猪EEPD1基因第一外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用制造技术

猪EEPD1基因第一外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用。本发明专利技术提供了一种猪EEPD1基因核苷酸序列第248bp处的一个G>A碱基突变和第324bp处的一个G>A碱基突变作为猪肌内脂肪含量性状相关的分子遗传标记。本发明专利技术通过制备得到一种与肌内脂肪含量性状相关的遗传标记，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，在它们第90bp处存在一个G>A碱基突变，在166bp处存在一个G>A碱基突变，两个突变位点存在一定连锁，可显著影响猪肌内脂肪含量性状。本发明专利技术还提供了该遗传标记的制备方法及其在猪肌内脂肪含量性状关联分析中的应用。本发明专利技术为猪肌内脂肪含量性状的分子标记辅助育种提供了一个新的遗传标记。记辅助育种提供了一个新的遗传标记。记辅助育种提供了一个新的遗传标记。

【技术实现步骤摘要】
猪EEPD1基因第一外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用


[0001]本专利技术属于家畜遗传标记筛选
，具体涉及一种猪EEPD1基因第一外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用。

技术介绍

[0002]随着社会经济发展和人民生活水平的提高，高品质、多元化、个性化消费需求的优质猪肉市场需求激增，但是当前综合性状优良、特色鲜明、满足中国人口味的猪肉产品不多，猪肉产品市场供需不匹配问题逐渐显现，因此，猪肉品质遗传改良已越来越被重视。肌内脂肪含量(Intramuscular Fat,IMF)是影响肉品质性状的一项重要指标，它与猪肉的嫩度、风味、多汁性存在显著相关(Lu etal.2008)。然而，猪肉质性状较难活体测量，很难用常规育种技术进行遗传改良，因此寻找控制猪肉质性状(尤其是IMF)的关键分子遗传标记，应用于该性状的分子辅助育种，对提高猪肉品质性能具有重要意义。
[0003]EEPD1(Endonuclease/Exonuclease/Phosphatase Family Domain Containing 1)编码核酸内切酶/核酸外切酶/磷酸酶家族结构域包含蛋白1，主要在人类DNA损伤过程中修复应激复制叉中起作用(Kim etal.,2017)。Ji等(2012)在对鸡脂肪组织的转录组分析也发现，鸡EEPD1基因表达量的降低与禁食和胰岛素中和能力均相关，表明其对脂肪酸合成具有负调控作用。Li等(2020)利用高通量转录组测序技术发现EEPD1基因在荷斯坦公牛和阉公牛的腰最长肌中差异表达，且牛EEPD1基因与牛肉品质性状相关。而有关猪EEPD1基因对肉质性状的影响还未见报道。
[0004]申请人前期利用RNA
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seq技术对比分析了IMF极端个体背最长肌组织基因表达差异，发现EEPD1基因显著差异表达。因此，申请人扩增了猪EEPD1基因的部分核苷酸序列，利用该序列进行了多态性变异位点的筛选鉴定及与IMF性状的关联分析研究，以期获得与猪IMF性状相关的新分子标记。

技术实现思路

[0005]本专利技术的技术目的在于扩增猪EEPD1基因的部分第一外显子和第二内含子DNA序列，以寻找该基因序列突变位点多态性，获得一种与猪肌内脂肪含量性状相关的遗传标记，并利用该遗传标记作为猪标记辅助选择中。
[0006]为实现上述技术目的，本专利技术提供了猪EEPD1基因第一外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记，它是猪EEPD1基因的部分DNA序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，在该序列的第90bp处存在一个G>A碱基突变，第166bp处存在一个G>A碱基突变。
[0007]本专利技术还提供了所述的遗传标记在猪肌内脂肪含量性状标记辅助选择中的应用。
[0008]优选地，所述的应用是所制备的遗传变异标记在猪IMF性状的关联分析中的应用或者所制备的单倍型标记在猪IMF性状的关联分析中的应用。
[0009]本专利技术具有以下有益效果：本专利技术为猪肌内脂肪含量性状的分子标记辅助育种提供了一个新的遗传标记。
附图说明
[0010]图1是本专利技术的总体技术流程图；
[0011]图2是本专利技术中猪EEPD1基因PCR扩增产物琼脂糖凝胶电泳图；
[0012]图3是本专利技术中猪EEPD1基因第一外显子g.248G>A突变位点SEQ ID NO：3引物正向测序的测序图谱；
[0013]图4是本专利技术中猪EEPD1基因第一外显子g.324G>A突变位点SEQ ID NO：4引物反向测序的测序图谱；
[0014]图5是猪EEPD1基因片段核苷酸序列直观图(与SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示的序列表相对应)。
具体实施方式
[0015]下面结合附图1
‑
5，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其它实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0016]如未特别说明，以下实施例中所采用的方法和参数均为本领域常规的方法和参数。
[0017]需要说明的是：
[0018]序列表SEQ ID NO：1是扩增的一个“硒都黑猪”EEPD1基因第一外显子和部分第二内含子的核苷酸序列，序列长度为518bp。在该序列第90碱基处存在一个G>A碱基的替换，在该序列第166碱基处存在一个G>A碱基的替换(在序列表SEQ ID NO：1中显示的结果是已经替换的碱基)；
[0019]序列表SEQ ID NO：2是扩增的一个“硒都黑猪”EEPD1基因第一外显子和部分第二内含子的核苷酸序列，序列长度为518bp，在该序列第90碱基处存在一个A>G碱基的替换，在该序列第166碱基处存在一个A>G碱基的替换(在序列表SEQ ID NO：1中显示的结果是已经替换的碱基)；
[0020]序列表SEQ ID NO：3是扩增SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2特异基因片段所用的正向引物序列；
[0021]序列表SEQ ID NO：4是扩增SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2特异基因片段所用的反向引物序列；
[0022]图2中泳道M是DNA Marker，泳道1、2是扩增的SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2特异基因片段；
[0023]图5中加粗带框字母代表存在突变处，突变位置分为位于该序列的第90碱基和第166碱基处，带下划线序列代表引物位置，带灰色背景的表示第一外显子区域。
[0024]本专利技术通过以下技术方案实现：
[0025]本专利技术获得了一种猪肌内脂肪含量性状的遗传标记，它们分别是猪EEPD1基因第
一外显子的部分DNA片段，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1(长度为518bp)和SEQ ID NO：2(长度为518bp)所示。在SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2第90碱基处存在一个G>A碱基突变(如图3所示)，在该序列第166碱基处存在一个G>A碱基突变(如图4所示)。
[0026]申请人提供了一种扩增猪EEPD1基因部分DNA片段的引物对，该引物对的DNA序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示。
[0027]申请人提供了一种制备猪肌内脂肪含量性状相关基因EEPD1遗传标记的方法，其步骤如下：
[0028]参考GenBank数据库中猪EEPD1基因(登录号NC_010460.4)的DNA序列设计特异引物(该引物的序列如序列表SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示)，以硒都黑猪基因组DNA混合池为模板进行PCR扩增，对PCR产物回收并进行DNA测序分析，得到如本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.猪EEPD1基因第一外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记，它是猪EEPD1基因的部分DNA序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示，在该序列的第90bp处存在一个G>A碱基突变，第166bp处存在一个G&a...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴俊静，刘艳芳，梅书棋，彭先文，乔木，周佳伟，孙华，董斌科，李梓芃，徐忠，张宇，宋忠旭，赵海忠，李良华，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：