一种发卡型接头及其在双端index建库中的应用制造技术

本申请属于核酸测序技术领域，具体公开了一种发卡型接头，其包括index1引物结合区、脱氧尿嘧啶核苷酸、index2引物结合区、反义接头互补区和正义接头互补区，所述index1引物结合区通过脱氧尿嘧啶核苷酸与index2引物结合区连接；所述正义接头互补区与所述反义接头互补区分别连接于所述index1引物结合区和index2引物结合区，所述正义接头互补区与所述反义接头互补区完全互补配对。本申请至少具有以下有益效果之一：本申请提供的发卡型接头，将其应用于双端index建库时，能够显著提高文库产量。能够显著提高文库产量。能够显著提高文库产量。

【技术实现步骤摘要】
一种发卡型接头及其在双端index建库中的应用


[0001]本申请属于核酸测序
，更具体地说，它涉及一种用于核酸检测的发卡型接头及其在双端index建库中的应用。

技术介绍

[0002]2001年首个人类基因组草图绘制完成，耗时13年，耗费资金超过30亿美元。在随后的12年中，测序技术迎来了快速发展期，到2013年，Illumina推出的Novaseq6000测序仪，使全基因组测序进入100美元时代。随着华大智造基于DNBSEQ技术的多款测序平台的相继发布，NGS单Gb数据成本已降至5美金。测序成本大大幅降低，为NGS在临床诊断中的应用提供了强大助力。但在DNBSEQ技术测序时，存在接头不稳定，文库产量低的问题。

技术实现思路

[0003]基于此，为了提高文库产量，本申请提供一种发卡型接头，该接头用于双端index建库时，能够显著提高文库的产量。
[0004]本申请是通过以下方案实现的：本申请提供一种发卡型接头，其包括index1引物结合区、脱氧尿嘧啶核苷酸、index2引物结合区、反义接头互补区和正义接头互补区，所述index1引物结合区通过脱氧尿嘧啶核苷酸与index2引物结合区连接；所述正义接头互补区与所述反义接头互补区分别连接于所述index1引物结合区和index2引物结合区，所述正义接头互补区与所述反义接头互补区完全互补配对。
[0005]本申请通过脱氧尿嘧啶核苷酸将index1引物结合区和index2引物结合区相连接形成发卡型的接头，有助于接头寡核苷酸链在接头制备过程中形成正确的二级结构。将该接头应用于双端index建库时，能够有效提高文库的产量。
[0006]在本申请的一个具体实施方式中，所述脱氧尿嘧啶核苷酸的长度为1
‑
20bp。
[0007]在本申请的一个具体实施方式中，所述发卡型接头，由5
’
端到3
’
端依次包括：反义接头互补区、index1引物结合区、脱氧尿嘧啶核苷酸、index2引物结合区和正义接头互补区。
[0008]在本申请的一个具体实施方式中，所述发卡型接头还包括突出碱基T，所述突出碱基T连接于所述发卡型接头的3
’
端。
[0009]在本申请的一个具体实施方式中，所述突出碱基T经过硫代修饰。
[0010]在本申请一个具体实施方式中，所述正义接头互补区和/或所述反义接头互补区的1个或多个核苷酸经过LNA修饰。
[0011]在本申请一个具体实施方式中，所述正义接头互补区和/或所述反义接头互补区的1
‑
14核苷酸经过LNA修饰。例如，经LNA修饰的核苷酸为1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个或14个。
[0012]在本申请一个具体实施方式中，所述正义接头互补区的核苷酸经过LNA修饰。
[0013]在本申请的一个具体实施方式中，所述LNA修饰的核苷酸为A和/或T。
[0014]在本申请的一个具体实施方式中，所述正义接头互补区的A和T均经过LNA修饰。
[0015]在本申请的一个具体实施方式中，所述发卡型接头还包括UMI序列。
[0016]在本申请的一个具体实施方式中，所述UMI序列分别通过补充碱基T连接于正义接头互补区的3
’
端和通过补充碱基A连接于反义接头互补区的5
’
端。
[0017]在本申请的一个具体实施方式中，所述UMI的长度为2
‑
6bp。例如，所述UMI的长度为2bp，3bp，4bp，5bp或6bp，优选地，所述UMI的长度4bp。
[0018]在本申请的一个具体实施方式中，所述UMI序列如下表所示。
[0019]在本申请的一个具体实施方式中，所述发卡型接头的5
’
端经过磷酸化修饰。
[0020]在本申请的一个具体实施方式中，所述发卡型接头序列为：/5phos/AGTCGGAGGCCAAGCGGTCTTAGGAAGACUGAACGACATGGCTACGATCCGACT*T，*T表示碱基T经过硫代修饰。
[0021]在本申请的一个具体实施方式中，经过LNA修饰的发卡型接头序列为：/5phos/AGTCGGAGGCCAAGCGGTCTTAGGAAGACUGAACGACATGGCTACGA/iXNA_T/CCG/iXNA_A/C/iXNA_T/*T，/iXNA_T/表示碱基T被LNA修饰；/iXNA_A/表示碱基A被LNA修饰，*T表示碱基T经过硫代修饰。
[0022]其中，/iXNA_T/表示碱基T被LNA修饰；/iXNA_A/表示碱基A被LNA修饰。
[0023]在本申请的一个具体实施方式中，所述index1引物结合区的长度为20
‑
31bp。例如所述index1引物结合区的长度为20bp、21bp、22bp、23bp、24bp、25bp、26bp、27bp、28bp、29bp、30bp或31bp优选地，所述index1引物结合区的长度为24bp。
[0024]在本申请的一个具体实施方式中，所述index2引物结合区的长度为20
‑
41bp。例如，所述index2引物结合区的长度为20bp、21bp、22bp、23bp、24bp、25bp、26bp、27bp、28bp、29bp、30bp、31bp、32bp、33bp、34bp、35bp、36bp、37bp、38bp、39bp、40bp或41bp优选地，所述index2引物结合区的长度为22bp。
[0025]本申请另一方面提供上述发卡型接头在双端index建库中的应用。
[0026]本申请另一方面提供上述发卡型接头在MGISEQ测序平台或DNBSEQ测序平台中的应用。
[0027]本申请提供的发卡型接头至少具有以下有益效果之一：本申请提供的发卡型接头，将其应用于双端index建库时，能够显著提高文库产
量。
附图说明
[0028]图1为本申请实施例中提供的发卡型接头的结构示意图。
[0029]图2为本申请实施例中提供的分别利用发卡型接头与标准接头建库的文库产量图。
[0030]图3为本申请实施例中提供的含有UMI标签的发卡型接头的结构示意图。
[0031]图4为本申请实施例中提供的分别利用发卡型接头、修饰发卡型接头以及含有UMI标签的发卡型接头建库的文库产量图。
具体实施方式
[0032]除非另有定义，本申请中使用的所有技术和科学术语具有与本申请所述
的普通技术人员通常理解的相同含义。
[0033]下面将结合本申请实施例，对本申请的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本申请一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本申请中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本申请保护的范围。本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种发卡型接头，其特征在于，包括index1引物结合区、脱氧尿嘧啶核苷酸、index2引物结合区、反义接头互补区和正义接头互补区，所述index1引物结合区通过脱氧尿嘧啶核苷酸与index2引物结合区连接；所述正义接头互补区与所述反义接头互补区分别连接于所述index1引物结合区和index2引物结合区，所述正义接头互补区与所述反义接头互补区完全互补配对。2.根据权利要求1所述的发卡型接头，其特征在于，所述发卡型接头，由5
’
端到3
’
端依次包括：反义接头互补区、index1引物结合区、脱氧尿嘧啶核苷酸、index2引物结合区和正义接头互补区。3.根据权利要求1所述的发卡型接头，其特征在于，还包括突出碱基T，所述突出碱基T连接于所述发卡型接头的3
’
端。4.根据权利要求1所述的发卡型接...

【专利技术属性】
技术研发人员：楼峰，刘磊，王旺，孙宏，曹善柏，
申请(专利权)人：天津橡鑫生物科技有限公司天津橡鑫医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：