本发明专利技术提供了一种眼科疾病相关SNP位点引物组合物及其应用，属于分子生物学技术领域。本发明专利技术通过NGS的方法，设计开发了一组SNP位点扩增引物，通过生物信息学分析方法，检测个体体内与眼科疾病相关的基因结构变化，预测个体患病风险，提高眼科疾病的预防和/或治疗效果。本发明专利技术所述的评估系统及检测方法成本低，操作简便，灵敏度好，且准确率高，重复性好，具有极大的临床应用价值。大的临床应用价值。大的临床应用价值。
【技术实现步骤摘要】
一种眼科疾病相关SNP位点引物组合物及应用
[0001]本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及一种眼科疾病相关SNP位点引物组合物及应用。
技术介绍
[0002]眼科疾病是指发生在眼部区域的疾病，常见眼科疾病有近视、散光、白内障、青光眼、中心浆液性视网膜病变、干眼症、交感性眼炎、夜盲症、弱视、沙眼、糖尿病视网膜病变、结膜炎、老花眼、色盲、视网膜色素变性、视网膜中央动脉阻塞、视网膜脱落、远视、针眼、雪盲症、霰粒肿、飞蚊症等。其中，白内障是老年人常见的眼科疾病，在全世界范围内白内障是致盲的最常见病因，50岁以上老年人白内障发病率60％，70岁以上攀升至80％以上。
[0003]除环境作用外，遗传因素是一些眼科疾病的重要致病因素，评估眼科疾病的遗传风险，对于眼科疾病的早筛和预防具有重要意义。如已有研究表明，年龄相关性黄斑变性(AMD)与CFH、ARMS2、HTRA1等基因有关。而角膜曲率相关基因MTOR、CMPK1、PDGFRA、RBP3与高度近视有关。
[0004]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是由单个核苷酸的变异(包括转换、颠换、缺失和插入四种形式)所引起的DNA序列的多态性，一般情况下只会发生转换和颠换这两种形式，二者之比约为1：2。SNP在人类基因组中广泛存在，大约每五百到一千个碱基中就会出现一个，占全部已知基因多态性的90％以上，可以说是人类最常见的可遗传变异。单核苷酸多态性最常出现在CG序列中，C等位基因型转换为T等位基因型的情况最为常见，这可能与胞嘧啶容易通过甲基化形成胸腺嘧啶有关。单核苷酸多态性作为被发掘的第三代DNA遗传标志物，相比前两代标志物而言，具有数量多、密度大、分布广、稳定性强、易于检测等优点，有利于单核苷酸多态性在医学方面的应用和推广。
[0005]专利CN103201393B公开了一种用于鉴定具有更大风险进展为晚期老年性黄斑变性(AMD)的患有中期AMD个体的方法，通过使用基于全基因组基因关联研究的结果计算多基因计分，需使用数千种SNP。《7个单核苷酸多态性位点与中国汉族人群高度近视的相关性分析》(李芳.四川:电子科技大学,2017.)一文则研究了高度近视与rs1656404、rs7829127、rs7084402、rs17648524、rs1254319、rs12205363和rs3138144七个SNP位点的关系。但以上现有技术中仅提供了针对某一种眼科疾病评估方法或相关SNP位点，并未给出针对多种眼科疾病的检测方法或系统。
[0006]因此，亟需构建一种能够同时针对多种眼科疾病的相关SNP位点及其引物组合物，用于眼科疾病的预防或治疗，便于更好地维持人机体的健康。
技术实现思路
[0007]针对上述不足，本专利技术提供了一种眼科疾病相关SNP位点及其引物组合物。本专利技术通过NGS的方法，设计开发了一组SNP位点扩增引物，通过生物信息学分析方法，检测个体体内与眼科疾病相关的基因结构变化，预测个体患病风险，提高眼科疾病的预防和/或治疗效
果。本申请所述的引物组合物及检测方法检测成本低，操作简便，灵敏度好，且准确率高，重复性好，具有极大的临床应用价值。
[0008]为了实现上述专利技术目的，本专利技术的技术方案如下：
[0009]一方面，本专利技术提供了一种眼科疾病相关SNP位点引物组合物，所述的SNP位点包括：rs10034228、rs13382811、rs2730260、rs4395927、rs4455882、rs6469937、rs7839488、rs9318086、rs11911275、rs7615568、rs10483727、rs1063192、rs2487032、rs3213787、rs523096、rs7865618。
[0010]具体地，所述的引物组合物如下表1所示。
[0011]表1引物组合物
[0012][0013][0014]具体地，所述的眼科疾病包括近视、年龄相关性白内障和青光眼等。
[0015]另一方面，本专利技术提供了上述SNP位点引物组合物在制备检测和/或评估眼科疾病产品中的应用。
[0016]又一方面，本专利技术提供了一种用于检测和/或评估眼科疾病的产品，所述产品包括上述SNP位点引物组合物。
[0017]具体地，所述的产品为独立试剂或试剂盒。
[0018]又一方面，本专利技术提供了上述SNP位点引物组合物或产品在检测眼科疾病相关SNP位点中的应用。
[0019]又一方面，本专利技术提供了一种眼科疾病相关SNP位点的检测方法，所述方法为非疾病诊断和治疗方法，所述方法包括利用上述引物组合物或产品对待测样品基因组中的SNP位点进行检测。
[0020]具体地，所述的方法包括以下步骤：
[0021](1)基因组DNA提取；
[0022](2)第1轮多重PCR反应；
[0023](3)第1轮磁珠纯化；
[0024](4)第2轮多重PCR反应；
[0025](5)第2轮磁珠纯化；
[0026](6)文库定量；
[0027](7)文库质量检测；
[0028](8)将文库上机测序，得到fastaq序列文件，经过质量评估、比对、SNP calling步
骤得到待测样本捕获区域的SNP的基因型信息；
[0029](9)将得到的每一个SNP的基因型赋予其在人群研究中的疾病的OR值；
[0030](10)将个体某一疾病所涉及的SNP的所有OR值进行相乘，即该个体针对该疾病的绝对遗传风险；
[0031](11)将绝对遗传风险在千人基因组/中国人基因组队列中排名，即该个体针对该疾病的相对遗传风险，排名在5％以内为低风险，在95％以上为高风险，5
‑
95％之间为正常范围。
[0032]进一步具体地，步骤(8)中所述质量评估软件为FASTQC软件，所述比对软件为BWA软件，所述SNP calling软件为GATK软件。
[0033]与现有技术相比，本专利技术的积极和有益效果在于：
[0034]1、本专利技术提供了一种用于检测眼科疾病SNP位点引物组合物，能够同时对近视、年龄相关性白内障和青光眼等眼科疾病进行检测及患病风险评估，进一步提高眼科疾病的预防和/或治疗效果。
[0035]2.本专利技术提供的SNP位点引物组合物及检测方法，可从微量外周血中获取到足够多的遗传信息，进行遗传风险评估，灵敏度好，同时高效特异的扩增引物，精准地获取SNP位点信息，杜绝非特异扩增，大大的提高了精准度，并降低实验成本，操作简便。从获取的SNP组合，经过特异的分析方法，计算预测个体未来有可能的患病风险，具有极大的临床应用价值。
[0036]3.本专利技术包含的SNP位点信息覆盖多种眼科疾病，对于每一种疾病，获得了N个该疾病易感位点基因型，每一个易感位点的基因型等位基因有自己的OR值，根据测序结果得到的位点的基因型信息，获得某种疾病所覆盖的位点基因型对应的本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种眼科疾病相关SNP位点引物组合物，其特征在于：所述的SNP位点包括：rs10034228、rs13382811、rs2730260、rs4395927、rs4455882、rs6469937、rs7839488、rs9318086、rs11911275、rs7615568、rs10483727、rs1063192、rs2487032、rs3213787、rs523096、rs7865618。2.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于：所述的引物组合物包括：3.根据权利要求2所述的引物组合物，其特征在于：所述的眼科疾病包括近视、年龄相关性白内障或青光眼中的一种或多种。4.权利要求1所述的引物组合物在制备检测和/或评估眼科疾病产品中的应用。
5.一种用于检测和/或评估眼科疾病的产品，其特征在于：所述产品包括权利要求1所述的SNP位点引物组合物。6.根据权利要求5所述的产品，其特征在于：所述的产品为独立试剂或试剂盒。7.权利要求1所述的引物组合物或权利要求5所述的产品在检测眼科疾病相关SNP位点中的应用。8.一种眼科疾病相关SNP位点的检测方法，所述方法为非疾病诊断和治疗方法...
【专利技术属性】
技术研发人员：方向东，阮修艳，郑光敏，彭勇飞，张苇，
申请(专利权)人：中国科学院北京基因组研究所国家生物信息中心，
类型：发明
国别省市：
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