一种LAMP2突变基因及突变体、以及Danon病检测试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及人类遗传学和内科心血管技术领域，具体涉及了一种LAMP2突变基因，在基因组位置chrX:119575687处，碱基T突变为A。本发明专利技术还涉及一种LAMP2突变体，具有p.Cys331Ser突变。本发明专利技术还涉及一种Danon病检测试剂盒。本发明专利技术提供的LAMP2突变基因可以将Danon病患者和正常人群区分开，可以作为临床辅助诊断Danon病的生物标志物；检测该变异的携带者，可以为受试者提供优生优育指导和遗传咨询，减少患儿出生；为人类攻克Danon病提供可能的药物靶点，促进创新药物研发。促进创新药物研发。促进创新药物研发。

【技术实现步骤摘要】
一种LAMP2突变基因及突变体、以及Danon病检测试剂盒


[0001]本专利技术涉及人类遗传学和内科心血管
，尤其涉及一种LAMP2突变基因及突变体、以及Danon病检测试剂盒。

技术介绍

[0002]1981年，Danon等第一次报道了两例非梗塞阻性肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)，将之称为“酸性麦芽糖酶正常的溶酶体糖原贮积症”，此后又被命名为Danon病。Danon病是一种X连锁显性遗传性溶酶体病，以肥厚型心肌病、骨骼肌病和智力障碍三联征为主要临床表现，其引起的心肌病变与典型的肥厚型心肌病相似。男性发病较多，发病早，且会逐渐出现肥厚型心肌病，肌无力和智力减退，部分患者出现眼底色素视网膜病；女性患者一般成年后出现心肌病，偶伴轻度的肌无力。
[0003]编码Ⅱ型溶酶体相关膜蛋白(lysosome
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associated membrane protein
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2,LAMP2)的基因突变是导致Danon病的主要病因。随着2000年，Nishino等第一次报道了LAMP2基因突变会导致Danon病以后，多个LAMP2基因的突变位点先后被发现。由于Danon病的临床变现无特异性，可无任何临床症状，也可突发心源性猝死，症状多累及全身多系统，难以预防，所以基因检测成为诊断Danon病的主要手段，发现任何一个LAMP2的突变位点都是对本领域的重要技术贡献。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的在于针对上述缺陷，提供一种LAMP2突变基因及突变体、以及Danon病检测试剂盒。
[0005]本专利技术通过对Danon病的家系成员进行分析，意料不到地发现了，家系中的Danon病患者具有如下突变：
[0006][0007]野生型LAMP2的CDS区域的序列为SEQ ID NO:1。野生型LAMP2基因所编码蛋白质的氨基酸的序列为SEQ ID NO:2。c.991T>A表示：野生型LAMP2的CDS区域中，第991位的碱基T突变为碱基A；p.Cys331Ser表示：LAMP2突变基因编码蛋白第331位氨基酸由半胱氨酸(Cys或C)变为丝氨酸(Ser或S)。
[0008]在基因组位置chrX:119575652
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chrX:119575701上，野生型LAMP2的序列为SEQ ID NO:3，具体序列为GAAGTTCTTATATGTGCAACAAAGAGCAGACTGTTTCAGTGTCTGGAGCA，其中T为突变前碱基。LAMP2突变基因的序列为SEQ ID NO:4，具体序列为：
[0009]GAAGTTCTTATATGAGCAACAAAGAGCAGACTGTTTCAGTGTCTGGAGCA，其中A为突变后碱基。
[0010]基于以上发现，本专利技术提供的技术方案如下：
[0011]一、本专利技术提供一种LAMP2突变基因，在基因组位置chrX:119575687处，碱基T突变
为A；参考基因组版本是GRCh37。
[0012]本专利技术还提供了一种LAMP2突变体，具有p.Cys331Ser突变。
[0013]查询人群频率数据库发现该变异为罕见变异(千人基因组：无，ESP6500：无，ExAC：无)。百世诺本地人群数据库中的心肌病患者和对照人群均未携带该变异。我们进行了多个生物信息预测软件(包括SIFT和Polyphen
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2等)交叉预测，结果多为有害(SIFT为“D”，Polyphen
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2为“D”，MutationTaster_pred为“D”，VEST3评分为“0.435”，其他为“4个D/1个M/1个T”)，氨基酸由极性不带电荷的半胱氨酸变为极性不带电荷的丝氨酸，提示该变异所致的氨基酸改变可能会对蛋白功能产生影响。查询数据库发现该位置的氨基酸在脊椎动物中高度保守。查询ClinVar、HGMD数据库未发现该变异，该位点附近的错义变异p.Trp321Arg被上报者评定为Danon病的致病突变(ClinVar数据库)；文献检索未发现该变异与疾病相关的报导。根据现有证据：该变异为罕见变异、，软件预测该变异可能会对蛋白功能产生影响，该位置氨基酸在脊椎动物中高度保守，但缺乏家系连锁及功能学证据支持，所以该变异为可疑致病变异。
[0014]二、本专利技术还提供了上述LAMP2突变基因在制备Danon病检测试剂盒中的应用。
[0015]三、本专利技术还提供了上述LAMP2突变体在制备Danon病检测试剂盒中的应用。
[0016]四、本专利技术还提供了一种Danon病检测试剂盒，包括用于检测LAMP2突变基因和/或LAMP2突变体的试剂，在基因组位置chrX:119575687处，碱基T突变为A5687处，碱基T突变为A；LAMP2突变体具有p.Cys331Ser突变。
[0017]优选地，还包括正向引物和反向引物，正向引物序列为SEQ ID NO:5，反向引物序列为SEQ ID NO:6。
[0018]五、本专利技术的有益效果在于：
[0019]Danon病属于罕见的神经内分泌肿瘤，在基因组位置chrX:119575687处，碱基T突变为A(即LAMP2突变基因c.991T>A)的杂合错义变异的患者会累及肾上腺，导致嗜铬细胞瘤的发生，以常染体显性遗传的模式在家族中传递，遗传概率为50％。LAMP2突变基因及LAMP2突变体可以作为临床辅助诊断Danon病的生物标志物，为人类攻克Danon病提供可能的药物靶点，促进创新药物研发；基于LAMP2突变基因及LAMP2突变体开发的Danon病检测试剂盒，可以将Danon病患者和正常人群区分开，能够为受试者提供优生优育指导和遗传咨询，减少患儿出生。
附图说明
[0020]图1为Danon病家系图；
[0021]图2为先证者及先证者哥哥的Sanger测序图；
[0022]图3为家系中非患病成员Sanger测序图。
具体实施方式
[0023]下面通过具体实施方式进一步详细说明：
[0024]实施例1
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先证者验证实验
[0025]样本来源：常州市第一人民医院，在先证者(31岁)及其家属自愿签署知情同意书的前提下，寄送5
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10mL全血样本，建立病历资料库，详细记录先证者病情、家系情况等资料。
本研究已得到本单位伦理委员会批准。
[0026]先证者临床概况：
[0027]表1先证者的临床概况
[0028][0029][0030]采用Sanger测序法对先证者及其家属的LAMP2基因进行基因检测，具体步骤如下：
[0031]S1、提取基因组DNA；
[0032]采用江苏百世诺医疗科技有限公司的磁珠法全血基因组DNA提取试剂对先证者及其家属的人类全血EDTA抗凝样本进行全基因组DNA的提取，对DNA的浓度和纯度进行检测。...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种LAMP2突变基因，其特征在于，在基因组位置chrX:119575687处，碱基T突变为A；参考基因组版本是GRCh37。2.根据权利要求1所述的LAMP2突变基因在制备Danon病检测试剂盒中的应用。3.一种LAMP2突变体，其特征在于，具有p.Cys331Ser突变。4.根据权利要求3所述的LAMP2突变体在制备Danon病检测试剂盒中的应用。5.一种Dan...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘哲，梁庆渊，赵娜娜，赖开生，刘昕超，高璇，李方玉，侯青，惠汝太，
申请(专利权)人：百世诺北京医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：