DNA甲基化生物标志物组合及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种用于膀胱癌风险分层的DNA甲基化标志物组合，包括SEQ ID NO.3或其完全互补序列、SEQ ID NO.5或其完全互补序列、和SEQ ID NO.7或其完全互补序列的组合。本发明专利技术根据筛选到的合适的分子标记物组合，提出了术前三级风险分层模型的临床应用，以促进当前的诊疗方式的合理利用，其中BC阴性的患者可以避免过度侵入性膀胱镜检查，而HR-NMIBC或MIBC可以加速并包括更彻底的手术计划，而判定的LMR-NMIBC患者可以遵循标准的诊断方式。NMIBC患者可以遵循标准的诊断方式。

【技术实现步骤摘要】
DNA甲基化生物标志物组合及其应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及一种DNA甲基化生物标志物组合及其应用。

技术介绍

[0002]膀胱癌(BC)是全球第十大最常见的癌症，也是男性癌症死亡的第九大主要原因。根据组织学分级，TNM分类，肿瘤大小和病灶，中低危非肌层浸润膀胱癌(LMR-NMIBC)，高危非肌层浸润膀胱癌(HR-NMIBC)和肌层浸润膀胱癌(MIBC)这三种膀胱癌风险分层，预示了患者的不同预后及复发风险程度，因此也决定了不同的监测方式和治疗方式。尽管被诊断出患有非肌层浸润膀胱癌(NMIBC)的患者占70-80％，且高达50％的LMR-NMIBC显示出了良好的预后，但是被诊断为HR-NMICB的患者的5年复发率高达80％，并且高达50％会发展成MIBC，而一旦发展成MIBC，生存率仅有35％。同时，MIBC(肌层浸润膀胱癌)具有更高的复发率和远端转移的风险。因此，MIBC患者和HR-NMICB患者都需要更深入的治疗和监视计划。
[0003]目前用于诊断和监测膀胱癌的金标准仍然是膀胱镜检查或经尿道膀胱肿瘤切除(TURBT)，然后对可疑病变进行活检。由于这些检测昂贵且带有侵入性，使用膀胱镜检查或TURBT进行初始诊断并不理想。据报道，在美国，每年约有20,000例中高危血尿患者漏诊癌症病例，而每年有230,000多例癌症风险接近零的患者进行了侵入性的膀胱镜检查。另一方面，确定膀胱癌肿瘤的分期，浸润，淋巴结和转移状态需要术后病理基础上使用多种放射成像，包括磁共振成像(MRI)，计算机断层扫描(CT)，超声检查和静脉尿道造影。有报告估计，由于肿瘤的异质性及手术中未包含相应的肌层组织，高达41％的肿瘤在最初的TURBT手术中被低估分级，而需要第二次TURBT进行确认。基于上述的原因，现有的诊断由于缺乏风险分层的提示而未能有效的被利用，加上高复发率的HR-NMIBC和MIBC患者对术后频繁监测的需求，膀胱癌的诊疗耗费巨大的医疗费用，已占所有癌症相关医疗费用的3％。因此，除了侵入性膀胱镜检查外，还需要开发具有高灵敏度，有助于膀胱癌准确风险分层的非侵入性诊断工具，以减少因延迟诊断导致的强化治疗及减轻患者的经济负担。而迄今为止，尚无任何商用化的非侵入性尿液测试能够对HR-NMIBC或MIBC患者进行手术前分层和鉴定。
[0004]尿液肿瘤DNA甲基化可以作为改善膀胱癌检测和术前风险分层的非侵入性诊断工具。本专利技术开发了用于膀胱癌术前风险分层的生物标记物组合及其基于尿液DNA甲基化的检测方法，既可以用于排除接近零癌症风险的血尿患者，使这些患者避免膀胱镜的过度检查，同时从疑似膀胱癌患者中鉴别出高风险的HR-NMIBC及MIBC患者，使这些患者可以从加速诊断和手术计划中受益，而判别为LMR-NMIBC的患者可以遵从标准诊疗方案以避免漏诊。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的之一在于提供一种可用于膀胱癌风险分层的DNA甲基化标志物组合。
[0006]实现上述目的的技术方案如下。
[0007]一种用于膀胱癌风险分层检测的DNA甲基化标志物组合，包括由CG指示的共甲基
化区域的SEQ ID NO.3或其完全互补序列、SEQ ID NO.5或其完全互补序列、和SEQ ID NO.7或其完全互补序列的组合。
[0008]在其中一些实施例中，还包括有由CG指示的共甲基化区域的SEQ ID NO.1或其完全互补序列。
[0009]在其中一些实施例中，还包括有由CG指示的共甲基化区域的SEQ ID NO.2或其完全互补序列。
[0010]在一些优选的实施例中，包括有SEQ ID NO.1或其完全互补序列，和SEQ ID NO.2或其完全互补序列。
[0011]在一些优选的实施例中，所述用于膀胱癌风险分层检测的DNA甲基化标志物组合包括SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2。
[0012]本专利技术还提供了上述DNA甲基化标志物组合在膀胱癌风险分层检测中的应用。
[0013]本专利技术还提供了一种用于膀胱癌风险分层检测的试剂盒。
[0014]一种用于膀胱癌风险分层检测的试剂盒，包括检测有上述的任意一种DNA甲基化标志物组合的甲基化程度的试剂。
[0015]在其中一个优选的实施方式中，采用荧光定量PCR方法，所述检测试剂盒包括针对单个甲基化区域的扩增引物和荧光探针，所述扩增引物和荧光探针包括：
[0016]针对SEQ ID NO.3的SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.47，以及SEQ ID NO.69；
[0017]针对SEQ ID NO.5的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.49，以及SEQ ID NO.71；
[0018]针对SEQ ID NO.7的SEQ ID NO.29和SEQ ID NO.51，以及SEQ ID NO.73；
[0019]或选自与上述序列具有多个连续核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性的引物和探针。
[0020]在其中一个优选的实施方式中，采用荧光定量PCR方法，所述检测试剂盒包括针对单个甲基化区域的扩增引物和荧光探针，所述扩增引物和荧光探针包括：针对SEQ ID NO.3的SEQ ID NO.91和SEQ ID NO.113，以及SEQ ID NO.135；针对SEQ ID NO.5的SEQ ID NO.93和SEQ ID NO.115，以及SEQ ID NO.137；针对SEQ ID NO.7的SEQ ID NO.95和SEQ ID NO.117，以及SEQ ID NO.139；或选自与上述序列具有多个连续核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性的引物和探针。
[0021]在其中一个优选的实施方式中，采用荧光定量PCR方法，所述检测试剂盒包括针对单个甲基化区域的扩增引物和荧光探针，所述扩增引物和荧光探针包括：针对SEQ ID NO.3的SEQ ID NO.157和SEQ ID NO.179，以及SEQ ID NO.201；针对SEQ ID NO.5的SEQ ID NO.159和SEQ ID NO.181，以及SEQ ID NO.203；针对SEQ ID NO.7的SEQ ID NO.161和SEQ ID NO.183，以及SEQ ID NO.205；或选自与上述序列具有多个连续核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性的引物和探针。
[0022]在其中一个优选的实施方式中，还包括针对SEQ ID NO.1的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.45，以及SEQ ID NO.67；
[0023]或针对SEQ ID NO.1的SEQ ID NO.89和SEQ ID NO.111，以及SEQ ID NO.133；
[0024]或针对SEQ ID NO.1的SEQ ID NO.155和SEQ ID本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于膀胱癌风险分层检测的DNA甲基化标志物组合，其特征在于，包括由CG指示的共甲基化区域的SEQ ID NO.3或其完全互补序列、SEQ ID NO.5或其完全互补序列、和SEQ ID NO.7或其完全互补序列的组合。2.根据权利要求1所述的DNA甲基化标志物组合，其特征在于，还包括由CG指示的共甲基化区域的SEQ ID NO.1或其完全互补序列。3.根据权利要求1或2所述的DNA甲基化标志物组合，其特征在于，还包括由CG指示的共甲基化区域的SEQ ID NO.2或其完全互补序列。4.根据权利要求3所述的DNA甲基化标志物组合，其特征在于，所述用于膀胱癌风险分层检测的DNA甲基化标志物组合包括SEQ ID NO.3或其完全互补序列的组合、SEQ ID NO.5或其完全互补序列的组合、SEQ ID NO.7或其完全互补序列的组合、SEQ ID NO.1或其完全互补序列的组合、和SEQ ID NO.2或其完全互补序列的组合。5.根据权利要求4所述的DNA甲基化标志物组合，其特征在于，所述用于膀胱癌风险分层检测的DNA甲基化标志物组合包括SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2。6.权利要求1-5任一项的DNA甲基化标志物组合在膀胱癌风险分层检测中的应用。7.一种用于膀胱癌风险分层检测的试剂盒，其特征在于，包括检测有权利要求1-5任一项DNA甲基化标志物组合的甲基化程度的试剂。8.根据权利要求7所述的用于膀胱癌风险分层检测的试剂盒，其特征在于，采用荧光定量PCR方法，所述检测试剂盒包括针对单个甲基化区域的扩增引物和荧光探针，所述扩增引物和荧光探针包括：针对SEQ ID NO.3的SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.47，以及SEQ ID NO.69；针对SEQ ID NO.5的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.49，以及SEQ ID NO.71；针对SEQ ID NO.7的SEQ ID NO.29和SEQ ID NO.51，以及SEQ ID NO.73；或选自与上述序列具有多个连续核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性的引物和探针。9.根据权利要求7所述的用于膀胱癌风险分层检测的试剂盒，其特征在于，采用荧光定量PCR方法，所述检测试剂盒包括针对单个甲基化区域的扩增引物和荧光探针，所述扩增引物和荧光探针包括：针对SEQ ID NO.3的SEQ ID NO.91和SEQ ID NO.113，以及SEQ ID NO.135；针对SEQ ID NO.5的SEQ ID NO.93和SEQ ID NO.115，以及SEQ ID NO.137；针对SEQ ID NO.7的SEQ ID NO.95和SEQ ID NO.117，以及SEQ ID NO.139；或选自与上述序列具有多个连续核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性的引物和探针。10.根据权利要求7所述的用于膀胱癌风险分层检测的试剂盒，其特征在于，采用荧光定量PCR方法，所述检测试剂盒包括针对单个甲基化区域的扩增引物和荧光探针，所述扩增引物和荧光探针包括：针对SEQ ID NO.3的SEQ ID NO.157和SEQ ID NO.179，以及SEQ ID NO.201；针对SEQ ID NO.5的SEQ ID NO.159和SEQ ID NO.181，以及SEQ ID NO.203；针对SEQ ID NO.7的SEQ ID NO.161和SEQ ID NO.183，以及SEQ ID NO.205；或选自与上述序列具有多个连续核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的...

【专利技术属性】
技术研发人员：阮微媚，林天歆，黄健，陈旭，蒋泽宇，李霞，陈志伟，范建兵，
申请(专利权)人：中山大学孙逸仙纪念医院，
类型：发明
国别省市：