用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物和试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术公开一种用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物和试剂盒及检测方法，所述组合物包括用于检测基因突变或拷贝数变异的第一组合物、以及用于检测基因融合的第二组合物，其中，所述第一组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物A和探针A、用于FGFR2目的基因的特异性引物B和探针B、用于FGFR3目的基因的特异性引物C和探针C、用于FGFR4目的基因的特异性引物D和探针D，所述第二组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物a和探针a、用于FGFR2目的基因的特异性引物b和探针b、用于FGFR3目的基因的特异性引物c和探针c、用于FGFR4目的基因的特异性引物d和探针d。本发明专利技术旨在提供一种能够诊断尿路上皮癌变异类型和位点的生物标志组合物。位点的生物标志组合物。位点的生物标志组合物。

【技术实现步骤摘要】
用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物和试剂盒及检测方法


[0001]本专利技术涉及生物检测
，具体涉及一种用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物和试剂盒及检测方法。

技术介绍

[0002]绝大部分肾盂癌、输尿管癌和膀胱癌都起源于尿路上皮，统称为“尿路上皮癌。目前，尿路上皮癌的治疗方法包括手术、放疗、化疗和免疫治疗等。约一半的尿路上皮癌患者在术后都会出现复发或转移的问题。目前，转移性尿路上皮癌的标准一线治疗方案为化疗，然而中位生存时间只有1年左右，预后并不理想。
[0003]随着医学的发展，免疫药物PD
‑
1/PD
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L1及FGFR抑制剂的兴起为尿路上皮癌带来新治疗选择。在尿路上皮癌中，FGFR基因在不同类型的尿路上皮癌变异频率为10~20%。2019年4月12日FDA加速批准了第一个FGFR选择抑制剂，该FGFR选择抑制剂的ORR（客观缓解率）为40%，能够用于治疗一线含铂化疗后进展和新辅助含铂化疗后12个月内进展、且FGFR2/3基因异常的局部晚期或转移性尿路上皮癌。目前国内也开启了针对FGFR基因变异的晚期尿路上皮癌多项临床试验。
[0004]寻找灵敏度高、特异性强的标志物，对提高局部晚期或转移性尿路上皮癌的诊断率，实现早期干预治疗具有非常重要的意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的主要目的是提出一种用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物和试剂盒及检测方法，旨在提供一种能够诊断尿路上皮癌变异类型和位点的生物标志组合物。
[0006]为实现上述目的，本专利技术提出一种用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物，所述用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物包括用于检测基因突变或拷贝数变异的第一组合物、以及用于检测基因融合的第二组合物，其中，所述第一组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物A和探针A、用于FGFR2目的基因的特异性引物B和探针B、用于FGFR3目的基因的特异性引物C和探针C、用于FGFR4目的基因的特异性引物D和探针D，所述第二组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物a和探针a、用于FGFR2目的基因的特异性引物b和探针b、用于FGFR3目的基因的特异性引物c和探针c、用于FGFR4目的基因的特异性引物d和探针d。
[0007]可选地，所述第一组合物中：特异性引物A和探针A包括：A
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F：TGTGACCAAAGTGGCTGTGAA；A
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R：ATATTCTTATGCTTCCCGATCATCT；探针A：ACAAGTCTTTCTCTGTTGCGTCCG；
特异性引物B和探针B包括：B
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F：GCTTTTCTGGCATGAGGT；B
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R：TGCAGACAAACTCTACGTCTC；探针B：CTTCCCTCTCTCCACCAGAGCGATCG；特异性引物C和探针C包括：C
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F：GGTGGCCCCTGAGCGTCATCT；C
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R：GGGCTGTGCGTCACTGTACACCT；探针C：AGCGTCATCTGCCCCCACAGAGCGCTCC；特异性引物D和探针D包括：D
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F：TCTCGGAGATGGAGGTGATGAAGC；D
‑
R：CCACCCCGGGCCCAG；探针D：ACCCCCATCCAGTTCTGCCCCA。
[0008]可选地，特异性引物a和探针a包括：a
‑
F： GTACATGATGATGCGGGACTG；a
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R：CAGTCCCGCATCATCATGTAC；探针a：GTACATGATGATGCGGGACTG；特异性引物b和探针b包括：b
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F：CATGCAGTGCCCTCACAG；b
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R：TCTTTTCCAAGTGCCACTTCC；探针b：AAGGCCACGATGCGGTCCA；特异性引物c和探针c包括：c
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F：: CCCAGAGGCCCACCTTCAAG；c
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R：TCCAGGTTCTTCCCGTGGAGC；探针c：CCGGTTCTCCTCCTGTGTCGCCTT；特异性引物d和探针d包括：d
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F：TCCCAGAGGCCCACCTTC；d
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R：AACAGACTTACCGTTTACAGCTT；探针d：ATTTCGCAGCCCAGGATTGAACT。
[0009]此外，本专利技术还提出一种用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的试剂盒，所述用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的试剂盒包括用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物，所述用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物包括用于检测基因突变或拷贝数变异的第一组合物、以及用于检测基因融合的第二组合物，其中，所述第一组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物A和探针A、用于FGFR2目的基因的特异性引物B和探针B、用于FGFR3目的基因的特异性引物C和探针C、用于FGFR4目的基因的特异性引物D和探针D，所述第二组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物a和探针a、用于FGFR2目的基因的特异性引物b和探针b、用于FGFR3目的基因的特异性引物c和探针c、用于FGFR4目的基因的特异性引物d和探针d。
[0010]此外，本专利技术还提出一种局部晚期或转移性尿路上皮癌的检测方法，所述局部晚期或转移性尿路上皮癌的检测方法包括以下步骤：
提供一如上文所述的用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的试剂盒；从尿路上皮组织样品中提取DNA和RNA；使用所述第一组合物对所述DNA进行多重PCR扩增，根据扩增结果判断所述尿路上皮组织样品是否存在基因突变；使用所述第一组合物对所述DNA进行多重PCR扩增，根据扩增结果判断所述尿路上皮组织样品是否存在拷贝数变异；使用所述第二组合物对所述RNA进行多重PCR扩增，根据扩增结果判断所述尿路上皮组织样品是否存在基因融合。
[0011]可选地，所述试剂盒还包括内参引物；所述使用所述第一组合物对所述DNA进行多重PCR扩增，根据扩增结果判断所述尿路上皮组织样品是否存在基因突变的步骤包括：以所述DNA为模板，使用所述第一组合物和所述内参引物进行多重PCR扩增，得到特异性引物的ct值和内参引物的ct值；计算得到所述特异性引物与所述内参引物的ct值的差值ΔCt；当所述差值ΔCt≤1时，判定为所述尿路上皮组织样品存在基因突变，当所述差值ΔCt＞1时，判定为所述尿路上皮组织样品不存在基因突变。
[0012]可选地，所述试剂盒还包括内参引物；所述使用所述第一组合物对所述DNA进行多重PCR扩增，根据扩增结果判断所述尿路上皮组织样品是否存在拷贝数变异的步骤包括：以所述DNA为模板，使用所述第一组合物和所述内参引物进行多重PCR扩增，得到特异性引物的ct值和内参引物的ct值；计算得到所述特异性引物与所述内参引物的ct值的差值ΔC本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物，其特征在于，包括用于检测基因突变或拷贝数变异的第一组合物、以及用于检测基因融合的第二组合物，其中，所述第一组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物A和探针A、用于FGFR2目的基因的特异性引物B和探针B、用于FGFR3目的基因的特异性引物C和探针C、用于FGFR4目的基因的特异性引物D和探针D，所述第二组合物包括用于FGFR1目的基因的特异性引物a和探针a、用于FGFR2目的基因的特异性引物b和探针b、用于FGFR3目的基因的特异性引物c和探针c、用于FGFR4目的基因的特异性引物d和探针d。2.如权利要求1所述的用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物，其特征在于，所述第一组合物中：特异性引物A和探针A包括：A
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F：TGTGACCAAAGTGGCTGTGAA；A
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R：ATATTCTTATGCTTCCCGATCATCT；探针A：ACAAGTCTTTCTCTGTTGCGTCCG；特异性引物B和探针B包括：B
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F：GCTTTTCTGGCATGAGGT；B
‑
R：TGCAGACAAACTCTACGTCTC；探针B：CTTCCCTCTCTCCACCAGAGCGATCG；特异性引物C和探针C包括：C
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F：GGTGGCCCCTGAGCGTCATCT；C
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R：GGGCTGTGCGTCACTGTACACCT；探针C：AGCGTCATCTGCCCCCACAGAGCGCTCC；特异性引物D和探针D包括：D
‑
F：TCTCGGAGATGGAGGTGATGAAGC；D
‑
R：CCACCCCGGGCCCAG；探针D：ACCCCCATCCAGTTCTGCCCCA。3.如权利要求1所述的用于诊断局部晚期或转移性尿路上皮癌的组合物，其特征在于，特异性引物a和探针a包括：a
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F： GTACATGATGATGCGGGACTG；a
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R：CAGTCCCGCATCATCATGTAC；探针a：GTACATGATGATGCGGGACTG；特异性引物b和探针b包括：b
‑
F：CATGCAGTGCCCTCACAG；b
‑
R：TCTTTTCCAAGTGCCACTTCC；探针b：AAGGCCACGATGCGGTCCA；特异性引物c和探针c包括：c
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F：: CCCAGAGGCCCACCTTCAAG；c
‑
R：TCCAGGTTCTTCCCGTGGAGC；探针c：CCGGTTCTCCTCCTGTGTCGCCTT；特异性引物d和探针d包括：
d
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F：TCCCAGAGGCCCACCTTC；d
‑
R：AACAGACTTACCGTTTACAGCTT；探针d：ATTTCGCAGCCC...

【专利技术属性】
技术研发人员：王冰，张怡然，顾丽清，杨春燕，段小红，
申请(专利权)人：求臻医学科技北京有限公司，
类型：发明
国别省市：