制品中上皮细胞DNA的存在和量指示受试者体内的医疗状况的存在或量级。所述技术还涉及在诸如来自受试者的粪便或组织样品的样品中使用组织细胞特异性DNA例如上皮细胞特异性DNA作为甲基化测定的内部对照。

技术介绍

[0004]已经研究了甲基化DNA作为大多数肿瘤类型的组织中的一类潜在生物标记。在许多情况下，DNA甲基转移酶在胞嘧啶
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磷酸
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鸟嘌呤(CpG)岛位点处向DNA添加甲基作为对基因表达的表观遗传控制。在生物学上引人注目的机制中，肿瘤抑制基因启动子区中获得的甲基化事件被认为使表达沉默，从而有助于瘤形成。DNA甲基化可能是比RNA或蛋白质表达在化学上和生物学上更稳定的诊断工具(Laird(2010)“Principles and challenges of genome
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wide DNA methylation analysis”Nat Rev Genet 11:191
–r/>203)。此外，在其它癌症如散发性结肠癌中，甲基化标记提供优异的特异性，并且比作为个体DNA突变更具广泛的信息性和敏感性(Zou等(2007)“Highly methylated genes in colorectal neoplasia:implications for screening”Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 16:2686
–
96)。
[0005]被分析与疾病或疾病风险相关的突变存在和/或甲基化状态的来自患者样品(例如血液、粪便和组织样品)的核酸通常在分析期间通过许多处理步骤。这些步骤可包括例如过滤、沉淀、捕获、洗涤、洗脱和/或化学修饰。为了分析DNA以确定甲基化状态(例如测试DNA的甲基化百分比)，处理通常包括用亚硫酸氢盐处理以将未甲基化的dC碱基转化为dU残基，使得它们更容易与被保护免于亚硫酸氢盐转化的甲基
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C残基区分开来。
[0006]测试DNA的精确定量(例如确定甲基化百分比、携带突变的DNA的存在和量等)通常需要归一化成对照核酸，例如具有已知特征的内源性不变基因(例如，已知序列、已知的每细胞拷贝数)。归一化可能在例如样品处理、测定效率等中发生的样品
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样品(sample
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to
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sample)变化的控制，并允许精确的样品
‑
样品数据比较。
[0007]存在于循环癌细胞或复合物内的血液或血液制品中的癌症特异性标记DNA或循环无细胞DNA已被用于表征受试者体内的实体瘤，例如乳腺癌。然而，分析血液的特定癌症标记的效用仅限于评估已经针对那些标记表征的特定源肿瘤或癌症类型，并且受试者血液中特定标记的检测在检测其它病状或癌症中可能具有有限用途。

技术实现思路

[0008]本文提供了涉及表征样品例如血液样品、粪便样品等的不同种类核酸的存在或不存在和/或量的技术，所述不同种类核酸的存在或不存在和/或量例如可能与受试者的健康状态相关。例如，在一些实施方案中，所述技术涉及检测和测量与样品类型中的特定组织相关的DNA，所述样品类型通常不含有来自此组织的DNA。在优选的实施方案中，所述技术涉及检测和/或测量血液或血液制品样品中的上皮细胞和/或上皮细胞特异性DNA。
[0009]在一些实施方案中，所述技术提供了用于监测受试者体内的疾病状态的方法，所述方法包括以下步骤：例如在第一时间点时从受试者获得第一血液制品样品；启动治疗方案，其中所述治疗方案包括治疗性干预；在第二时间点时从所述受试者获得第二血液制品样品，其中所述第二时间点是在所述治疗方案启动之后；以及测定所述第一血液制品样品和所述第二血液制品样品的上皮细胞特异性DNA的量，其中所述第一血液制品样品与所述第二血液制品样品之间的上皮细胞特异性DNA的量的差异指示所述受试者体内的所述疾病状态的变化。关于在测定第一和第二血液制品样品时，所述技术不受限制。例如，在一些实施方案中，在治疗方案开始之前测定第一血液制品样品，而在其它实施方案中，在治疗方案期间或在治疗方案之后或在治疗方案之后(例如在与第二血液制品样品相同的时间)测定第一血液制品样品。在优选的实施方案中，所述方法包括产生记录，例如患者记录诸如硬拷贝或电子医疗记录，其中记录报告测定结果，例如报告值(例如，比较样品中上皮细胞特异性DNA的量或量变化)或基于值的诊断结果。
[0010]该方法不限于任何特定的治疗方案。在一些实施方案中，治疗方案可包括主动干预，例如可能是保持观察受试者的问题。在优选的实施方案中，其中所述治疗方案包括手术、药物疗法、化疗、免疫疗法、营养疗法、放射疗法、温度疗法和物理疗法中的一种或多种。
[0011]第一血液制品样品与第二血液制品样品之间的上皮细胞特异性DNA的量的差异指示例如所述受试者体内的疾病状态的复发、进展或消退。在一些实施方案中，在收集第一样品之后不使用治疗方案，并且第一血液制品样品与第二血液制品样品之间的上皮细胞特异性DNA的量的差异指示受试者体内的疾病状态的初始发生。在一些实施方案中，由血液或血液制品样品中上皮细胞特异性DNA的存在所指示的疾病状态是癌症，例如转移性癌症。
[0012]在一些优选的实施方案中，上皮细胞特异性DNA包括在上皮细胞中被甲基化并且在血细胞中未被甲基化的DNA。在此类实施方案中，优选的方法包括用亚硫酸氢盐试剂处理来自血液制品样品的DNA以产生转化的上皮细胞特异性DNA。在优选的实施方案中，上皮细胞特异性DNA包括ZDHHC1 DNA，并且在特别优选的实施方案中，DNA包含SEQ ID NO:26所示序列的至少一部分。
[0013]所述方法不限于任何特定形式的血液或血液制品样品，在某些优选的实施方案中，血液制品是血浆。
[0014]所述方法不限于测定样品的任何特定手段。在某些优选的实施方案中，测定包括使用聚合酶链式反应、核酸测序、质谱、甲基化特异性核酸酶、基于质量的分离或DNA靶捕获。在特别优选的实施方案中，测定包括使用侧翼内切核酸酶测定。
[0015]在一些实施方案中，所述技术提供了与分析来自受试者的样品有关的组合物。例如，在一些实施方案中，所述组合物包含：包含SEQ ID NO:33的核苷酸序列的DNA链和/或包含SEQ ID NO:27的核苷酸序列的DNA链。在一些实施方案中，该组合物还包含检测探针寡核
苷酸，其中所述检测探针寡核苷酸本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种表征血液或血液制品的方法，其包括：a)由受试者提供血液或血液制品样品；b)测定所述样品以检测组织细胞特异性DNA的存在；其中所述组织细胞特异性对照DNA的存在指示所述血液或血液制品样品中组织细胞的存在。2.如权利要求1所述的方法，其中所述组织细胞特异性DNA是上皮细胞特异性DNA。3.如权利要求2所述的方法，其中所述上皮细胞特异性DNA包括在上皮细胞中被甲基化并且在血细胞中未被甲基化的DNA。4.如权利要求1所述的方法，其包括用亚硫酸氢盐试剂处理来自所述样品的DNA以产生转化的组织细胞特异性DNA。5.如权利要求3所述的方法，其中所述上皮细胞特异性DNA包括ZDHHC1 DNA。6.如权利要求1所述的方法，其中所述血液制品是血浆。7.如权利要求1所述的方法，其中所述测定包括使用聚合酶链式反应、核酸测序、质谱、甲基...

【专利技术属性】
技术研发人员：HT阿拉维，GP利德加德，
申请(专利权)人：精密科学公司，
类型：发明
国别省市：