用于鉴定抗原特异性T细胞的组合物和方法技术

本文公开了抗原肽

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于鉴定抗原特异性T细胞的组合物和方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2019年2月12日提交的美国临时申请号62/804,649、2019年3月29日提交的美国临时申请号62/826,823、2019年7月19日提交的美国临时申请号62/876,380和2019年6月26日提交的美国临时申请号62/867,165的优先权，其内容通过引用整体并入，并要求其优先权。
[0003]序列表
[0004]本申请包含序列表，其以ASCII格式电子提交，并通过引用整体并入本文。所述ASCII拷贝，在2020年1月21日生成，命名为087520_0125_SL.txt，并且大小为292,725字节。

技术介绍

[0005]T细胞是适应性免疫的主要介质。在每个T细胞独特的T细胞受体(TCR)的特异性的指导下，T细胞调节自身免疫，帮助激活B细胞和先天效应子，并以精确靶向的方式直接杀死感染细胞和癌细胞。每个TCR识别由靶细胞上的主要组织相容性复合体(MHC)分子呈递的配体。相关肽
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MHC复合物配体的鉴定在理解对肿瘤和病原体的免疫反应中发挥作用。MHC复合体配体对于理解对自身和饮食抗原的反应也很有价值。这种理解使得启动、放大或减弱对靶抗原的免疫反应的临床有益免疫疗法(例如TCR基因转移和疫苗)成为可能。
[0006]突变的“新表位”是针对癌症的内源性和工程化免疫反应的重要靶标。新表位反应性肿瘤浸润白细胞(TIL)存在于内源性库中，并在过继转移后消退肿瘤。同样，肿瘤突变负荷预测CTLA
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4或PD
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1阻断的临床有效性，表明这些检查点抑制策略通过释放新表位反应性T细胞影响肿瘤消退。由于新表位由肿瘤细胞的体细胞突变引起，它们通常不会由胸腺上皮细胞呈递以诱导中枢耐受。因此，针对这些新表位的T细胞反应是肿瘤特异性的，可能是高度亲和力的，并且是患者特异性的(即私有的)。从临床角度来看，这既是机遇也是挑战：新表位是免疫治疗的优异靶点，但TCR分离方法应具有足够高的通量，以便以临床上有用的规模实现治疗应用。
[0007]对用于基础和转化研究的快速和稳健的TCR配体发现技术的需求未得到满足。肽
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MHC多聚体能够根据TCR的抗原特异性对T细胞进行分选，这是分离用于基因治疗的肿瘤特异性TCR的重要步骤。当前典型的肽
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MHC生产协议从感兴趣的肽配体的固相合成开始。同时，通用β2
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微球蛋白和相关的MHC I类分子在大肠杆菌中异源表达，产生错误折叠的包含体。将每个肽添加到包含β2
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微球蛋白和相关MHC I类分子的重折叠反应中。最后，可以纯化并配制正确重折叠的三元复合物部分，用于肽
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MHC多聚体生产。为了促进具有许多不同肽配体的特定MHC分子的平行生产，Schumacher及其同事设计了一种光裂解肽，该肽结合特定MHC分子作为条件配体。执行单个重折叠反应以生成与其条件配体结合的MHC分子。在暴露于紫外线后，条件配体被切割并交换为过量存在的期望的肽。许多此类交换反应可以并行进行，从而能够为该特定MHC等位基因构建pMHC文库。即便如此，这种最先进的技术也具有挑战性的局限性。首先，在大肠杆菌包含体中表达的MHC分子的生产、纯化和重折叠是费力的，并且正确折叠的肽
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MHC复合物的产量低。其次，商业肽合成的周转时间(周)与针对患者
特异性新表位的个性化按需TCR基因疗法的最佳时间尺度不一致。第三，许多预测的配体不能通过这种方法用于筛选T细胞，因为肽的生物物理特性(例如疏水性)阻止了它的合成或交换。第四，交换效率通常很差(大多数预测的HLA结合肽的交换效率<50％)。由此产生的正确折叠的交换MHC和错误折叠的未配体MHC的混合物导致具有低信噪比的多聚体染色，当用肽
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MHC试剂的多路复用(multiplexed)池筛选T细胞时，这个问题会加剧。第五，为每个新的MHC等位基因设计和验证条件配体是一项费力且不可靠的工作。由于MHC基因座是人类基因组中最多的多等位基因基因座，这是在不同MHC单倍型患者中实施新表位靶向基因治疗的主要障碍。总之，这些限制强调了该领域中对新技术的需求。本文公开了解决这些限制的用于产生肽
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MHC多聚体的各种组合物和方法。
[0008]专利技术概述
[0009]本公开提供了用于鉴定新表位、鉴定和分离T细胞受体、工程化原代细胞以表达特异性T细胞受体、扩增工程化T细胞以及使用细胞疗法治疗病症的组合物和方法。在各种实施方案中，本专利技术提供了改进的细胞疗法和组合物，用于鉴定新表位、鉴定和分离T细胞受体、工程化原代细胞以表达特异性T细胞受体、扩增工程化的T细胞以及用于治疗增殖性疾病、病症和病况。
[0010]在一个方面，本文提供了一种用于鉴定T细胞的抗原特异性的方法，包括提供两个或多个不同的颗粒集合，每个不同的颗粒集合包含独特的抗原肽和与抗原肽身份可操作地相关联的至少一个定义的条形码，并且每个集合包括包含第一识别标记的第一颗粒和包含不同于第一识别标记的第二识别标记的第二颗粒；提供已知或怀疑包含一种或多种T细胞的样品；使样品与两个或更多个颗粒集合接触，其中所述接触包括提供足以使单个T细胞结合至至少一个颗粒集合的独特抗原的条件；通过其相关联的第一和第二识别标记分离结合至颗粒集合的一个或多个T细胞；进行测定以鉴定与分离的T细胞结合的颗粒集合相结合的一个或多个条形码；确定与分离的T细胞结合的条形码的比率，其中所述比率是通过鉴定主要条形码的第一拷贝数和不同条形码的第二拷贝数并将第一拷贝数除以第二拷贝数来计算的；并基于该比率鉴定T细胞的抗原特异性。
[0011]在一个方面，本文提供了一种用于鉴定T细胞的抗原特异性的方法，包括：获得或已经获得与两个或更多个不同颗粒集合结合的至少一种抗原特异性T细胞，每个不同的颗粒集合包含独特的抗原肽和与抗原肽的身份可操作地相关联的至少一个定义的条形码，其中每个集合包含含有第一识别标记的第一颗粒和含有不同于第一识别标记的第二识别标记的第二颗粒；进行或已经进行了至少一种测定以鉴定可检测地结合到与T细胞结合的颗粒集合的一个或多个条形码；并且确定或已经确定了与鉴定T细胞的抗原特异性的T细胞相结合的条形码的比率，其中所述比率是通过鉴定主要条形码的第一拷贝数和不同条形码的第二拷贝数并且将第一拷贝数除以第二拷贝数来计算的。
[0012]在一个方面，本文提供了一种用于鉴定T细胞的抗原特异性的方法，包括：获得或已经获得数据集，该数据集包含与直接或间接结合到T细胞的颗粒集合可检测地结合的一个或多个条形码相关联的数据，其中所述一个或多个条形码各自与独特的抗原肽可操作地相关联；并且确定或已经确定了与鉴定T细胞抗原特异性的T细胞相结合的条形码的比率，其中所述比率是通过鉴定主要条形码的第一拷贝数和不同条形码的第二拷贝数并且将第一拷贝数除以第二拷贝数来计算的。
[0013]在一些实施方案中本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，其包含：a.将样品与多个不同的颗粒集合接触，i.其中，每个颗粒包含独特的抗原肽、可操作地相关联的条形码和至少一个识别标记,ii.其中所述样品包含T细胞，和iii.其中，所述接触包括提供适合单个T细胞结合至至少一个颗粒集合的独特抗原肽的条件；b.分离与颗粒结合的一个或多个T细胞；c.鉴定与分离的T细胞结合的颗粒的条形码；d.确定每个条形码的比率。2.权利要求1所述的方法，其中所述比率是通过鉴定第一条形码的拷贝数和第二条形码的拷贝数并将第一条形码的拷贝数除以第二条形码的拷贝数来计算的。3.权利要求1
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2中任一项所述的方法，其中对于每个不同的颗粒集合，所述独特的抗原肽是相同的。4.权利要求1
‑
3中任一项所述的方法，其中每个不同的颗粒集合包含至少一个或多个条形码，其中每个条形码与所述抗原肽的身份相关联。5.权利要求1
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4中任一项所述的方法，其中每个条形码的比率对应于所述分离的T细胞的抗原特异性。6.权利要求1
‑
5中任一项所述的方法，其中如果所述第一条形码的比率高于阈值，则所述分离的T细胞被鉴定为抗原特异性T细胞。7.权利要求6所述的方法，其中所述阈值是至少或大于2,3,4,5,6,7,8,9,10,2
‑
5,3
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6,4
‑
7,5
‑
8,5
‑
10,7
‑
10或大于10。8.权利要求1
‑
7中任一项所述的方法，其中鉴定所述条形码包括基于核苷酸的测定。9.权利要求8所述的方法，其中所述基于核苷酸的测定是PCR、RT
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PCR、测序或杂交测定。10.权利要求8或9中任一项所述的方法，其中所述基于核苷酸的测定确定(a)每个条形码的序列和/或(b)每个条形码的拷贝数。11.权利要求1
‑
10中任一项所述的方法，其进一步包括获得T细胞受体(TCR)CDR序列。12.上述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括获得TCR基因序列。13.权利要求12所述的方法，其中所述TCR序列是TCRα或TCRβ链序列。14.上述权利要求中任一项所述的方法，其用于鉴定T细胞的抗原特异性。15.权利要求14所述的方法，其中所述T细胞的抗原特异性包括抗原肽的序列和结合的T细胞的TCR序列。16.权利要求1
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15中任一项所述的方法，其中所述至少一个识别标记在每个不同的颗粒集合中是相同的。17.权利要求1
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16中任一项所述的方法，其包括至少两个不同的识别标记。18.权利要求1
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17中任一项所述的方法，其中所述至少一个识别标记是荧光团。19.权利要求18所述的方法，其中所述荧光团选自包括别藻蓝蛋白(APC)和藻红蛋白(PE)的组。20.权利要求17所述的方法，其中所述至少两个不同的识别标记是荧光团，其中所述荧
光团选自包括别藻蓝蛋白(APC)和藻红蛋白(PE)的组。21.权利要求1
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20中任一项所述的方法，其中所述抗原肽选自由以下各项组成的组：肿瘤抗原、新抗原、肿瘤新抗原、病毒抗原、细菌抗原、磷酸抗原(phospho
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antigen)和微生物抗原。22.权利要求21所述的方法，其中所述新抗原是从受试者的肿瘤测序数据中鉴定的。23.权利要求22所述的方法，其中计算机预测算法用于确定新抗原。24.权利要求23所述的方法，其中所述预测算法进一步包括MHC结合算法以预测新抗原和MHC肽之间的结合。25.权利要求1
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24中任一项所述的方法，其中所述样品选自血液样品、骨髓样品、组织样品、肿瘤样品或外周血单核细胞(PBMC)样品。26.权利要求1
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25中任一项所述的方法，其中所述T细胞是人T细胞。27.权利要求26所述的方法，其中所述T细胞是CD8+T细胞。28.权利要求1
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27中任一项所述的方法，其中所述方法包括不同颗粒集合的文库。29.权利要求28所述的方法，其中所述文库包括2至500个不同的颗粒集合。30.权利要求1
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29中任一项所述的方法，其中每个颗粒包含MHC肽。31.权利要求30所述的方法，其中所述MHC肽是人MHC肽。32.权利要求30所述的方法，其中所述MHC肽是I类HLA肽。33.权利要求30所述的方法，其中所述HLA肽包括HLA
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A、HLA
‑
B或HLA
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C肽。34.权利要求33所述的方法，其中所述HLA肽包含HLA
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A*01:01,HLA
‑
A*02:01,HLA
‑
A*03:01,HLA
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A*24:02,HLA
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A*30:02,HLA
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A*31:01,HLA
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A*32:01,HLA
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A*33:01,HLA
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A*68:01,HLA
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A*11:01,HLA
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A*23:01,HLA
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A*30:01,HLA
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A*33:03,HLA
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A*25:01,HLA
‑
A*26:01,HLA
‑
A*29:02,HLA
‑
A*68:02,HLA
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B*07:02,HLA
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B*14:02,HLA
‑
B*18:01,HLA
‑
B*27:02,HLA
‑
B*39:01,HLA
‑
B*40:01,HLA
‑
B*44:02,HLA
‑
B*46:01,HLA
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B*50:01,HLA
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B*57:01,HLA
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B*58:01,HLA
‑
B*08:01,HLA
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B*15:01,HLA
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B*15:03,HLA
‑
B*35:01,HLA
‑
B*40:02,HLA
‑
B*42:01,HLA
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B*44:0...

【专利技术属性】
技术研发人员：彭松明，博伊，
申请(专利权)人：派克特制药公司，
类型：发明
国别省市：