与油茶种子出仁率相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及油茶分子标记及遗传育种技术领域，具体涉及与油茶种子出仁率相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用。本发明专利技术提供与油茶种子出仁率相关的DNA片段，其为位于油茶连锁图谱6号连锁群的rkf.06

【技术实现步骤摘要】
与油茶种子出仁率相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及油茶分子标记及遗传育种
，具体涉及与油茶种子出仁率相关的DNA片段、其紧密连锁的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]油茶(Camellia oleifera)与油菜、花生、大豆共同被作为中国四大油料，是重要的经济作物，在中国亚热带地区广泛种植。油茶籽油是一种优质的食用油，其中不饱和脂肪酸的含量可达90％以上，且富含角鲨烯、维生素E等营养成分。选育高产(油)质优的油茶优良品种一直是油茶产业健康发展的基础和保障。长期以来，以选择和杂交育种为主要手段的油茶育种工作取得了较大的进展，但油茶的常规育种存在周期长、新品种选育缓慢等问题，良种选育速度仍然不能满足油茶产业发展的需求，已成为限制油茶产业发展的重要因素之一。
[0003]与传统育种技术相比，分子标记辅助育种可从苗期开始选择，大幅缩短育种的周期，对以果实为主要目的的经济林的育种优势尤其明显。有效的分子标记是分子标记辅助育种的关键，因此，开发与油茶果实产量、种子出仁率、种仁含油率、油脂品质表型相关的分子标记，对于油茶油脂产量和品质的分子标记辅助育种及相关性状的遗传改良具有重要意义。
[0004]果实产量、鲜果出籽率、种子出仁率、种仁含油率等指标直接决定单位面积油茶产(油)量。因此，开展油茶种子出仁率性状的研究和改良，是提高油茶产量的重要途径之一，对油茶产业的提升和健康发展具有十分重要的意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的之一在于提供与油茶种子出仁率相关的DNA片段(基因位点)及与其紧密连锁的SNP分子标记，本专利技术的另一目的是提供所述分子标记在油茶高出仁率表型鉴定和育种中的应用。
[0006]本专利技术提供的油茶种子出仁率基因位点及该基因位点紧密连锁的分子标记的开发是基于已建立的油茶F1代杂交群体，开展高密度遗传连锁图构建和出仁率性状的QTL定位实现的。油茶的简化基因组序列为本专利技术分子标记开发的区域。
[0007]本专利技术中关键基因位点及连锁的SNP分子标记的开发过程基本如下：
[0008](1)对种子出仁率差异显著的油茶无性系长林53号(47.66％)和长林81号(58.14％)控制授粉，创制种子出仁率广泛分离的油茶F1代杂交群体。
[0009](2)采集杂交群体180个单株的完全成熟种子，测定种子出仁率。
[0010](3)采集杂交群体180个单株及两个亲本的幼嫩叶片，采用TaKaRa MiniBEST植物基因组DNA提取试剂盒(TaKaRa,Dalian,China)提取DNA，利用EcoRI和NlaIII(Hin1II)双酶切后每样本分别构建简化基因组(ddRAD)测序文库，利用Illumina HiSeqXten平台测序。
[0011](4)以二倍体油茶基因组为参考序列，分析(3)中获得的180个样本及2个亲本简化基因组的SNP位点。SNP数据根据以下原则过滤：亲本测序深度≥10X，子代测序深度≥8X；基因型缺失率≤30％；SNP质量值≥30。上述过程中使用的软件BWA是公开免费的。
[0012](5)运用Joinmap4.0软件进行连锁图谱构建，参数设置为：Rec≤0.4,LOD≥3.0，Jump＝5，作图函数使用Kosambi；分析连锁群内标记的排列顺序，计算相邻标记间的遗传距离。
[0013](6)运用QTL Icimapping软件进行数据分析，采用完备区间作图法(ICIM)进行QTL定位。扫描步长设置为1cM；逐步回归标记进入的概率(PIN)为0.002(POUT＝2*PIN＝0.002)；LOD值为2.5。
[0014]利用上述技术手段，本专利技术获得了一个位于6号连锁群(LG06)上的油茶种子出仁率基因位点rkf.06
‑
2，该基因位点的对油茶种子出仁率的贡献率为14.9％，与该位点紧密连锁的SNP标记为chr06
‑
88890750，其基因型为C/T(表1)。
[0015]表1基因位点及连锁SNP分子标记信息
[0016][0017]具体地，本专利技术提供如下技术方案：
[0018]第一方面，本专利技术提供与油茶种子出仁率相关的DNA片段，其为位于油茶连锁图谱6号连锁群的rkf.06
‑
2，置信区间为53.7cM
‑
64.5cM。
[0019]上述DNA片段对油茶种子出仁率表型的贡献率为14.9％，可用于图位克隆和分子标记辅助选择。
[0020]与上述DNA片段紧密连锁的SNP分子标记为chr06
‑
88890750，所述chr06
‑
88890750位于油茶基因组6号染色体的88890750bp位，多态性为C/T。
[0021]第二方面，本专利技术提供与油茶种子出仁率位点紧密连锁的SNP分子标记，其包括SNP分子标记chr06
‑
88890750，该SNP分子标记位于油茶基因组6号染色体的88890750bp位，多态性为C/T。
[0022]该SNP分子标记与油茶种子出仁率基因位点rkf.06
‑
2紧密连锁。
[0023]具体地，SNP分子标记chr06
‑
88890750含有如SEQ ID NO.1所示序列第156位的多态性为C/T的核苷酸序列。
[0024]优选地，SNP分子标记chr06
‑
88890750的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示第156位，多态性为C/T。
[0025]进一步地，SNP分子标记chr06
‑
88890750可以由核苷酸序列如SEQ ID NO.2
‑
3所示的引物对以油茶基因组DNA为模板经PCR扩增获得。
[0026]SEQ ID NO.2：5
’‑
AAGGAAGTTCAGGGAATAAGT
‑3’
；
[0027]SEQ ID NO.3：5
’‑
ATTAGCTACAACTAACTAATA
‑3’
。
[0028]SNP分子标记chr06
‑
88890750中，具有所述多态性的位点的基因型为C/C，对应于高出仁率；基因型为C/T，对应于低出仁率。
[0029]本专利技术所述的出仁率为烘干至恒重的油茶种子出仁率。
[0030]第三方面，本专利技术提供用于扩增所述SNP分子标记的引物。
[0031]作为本专利技术的一种实施方式，所述引物包括如SEQ ID NO.2
‑
3所示的引物。
[0032]本专利技术还提供含有所述引物的试剂或试剂盒。
[0033]第四方面，本专利技术提供所述与油茶种子出仁率相关的DNA片段或所述SNP分子标记或所述引物或所述试剂或试剂盒的以下任一本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与油茶种子出仁率相关的DNA片段，其特征在于，其为位于油茶连锁图谱6号连锁群的rkf.06
‑
2，置信区间为53.7cM
‑
64.5cM。2.与油茶种子出仁率位点紧密连锁的SNP分子标记，其特征在于，包括SNP分子标记chr06
‑
88890750，所述chr06
‑
88890750含有如SEQ ID NO.1所示序列第156位的多态性为C/T的核苷酸序列。3.根据权利要求2所述的SNP分子标记，其特征在于，由序列如SEQ ID NO.2
‑
3所示的引物对以油茶基因组DNA为模板经PCR扩增获得。4.根据权利要求2或3所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记chr06
‑
88890750中，具有所述多态性的位点的基因型为C/C，对应于高出仁率；基因型为C/T，对应于低出仁率。5.用于扩增权利要求2～4任一项所述的SNP分子标记的引物。6.根据权利要求5所述的引物，其特征在于，包括序列如SEQ ID NO.2
‑
3所示的引物。7.含有权利要求5或6所述的引物的试剂或试剂盒。8.权利要求1所述的与油茶种子出仁率相关的DNA片...

【专利技术属性】
技术研发人员：林萍，王开良，姚小华，常君，
申请(专利权)人：中国林业科学研究院亚热带林业研究所，
类型：发明
国别省市：