一种X染色体STR基因座的复合扩增体系及试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种X染色体STR基因座的复合扩增体系，包括特异性复合扩增32个X染色体STR基因座和1个Amelogenin性别识别基因座的33对引物对。还提供了含有上述复合扩增体系的试剂盒，可应用于法医个体识别、嫌疑人家系排查、产前诊断、X染色体数据库、和/或亲权鉴定。可单管同时扩增33个基因座，远超现有其他同类型复合扩增体系或试剂盒的上限。型复合扩增体系或试剂盒的上限。型复合扩增体系或试剂盒的上限。

【技术实现步骤摘要】
一种X染色体STR基因座的复合扩增体系及试剂盒


[0001]本专利技术涉及分析遗传学
，特别涉及一种X染色体STR基因座的复合扩增体系及试剂盒。

技术介绍

[0002]短串联重复序列(Short Tandem Repeat，STR)是存在于人基因组中的一类具有长度多态性的DNA序列，其核心序列一般由2～6个碱基构成，因该核心序列在不同个体间呈不同数目的串联重复而呈现出长度多态性。人基因组DNA中平均每6
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10kb就有一个STR基因座，这些广泛分布于人基因组中高度多态重复序列成为个体识别和亲权鉴定的有效遗传标记。STR片段小易扩增，适宜于检验微量和降解生物检材，各基因座的扩增条件相似而能够实现复合扩增和自动化检测，因而具有灵敏、准确、快速、信息量大等优点，非常适用于建立DNA数据库。目前在法医工作中应用较多的方法包括常染色体检测和/或Y染色体检测。但在日常检案过程中，遇到母子、父女关系鉴定以及在双亲缺失的姐妹关系认定、同父异母的姐妹关系认定、祖母
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孙女的关系认定时，则仅依靠现有的检测技术难以低成本、快速完成鉴定。

技术实现思路

[0003]本专利技术目的一方面在于提供一种X染色体STR基因座的复合扩增体系及试剂盒，以解决现有技术中所存在的一个或多个技术问题，提供至少一种有益的选择或创造条件。
[0004]一种X染色体STR基因座的复合扩增体系，包括反应混合液、热启动Taq酶、引物的混合物、sdH2O，以及提取的待测DNA。其中所述引物对包括特异性复合扩增32个X染色体STR基因座和1个Amelogenin性别识别基因座的33对引物对，所述X染色体STR基因座选自DXS8378、DXS7423、DXS10148、DXS10159、DXS10134、DXS7424、DXS9902、DXS10162、DXS7132、DXS10079、DXS6789、GATA165B12、DXS101、DXS10075、DXS10103、DXS10101、HPRTB、DXS6809、GATA31E08、DATA172D05、DXS6803、DXS10074、DXS10135、DXS6810、Amelogenin、DXS6795、DXS6800、DXS7133、DXS10164、DXS6807、DXS9895、DXS8377及DXS981。
[0005]在进行二联体的检测时，在母子、父女关系鉴定中，X
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STR比常染色体STR更加直观有效。尤其是父亲女儿的遗传关系鉴定中，可以很好的应用X染色体STR遗传标记。男性含有一条X染色体，X
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STR以单倍型形式存在，其完全来源母亲且完全遗传给女儿。在母女遗传关系中，X染色体与常染色相同，不会发挥更多的作用。但在特殊案例中，比如，两人并非母女但常染色体并不能排除的情况下，加X染色体遗传标记有很好的排除作用。同样根据X染色体独特的遗传方式，X染色体STR在双亲缺失的姐妹关系认定，同父异母的姐妹关系认定，祖母
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孙女的关系认定中起重要作用。X染色体STR由于其单个位点的位点平均排除率优于常染色体，在腐败降解检材检测中有一定作用，前面小片段的基因座能提供一定的信息。
[0006]所述X染色体STR基因座的复合扩增体系能够实现单管同时扩增检测33个基因座，因而能够用于X染色体基因座信息实现个体识别及嫌疑人的快速排查，又能用于产前诊断、
和/或亲权鉴定，对于法医DNA的快速检验和现场检验能提供有效的技术保障。具体地，所选基因座的信息如表1所示：表1、各基因座信息
在一些实施例中，所述特异性扩增引物的终浓度为0.025μm~0.51μm。具体的引物序列及浓度如表2所示：
表2、引物序列及对应浓度
在一些实施例中，每个所述基因座对应的引物对中至少有一个引物的5'端具有荧
光染料标记。进一步将所述32个X染色体STR基因座和1个Amelogenin性别识别基因座分组，每组具有相同的荧光染料标记，各组的荧光染料标记互不相同，则可提高检出效率。
[0007]在一些实施例中，为避免不同基因座之间产物出峰位置的重叠，保证复扩体系中32个基因座的分型结果互不影响，因此根据基因座扩增片段的长度大小进行合理地排布与分组；将特异性复合扩增DXS8378、DXS7423、DXS10148、DXS10159和DXS10134基因座的引物对为第一组，特异性复合扩增DXS7424、DXS9902、DXS10162、DXS7132、DXS10079和DXS6789基因座的引物对为第二组，特异性复合扩增GATA165B12、DXS101、DXS10075、DXS10103、DXS10101、HPRTB和DXS6809基因座的引物对为第三组，特异性复合扩增GATA31E08、DATA172D05、DXS6803、DXS10074、DXS10135和DXS6810基因座的引物对为第四组，特异性复合扩增Amelogenin、DXS6795、DXS6800、DXS7133、DXS10164、DXS6807、DXS9895、DXS8377和DXS981基因座的引物对为第五组。
[0008]可选用的荧光染料标记包括6
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FAM、HEX、TAMRA、ROX、VIC、PET、NED、TAZ、SIZ。在一些实施例中，所述第一组的荧光染料标记为6
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FAM，所述第二组的荧光染料标记为HEX，所述第三组的荧光染料标记为SUM，所述第四组的荧光染料标记为LYN，所述第五组的荧光染料标记为PUR。此外，分子量内标选择橙色荧光SIZ作为荧光染料标记，即第六组荧光染料。
[0009]在一些实施例中，X染色体STR基因座的复合扩增体系合计25.0 μL，包括反应混合液10.0 μL，热启动Taq酶1.0 μL，33对所述引物对的混合物5.0 μL，基因组DNA 0.125
ꢀ‑
5.0 ng，余量以 sdH2O补足。进一步，所述反应混合液包括Tris
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HCl、MgCl2、KCl和dNTP、BSA。
[0010]具体地，Tris
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HCl的反应终浓度为50 mM，MgCl2的反应终浓度为2.0 mM，KCl的反应终浓度为50 mM，dNTP的反应终浓度为0.2 mM，BSA的反应终浓度为0.8 mg/mL，热启动Taq酶的含量为5U/μL。
[0011]上述X染色体STR基因座的复合扩增体系的扩增程序为：预变性，95℃ 5 min；30个循环，94℃ 10 s，59℃ 1 min，68℃ 1 min；终延伸，60℃ 20 min；4℃保温维持。所得扩增产物的片段长度约为500bp。
[0012]本专利技术另一方面还提供了一种试剂盒，其包括上述的X染色体STR基因座的复合扩增体系，以及提取人基因组DNA的载体、等位基因分型标准物和荧光分子量内标。所述载体含有包括利用Chelex法、磁珠提取法或有机法抽提法中任意一本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种X染色体STR基因座的复合扩增体系，其特征在于，包括特异性复合扩增32个X染色体STR基因座和1个Amelogenin性别识别基因座的33对引物对，所述X染色体STR基因座选自DXS8378、DXS7423、DXS10148、DXS10159、DXS10134、DXS7424、DXS9902、DXS10162、DXS7132、DXS10079、DXS6789、GATA165B12、DXS101、DXS10075、DXS10103、DXS10101、HPRTB、DXS6809、GATA31E08、DATA172D05、DXS6803、DXS10074、DXS10135、DXS6810、Amelogenin、DXS6795、DXS6800、DXS7133、DXS10164、DXS6807、DXS9895、DXS8377及DXS981。2.根据权利要求1所述的复合扩增体系，其特征在于，33对所述引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO. 1至SEQ ID NO. 66所示。3.根据权利要求2所述的复合扩增体系，其特征在于，各引物的终浓度按SEQ ID NO. 1至SEQ ID NO. 66依次为0.06μM、0.06μM、0.08μM、0.08μM、0.11μM、0.11μM、0.08μM、0.08μM、0.10μM、0.10μM、0.13μM、0.13μM、0.07μM、0.07μM、0.11μM、0.11μM、0.11μM、0.11μM、0.34μM、0.34μM、0.12μM、0.12μM、0.06μM、0.06μM、0.29μM、0.10μM、0.16μM、0.16μM、0.21μM、0.21μM、0.20μM、0.20μM、0.13μM、0.13μM、0.13μM、0.13μM、0.22μM、0.07μM、0.16μM、0.05μM、0.11μM、0.11μM、0.10μM、0.10μM、0.34μM、0.13μM、0.16μM、0.16μM、0.02μM、0.02μM、0.61μM、0.20μM、0.40μM、0.40μM、0.45 μM、0.45 μM、0.05μM、0.05μM、1.50 μM、0.50μM、0.47μM、0.16μM、0.16μM、0.49μM、0.10μM、0.31μM。4.根据权利要求1至3任一项所述的复合扩增体系，其特征在于，每个所述基因座对应的引物对中至少有一个引物的5' 端具有荧光染料标...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘超，赵鹏，杜蔚安，刘宏，朱卓英，郑阳阳，梅兴林，杨幸怡，周咏松，麦琴笑，
申请(专利权)人：无锡中德美联生物技术有限公司广州市刑事科学技术研究所，
类型：发明
国别省市：