本发明专利技术公开了一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用。利用桃重瓣花分离后代作为材料，确定了与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记，利用该分子标记可以替代传统的以表型观察判断的方法，在早期即可实现对重瓣花性状的鉴定。本发明专利技术不仅为桃重瓣花基因的精细定位和分子克隆奠定了基础，同时也为利用分子标记辅助选育具有重瓣花基因的桃树新品种提供了高效途径。途径。途径。
【技术实现步骤摘要】
一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用
[0001]本专利技术涉及一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用，属于分子标记辅助选择
技术介绍
[0002]桃是世界上最重要的经济水果树种之一，二倍体(2n＝16)，由于其基因组小(～250M)、童期相对较短(2～3年)，被视为蔷薇科进化和功能基因组研究的宝贵资源和重要的模式植物 (Shulaev et al.,2008)。桃原产于中国，4,000年前已在中国驯化，随后通过丝绸之路传递到欧洲各国(Faust et al.,1995)。在我国，桃是第三大落叶果树，广泛栽培于全国各地，是农业生产的一个重要组成部分。
[0003]具有额外花瓣的重瓣花在桃等观赏植物中具有引人注目的外观和商业价值，因此是重要的人工选择的性状。已经发现2个独立的遗传位点调控桃重瓣花性状。Lammerts(1945)描述了第一个隐性遗传的重瓣花性状位点(dl/dl)，并将其定位到Pp02染色体上(Dirlewanger etal.,2004)。第二个位点被鉴定为1个显性位点(Dl2/dl2)调控，最初由Beckman et al(2012) 描述，定位到Pp06染色体的末端，其候选基因已被鉴定为TOE型AP2基因。该基因中miR172 靶位点的缺失是蔷薇科重瓣花性状呈现的主要原因(Pascal et al.,2017；Stefano et al.,2018)。然而，到目前为止，Pp02染色体上的dl基因仍未被鉴定，与桃重瓣花紧密连锁的分子标记仍未被开发，难以实现早期对桃重瓣花进行分子鉴定。
技术实现思路
[0004]本专利技术克服了上述现有技术的不足，提供一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记及其应用。利用桃重瓣花分离后代作为材料，确定了与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记，利用该分子标记可以替代传统的以表型观察判断的方法，在早期即可实现对重瓣花性状的鉴定。
[0005]一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记，所述TE分子标记核苷酸序列如SEQ ID NO.1 所示。
[0006]进一步的，上述TE分子标记的侧翼序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
[0007]进一步的，上述TE分子标记位于桃基因组V2.0(https://www.rosaceae.org)Pp02染色体的25,860,343bp处。
[0008]进一步的，检测上述TE分子标记的引物对，其核苷酸如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4 所示。
[0009]上述与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记或上述引物对在选育具有桃重瓣花性状的种质资源中的应用。
[0010]上述应用的应用方法，包括如下步骤：
[0011]1)提取待测桃树基因组的DNA；
[0012]2)以待测桃树的基因组DNA为模板，利用上述引物对进行PCR扩增反应；
[0013]3)对扩增产物进行Sanger测序，检测上述TE分子标记存在情况，当基因型为TE/TE 对应桃重瓣花，基因型为A/A或者A/TE对应桃单瓣花。
[0014]进一步的，上述应用方法中所述的步骤2)中所述的PCR扩增反应体系为：10ng/μl DNA 模板1μl，10μlM引物各1μl，2
×
Phanta Max Master Mix 12.5μl，余量为双蒸水，补齐至 25μl。
[0015]进一步的，上述应用方法中所述的步骤2)中所述的PCR扩增的反应条件：95℃预变性 30min；95℃变性15s；退火15s；72℃延伸(15
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30s/kb)，循环32
‑
34次，72℃终延伸5min。
[0016]有益效果：
[0017](1)本专利技术采用基于重测序技术，对桃重瓣花的基因进行了精细定位，在精细定位区域内，开发出稳定的、共显性和多态性的TE分子标记，获得了与桃重瓣花基因紧密连锁的TE 分子标记，命名为FD
‑
TE
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25.86。由于研究的对象具有重瓣花的种质，已依据获得的紧密连锁标记克隆出了目标性状的基因，应用于分子辅助选育优良桃品种。
[0018](2)本专利技术不仅为桃重瓣花基因的精细定位和分子克隆奠定了基础，同时也为利用分子标记辅助选育具有重瓣花基因的桃树新品种提供了高效途径。
[0019](3)本专利技术基于开发的分子标记引物对提供用于辅助筛选具有特定重瓣花的桃树新品种的方法。
[0020](4)通过本专利技术提供的分子标记，可以实现早期对桃重瓣花形状进行分子鉴定和筛选，具有高效、限制少、准确的优点。
[0021](5)本专利技术方法简便、快捷，有很好的应用推广前景。
附图说明
[0022]图1 417份桃资源的系统进化树、PCA(主成分分析)、群体结构和LD(连锁不平衡) 消减趋势。
[0023]图2 Pp02号染色体上的2个独立的TE是导致重瓣花表型的遗传基础。
[0024]图3重瓣花性状的单倍型和Prupe.2G237700核苷酸序列分析。
[0025]图4 TE分子标记的位置。
具体实施方式
[0026]为了使本
人员更好地理解本申请中的技术方案，下面结合实施例对本专利技术作进一步说明，所描述的实施例仅是本申请一部分实施例，而不是全部，本专利技术不受下述实施例的限制。
[0027]实施例1
[0028]一、自然品种群体中重瓣花基因标记的开发
[0029]为解决获得准确的表型关联位点，本专利技术结合417份覆盖各主要产区的栽培桃品种高深度重测序数据(平均深度20.3X)进行结构变异(SVs)检测，筛选到SVs位点～6.4万个，利用全基因组关联分析(GWAS)，发现一个位于桃基因组Pp02染色体25,860,343bp处的TE 与重瓣花具有强相关性，命名为FD
‑
TE
‑
25.86，在图4方框处。
[0030]图1中显示417份桃资源的系统进化树、PCA(主成分分析)、群体结构和LD(连锁不平衡)消减趋势，图1中的a为基于全基因组范围过滤的高质量SNP变异数据，基于临近法构
建的进化树。图1中的b.为前2个成分主(PC1和PC2)的PCA图。图1中的c为k＝3的群体结构图。x轴表示品种，y轴表示祖先关系的比例。x轴上的品种与系统进化品种排列顺序方式相同。图1中的d为4个群体的基因组平均LD消减趋势图：全部、P1群体、P2群体和P3群体。
[0031]图2表示Pp02号染色体上的2个独立的LI是导致重瓣花表型的遗传基础。图2中的a. 为重瓣花性状的曼哈顿图，GWAS基于326份桃资源的LI。虚线表示基因组范围上的显著临界值。x轴代表桃基因组的8条染色体。y轴表示
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log10(P)。箭头处表示关联信号最强的LI；图2中的b.为重瓣花性状的GWAS的QQ图。x轴表示
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log10转换的P预期值，y轴表示
–本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记，其特征在于，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。2.如权利要求1所述的TE分子标记，其特征在于，其侧翼序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。3.如权利要求1所述的TE分子标记，其特征在于，所述TE分子标记位于桃基因组V2.0的Pp02染色体的25,860,343bp处。4.检测如权利要求1所述的TE分子标记的引物对，其特征在于，其核苷酸如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。5.如权利要求1所述的与桃重瓣花紧密连锁的TE分子标记或如权利要求4所述的引物对在选育具有桃重瓣花性状的种质资源中的应用。6.如权利要求5所述的应用的应用方法，其特征在于，包括如下步骤：1)提取待测桃树基因组的DNA；2)以待测桃树的基因组DNA为模板，利用如权利要求...
【专利技术属性】
技术研发人员：谭秋平，李玲，肖伟，
申请(专利权)人：山东农业大学，
类型：发明
国别省市：
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