水稻稻瘟病抗性基因Pid3-A4的KASP分子标记开发及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种水稻稻瘟病抗性基因Pid3

【技术实现步骤摘要】
水稻稻瘟病抗性基因Pid3
‑
A4的KASP分子标记开发及其应用


[0001]本专利技术涉及电感器水稻育种
，特别涉及一种水稻稻瘟病抗性基因Pid3
‑
A4的KASP分子标记开发及其应用。

技术介绍

[0002]水稻是世界上栽培面积和总产量仅次于小麦的重要作物。我国的水稻的耕作面积仅次于印度，但是稻谷总产量居于世界产稻国家之首。水稻所结果实为大米，可作为粮食食用，还可以酿酒、制糖作为工业原料，还可以酿酒、制糖作工业原料，其稻壳可以作为牲畜饲料，其稻草可以做成粗麻绳、草席、草纸等，其稻杆还可以制作板材、生产肥料等。
[0003]瘟病又名稻热病、火烧瘟、叩头瘟等，是水稻最为严重的病害之一，每年因稻瘟病损失的水稻为其年产量的10％～30％(Skamnioti P,Gurr S J.Against the grain:safeguarding rice from rice blast disease[J].Trends in Biotechnology,2009,27(3):141
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150.)。因此，培育抗稻瘟病品种是保障水稻稳产、增产的重要方向。分子标记辅助选择技术(Marker
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assisted Selection，MAS)可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，无需漫长的表型观察，提升育种效率(Tanksley等，RFLP mapping in plant breeding:New tools for an old science.1989,Biotechnology,7:257
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263)。
[0004]目前，已克隆的抗稻瘟病基因有30多个，包括Pi37、Pit、Pish、Pi21、Pi2、Pi9、Piz
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t、Pigm、Pid2等基因(杨庆,YANG,Qing,等.水稻抗稻瘟病基因与育种研究进展[J].北方水稻,2017.)。大部分基因都开发了相应的Indel、SSR或CAPS分子标记(刘洋,徐培洲,张红宇,等.水稻抗稻瘟病Pib基因的分子标记辅助选择与应用[J].中国农业科学,2008；陈学伟,李仕贵,马玉清,等.水稻抗稻瘟病基因Pi
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d(t)1,Pi
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b,Pi
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ta2的聚合及分子标记选择[J].生物工程学报,2004,20(5):68
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74)。其中，SSR标记、InDel标记或酶切标记虽然可以用于分子标记辅助选择，但检测效率低，同时还可能会产生气溶胶污染环境，并不适用于高通量的分子检测平台。

技术实现思路

[0005]基于此，本专利技术的目的是提供一种水稻稻瘟病抗性基因Pid3
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A4的KASP标记开发及其应用，以提高检测效率。
[0006]第一方面，本专利技术提供了一种水稻稻瘟病抗性基因Pid3
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A4的KASP分子标记，所述KASP分子标记为KASP
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A4，所述KASP
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A4为基于水稻基因组中的一个SNP位点而开发的KASP引物，且KASP
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A4的多态性为T或A。
[0007]进一步地，所述KASP分子标记的多态性位点位于chr6.13058850。
[0008]第二方面，本专利技术还提供了一种用于检测上述KASP分子标记KASP
‑
A4的引物组，所述引物组包括正向引物和反向引物，所述正向引物包括Primer X和Primer Y，所述反向引物包括Primer R，其中，
[0009]所述Primer X的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；
[0010]所述Primer Y的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；
[0011]所述Primer R的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。
[0012]进一步地，上述引物组应用包括：
[0013]在鉴定或辅助鉴定水稻稻瘟病抗性中的应用；
[0014]或，在制备鉴定或辅助鉴定抗稻瘟病水稻产品中的应用；
[0015]或，在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用；
[0016]或，在选育抗稻瘟病的水稻资源中的应用。
[0017]第三方面，本专利技术还提供了一种根据上述KASP分子标记的检测方法，所述检测方法包括以下步骤：
[0018]S10，设计并选择引物Primer X、Primer Y以及Primer R；
[0019]S20，从水稻叶片中提取引物Primer X、Primer Y以及Primer R对应的基因组DNA；
[0020]S30，以提取的所述基因组DNA为模板，利用SNP分子标记KASP
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A4的引物Primer X、Primer Y以及Primer R，对KASP
‑
A4分子标记进行KASP反应测试；
[0021]S40，若所述待测水稻的扩增产物的荧光信号数据经Douglas基因分型软件分析靠近X轴，则待测水稻基因组中KASP
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A4引物的基因型为T/T纯合型，水稻为抗稻瘟病或者候选为抗稻瘟病；若待测水稻的扩增产物的荧光信号数据经Douglas基因分型软件分析靠近Y轴，则待测水稻基因组中KASP
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A4引物的基因型为A/A纯合型，水稻为稻瘟病或者候选为稻瘟病；若待测水稻的扩增产物的荧光信号数据经Douglas基因分型软件分析位于X轴和Y轴中间，则待测水稻基因组中KASP
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A4引物的基因型为T/A杂合型，水稻为抗稻瘟病或者候选为抗稻瘟病。
[0022]进一步地，上述KASP分子标记的应用包括：
[0023]在鉴定或辅助鉴定水稻稻瘟病抗性中的应用；
[0024]或，在制备鉴定或辅助鉴定抗稻瘟病水稻产品中的应用；
[0025]或，在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用。
[0026]或，在选育抗稻瘟病的水稻资源中的应用。
[0027]进一步地，在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用中，选择KASP
‑
A4引物的基因型为T/A或T/T的水稻进行辅助育种或制备辅助育种产品。
[0028]进一步地，在选育抗稻瘟病的水稻资源中的应用中，选择KASP
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A4引物的基因型为T/A或T/T的水稻进行育种。
[0029]第四方面，本专利技术还提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括核苷酸序列如SEQ ID No.1
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3所示的引物。
[0030]第五方面，本专利技术还提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括核苷酸序列如SEQ ID No.1
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3所示的引物。
[0031]相较于现有技术，本专利技术所述分子标记是与水稻稻瘟病抗性基因Pid3
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A4紧密连锁的KASP标记本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种水稻稻瘟病抗性基因Pid3
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A4的KASP分子标记，其特征在于：所述KASP分子标记为KASP
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A4，所述KASP
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A4为基于水稻基因组中的一个SNP位点而开发的KASP引物，且KASP
‑
A4的多态性为T或A。2.根据权利要求1所述的KASP分子标记，其特征在于，所述KASP分子标记的多态性位点位于chr6.13058850。3.一种用于检测根据权利要求1所述的KASP分子标记KASP
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A4的引物组，其特征在于，所述引物组包括正向引物和反向引物，所述正向引物包括Primer X和Primer Y，所述反向引物包括Primer R，其中，所述Primer X的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述Primer Y的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；所述Primer R的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。4.根据权利要求3所述的引物组的应用，其特征在于，所述应用包括：在鉴定或辅助鉴定水稻稻瘟病抗性中的应用；或，在制备鉴定或辅助鉴定抗稻瘟病水稻产品中的应用；或，在水稻辅助育种或制备水稻辅助育种产品中的应用；或，在选育抗稻瘟病的水稻资源中的应用。5.一种根据权利要求1所述的KASP分子标记的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括以下步骤：S10，设计并选择引物Primer X、Primer Y以及Primer R；S20，从水稻叶片中提取引物Primer X、Primer Y以及Primer R对应的基因组DNA；S30，以提取的所述基因组DNA为模板，利用SNP分子标记KASP
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A4的引物Primer X、Primer Y以及Primer R，对KASP
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【专利技术属性】
技术研发人员：马江涛，颜光华，
申请(专利权)人：华美瑞康北京国际生物技术研究院有限公司，
类型：发明
国别省市：