用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒制造技术

本发明专利技术提供了一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，其中，生物标志物获取方法包括：提取待检测样本RNA，将待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；基于cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；通过捕获探针与目标区域特异性杂交从构建的基因文库中捕获并富集目标基因；利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。具备检测灵敏度高、测序费用低、节省探针等优点，更适用于临床试剂盒开发。更适用于临床试剂盒开发。更适用于临床试剂盒开发。

【技术实现步骤摘要】
用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒


[0001]本专利技术涉及生物医学
，尤其涉及一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒。

技术介绍

[0002]近年来，全世界范围内每年有超过一百万人被诊断为食管癌，尤其在发展中国家的发病率逐年上升，且年轻人的发病率每年都在升高，无疑成为了全球范围内巨大的健康负担。在胃食管癌中，有高达30％的患者携带有人表皮生长因子受体2(ERBB2/HER2)扩增或过表达。对于这些患者，曲妥珠单抗(Trastuzumab，一种HER2靶向单抗药物)联合化疗一线用药可提高其生存率。
[0003]尽管曲妥珠单抗提高了ERBB2扩增的胃食管癌患者的生存率，但患者仍然通常会在一年内发生疾病进展，因此对曲妥珠单抗耐药的胃食管癌患者迫切需要新的后线治疗方案。
[0004]与此同时，抗EGFR靶向治疗药物阿法替尼(Afatinib)是表皮生长因子受体(EGFR)和人表皮生长因子受体2(HER2)酪氨酸激酶的强效、不可逆的双重抑制剂，适用于具有表皮生长因子受体(EGFR)基因敏感突变的局部晚期或转移性非小细胞肺癌(NSCLC)、既往未接受过EGFR酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗、及含铂化疗期间或化疗后疾病进展的局部晚期或转移性鳞状组织学类型的非小细胞肺癌(NSCLC)，甚至有潜力被用于晚期IHC染色强阳性的食管癌患者(EGFR IHC(+++))曲妥珠单抗耐药后的后线抗EGFR靶向治疗(阿法替尼)。因此筛选潜在可能或以患者的预测生物标志物具有重要的临床意义。

技术实现思路

[0005]针对上述问题，本专利技术提供了一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，有效提高预测抗EGFR靶向治疗(阿法替尼)效果的灵敏度等。
[0006]本专利技术提供的技术方案如下：
[0007]一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物，由以下生物标志物获取方法计算得到，包括：
[0008]提取待检测样本RNA，将所述待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；
[0009]基于得到的cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；
[0010]通过捕获探针与目标区域特异性杂交从所述基因文库中捕获并富集目标基因；
[0011]利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；
[0012]采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；
[0013]基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。
[0014]进一步优选的，所述基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物中包括：
[0015]对基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量进行标准化；
[0016]根据标准化后的表达量计算生物标志物评分：
[0017]生物标志物评分＝mean[lg(nRPKM
ALK
)+lg(nRPKM
NTRK2
)+lg(nRPKM
NTRK3
)][0018]其中，nRPKM
ALK
表示基因ALK的标准化表达量，且nRPKM
ALK
＝RPKM
ALK
×
HK_coefficient
ALK
，RPKM
ALK
表示基因ALK的标准化表达量，HK_coefficient
ALK
表示基因ALK的表达量变化系数；nRPKM
NTRK2
表示基因NTRK2的标准化表达量，且nRPKM
NTRK2
＝RPKM
NTRK2
×
HK_coefficient
NTRK2
，RPKM
NTRK2
表示基因NTRK2的标准化表达量，HK_coefficient
NTRK2
表示基因NTRK2的表达量变化系数；nRPKM
NTRK3
表示基因NTRK3的标准化表达量，且nRPKM
NTRK3
＝RPKM
NTRK3
×
HK_coefficient
NTRK3
，RPKM
NTRK3
表示基因NTRK3的标准化表达量，HK_coefficient
NTRK3
表示基因NTRK3的表达量变化系数。
[0019]进一步优选的，所述利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据之后，还包括质控步骤，包括：
[0020]对获得的RNA靶向测序数据中的低质量测序数据及含有接头序列reads进行过滤；
[0021]将过滤后的RNA靶向测序数据与参考基因组进行比对；
[0022]评估比对结果是否符合预设指标，所述预设指标包括：序列回帖比对率在预设比对率阈值之上、目标区域数据量在预设数据量阈值之上及表达的看家基因数量在预设基因数量阈值之上；
[0023]所述采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量中，包括：采用RPKM方法定量评估过滤后符合预设指标的RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量。
[0024]进一步优选的，所述利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据中，高通量测序仪测序采用双端或单端模式进行测序得到RNA靶向测序数据。
[0025]如上述生物标志物在预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的芯片或试剂盒中的应用。
[0026]本专利技术提供的用于预测晚期食管癌患者(EGFR IHC(+++))抗EGFR靶向治疗(阿法替尼)疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，单独使用待检测样本(癌症患者组织样本)中基因ALK、NTRK2、NTRK3的表达量进一步计算得到的生物标志物的评分，进而用于预测抗EGFR靶向治疗(阿法替尼)的效果，具备检测灵敏度高、测序费用低、节省探针等优点，更适用于临床试剂盒开发，具有广阔的应用前景。具体，在生物标志物获取的过程中，使用的RNA靶向测序(targeted RNA sequencing)技术的表达量检测方法，能够高效富集相关基因所表达的RNA转录本，并分析这些基因在肿瘤组织中的表达量。再有，RNApanel靶向目标基因，相比使用RNA
‑
seq检测全转录组，测序费用更低，并且能显著富集目标区域，检测灵敏度更高，更适用于临床试剂盒开发。
附图说明
[0027]下面将以明确易懂的方式，结合附图说明优选实施方式，对上述特性、技术特征、优点及其实现方式予以进一步说明。
[0028]图1为本专利技术生物标志物获取方法获取流程图。
[0029]图2为探索队列中35例晚期食管鳞癌患者(EGFR IHC(+++))RNA标志物评分与抗
EGFR靶向治疗(阿法替尼)疗效，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物由以下生物标志物获取方法计算得到，包括：提取待检测样本RNA，将所述待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；基于得到的cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；通过捕获探针与目标区域特异性杂交从所述基因文库中捕获并富集目标基因；利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。2.如权利要求1所述的生物标志物，其特征在于，所述基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物中包括：对基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量进行标准化；根据标准化后的表达量计算生物标志物评分：生物标志物评分＝mean[lg(nRPKM
ALK
)+lg(nRPKM
NTRK2
)+lg(nRPKM
NTRK3
)]其中，nRPKM
ALK
表示基因ALK的标准化表达量，且nRPKM
ALK
＝RPKM
ALK
×
HK_coefficient
ALK
，RPKM
ALK
表示基因ALK的标准化表达量，HK_coefficient
ALK
表示基因ALK的表达量变化系数；nRPKM
NTRK2
表示基因NTRK2的标准化表达量，且nRPKM
NTRK2
＝RPM
NTRK2
×
HK_coefficient
NTRK2

【专利技术属性】
技术研发人员：鲁智豪，张恒辉，沈琳，陈欢，李健，毛蓓蓓，张小田，洪媛媛，彭智，胡莹，
申请(专利权)人：无锡臻和生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：