一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法技术

本发明专利技术公开了一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法，包括以下操作步骤：S1：选取100个早期胰腺导管腺癌（I或II期）人群和900名健康人群为试验检测对象，抽取检测对象的静脉全血10毫升，采用离心方法，去掉血细胞，得到血清，如果对象离中心实验室离心处理有4个小时的间隔，可以采用含有乙二胺四乙酸（EDTA）的普通血液收集管收集。本发明专利技术所述的一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法，利用对血液中蛋白加DNA的多维度检测来判断胰腺导管腺癌（PDAC）的风险程度，可以应用于健康人群，早于传统检测方法平均8个月，更早期发现胰腺导管腺癌（PDAC），也可以用于对治疗中的胰腺导管腺癌的病人的动态监控病情发展，带来更好的使用前景。带来更好的使用前景。带来更好的使用前景。

【技术实现步骤摘要】
一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法


[0001]本专利技术涉及生物领域，特别涉及一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法。

技术介绍

[0002]胰腺导管腺癌的早筛评估方法是一种进行胰腺癌检查的支撑方法，胰腺癌是一种恶性肿瘤，当现有检查手段确诊胰腺癌时，这种疾病往往已经发展到十分严重的阶段，这也导致胰腺癌患者的5年存活率仅为3%左右，是五年存活率最低的一种肿瘤类型，而如果早期可以发现，比如一期的胰腺导管腺癌（PDAC）, 其5年存活率可以达到70%，所以，PDAC的早期诊断和早筛对该疾病有重大的临床意义，随着科技的不断发展，人们对于胰腺导管腺癌的早筛评估方法的要求也越来越高。
[0003]现有的胰腺导管腺癌的早筛评估方法在使用时存在一定的弊端，早期PDAC的临床症状并不明显，影像学检测的灵敏度低，而基于体液（如血液）的检测没有可用的生物标记物，另外，胰腺导管腺癌（PDAC）和胰腺炎不好区别，临床上广泛使用血清学检测生物学标记物“癌抗原19
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9”（英文：CA19
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9）的特异性低（很多疾病都有CA19
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9抬高的结果），即便在有症状的PDAC病人里，其灵敏性也只有79
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81%，目前的诊断技术，均无法达到临床可以使用的早期诊断和早筛的目的的产品，不利于人们的使用，给人们的使用过程带来了一定的不利影响，为此，我们提出一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法。

技术实现思路

[0004]（一）解决的技术问题针对现有技术的不足，本专利技术提供了一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法，可以应用于健康人群，早于传统检测方法平均8个月，更早期发现胰腺导管腺癌（PDAC），达到早发现，早治疗的目的；也可以用于对治疗中的胰腺导管腺癌的病人的动态监控病情发展，可以有效解决
技术介绍
中的问题。
[0005]（二）技术方案为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案为：一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法，包括以下操作步骤：S1：选取100个早期胰腺导管腺癌(I或II期)人群和900名健康人群为试验检测对象，抽取检测对象的静脉全血10毫升，采用离心方法，去掉血细胞，得到血清，如果对象离中心实验室离心处理有4个小时的间隔，可以采用含有乙二胺四乙酸（EDTA）的普通血液收集管收集，之后通过冰袋运输即可；S2：取血清1毫升，平均分为3份，分别对三个蛋白，包括CA19
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9、THBS2、MUC5AC，进行用酶联免疫吸附测定（ELISA）方法检测，这里所用的抗体为商业化抗体，操作按照标准ELISA的方法进行；S3：剩余的大约4毫升血清，首先抽提CELL FREE DNA（即CF
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DNA）；S4：CF
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DNA产物大约为50纳克左右，其中的10纳克进行对KRAS基因的下一代测序
（NGS）检测突变检测，用多重PCR的方法捕获和富集7种常见的KRAS突变，捕获和扩增富集后的产物，按照ILLUMINA的测序文库搭建方法建立文库，在ILLUMINA测序仪（MYSEQ或NOVASEQ）上进行标准的测序过程；S5：另外的40纳克对两个甲基化位点进行NGS的甲基化的检测，首先用亚硫酸氢盐处理对象DNA,甲基化的胞嘧啶碱基不变，而未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，随后按照标准的测序方法进行建库，测序；S6：根据机器学习模型的综合打分，给出胰腺导管腺癌（PDAC）的患病风险得分，该得分的阈值根据数学统计模型得出，在阈值以上的是高危或患病人，建议积极的临床检测和随访。
[0006]作为一种优选的技术方案，所述S1步骤中的阳性样本为早期胰腺导管腺癌（I或II期）人群，阴性样本为健康人群。
[0007]作为一种优选的技术方案，所述S1步骤中的离心方法可以使用低速离心的方法，转速可设置在4000转/分钟,离心时间设置5分钟，温度设置在4摄氏度。
[0008]作为一种优选的技术方案，所述S2步骤中的THBS2为血小板反应蛋白2，所述MUC5AC为黏糖蛋白5AC。
[0009]作为一种优选的技术方案，所述S3步骤中的抽提是使用广州吉赛生物cfDNA提取试剂盒，所述S3步骤中的CF
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DNA产物大约为50纳克左右，且其中的10纳克进行对KRAS基因的下一代测序（NGS）检测突变检测，另外的40纳克对两个甲基化位点进行NGS的甲基化的检测。
[0010]作为一种优选的技术方案，所述甲基化的检测采用的方法是在亚硫酸氢盐测序法（BSP）的标准流程上的修改。
[0011]作为一种优选的技术方案，所述S4步骤中的测序深度为1万层。
[0012]作为一种优选的技术方案，所述S6步骤中机器学习模型采用的是随机森林的方法，该方法的参数使用默认参数。
[0013]（三）有益效果与现有技术相比，本专利技术提供了一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法，具备以下有益效果：该一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法，利用对血液中蛋白加DNA的多维度检测来判断胰腺导管腺癌（PDAC）的风险程度，可以应用于健康人群，早于传统检测方法平均8个月，更早期发现胰腺导管腺癌（PDAC），达到早发现，早治疗的目的，也可以用于对治疗中的胰腺导管腺癌的病人的动态监控病情发展，根据对PDAC肿瘤的发生发展和对相关文献的调研理解，在蛋白层面，CA19
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9, THBS2和 MUC5AC这三种蛋白在血液中的浓度在肿瘤发生或进展过程中有统计学上的显著抬升；而KRAS的突变在接近95%以上的PDAC里都有发现；另外，甲基化的信号也非常的明显；所以，综合了这3个维度（即蛋白，DNA突变，DNA甲基化）的信息，利用机器学习的原理对大规模数据进行分析和学习，得到预测肿瘤发生或进展的信号，抽取检测对象（健康人，或高危人群，即携带有高危因子的人，例如吸烟，有糖尿病，有肿瘤家族史；或已经在治疗中的PDAC病人，需要监控疾病的进展）的静脉全血10毫升，离心方法（一般可以使用低速离心的方法，转速可设置在4000转/分钟,离心时间设置5分钟，温度设置在4摄氏度）去掉血细胞，得到血清；如果对象离中心实验室离心处理有4个小时的间隔，可以采用含有乙二胺四乙酸 （EDTA）的普通血液收集管收集，之后冰袋运输即可，取血
清1毫升，平均分为3份，分别对三个蛋白，包括CA19
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9, THBS2（即血小板反应蛋白2）, MUC5AC（黏糖蛋白5AC）进行用酶联免疫吸附测定（ELISA）方法检测，这里所用的抗体为商业化抗体，操作按照标准ELISA的方法进行，剩余的大约4毫升血清，首先抽提CELL FREE DNA（即cf
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DNA），这里的抽提是使用广州吉赛生物cfDNA提取试剂盒，上面步骤的CF
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DNA产物大约为50纳克左右，其中的10纳克进行对KRAS基因的下一代测序（NGS）检测突变检测，首先，用多重PCR的方法捕获和富集7种常见的KRAS突变，捕获和扩增富集后的产物，按照ILLUMINA的测序文库搭建方法建立文本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于胰腺导管腺癌的早筛评估方法，其特征在于：包括以下操作步骤：S1：选取100个早期胰腺导管腺癌（I或II期）人群和900名健康人群为试验检测对象，抽取检测对象的静脉全血10毫升，采用离心方法，去掉血细胞，得到血清，如果对象离中心实验室离心处理有4个小时的间隔，可以采用含有乙二胺四乙酸（EDTA）的普通血液收集管收集，之后通过冰袋运输即可；S2：取血清1毫升，平均分为3份，分别对三个蛋白，包括CA19
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9、THBS2、MUC5AC，进行用酶联免疫吸附测定（ELISA）方法检测，这里所用的抗体为商业化抗体，操作按照标准ELISA的方法进行；S3：剩余的大约4毫升血清，首先抽提CELL FREE DNA（即CF
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DNA）；S4：CF
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DNA产物大约为50纳克左右，其中的10纳克进行对KRAS基因的下一代测序（NGS）检测突变检测，用多重PCR的方法捕获和富集7种常见的KRAS突变，捕获和扩增富集后的产物，按照ILLUMINA的测序文库搭建方法建立文库，在ILLUMINA测序仪（MYSEQ或NOVASEQ）上进行标准的测序过程；S5：另外的40纳克对两个甲基化位点进行NGS的甲基化的检测，首先用亚硫酸氢盐处理对象DNA,甲基化的胞嘧啶碱基不变，而未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，随后按照标准的测序方法进行建库，测序；S6：根据机器学习模型的综合打分，给出胰腺导管腺癌（PDAC）的患病风险得分，该得分的阈值根据数...

【专利技术属性】
技术研发人员：施巍炜，
申请(专利权)人：苏州崛起医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：