基于MassArray核酸质谱的脑胶质瘤染色体lp/19q检测方法及应用技术

本发明专利技术提供一种染色体lp/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组，该方法基于MassArray质谱平台对脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失进行检测，无需使用正常对照样本，即可完成脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失检测，同时增加19号染色体长臂上的检测位点，进一步提高脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失检测的准确性，检测分析操作简单、耗时短、准确性高、价格便宜，适于在临床中推广。适于在临床中推广。适于在临床中推广。

【技术实现步骤摘要】
基于MassArray核酸质谱的脑胶质瘤染色体lp/19q检测方法及应用


[0001]本专利技术属于医疗检测
，具体涉及一种染色体1p/19q杂合性缺失的检测方法、试剂盒及引物组。

技术介绍

[0002]脑胶质瘤作为一种高病死率的恶性肿瘤，目前治疗手段虽有长足进步，但患者的中位生存期仍小于15个月，这一疾病在我国造成了巨大的社会经济及家庭负担。近年来，脑胶质瘤的分子病理研究取得了重大进展，已发现了一系列有助于脑胶质瘤临床诊断和预后判断的分子标志物，例如IDH1/2基因突变，lp/19q杂合性缺失突变(loss of heterozygosity,LOH)，MGMT启动子甲基化等。染色体lp/19q杂合性缺失是指细胞中一条1号染色体短臂或/和一条19号染色体长臂发生缺失。目前认为lp/19q杂合性缺失是少突胶质细胞瘤的分子特征，是其诊断性分子标志物。通常对疑似少突胶质细胞瘤或混合性少突星形细胞瘤均应进行lp/19q杂合性缺失的检测，从而协助组织学的诊断。lp/19q杂合性缺失可以帮助区分混合性少突星形细胞瘤更倾向于少突还是星形，这对于治疗选择有一定的意义。存在lp/19q杂合性缺失的少突胶质细胞瘤生长速度较慢，并对化疗敏感。目前治疗指南对少突胶质细胞瘤均推荐检测lp/19q杂合性缺失的状态。
[0003]对于脑胶质瘤的lp/19q杂合性缺失突变，临床上常用的检测方法主要有荧光原位杂交(FISH)、基于杂合性缺失分析的聚合酶链式反应(PCR
‑
L0H)、阵列比较基因组杂交(CGH)。《中国脑胶质分子诊疗指南》推荐FISH作为检测lp/19q杂合性缺失的方法，虽然FISH技术可通过荧光信号直观地显示lp/19q的缺失状态，但是探针结合区域的局限性使得小范围的缺失可能检测不出，而且FISH实验操作比较复杂，对操作和结果分析人员的经验要求非常高，检测周期长、配套仪器和试剂价格昂贵oPCR
‑
LOH对Ip和19q上的多个微卫星区域进行扩增后，需通过变性聚丙烯酰胺电泳或变性高效液相色谱等方法来检测扩增产物，整个实验流程操作复杂、容易发生污染、结果分析掺杂因素多，不利于临床使用。CGH需使用进口的基因芯片，配套的仪器和试剂耗材成本较高。因此，目前对于胶质细胞瘤的lp/19q杂合性缺失突变检测，缺乏一种操作简单、耗时短、准确性高、价格便宜的检测方法。申请人早期专利中涉及一种基于MassArray核酸质谱平台的脑胶质瘤染色体lp/19q的检测方法，不过该方法仍需进一步提升。
[0004]有鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是寻求一种检测通量更高、操作更简便、成本更低的检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失的产品及其方法。为实现该目的，本专利技术针对申请人早期的专利CN201810842077.1进行升级改造，进而克服上述问题。为实现上述目的，本专利技术主要提供图下技术方案：
[0006]本专利技术提供上述的用于检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失相关SNP位点的引物组，在制备检测脑胶质瘤检测产品中应用。
[0007]本专利技术提供一种用于检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失的产品，以缓解现有技术中缺少能够高通量、易操作且低成本的针对脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失进行检测的产品的技术问题。
[0008]本专利技术提供一种检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失相关SNP位点的方法，以缓解现有的检测方法通量较低、操作繁琐、价格昂贵等技术问题。
[0009]本专利技术还提供了一种用于检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失的产品，所述产品包括所述产品包括用于检测SNP位点的试剂和/或设备，以及上述的引物组。
[0010]本专利技术提供了一种用于脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失的产品，以缓解现有的检测方法有效位点少、需要对照样本同时检测判断缺失性等技术问题。
[0011]另外，本专利技术还提供了一种检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失相关SNP位点的方法，所述方法包括应用上述的引物组对待测样品基因组中SNP位点的核苷酸进行检测。
[0012]具体技术方案如下：
[0013]本专利技术提供一种用于检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失相关SNP位点的引物组，所述SNP位点包括：rs933032、rs4970520、rs1329113、rs586057、rs624971、rs2038366、rs6426368、rs1457093、rs7512426、rs67421541、rs36624、rs79887225、rs797257、rs2031958、rs16866144、rs10407280、rs12611404、rs10875362、rs212961、rs437229、rs2473287、rs1674139、rs859104、rs11666952、rs11247639、rs4908744、rs9426469、rs4803502、rs11586551、rs3766345、rs7507651、rs2385126、rs12039701、rs621996、rs2641114、rs2459143、rs891167、rs12032257、rs11879622、rs2914658、rs7359978、rs33824、rs4927030、rs58568071、rs10776736、rs260502、rs2015、rs3972312、rs4847150、rs1199668。
[0014]进一步的，所述引物组分为如下3组：
[0015]第一组包括检测rs933032、rs4970520、rs1329113、rs586057、rs624971、rs2038366、rs6426368、rs1457093、rs7512426、rs67421541、rs36624和rs79887225的引物组；
[0016]第二组包括检测rs797257、rs2031958、rs16866144、rs10407280、rs12611404、rs10875362、rs212961、rs437229、rs2473287、rs1674139、rs859104、rs11666952、rs11247639、rs4908744、rs9426469和rs4803502的引物组；
[0017]第三组包括检测rs11586551、rs3766345、rs7507651、rs2385126、rs12039701、rs621996、rs2641114、rs2459143、rs891167、rs12032257、rs11879622、rs2914658、rs7359978、rs33824、rs4927030、rs58568071、rs10776736、rs260502、rs2015、rs3972312、rs4847150和rs1199668的引物组。
[0018]进一步的，所述引物组序列如SEQ ID NO.1
‑
100所示，或者与SEQ I本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测脑胶质瘤染色体lp/19q杂合性缺失相关SNP位点的引物组，其特征在于，所述SNP位点包括：rs933032、rs4970520、rs1329113、rs586057、rs624971、rs2038366、rs6426368、rs1457093、rs7512426、rs67421541、rs36624、rs79887225、rs797257、rs2031958、rs16866144、rs10407280、rs12611404、rs10875362、rs212961、rs437229、rs2473287、rs1674139、rs859104、rs11666952、rs11247639、rs4908744、rs9426469、rs4803502、rs11586551、rs3766345、rs7507651、rs2385126、rs12039701、rs621996、rs2641114、rs2459143、rs891167、rs12032257、rs11879622、rs2914658、rs7359978、rs33824、rs4927030、rs58568071、rs10776736、rs260502、rs2015、rs3972312、rs4847150、rs1199668。2.权利要求1所述的引物组，其特征在于，所述引物组分为如下3组：第一组包括检测rs933032、rs4970520、rs1329113、rs586057、rs624971、rs2038366、rs6426368、rs1457093、rs7512426、rs67421541、rs36624和rs79887225的引物组；第二组包括检测rs797257、rs2031958、rs16866144、rs10407280、rs12611404、rs10875362、rs212961、rs437229、rs2473287、rs1674139、rs859104、rs11666952、rs11247639、rs4908744、rs9426469和rs4803502的引物组；第三组包括检测rs11586551、rs3766345、rs7507651、rs2385126、rs12039701、rs621996、rs2641114、rs2459143、rs891167、rs12032257、rs11879622、rs291465...

【专利技术属性】
技术研发人员：曹尚志，卜范峰，虞梦寂，丁然，吴炳耀，邓望龙，吴增丁，丁雨，任用，李诗濛，
申请(专利权)人：江苏先声诊断技术有限公司南京先声诊断技术有限公司，
类型：发明
国别省市：