Y染色体AZF区域微缺失检测的方法、引物组合物及试剂盒技术

本发明专利技术提供了一种Y染色体AZF区域微缺失检测的方法、引物组合物及试剂盒，引物组合物包括第一引物组合物、第二引物组合物、第三引物组合物、end引物，第一引物组合物依据至少1个常染色体上若干个特异性内参位点设计形成；第二引物组合物依据Y染色体上至少1个特异性内参位点设计形成；第三引物组合物依据Y染色体AZF区的至少1个引物位点设计形成。引物组合物中引入了常染色的特异性内参位点设计引物，可有效避免由于Y染色体的拷贝数≠1引起的检测错误，同时本发明专利技术的方法可同时对X和Y染色体提进行检测，在对Y染色体AZF微缺失检测的同时有效提示克式综合征，大大提高了Y染色体AZF区域微缺失检测的准确度。域微缺失检测的准确度。

【技术实现步骤摘要】
Y染色体AZF区域微缺失检测的方法、引物组合物及试剂盒


[0001]本专利技术属于生物
，涉及一种Y染色体AZF区域微缺失检测的方法、引物组合物及试剂盒。

技术介绍

[0002]据统计，目前约有15％的夫妇患有不孕不育症，其中因男性因素引起不育症中35％是由遗传因素造成，而Y染色体微缺失是除克式综合征外男性不育的最主要遗传因素。
[0003]Y染色长臂上具有三个无精子因子(Azoopermia Factor，AZF)区域，Y染色体微缺失主要发生在AZF区，AZF区包括AZFa、AZFb、AZFc三个亚区，三个亚区中有许多与精子形成有关的基因。当三个亚区发生的完全缺失或部分缺失时，可引起男性精子发生障碍、少精、弱精甚至无精症状。在无精子症或严重少精子症患者中，AZF微缺失的占比远远大于AZF区总体缺失，其中常见的AZF微缺失类型包括AZFc区缺失(缺失率约80％)、AZFbc区缺失(缺失率为1％～3％)、AZFb区缺失(缺失率为1％～5％)和AZFa区缺失(缺失率为0.5％～4％)。
[0004]目前，检测Y染色体AZF区微缺失的方法很多，包括多重PCR、实时荧光PCR、芯片杂交、MLPA等技术，最常用的是通过设计引物，采用多重PCR扩增的方式进行检测，例如中国专利技术专利CN105176992A公开了Y染色体AZF区微缺失检测引物，其虽然能够定性定量检测AZF区域微缺失的情况，但是由于探针引物设计的局限性，该方法仍有以下缺点：
[0005]1.无法区分空白对照与Y染色体缺失样本；
>[0006]2.只能检测参照区域拷贝数为1个的情况；
[0007]3.部分区域探针设计不足，无法获得准确的检测信号值；
[0008]4.Y染色体异质区域未设计探针，无法检测Y染色体异质区缺失的情况。
[0009]因此，需要对现有的Y染色体AZF区域微缺失的检测方法进行优化，已解决上述问题。

技术实现思路

[0010]本专利技术的目的在于设计一种Y染色体AZF区域微缺失检测的方法、引物组合物及试剂盒。
[0011]实现专利技术目的的技术方案如下：
[0012]第一方面，本专利技术提供了一种Y染色体AZF区域微缺失检测的引物组合物，引物组合物包括第一引物组合物、第二引物组合物、第三引物组合物、end引物。
[0013]其中，第一引物组合物依据至少1个常染色体上若干个特异性内参位点设计形成，第一引物组合物用于检测常染色体以确定标准拷贝数为1；
[0014]其中，第二引物组合物依据Y染色体上至少1个特异性内参位点设计形成，第二引物组合物用于计算Y染色体的拷贝数，并当Y染色体的拷贝数≠1时，判断AZF区域是否有缺失；
[0015]其中，第三引物组合物依据Y染色体AZF区的至少1个引物位点设计形成，第三引物
组合物用于计算Y染色体的AZF区域的分区拷贝数，并判断是否有缺失情况。
[0016]本专利技术通过对检测Y染色体AZF区域的引物进行设计，通过引入多个常染色的特异性内参位点设计引物，能够有效避免由于Y染色体尤其是Y染色体参照区域拷贝数≠1引起的检测错误。
[0017]在本专利技术的一个实施例中，设计上述第一引物组合物的常染色体的特异性内参位点包括：
[0018]1号染色体的特异性内参位点45477903＿45477962、249108698＿249108757；
[0019]2号染色体的特异性内参位点61272880＿61272939、149216358＿149216417、200298120＿200298179、242598528＿242598587；
[0020]3号染色体的特异性内参位点369895＿369954；
[0021]6号染色体的特异性内参位点112021399＿112021458；
[0022]7号染色体的特异性内参位点为73483036＿73483095；
[0023]8号染色体的特异性内参位点8998836＿8998895、61750747＿61750806、118849263＿118849322；
[0024]9号染色体的特异性内参位点140685330＿140685389；
[0025]11号染色体的特异性内参位点6412648＿6412707；
[0026]13号染色体的特异性内参位点20346558＿20346617；
[0027]16号染色体的特异性内参位点3828704＿3828763；
[0028]18号染色体的特异性内参位点47405456＿47405515、77227489_77227548、77798539_77798598、
[0029]20号染色体的特异性内参位点62575933＿62575992；
[0030]22号染色体的特异性内参位点17579669＿17579728、51115045_51115104。
[0031]依据上述常染色体的特异性内参位点设计第一引物组合物，包括SEQ IDNO：1～22内引物。
[0032]在本专利技术的一个实施例中，上述Y染色体上特异性内参位点有10个，包括2653306－2653365、2655122－2655181、2655454－2655513、2657802－2657861、2721343－2721402、2827748－2827807、2837821－2837880、6739121－6739180、6858357－6858416、6936437－6936496。
[0033]依据Y染色体上特异性内参位点设计所述第二引物组合物，包括SEQ IDNO：32～41内引物。
[0034]在本专利技术的一个实施例中，上述Y染色体AZF区内引物位点覆盖AZFa区，以及AZFbc区的y3y4、b5b6、U1、b、t、U2、U3、g、r、P1.2、grey亚区。
[0035]依据AZFa区以及AZFbc区的y3y4、b5b6、U1、b、t、U2、U3、g、r、P1.2、grey亚区内引物位点设计第三引物组合物，包括SEQ ID NO：42～204内引物。
[0036]在本专利技术的一个实施例中，上述引物组合物还包括第四引物组合物，第四引物组合物依据X染色体上至少1个特异性内参位点设计形成，第四引物组合物用于计算X染色体的拷贝数，并判断待测样本的性别及是否为克氏综合征。
[0037]进一步的，X染色体上的特异性内参位点有9个，包括18797229_18797288、24209340_24209399、24233830_24233889、70443549_70443608、77166300_77166359、
110644463_110644522、135827435_135827494、154130351_154130410、155172516_155172575。
[0038]依据特异性内参位点设计所述第四引物组合物，包括SEQ 本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种Y染色体AZF区域微缺失检测的引物组合物，其特征在于：引物组合物包括第一引物组合物、第二引物组合物、第三引物组合物、end引物；所述第一引物组合物依据至少1个常染色体上若干个特异性内参位点设计形成，所述第一引物组合物用于检测常染色体以确定标准拷贝数为1；所述第二引物组合物依据Y染色体上至少1个特异性内参位点设计形成，所述第二引物组合物用于计算Y染色体的拷贝数，并当Y染色体的拷贝数≠1时，判断AZF区域是否有缺失；所述第三引物组合物依据Y染色体AZF区的至少1个引物位点设计形成，所述第三引物组合物用于计算Y染色体的AZF区域的分区拷贝数，并判断是否有缺失情况。2.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于：设计所述第一引物组合物的常染色体的特异性内参位点包括1号染色体的特异性内参位点45477903＿45477962、249108698＿249108757；2号染色体的特异性内参位点61272880_61272939、149216358_149216417、200298120_200298179、242598528＿242598587；3号染色体的特异性内参位点369895＿369954；6号染色体的特异性内参位点112021399＿112021458；7号染色体的特异性内参位点为73483036＿73483095；8号染色体的特异性内参位点8998836＿8998895、61750747＿61750806、118849263＿118849322；9号染色体的特异性内参位点140685330＿140685389；11号染色体的特异性内参位点6412648＿6412707；13号染色体的特异性内参位点20346558＿20346617；16号染色体的特异性内参位点3828704＿3828763；18号染色体的特异性内参位点47405456＿47405515、77227489＿77227548、77798539＿77798598、20号染色体的特异性内参位点62575933＿62575992；22号染色体的特异性内参位点17579669＿17579728、51115045＿51115104；依据上述常染色体的特异性内参位点设计所述第一引物组合物，包括SEQ ID NO：1～22内引物。3.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于：Y染色体上特异性内参位点有10个，包括2653306－2653365、2655122－2655181、2655454－2655513、2657802－2657861、2721343－2721402、2827748－2827807、2837821－2837880、6739121－6739180、6858357－6858416、6936437－6936496；依据Y染色体上特异性内参位点设计所述第二引物组合物，包括SEQ ID NO：32～41内引物。4.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于：所述Y染色体AZF区内引物位点覆盖AZFa区，以及AZFbc区的y3y4、b5b6、U1、b、t、U2、U3、g、r、P1.2、grey亚区；依据AZFa区以及AZFbc区的y3y4、b5b6、U1、b、t、U2、U3、g、r、P1.2、grey亚区内引物位点设计所述第三...

【专利技术属性】
技术研发人员：费嘉，安松坡，刘沙沙，张倩，王莹，
申请(专利权)人：河南嘉宝智和医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：