一种与绵羊体高相关的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种与绵羊体高相关的分子标记及其应用。本发明专利技术通过对湖羊CAP2基因进行PCR扩增和序列分析，发现在扩增片段的第309位存在一个T/C多态性位点，进一步使用KASPar引物对1346只绵羊的多态性位点进行检测和建立最小二乘模型，对基因型与体高进行关联分析，最终确定了本发明专利技术扩增的CAP2基因片段可以作为与绵羊体高相关的分子标记。本发明专利技术的分子标记可用于选留CC纯合的绵羊进入核心群，以提高绵羊的体高性状，有助于增加经济效益。有助于增加经济效益。

【技术实现步骤摘要】
一种与绵羊体高相关的分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于分子标记制备
，具体涉及CAP2基因片段作为影响绵羊体高的分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]环化酶相关蛋白(CAP)是进化过程中高度保守的蛋白，由474
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551个氨基酸残基组成，通过调节肌动蛋白细胞骨架在细胞极性和发育中起重要作用(Kosmas et al.,2015)。在哺乳动物中，CAP1和CAP2是CAP的两个同源物(Matviw,Yu,&Young,1992；Swiston,Hubberstey,Yu,&Young,1995；Yu,Swiston,&Young,1994)。CAP1在胞吞作用和细胞运动中起作用(Bertling et al.,2004),并存在于应力纤维和富肌动蛋白区域(Peche et al.,2007)。CAP1和CAP2之间的相似性约为76％，敲除小鼠的CAP2基因会导致体重下降和生存率下降(Kosmas et al.,2015)。此外，在缺乏CAP2的肌原纤维中，钙调节性发展的协同性降低(Kosmas et al.,2015)。
[0003]绵羊是我国著名的多产品种，四级发情，生长快，性成熟早，产仔数高，平均产仔数2.06(X.Feng et al.,2018)。绵羊主要分布在中国的江苏、浙江和上海。错义突变发生在编码区，导致翻译缺陷蛋白，并与许多疾病有关(Lee et al.,2008)。同义突变在非编码区域并不产生改变的蛋白质，而是改变DNA和RNA序列，有被视为沉默突变，因此很容易被忽略(Sharma et al.)。然而，同义突变可以改变mRNA的稳定性、剪接调节位点、miRNA结合位点或翻译效率，从而导致蛋白质水平或蛋白质构象的改变(Sauna&Kimchi
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Sarfaty,2011)。本专利技术通过对CAP2基因进行测序和分析，探讨其不同基因型与绵羊体高之间的关联，旨在为提高绵羊体高的遗传改良方面提供基因素材，加速我国自主知识产权的快速生长型优质肉羊新品种的培育进程。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于克服现有技术的缺陷，提供一种作为与绵羊体高相关的分子标记及其应用。
[0005]本专利技术的分子标记从绵羊CAP2基因中扩增得到，其具体核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。通过扩增绵羊CAP2基因的DNA序列并测序，寻找CAP2基因的多态性位点，从而可以建立绵羊体高相关分子标记的检测方法，并可将该分子标记应用于快速生长型优质肉羊新品种的培育中。
[0006]具体地，本专利技术的技术方案如下所述：
[0007]一方面，本专利技术提供了一种与绵羊体高相关的分子标记，该分子标记通过对绵羊CAP2基因进行扩增而获得，具体的，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，即
[0008]ATCCAGGATCTTTTTGAAACAGTGATTTACTGATTGTTTTTACTGTGCCGGGTCTTCGCTGCTGCTCTCACGCTTTCTCCAGGTGCAGCGAGCTGGGGCTGCTCTCCAGCTGTGGTGCTCAGGCTTCTCGCTGTGGTGGCTTCACTTGCTGCAGAGCACGGGCTCTAGACTGCGTGAGCTTCAGCAGCTGCAGCACATGGGCTCAGCAGTTGTGGGTCCTGGT
CTCTAGAACACAGGTTCCTCAAAAGTTCTGGCACATGGACTCAGTGGCGCCTCTGCATGTCTTTCCAGATCAGGGACTGAACCCAYGTCTCTTGCATTAGCAGGCAGATTCCTCACCACTAAGCCACCGCGGGAGCCTGGGCATTCAGGATCTTTAATTGCATCATGCGAGTTCTTGGTTGCAGCATGTGGGATCCAGTTTCCTGACCAGGGATCGAAT
[0009]其中第309位的Y表示T或C，由于上述序列在第309位碱基处有一个T/C突变，从而导致了绵羊CAP2基因在该位点的T/C多态性。
[0010]通过基因型与性状关联分析的结果表明，随着测定周期的延长，改突变位点与绵羊体高显著相关。携带CC基因型羊的体高要优于携带TT基因型的羊(p<0.05)。由此可知C等位基因为优势等位基因。表明该突变位点可作为影响绵羊体高的潜在分子标记(P<0.05)。
[0011]第二方面，本专利技术提供了一种检测上述分子标记的引物对，任何可特异性扩增本专利技术分子标记或包含上述多态性位点的片段的引物均适用于对该分子标记进行检测，优选地，所述检测分子标记的引物对的核苷酸序列为：
[0012]正向引物M
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F:CTCTAGACTGCGTGAGCTTC(SEQ ID NO:2)；
[0013]反向引物M
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R:ACTCTGTGCTCCCAATTCG(SEQ ID NO:3)。
[0014]此外，本专利技术的引物对可以为KASPar引物对，优选地，所述KASPar引物对的核苷酸序列为：
[0015]用于检测AlleleC的正向引物A1：
[0016]CCAGATCAGGGACTGAACCCAT(SEQ ID NO:4)；
[0017]用于检测AlleleT的正向引物A2：
[0018]CAGATCAGGGACTGAACCCAC(SEQ ID NO:5)；
[0019]通用反向引物C：
[0020]TGGTGAGGAATCTGCCTGCTAATG(SEQ ID NO:6)。
[0021]第三方面，本专利技术提供了一种检测上述分子标记的试剂盒，所述试剂盒中包含了本专利技术第二方面的引物对或KASPar引物对。
[0022]第四方面，本专利技术提供了一种检测与绵羊体高相关的分子标记的方法，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述方法包括利用本专利技术的引物对或试剂盒对绵羊CAP2基因进行检测，本专利技术的具体检测方法包括如下步骤：
[0023]a)使用本专利技术的引物对、KASPar引物对或包含上述引物对的试剂盒，对绵羊基因组DNA进行扩增；
[0024]b)对步骤a)获得的扩增产物的多态性位点进行鉴定。
[0025]其中，在步骤b)中，任何SNP分型方法均可适用于本专利技术中分子标记的检测，上述SNP分型的方法包括但不限于直接测序法、探针法、基因芯片法、高分辨率溶解曲线法。
[0026]在本专利技术的分子标记序列和多态性位点已知的情况下，针对该多态性位点设计相应的探针，以及利用上述SNP分型方法对分子标记和多态性位点进行检测均属于本领域中较为常规且成熟的技术，针对该多态性位点设计的探针也可包含于本专利技术的第三方面的试剂盒中。
[0027]更为具体的，本专利技术中利用上述引物对检测与绵羊体高相关分子标记的方法，包括如下步骤：本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与绵羊体高相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其中第309bp处的Y是C或T，该突变导致分子标记的C/T多态性。2.一种检测权利要求1所述的分子标记的PCR引物对，其特征在于，所述引物对的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。3.一种检测权利要求1所述的分子标记的KASPar引物对，其特征在于，所述KASPar引物对中：用于检测AlleleC的正向引物A1的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示，用于检测AlleleT的正向引物A2的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示，通用反向引物C的核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示。4.一种检测权利要求1所述的分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2或3所述的引物对。5.一种检测权利要求1所述的分子标记的方法，其包括如下步骤：a)使用...

【专利技术属性】
技术研发人员：王维民，赵利明，李发弟，张小雪，袁律峰，李冲，张德印，李晓龙，赵源，张煜坤，宋其志，林长春，徐丹，周步博，王江荟，程江博，李文馨，
申请(专利权)人：甘肃农业大学，
类型：发明
国别省市：