检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，所述试剂盒含有检测以下基因表达量的检测试剂：RP11

【技术实现步骤摘要】
检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒


[0001]本专利技术涉及分子诊断
，尤其是涉及检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒。

技术介绍

[0002]肺癌作为最常见的恶性肿瘤，其死亡率在世界范围内高居所有肿瘤榜首。肺腺癌是肺癌中最常见的亚型，占据肺癌病例的40％以上。针对肺腺癌的各种靶向药物的出现明显提高了肺腺癌患者的预后，使肺腺癌的治疗已经进入分子时代。如何能够准确评估肺腺癌的分子特征，对于患者的精准治疗和减轻社会负担意义重大。
[0003]抗氧化应激通路对于肺癌的发生发展有着巨大的作用，尽管在正常生理条件下，该通路能够抵御外界环境的氧化应激(ROS)及其对人体的伤害，但是在肺腺癌中该通路的过度激活，对于促进肿瘤进展、耐药和肿瘤异质性形成有着重要意义。在肺腺癌中，KEAP1、NFE2L2和CUL3基因具有较高的突变率且与抗氧化应激通路高度相关。上述基因的突变可使肿瘤细胞中的氧化应激状态得到过度激活，该通路下游基因的高表达引起肿瘤代谢重编程和内部免疫微环境的改变，进而促进肿瘤进展、耐药和肿瘤异质性形成，导致显著更差的预后生存。目前针对重要突变基因如EGFR的靶向药物治疗在肺腺癌的应用已经得到了广泛的认可和获益。针对KEAP1、NFE2L2和CUL3相关的抗氧化应激通路的靶向药物也已经在开展临床试验中，预示着未来积极的前景。
[0004]然而目前肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的检测并非临床常规项目，单独检测价格昂贵。

技术实现思路

[0005]针对目前肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的检测普及性较差以及成本较高的现状，本专利技术提供一种检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的组合物以及试剂盒，同时还提供检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的组合物以及试剂盒的应用。
[0006]本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现：
[0007]第一方面，本专利技术提供一组基因组合物的应用，所述基因组合物在制备评估肺腺癌是否存在抗氧化应激通路相关基因KEAP1、NFE2L2、CUL3突变的试剂盒上的应用，所述基因组合物由RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1组成。
[0008]第二方面，本专利技术提供检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因KEAP1、NFE2L2、CUL3突变的组合物，所述组合物由检测以下基因表达量的检测试剂组成：RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1。
[0009]RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1这些基因都是已知基因，这些基因的染色体位置也都是已知的，所用的基因组比对信息数据集为GRCh38.p2(Release 22)，具体序列信息一般由Ensembl网站下载相应的数据集。
[0010]表1 各基因在染色体上的区域
[0011][0012][0013]通过本专利技术的研究发现，RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1这些基因的表达量能预测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因CUL3、KEAP1、NFE2L2的突变状态。
[0014]第三方面，本专利技术提供一些检测试剂在制备检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因(KEAP1、NFE2L2、CUL3)突变的试剂盒中的应用，所述检测试剂由检测以下基因表达量的试剂组成：RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1。
[0015]在本专利技术的一个实施方式中，所述检测试剂主要有：
[0016]TRIzol(美国Life公司)
[0017]RNA Sample PrepKitv2(美国Illumina公司)
[0018]TruSeq SR Cluster Kitv3
‑
cBot
–
HS(美国Illumina公司)
[0019]氯仿(上海生工公司)
[0020]异丙醇(上海生工公司)
[0021]75％乙醇(上海生工公司)
[0022]LiCl(上海生工公司)。
[0023]在本专利技术的一个实施方式中，所述检测试剂作为试剂盒实现评估肺腺癌抗氧化应激通路相关基本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组基因组合物的应用，其特征在于，所述基因组合物在制备评估肺腺癌是否存在抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒上的应用，所述基因组合物由RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1组成；所述抗氧化应激通路相关基因为KEAP1、NFE2L2、CUL3。2.检测试剂在制备检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒中的应用，其特征在于，所述检测试剂由检测以下基因表达量的试剂组成：RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1；所述抗氧化应激通路相关基因为KEAP1、NFE2L2、CUL3。3.检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有检测以下基因表达量的检测试剂：RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、TRAPPC13P1、GS1
‑
388B5.2、RP11
‑
267L5.1、TRAV11、RP11
‑
699A7.1、AL132671.1；所述抗氧化应激通路相关基因为KEAP1、NFE2L2、CUL3。4.根据权利要求3所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，其特征在于，所述检测试剂作为试剂盒实现评估肺腺癌抗氧化应激通路相关基因是否突变的唯一关键成分。5.根据权利要求3所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒内还包括说明书，所述说明书记载如下公式：Score＝(
‑
0.1058
×
RP11
‑
539L10.2)+(
‑
0.1257
×
AKR1C2)+(
‑
48.6069
×
RP11
‑
572H4.1)+(
‑
0.357
×
TRIM16L)+(0.0587
×
RARA)+(0.0244
×
SESN2)+(
‑
19.895
×
RP5
‑
827L5.2)+(
‑
0.3798
×
CTD
‑
2139B15.5)+(
‑
0.4665
×
Metazoa_SRP)+(
‑
0.2482
×
snoU13)+(
‑
0.1185
×
RP11
‑
545H22.1)+(
‑
0.32
×
KRT8P30)+(
‑
0.1907
×
TALDO1)+(
‑
0.3089
×
TRAPPC13P1)+(
‑
1.0802
×
GS1
‑
388B5.2)+(
‑
0.4102
×
RP11
‑
267L5.1)+(
‑
1.3136
×
TRAV11)+(
‑
0.5642
×
RP11
‑
699A7.1)+(
‑
0.3232
×
AL132671.1)；上述公式中，RP11
‑
539L10.2表示该基因RP11
‑
539L10.2的表达量，其他基因也分别表示各自基因的表达量。6.根据权利要求5所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，其特征在于，RP11
‑
539L10.2是表示该基因RP11
‑
539L10.2的表达量，以log2(FPKM+1)作为该基因RP11
‑
539L10.2表达量的值，其中，FPKM的计算公式为：FPKM＝(每条RNA比对到的reads数目)/(样本总比对read数目
×
基因的长度)
×
106，其他基因表达量采用同样的算法。7.根据权利要求5所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，其特征在于，所述说明书中还记载：当检测样本评分Score＜
‑
2.838时，代表该样本存在抗氧化应激通路相关基因突变；当检测样本评分Score≥
‑
2.838时，代表该样本不存在抗氧化应激通路相关基因突变。8.根据权利要求5所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，其特征在于，所述说明书中还记载：使用所述试剂盒时，检测样本为新鲜组织肿瘤样本。
9.根据权利要求3所述检测肺腺癌抗氧化应激通路相关基因突变的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒内还包括说明书，所述说明书记载评估肺腺癌抗氧化应激通路相关基因KEAP1、NFE2L2、CUL3突变的方法，包括如下步骤：(1)检测样本以下基因表达量：RP11
‑
539L10.2、AKR1C2、RP11
‑
572H4.1、TRIM16L、RARA、SESN2、RP5
‑
827L5.2、CTD
‑
2139B15.5、Metazoa_SRP、snoU13、RP11
‑
545H22.1、KRT8P30、TALDO1、T...

【专利技术属性】
技术研发人员：金星，郑元生，陈振淙，卞赟艺，毕国澍，单光耀，黄宜炜，赵梦男，詹成，王群，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，
类型：发明
国别省市：