一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记及其用途制造技术

本发明专利技术提供了一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点，该位点的碱基是T或G。该位点的碱基多态性导致母猪产畸形仔猪数的差异。本发明专利技术通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，降低种母猪产畸形仔猪数，加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。而有效提高种猪育种的经济效益。而有效提高种猪育种的经济效益。

【技术实现步骤摘要】
一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记及其用途


[0001]本专利技术涉及一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记及其用途。

技术介绍

[0002]在养猪生产中，母猪的繁殖能力是影响猪场生产能力的重要因素之一，繁殖性能的高低决定了整个猪场的经济效益。因此，提高母猪繁殖性状，如总产仔数、产活仔数等的增加，一直倍受育种研究人员的关注。然而，在整个养猪过程中往往会发生一些不可预知的情况，如仔猪畸形可发生在猪体内外的任何部位，主要包括：锁肛、弯腿、裂腭、隐睾和先天性震颤等，发生率一般在0.11％～4.96％左右。因其发生率较低，往往难以引起育种工作者的重视，从而导致研究进展缓慢。根据《中国农业年鉴2018》统计，全国2017年末能繁母猪存栏量为4471.5万头，按每年平均产仔2窝，平均窝产仔数15头，畸形平均发生率2％计算，全国每年损失约2682.9万头仔猪。这一数值直观显示出畸形给生猪养殖产业带来的巨大经济损失。目前，针对于现今规模化猪场的生产管理，成熟的疫苗接种以及给药程序，母猪产畸形的现象仍时有发生，由此可见，遗传因素对畸形的影响不可忽视。因此，为解析导致母猪产畸形的遗传机制，在基因组上鉴别影响畸形数的数量性状基因座(Quantitative trait loci,QTL)和功能基因显得极为重要。
[0003]近年来，猪的许多重要经济性状借助于常规的育种技术，在选育过程中取得了一定的遗传进展，如瘦肉率、饲料转化率和生长速度等。然而，母猪的繁殖性状遗传力在0.06～0.3左右，属于中低遗传力性状，基于表型值进行的常规育种所取得的遗传进展不尽人意，显然无法从根本上解析畸形产生的遗传机理。随着分子生物技术的快速发展，分子育种为动物育种提供了新的研究策略。标记辅助选择技术可通过遗传标记，实现从表型选择到影响性状遗传变异及功能基因鉴别的转换。然而，以往的研究结果所定位到的QTL往往利用密度较低的微卫星标记，且置信区间较大，包含十几个基因。因此，人们很难在这些区域内准确锚定与目标性状相关的功能基因。随着测序技术的不断深入，全基因组关联分析(Genome
‑
wide association study,GWAS)逐渐成为一种鉴定畜禽经济性状重要候选基因的主流策略。通过检测猪全基因组上的单核苷酸多态(Single nucleotide polymorphisms,SNP)，结合GWAS技术可进一步缩小定位区域，并最终鉴别出影响畸形数的QTL、功能基因以及相关遗传变异位点。本申请在杜洛克种猪群体中采用GWAS的策略鉴定到一个SNP位点，结果表明该SNP位点与猪畸形数具有一定的关联性。

技术实现思路

[0004]为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术提供了一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记及其用途，本专利技术还提供了一种用于检测所述的SNP分子标记的引物对和试剂盒，本专利技术还提供了一种筛选产畸形仔猪数低的猪品种的方法，本专利技术还
提供了一种猪的遗传改良的方法。
[0005]为实现上述目的，所采取的技术方案：一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点，该位点的碱基是T或G。该位点的碱基多态性导致母猪产畸形仔猪数的差异。
[0006]优选地，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，所述SEQ ID NO：1所示序列自5
’
端起第120位碱基是T或G。即序列中的M是G或T。SNP分子标记的位点为SEQ IDNO:1序列标注位置为120位的G120
‑
T120的核苷酸突变。
[0007]优选地，所述母猪包括包括杜洛克及其合成系。更优选地，所述母猪为S22系杜洛克猪及其合成系。
[0008]本专利技术提供了一种用于检测上述所述的SNP分子标记的引物对，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。
[0009]本专利技术提供了一种用于检测上述所述的SNP分子标记的试剂盒，所述试剂盒包括上述所述的引物对。
[0010]本专利技术提供了一种筛选产畸形仔猪数低的猪品种的方法，所述方法包括以下步骤：
[0011]检测猪的国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点的基因型，选择第128894716个核苷酸位点的TT型个体作为种猪。
[0012]优选地，所述检测猪的国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点的基因型的方法包括以下步骤：
[0013](1)提取待测猪的基因组DNA；
[0014](2)采用上述所述的引物对或上述所述的试剂盒，将所述待测猪的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；
[0015](3)对所述PCR扩增产物进行测序，以便获得测序结果；
[0016](4)基于所述测序结果，确定所述待测猪的上述所述的SNP分子标记的基因型。
[0017]优选地，所述种猪包括杜洛克及其合成系。
[0018]本专利技术提供了一种猪的遗传改良的方法，所述方法包含如下步骤：
[0019]确定种猪核心群中的种猪的上述猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记的位点，并根据所述分子标记做出相应的选择：在所述种猪核心群中选择国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716位点为TT、GT基因型的种猪个体，淘汰在第128894716位点为GG基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率，从而降低母猪产畸形仔猪数。
[0020]本专利技术提供了上述所述的SNP分子标记、上述所述的引物对或上述所述的试剂盒在鉴定猪畸形数相关性状、筛选产畸形仔猪数低的猪品种、降低母猪产畸形仔猪数或猪遗传育种中的用途。
[0021]有益效果：
[0022](1)本专利技术研究并确定影响母猪产畸形仔猪数相关的分子标记位于猪的13号染色体上的核苷酸序列上，验证其对畸形数性状的影响效应，最终建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于降低种母猪产畸形仔猪的遗传改良中，从而提高种母猪的产活仔
数，减少育种损失的同时提高生产效益，提高企业经济利润，增加核心竞争力。通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，降低种母猪产畸形仔猪数，加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。
[0023](2)本专利技术提供一种鉴定上述猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记的引物对，通过该引物对，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确地对种母猪产畸形仔猪进行降低性选育改良，加快育种进程。
附图说明
[0024]图1是S22系杜洛克在13号染色体上关于畸形数性状的全基因组关联分析曼哈顿图；其中：横坐标表示猪的染色体编号；纵坐标表示
‑
logP值。...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种猪13号染色体上与母猪产畸形仔猪数相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的位点为国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点，该位点的碱基是T或G。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO：1所示，所述SEQ ID NO：1所示序列自5
’
端起第120位碱基是T或G。3.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述母猪包括包括杜洛克及其合成系。4.一种用于检测如权利要求1
‑
3任一所述的SNP分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。5.一种用于检测如权利要求1
‑
3任一所述的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，包括如权利要求4所述的引物对。6.一种筛选产畸形仔猪数低的猪品种的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：检测猪的国际猪参考基因组11.1版本13号染色体上第128894716个核苷酸位点的基因型，选择第128894716个核苷酸位点的TT型个体作为种猪。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述检测猪的国际猪参考基因组11.1版本13号...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨杰，吴珍芳，邱益彬，丁荣荣，郑恩琴，蔡更元，李紫聪，洪林君，徐铮，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：