与肿瘤相关的微卫星不稳定的位点组合及其应用制造技术

本发明专利技术提供一套与肿瘤相关的微卫星不稳定的位点组合及其应用。包括MS1~MS9共9个微卫星位点（SEQ ID NO:1~9）。本发明专利技术提供的9个微卫星位点是基于NGS技术，可以有效避免使用IHC、MSI

【技术实现步骤摘要】
与肿瘤相关的微卫星不稳定的位点组合及其应用


[0001]本专利技术涉及生物
，具体地说，涉及与肿瘤相关的微卫星不稳定的位点组合及其应用。

技术介绍

[0002]微卫星（Microsatellite, MS），又称短串联重复序列，是单位长度在1
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6个碱基之间的短重复核苷酸序列，广泛存在于真核生物基因组中。微卫星不稳定性（Microsatellite instability, MSI）表示微卫星基因座中核苷酸的插入或缺失。微卫星区域的改变通常发生在DNA复制过程中。DNA错配修复（MMR）蛋白，如MLH1、MSH2、MSH6、PMS2负责MSI的修复。MMR基因的胚系或体细胞失活反过来可能导致MSI。MSI在很多癌症类型中都有发现，其中结肠癌和子宫内膜癌的发病率最高。MMR蛋白的胚系突变与林奇综合征的发病机制相关，该综合征约占MMR缺陷结直肠癌的20%。对于散发性结直肠癌，10%
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15%的病例中发现微卫星位点的体细胞突变。MSI状态与PD
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L1及肿瘤突变负荷一起成为免疫治疗的重要生物标志物。临床试验表明，MSI患者对PD
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1/PDL1药物的治疗有改善反应，准确高效地确定MSI状态有助于指导临床医生选择免疫治疗方案。
[0003]常规的MSI检测方法包括MSI
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PCR或间接通过免疫组化(IHC)染色检测MMR蛋白表达。MSI
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PCR是通过在肿瘤和配对正常组织中扩增5个或更多的微卫星位点，通过比对配对样本的重复次数来确定MSI状态。MSI
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PCR对肿瘤纯度要求较高（20%），且DNA降解严重可能影响MSI
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PCR检测。MMR IHC是一种评估四种临床相关MMR蛋白（MLH1、MSH2、MSH6、PMS2）表达水平的检测。但临床IHC染色中包含的MMR相关标志物并没有覆盖所有MMR相关基因，可能导致IHC与MSI
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PCR相关性较低。且IHC结果的判定需要医生解读，因此医生的专业性及主观性对结果的影响很大。
[0004]随着二代测序（Next generation sequencing, NGS）技术成为肿瘤学领域的主流技术，基于NGS的MSI检测方法正在兴起。使用NGS技术，同时评估患者MSI状态及突变情况，可以避免使用MSI
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PCR或MSI IHC方法评估MSI状态并使用NGS技术检测患者的突变情况下，两次取样的弊端，且能降低检测成本。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供与肿瘤相关的微卫星不稳定的位点组合及其应用。
[0006]目前MSI检测最常用的方法是对肿瘤组织样本进行MSI
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PCR或IHC分析。肿瘤纯度低和DNA降解严重会影响MSI
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PCR检测结果，且操作过程复杂，花费较高，在结果判定过程中会遇到诸如荧光过强或过少、非特异性峰、不显著的峰大小改变等。使用IHC评估MMR蛋白水平存在使用抗体不一致，病理医生阅片标准不一致的问题。若使用以上两种方法评估MSI状态，一般需额外再对患者取样使用NGS方法检测突变情况，评估用药靶点的突变情况及肿瘤突变负荷水平。鉴于此，本专利技术提供基于NGS技术使用较少微卫星位点评估MSI状态的组合位点及其评估方法。
[0007]为了实现本专利技术目的，第一方面，本专利技术提供一套与肿瘤相关的微卫星不稳定的位点组合，包括MS1~MS9共9个微卫星位点，MS1~MS9分别位于人1号染色体161309336
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161309346bp，人2号染色体39240585
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39240595bp，人3号染色体52696311
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52696321bp，人3号染色体169992976
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169992993bp，人6号染色体32166161
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32166173bp，人11号染色体118353038
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118353053bp，人19号染色体50911948
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50911959bp，人22号染色体41545025
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41545038bp，人X染色体44949952
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44949962bp。
[0008]上述物理位置基于人类基因组版本号hg19。
[0009]MS1~MS9的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1~9所示。
[0010]第二方面，本专利技术提供用于扩增所述位点组合的引物以及含有所述引物的检测试剂或试剂盒。
[0011]第三方面，本专利技术提供所述位点组合的以下任一应用：1）用于制备辅助诊断肿瘤患者的检测试剂；2）用于辅助诊断肿瘤患者；3）用于制备指导肿瘤患者辅助化疗、免疫治疗用药及预测免疫治疗获益的检测试剂；4）用于指导肿瘤患者辅助化疗、免疫治疗的用药及预测免疫治疗获益。
[0012]所述肿瘤包括但不限于结直肠癌、林奇综合征、胃癌、子宫内膜癌、小肠腺癌、胰腺癌、前列腺癌、食管癌、胃食管交界肿瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝胆肿瘤、乳腺癌。
[0013]所述免疫治疗包括但不限于PD
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1/PD
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L1免疫抑制剂治疗。
[0014]用于化疗的药物包括但不限于5
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FU、伊立替康。
[0015]具体地，根据待测样本的9个微卫星位点的稳定状态计算MSI
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score，将该样本的9个微卫星位点中不稳定的位点个数记为m，以0.4为判断阈值：若m/9>0.4，则判定该样本为微卫星不稳定MSI
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H，若0≤m/9≤0.4，则判定该样本为微卫星稳定MSS。
[0016]进一步地，待测样本（患者肿瘤组织并提取DNA）来自于测序数据，优选NGS测序数据。
[0017]借由上述技术方案，本专利技术至少具有下列优点及有益效果：本专利技术仅需一次取样即可同时评估MS状态及获得样本可用药靶点的突变情况，有效避免人工判断的主观因素影响结果。并可以减低检测成本，使用的检测位点越少则成本越低，本专利技术的MS位点组合相对较少。
[0018]针对MSI检测，目前行业内通用方法有MSI
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PCR及免疫组化（IHC）。使用IHC检测MSI相对较简单，成本较低，但存在一些问题，如使用抗体的不一致、病理医生阅片标准不一致等。MSI
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PCR检测技术是检测MSI的“金标准”，但操作过程复杂，花费较高，且在结果判定时存在以下问题，如荧光过强或过少、非特异性峰、不显著的峰大小改变等。使用NGS方法检测MSI可以有效避免以上两种方法在检测MSI过程中存在的问题。对于多数实体瘤患者，单独进行MSI检测的成本
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效益比过低，而基于NGS的MSI检测可同时捕获多短基因序列，高效利用样本，获得肿瘤突变负荷，胚系突变、体系突变、可用药靶点信息等，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与肿瘤相关的微卫星不稳定的位点组合，其特征在于，包括MS1~MS9共9个微卫星位点，MS1~MS9分别位于人1号染色体161309336
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161309346bp，人2号染色体39240585
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39240595bp，人3号染色体52696311
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52696321bp，人3号染色体169992976
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169992993bp，人6号染色体32166161
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32166173bp，人11号染色体118353038
‑
118353053bp，人19号染色体50911948
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50911959bp，人22号染色体41545025
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41545038bp，人X染色体44949952
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44949962bp；上述物理位置基于人类基因组版本号hg19。2.根据权利要求1所述的位点组合，其特征在于，MS1~MS9的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1~9所示。3.权利要求1或2所述位点组合在制备用于辅助诊断肿瘤患者的检测试剂中的应用。4.根据权利要...

【专利技术属性】
技术研发人员：姬晓勇，徐冰，单光宇，伍启熹，王建伟，
申请(专利权)人：北京优迅医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：