制备治疗性T淋巴细胞的方法技术

治疗性T细胞可以由TIL群体(肿瘤浸润淋巴细胞)制备，使用在抗原呈递细胞中表达的肿瘤和患者特异性新抗原，以选择肿瘤反应性T细胞。然后将所选肿瘤反应性T细胞扩增并施用于患者。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】制备治疗性T淋巴细胞的方法本申请要求2018年12月4日提交的序列号为62/775,323的我们共同未决的美国临时专利申请的优先权，并且将其通过引用并入本文中。序列表名为102402.0082PCT_ST25、大小为2kb的序列表的ASCII文本文件的内容创建于2019年11月27日，通过EFS-Web与本申请一起以电子方式提交，将其内容通过引用以其整体并入。
本专利技术的领域是组学数据的计算分析，特别地它涉及乳腺癌患者中可以通过肿瘤浸润淋巴细胞靶向的肿瘤相关抗原的鉴定。
技术介绍
背景描述包括可用于理解本专利技术的信息。并不承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的专利技术相关，也不承认具体地或隐含地引用的任何出版物是现有技术。本文中的所有出版物和专利申请都通过引用并入，其程度如同每个单独的出版物或专利申请被具体地且单独地指明通过引用并入一样。在并入的参考文献中的术语的定义或用法与本文提供的该术语的定义不一致或相反时，适用本文提供的该术语的定义，而不适用该术语在该参考文献中的定义。最近的研究证明，肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的数目与患有Her2+和三阴性乳腺癌(TNBC)的患者的结局和对化疗的应答正向相关。此外，对免疫检查点抑制剂的首次研究显示了这些患者中的有希望的结果。然而，那些TIL的靶标仍然是未知的。因此，分离和克隆繁殖是有问题的，并且许多不同的抗原的可能性进一步加重与分离肿瘤反应性T细胞相关的困难。因此，仍然需要为基于T细胞的癌症免疫疗法提供改进的方法和组合物。
技术实现思路
本专利技术的主题涉及用于鉴定和/或扩增从肿瘤浸润白细胞(TIL)群体中获得的新抗原反应性T细胞的各种组合物和方法。最优选地，因而所获得的T细胞对患者和肿瘤特异性新抗原有反应性，并且可以用作治疗患者癌症的治疗性淋巴细胞。在本专利技术主题的一个方面，诸位专利技术人设想了产生治疗性T细胞的方法，该方法包括从患者的肿瘤组织获得患者特异性组学数据的步骤，从同一患者的匹配正常组织获得患者特异性组学数据的进一步步骤，以及比较来自该肿瘤组织和该匹配正常组织的组学数据以鉴定肿瘤特异性新抗原的又另一步骤。在又另一步骤中，产生重组抗原呈递细胞，其包含编码肿瘤特异性新抗原的重组核酸。然后使从肿瘤浸润白细胞获得的多个T细胞与重组抗原呈递细胞接触，并且从该多个T细胞中分离与重组抗原呈递细胞接触时表达活化标记物(例如，细胞因子或趋化因子如IFN-γ)的一个或多个T细胞，从而获得治疗性T细胞。在先验施用给患者之前可以进一步扩增这些细胞(可以补充向患者施用免疫刺激细胞因子和/或检查点抑制剂)。如将理解的，可以在使这些T细胞与重组抗原呈递细胞接触之前扩增该多个T细胞，和/或分离的T细胞在克隆上可能是不同的。在需要的情况下，可以对分离的T细胞针对肿瘤特异性新抗原的特异性进行测试。在一些实施例中，患者特异性组学数据是BAMBAM格式、SAMBAM格式、FASTQ格式或FASTA格式，并且来自肿瘤的患者特异性组学数据包括突变信息、拷贝数信息、插入信息、缺失信息、取向信息和/或断点信息。典型地，但非必需地，通过确定新抗原的表达、新抗原与患者的MHC复合体的等于或小于200nM的结合常数(解离常数)和/或基于SNP的新抗原的排除来进一步鉴定肿瘤特异性新抗原。在另外的实施例中，重组抗原呈递细胞衍生自自体或HLA匹配的抗原呈递细胞，并且优选是患者的树突细胞。在需要的情况下，编码肿瘤特异性新抗原的重组核酸可以进一步编码至少第二肿瘤特异性新抗原。可替代地或另外地，编码肿瘤特异性新抗原的重组核酸也可以编码共刺激分子、免疫刺激细胞因子或细胞因子类似物、OX40配体或包含OX40配体的融合蛋白、和/或CD40配体或包含CD40配体的融合蛋白。因此，从不同的角度来看，诸位专利技术人还设想了如本文所呈现的产生的分离的T细胞以及包含药学上可接受的载体组合如本文所呈现的产生的多个分离的T细胞的药物组合物。最典型地，该组合物将配制用于输液并包含至少107个分离的T细胞。本专利技术主题的多个对象、特征、方面和优点将根据以下关于优选实施例的详细描述以及附图而变得更清楚。附图说明图1显示了示例性抗原分类的图表。图2显示了用于产生靶向肿瘤特异性新抗原的T细胞的示例性工作流程图。图3显示了肿瘤浸润淋巴细胞的示例性FACS。图4显示了示出通过流式细胞术测量的不同类型乳腺癌中的T细胞百分比的示例性结果。图5显示了用于扩增靶向肿瘤特异性新抗原的T细胞的示例性工作流程图。图6显示了通过分泌IFN-γ的细胞的流式细胞分选而分离的活化肿瘤浸润白细胞的示例性FACS结果。图7显示了基于肽刺激后48h的CD137表达分离的活化肿瘤浸润白细胞的示例性FACS结果。图8示意性地示出了通过T细胞受体和T细胞受体的结构进行的抗原识别。图9显示了TCR的CDR3部分的示例性序列。图10A显示了如下的示例性结果，其指示用全长突变型(mut)和野生型(wt)抗原RBMX对自体EBV-LCL进行逆转录病毒转导，以证明内源表达蛋白的加工和呈递(暗色)。作为阳性对照肽，使用肽负载的EBV-LCL(浅色)。图10B显示了如下的示例性结果，其指示在IFN-γ诱导HLAII类上调后，将突变型RBMX转导入HLAII类阴性乳腺癌细胞系MCF-7细胞系中引起T细胞识别。图10C显示了如下的示例性结果，其指示MCF-7细胞中的HLA-DP04:01过表达也导致有效呈递突变型抗原。图10D显示了如下的示例性结果，其指示自体EBV-LCL上负载的RBMXmut转导的MCF-7细胞的细胞裂解物诱导特异性T细胞应答。图11显示了在有和没有肽池的情况下针对自体EBV-LCL，重新测试各种T细胞克隆中的IFN-γ表达的示例性结果。图12显示了针对HLAII类肽池的各种肽测试且对肽28(衍生自RBMX蛋白的肽)发生特异性反应的3E1T细胞克隆中的IFN-γ表达的示例性条形图。图13显示了其他两个P28特异性T细胞克隆的IFN-γ表达的示例性条形图。图14显示了滴定野生型和突变型肽28的示例性结果。图15显示了在MHC-I类或II类阻断抗体的情况下T细胞克隆中的IFN-γ表达的示例性结果。图16显示了在MHCII类限制分子的情况下T细胞克隆中的IFN-γ表达的示例性结果。图17显示了识别肽28的T细胞克隆1A35的IFN-γ表达的示例性结果。图18显示了识别HLA-II限制分子中的肽28的细胞克隆1A35的IFN-γ表达的示例性结果。图19显示了TCR的CDR3部分的另一示例性序列。具体实施方式现在诸位专利技术人已经发现了产生可引发针对患者的肿瘤细胞的特异性细胞毒性免疫应答的治疗性T细胞的方法，该方法是通过从患者的肿瘤活组织检查或其他肿瘤样品的TIL分离和任选地扩增对患者真实的一种或多种肿瘤特异性新抗原产生应答本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种产生治疗性T细胞的方法，该方法包括：/n从患者的肿瘤组织获得患者特异性组学数据，并从同一患者的匹配的正常组织获得患者特异性组学数据，并将来自该肿瘤组织和该匹配的正常组织的组学数据进行比较，以鉴定肿瘤特异性新抗原；/n产生重组抗原呈递细胞，其具有编码该肿瘤特异性新抗原的重组核酸；/n使多个T细胞与该重组抗原呈递细胞接触，其中这些T细胞从该患者的肿瘤浸润白细胞获得；以及/n从该多个T细胞中分离出在与该重组抗原呈递细胞接触时表达活化标记物的一个或多个T细胞，以获得这些治疗性T细胞。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20181204 US 62/7753231.一种产生治疗性T细胞的方法，该方法包括：
从患者的肿瘤组织获得患者特异性组学数据，并从同一患者的匹配的正常组织获得患者特异性组学数据，并将来自该肿瘤组织和该匹配的正常组织的组学数据进行比较，以鉴定肿瘤特异性新抗原；
产生重组抗原呈递细胞，其具有编码该肿瘤特异性新抗原的重组核酸；
使多个T细胞与该重组抗原呈递细胞接触，其中这些T细胞从该患者的肿瘤浸润白细胞获得；以及
从该多个T细胞中分离出在与该重组抗原呈递细胞接触时表达活化标记物的一个或多个T细胞，以获得这些治疗性T细胞。


2.如权利要求1所述的方法，其中该患者特异性组学数据是BAMBAM格式、SAMBAM格式、FASTQ格式或FASTA格式。


3.如权利要求1所述的方法，其中来自该肿瘤的该患者特异性组学数据包括突变信息、拷贝数信息、插入信息、缺失信息、取向信息和/或断点信息。


4.如权利要求1所述的方法，其中通过确定该新抗原的表达、该新抗原与该患者的MHC复合体的等于或小于200nM的结合常数和基于SNP的新抗原的排除中的至少一种方式来进一步鉴定该肿瘤特异性新抗原。


5.如权利要求1所述的方法，其中该重组抗原呈递细胞衍生自自体或HLA匹配的抗原呈递细胞。


6.如权利要求5所述的方法，其中该自体重组抗原呈递细胞是该患者的树突细胞。


7.如权利要求1所述的方法，其中编码该肿瘤特异性新抗原的该重组核酸进一步编码至少第二肿瘤特异性新抗原。


8.如权利要求1所...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·阮，J·Z·桑博恩，S·C·本斯，S·拉比扎德，
申请(专利权)人：南托米克斯有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国;US