一种鉴别草原鼢鼠的试剂盒及方法技术

本发明专利技术提供了一种鉴别草原鼢鼠的试剂盒，它包括检测待检物种的12S rRNA基因中如下任意一个或多个SNP位点的试剂：SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第8位、第56位、第74位、第81位，SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位；SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位。本发明专利技术提供了一种简便、准确鉴定草原鼢鼠物种的试剂盒以及鉴定草原鼢鼠的方法，解决了通过形态进行鼢鼠物种鉴定的难题，在鼢鼠的物种鉴别中具有优异的应用前景。具有优异的应用前景。具有优异的应用前景。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴别草原鼢鼠的试剂盒及方法


[0001]本专利技术属于鉴定
，具体涉及一种鉴别草原鼢鼠的试剂盒及方法。

技术介绍

[0002]鼢鼠是鼢鼠亚科(Myospalacinae)动物的统称，是一种适应地下生活的啮齿类动物，体型粗壮、圆筒形，尾短，眼睛很小，视力差，外耳退化，仅是小的皮褶。鼢鼠主要分布于我国，也见于蒙古和西伯利亚，栖息于森林边缘、草原和农田，白天居住在地洞中，晚上偶尔会到地面活动，以植物的根、茎、种子为食，在洞穴中储存大量食物。鼢鼠挖洞速度极快，洞穴系统复杂，分支多，平时地面没有明显出口。
[0003]现存鼢鼠包括凸颅鼢鼠属(Eospalax)和平颅鼢鼠属(Myspalax)，平颅鼢鼠属内物种较少，目前普遍认为平颅鼢鼠属下有3个物种，即草原鼢鼠(M.aspalax)、阿尔泰鼢鼠(M.myospalax)和东北鼢鼠(M.psilurus)；凸颅鼢鼠属下有6个物种：中华鼢鼠(E.fontanieri)、甘肃鼢鼠(E.cansus)、秦岭鼢鼠(E.rufescens)、罗氏鼢鼠(E.rothschildi)、斯氏鼢鼠(E.smithi)和高原鼢鼠(E.baileyi)。鼢鼠几乎终生都生活在密闭的地下洞道系统中，独特的地下生活方式使得其在觅食、婚配、繁殖等多方面具有特殊性，引起了科学家的广泛兴趣。其中，草原鼢鼠营地下生活，极少到地面活动，不冬眠，居住地较固定，活动范围也很局限。只有在大旱或降雨过多的特殊年份，才会出现由高处向低处或由低处向高处迁移的习性，迁巢距离一般不超过1000m。草原鼢鼠全天活动，夜间比较活跃；5月和9月为活动高峰期。草原鼢鼠的感觉非常灵敏，能在地下感知地面轻微的动静，并迅速逃离活动地点，当地面沉寂安静后，才再次恢复活动。秋季觅食产生的土堆大多呈无序排列，土堆的数量及位置，大多都与喜食植物的分布有关。草原鼢鼠有怕风畏光、堵塞开放洞道的习性，当洞穴被打开时，它会很快推土封洞。
[0004]识别鉴定生物种类是认识和保护生物多样性的基础，每种生物只有能够被准确识别后，才能开展更多领域的研究。但是由于不同鼢鼠生活环境相似而形态趋同，未经专业训练通过形态进行物种准确鉴定非常困难。
[0005]因此，研究一种能够快速、准确进行草原鼢鼠物种鉴定的方法与试剂，具有非常重要的意义。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种能够简便、准确鉴定草原鼢鼠物种的试剂盒和方法，解决通过形态进行鼢鼠物种鉴定的难题。
[0007]本专利技术提供了一种鉴别草原鼢鼠的试剂盒，它包括检测待检物种的12SrRNA基因中的如下6个SNP位点中任意一个或多个的试剂：
[0008]SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第8位、第56位、第74位、第81位，SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位；SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位。
[0009]进一步地，上述试剂是同时检测所述6个SNP位点的试剂；
[0010]或，所述SNP位点的碱基如下：
[0011]SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第8位碱基为A、第56位碱基为G、第74位碱基为G、第81位碱基为C；SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位碱基为A；SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位碱基为C。
[0012]经过专利技术人研究发现，本申请前述6个SNP位点通常是同时存在，即当SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第8位碱基为A时，SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第56位碱基为G、第74位碱基为G、第81位碱基为C、SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位碱基为A、SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位碱基为C。进一步的实验还发现，只有草原鼢鼠的基因组具有前述6个SNP位点，因而通过检测前述6个SNP中的任意一个或者任意多个位点，即可鉴别待检物种是否为草原鼢鼠。
[0013]更进一步地，上述试剂为：测序用试剂、KASP方法用试剂或限制性片段长度多态性方法用试剂。
[0014]进一步地，上述试剂盒还包括扩增12S rRNA基因保守motif序列的试剂；所述保守motif序列为SEQ ID NO:3～5所示的任意一个或多个序列。
[0015]更进一步地，上述扩增12S rRNA基因保守motif序列的试剂包括SEQ ID NO:1～2所示的引物对。
[0016]本专利技术还提供了一对引物对，它是序列如SEQ ID NO:1～2所示的引物对。
[0017]本专利技术还提供了扩增12S rRNA基因保守motif序列的试剂在鉴别草原鼢鼠的试剂盒中的用途，所述保守motif序列是SEQ ID NO:3～5所示的任意一个或多个序列；
[0018]优选地，所述试剂包括SEQ ID NO:1～2所示的引物对。
[0019]本专利技术还提供了一种鉴别草原鼢鼠的方法，包括如下步骤：
[0020](1)提取待检鼢鼠样本的基因组总DNA；
[0021](2)检测12S rRNA基因序列中如下6个SNP位点的一个或多个：SEQ ID NO:3所示保守motif序列第8位、第56位、第74位、第81位；SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位；SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位，分析即可；
[0022]优选的，步骤(1)所述的样本为组织样本或血液样本。
[0023]进一步地，上述检测12S rRNA基因序列中如下6个SNP位点的一个或多个的步骤如下：
[0024]1)以步骤(1)提取的DNA为模板，利用扩增试剂进行PCR扩增得到扩增产物；
[0025]2)对步骤1)所得PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测；
[0026]3)对步骤2)的检测结果中在490bp有明亮条带的PCR扩增产物进行测序，得到12S rRNA基因序列；
[0027]4)对步骤3)得到的12S rRNA基因序列中的如下6个SNP位点中的一个或多个进行分析：SEQ ID NO:3所示保守motif序列第8位、第56位、第74位、第81位；SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位；SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位；
[0028]优选地，步骤1)所述扩增试剂包括SEQ ID NO:1～2所示的引物对；所述的PCR扩增的退火温度52～56℃；步骤3)所述测序为双向Sanger测序。
[0029]更进一步地，步骤(2)所述检测是同时检测所述6个SNP位点；
[0030]或，所述SNP位点的碱基如下，则待检鼢鼠为草原鼢鼠：
[0031]SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第8位碱基为A、第56位碱基为G、第74位碱基为G、第81位碱基为C；SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位碱基为A；SEQ ID NO:5所示保守motif序列本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴别草原鼢鼠的试剂盒，其特征在于，它包括检测待检物种的12S rRNA基因中的如下6个SNP位点中任意一个或多个的试剂：SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第8位、第56位、第74位、第81位，SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位；SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位。2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂是同时检测所述6个SNP位点的试剂；或，所述SNP位点的碱基如下：SEQ ID NO:3所示保守motif序列的第8位碱基为A、第56位碱基为G、第74位碱基为G、第81位碱基为C；SEQ ID NO:4所示保守motif序列的第28位碱基为A；SEQ ID NO:5所示保守motif序列的第26位碱基为C。3.如权利要求1或2所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂为：测序用试剂、KASP方法用试剂或限制性片段长度多态性方法用试剂。4.如权利要求1或2所述的试剂盒，其特征在于，它还包括扩增12S rRNA基因保守motif序列的试剂；所述保守motif序列为SEQ ID NO:3～5所示的任意一个或多个序列。5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述扩增12S rRNA基因保守motif序列的试剂包括SEQ ID NO:1～2所示的引物对。6.一对引物对，其特征在于，它是序列如SEQ ID NO:1～2所示的引物对。7.扩增12S rRNA基因保守motif序列的试剂在鉴别草原鼢鼠的试剂盒中的用途，所述保守motif序列是SEQ ID NO:3～5所示的任意一个或多个序列；优选地，所述试剂包括SEQ ID NO:1～2所示的引物对。8.一种鉴别草原鼢鼠的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)提取待检鼢鼠样本...

【专利技术属性】
技术研发人员：汪海静，江峰，刘道鑫，覃雯，赵宝伟，迟翔文，张婧捷，宋鹏飞，李文君，
申请(专利权)人：中国科学院西北高原生物研究所，
类型：发明
国别省市：