与猪肌间脂肪相关的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开一种与猪肌间脂肪相关的分子标记及其应用，属于家畜分子标记制备技术领域。本发明专利技术利用10

【技术实现步骤摘要】
与猪肌间脂肪相关的分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于家畜分子标记制备
，具体涉及一种与猪肌间脂肪相关的分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]猪肉是我国居民日常膳食的主要肉类来源，猪肉品质性状改良是家畜育种工作中的最主要研究方向。目前，国内商品猪主要是从国外引进的瘦肉型猪种及其杂交后代，引进品种具有生长速度快，胴体瘦肉率及饲料转化率高等优点；但与我国地方猪种相比，猪抗应激能力与肉品质却显著降低了。近年来，随着消费者对肉品质要求的日益提高，亟需改善肉质，培育优质肉猪。
[0003]肌间脂肪含量与猪肉品质密切相关，肌间脂肪在组织结构上是比较特殊的脂肪组织，其含量的多少表现为肌肉间大理石花纹的评分，并且与猪肉的风味、嫩度和多汁性等性状密切相关，是决定猪肉品质的重要指标之一。与皮下脂肪和内脏脂肪不同，肌间脂肪解剖学上分离困难，很难对其进行特异性研究和评价。因此，开发肌间脂肪组织或细胞相关的分子标记对于肉猪育种以及提高猪肉品质具有重要意义。

技术实现思路

[0004]为了克服现有技术的缺点与不足，本专利技术的目的在于提供一种与猪肌间脂肪相关的分子标记及其应用。
[0005]为实现上述目的，本专利技术利用10
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Genomics单细胞RNA测序技术检测1日龄长白猪与广东特色品种蓝塘猪背部肌肉组织混合细胞亚群，对获得的转录组数据进行分析，筛选出肌间脂肪细胞特异性表达基因，初步确定肌间脂肪细胞候选标识基因，最后通过荧光定量PCR技术在猪更大群体中发现α
‑<br/>突触核蛋白基因(α
‑
synuclein，SNCA)与肌间脂肪含量显著相关，确定SNCA可作为猪肌间脂肪的特异性分子标记，用于评价猪肌间脂肪含量的高低。
[0006]本专利技术的目的通过下述技术方案实现：
[0007]第一方面，本专利技术提供SNCA基因或其编码蛋白作为猪肌间脂肪细胞特异性分子标记的应用。
[0008]第二方面，本专利技术提供SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在分析猪肌间脂肪含量中的应用。
[0009]所述分析猪肌间脂肪含量具体可为判断肌间脂肪含量的高低。
[0010]第三方面，本专利技术提供SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在辅助鉴别猪肌间脂肪组织或肌间脂肪细胞中的应用。
[0011]第四方面，本专利技术提供SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在猪肌间脂肪含量调控的分子标记辅助育种中的应用。
[0012]第五方面，本专利技术提供SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在提高猪肌间脂肪含量或改善猪肉品质中的应用。
[0013]本专利技术中，所述SNCA基因或其编码蛋白为非人动物的基因或其突变体。
[0014]优选地，所述SNCA基因或其编码蛋白为猪的基因或其突变体。
[0015]所述猪SNCA基因Ensembl(https://asia.ensembl.org/index.html)登录号为ENSSSCG00000009203，氨基酸序列如SEQ ID NO：1所示，核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，cDNA序列如SEQ ID NO：2中第365bp～787bp所示。
[0016]本专利技术中，所述检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品包括利用荧光定量PCR技术、杂交技术或芯片技术检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品。
[0017]利用荧光定量PCR技术检测SNCA基因表达的产品包括用于特异性扩增SNCA基因的引物和/或探针。利用杂交技术检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品包括与SNCA基因或其编码蛋白特异性结合的核酸或抗体。利用芯片技术检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品包括核酸芯片或蛋白芯片。
[0018]具体地，利用荧光定量PCR技术检测SNCA基因表达的产品包括上游引物和下游引物，上游引物(Forward primer)为序列表中SEQ ID NO：3；下游引物(Reverse primer)为序列表中SEQ ID NO：4。
[0019]进一步，使用荧光定量PCR法检测SNCA标记物时，可以采用SYBR Green荧光染料法。
[0020]具体的，所述的检测SNCA基因表达的产品包括针对上述SNCA基因的反转录试剂、特异性引物、内参引物、SYBR Green荧光定量PCR反应液。
[0021]其中，所述的特异性引物包括上游引物和下游引物，上游引物(Forward primer)为序列表中SEQ ID NO：3；下游引物(Reverse primer)为序列表中SEQ ID NO：4。
[0022]所述的内参引物包括GAPDH内参基因的上游引物和下游引物，上游引物序列为SEQ ID NO：5，下游引物序列为SEQ ID NO：6；
[0023]本专利技术所述应用包括通过检测所述SNCA基因或其编码蛋白的表达水平，判断猪肌间脂肪含量的高低。
[0024]具体地，若待测样品的SNCA基因或其编码蛋白的表达水平显著高于对照样品，则与对照样品相比，待测样品中肌间脂肪的含量较高。
[0025]第六方面，本专利技术还提供一种检测猪肌间脂肪含量高低的方法，包括如下步骤：检测猪中SNCA基因或其编码蛋白的表达水平，根据SNCA基因或其编码蛋白的的表达水平判断猪肌间脂肪含量的高低。
[0026]所述判断是否含有肌间脂肪或肌间脂肪含量高低的标准如下：若猪的SNCA基因或其编码蛋白的表达水平显著高于对照样品，则与对照样品相比，猪中肌间脂肪的含量较高。
[0027]具体包括如下步骤：
[0028]1)提取猪肌肉组织总RNA；
[0029]2)通过反转录随机引物在反转录酶的作用下将SNCA基因反转录成cDNA；
[0030]3)在荧光实时定量PCR仪上将步骤2)获得的cDNA和内参基因进行扩增检测；
[0031]4)通过溶解曲线分析，2
‑
ΔΔCt
法进行相对定量。
[0032]本专利技术相对于现有技术具有如下的优点及效果：
[0033]本专利技术发现SNCA基因在猪肌间脂肪细胞中特异性表达，SNCA基因或其编码蛋白可作为猪肌间脂肪的分子标记，用于鉴定猪肌间脂肪组织以及评价猪肌间脂肪含量，具有较
高的特异性和准确性，在猪肌间脂肪含量调控相关的分子标记辅助育种中具有重要的应用价值，对于培育具有优良肉品质性状的动物品种与肉品质的改良具有重要意义。
附图说明
[0034]图1是实施例1中长白猪与蓝塘猪背部肌肉组织细胞分群t
‑
SNE分析；其中，FAPs表示纤维脂肪前体细胞，Tenocyte
‑
like cells表示腱细胞，Endothelial cells表示内皮细胞，B cells表示免疫B细胞，T cells表示免本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.SNCA基因或其编码蛋白作为猪肌间脂肪细胞特异性分子标记的应用。2.SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品的应用，其特征在于：所述应用为下列应用的任一种：SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在分析猪肌间脂肪含量中的应用；SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在辅助鉴别猪肌间脂肪组织或肌间脂肪细胞中的应用；SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在猪肌间脂肪含量调控的分子标记辅助育种中的应用；SNCA基因、其编码蛋白或检测所述SNCA基因或其编码蛋白表达的产品在提高猪肌间脂肪含量或改善猪肉品质中的应用。3.根据权利要求1～2任一项所述的应用，其特征在于：所述SNCA基因或其编码蛋白为非人动物的基因或其突变体；进一步，所述SNCA基因或其编码蛋白为猪的基因或其突变体。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：所述的SNCA基因的编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO：1所示。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：所述的SNCA基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，cDNA序列如SEQ ID...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙加节，林泽堃，谢芳，张永亮，江青艳，习欠云，陈婷，罗君谊，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：