【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】产生基因工程化T细胞的方法相关申请的交叉引用本申请要求2018年11月6日提交的标题为“产生基因工程化T细胞的方法(PROCESSFORPRODUCINGGENETICALLYENGINEEREDTCELLS)”的美国临时申请62/756,571和2019年1月29日提交的标题为“产生基因工程化T细胞的方法(PROCESSFORPRODUCINGGENETICALLYENGINEEREDTCELLS)”的美国临时申请62/798,457的优先权，所述申请的内容出于所有目的通过引用以其整体并入。通过引用并入的序列表本申请是与电子格式的序列表一起提交的。序列表以2019年11月5日创建、大小为74千字节的名为735042017640SeqList.TXT的文件提供。将在电子格式的序列表中的信息通过引用以其整体并入。
在一些方面，本公开文本涉及富集CD57阴性T细胞或耗尽CD57阳性细胞的细胞群，以及用于刺激、培育、扩增和/或基因工程化富集CD57阴性T细胞或耗尽CD57阳性T细胞的细胞群的方法。还包括用于生成、分离、富集或选择CD57阴性T细胞或者耗尽CD57阳性细胞的方法，如通过阴性选择来进行。
技术介绍
多种细胞疗法方法可用于治疗疾病和病症。细胞疗法方法包括涉及用重组受体(如嵌合抗原受体)基因工程化的免疫细胞(如T细胞)的方法。然而，在一些情况下，一些现有方法可能得到在体内具有低一致性、效力或持久性的群体。需要用于制造和/或工程化此类细胞疗法的改进方法，包括提供在体内具有高一致性、效力...
【技术保护点】
1.一种富集T细胞的方法，所述方法包括：/n(a)进行第一选择，所述第一选择包括从包含原代人T细胞的生物样品富集CD57-或CD3+T细胞中的任一种，从而生成富集的T细胞群；以及/n(b)对来自所述富集的T细胞群的细胞进行第二选择，其中：/n所述第一选择包括从所述富集的群体富集CD57-T细胞并且所述第二选择包括富集CD3+T细胞；或者/n所述第一选择包括从所述富集的T细胞群富集CD3+T细胞并且所述第二选择包括去除CD57+T细胞，/n其中所述方法生成耗尽的群体，所述耗尽的群体包含的CD57+T细胞少于所述生物样品并且富集CD3+T细胞。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20181106 US 62/756,571;20190129 US 62/798,4571.一种富集T细胞的方法，所述方法包括：
(a)进行第一选择，所述第一选择包括从包含原代人T细胞的生物样品富集CD57-或CD3+T细胞中的任一种，从而生成富集的T细胞群；以及
(b)对来自所述富集的T细胞群的细胞进行第二选择，其中：
所述第一选择包括从所述富集的群体富集CD57-T细胞并且所述第二选择包括富集CD3+T细胞；或者
所述第一选择包括从所述富集的T细胞群富集CD3+T细胞并且所述第二选择包括去除CD57+T细胞，
其中所述方法生成耗尽的群体，所述耗尽的群体包含的CD57+T细胞少于所述生物样品并且富集CD3+T细胞。
2.一种富集T细胞的方法，所述方法包括：
(a)进行第一选择，所述第一选择包括从包含原代人T细胞的生物样品去除CD57+T细胞，从而生成耗尽的群体，所述耗尽的群体包含的CD57+T细胞少于所述生物样品；以及
(b)对来自所述耗尽的群体的细胞进行第二选择，所述第二选择包括从所述耗尽的群体富集CD3+T细胞，所述富集由此生成CD57-CD3+T细胞的富集的群体。
3.一种富集T细胞的方法，所述方法包括：
(a)进行第一选择，所述第一选择包括从包含原代人T细胞的生物样品富集CD3+T细胞，从而生成富集的T细胞群；以及
(b)对来自所述富集的T细胞群的细胞进行第二选择，所述第二选择包括从富集的样品细胞群去除CD57+T细胞，从而生成耗尽的群体，其中所述耗尽的群体包含的CD57+T细胞少于所述生物样品和/或少于所述富集的T细胞群，并且富集CD3+T细胞。
4.一种富集T细胞的方法，所述方法包括：
(a)进行第一选择，所述第一选择包括从包含原代人T细胞的生物样品去除CD57+T细胞，从而生成第一耗尽的群体，所述第一耗尽的群体包含的CD57+T细胞少于所述生物样品；
(b)对来自所述第一耗尽的群体的细胞进行第二选择，所述第二选择包括从所述第一耗尽的群体富集(i)CD4+T细胞和(ii)CD8+T细胞中的一种，所述富集由此生成富集(i)CD4+T细胞和(ii)CD8+T细胞中的一种的第二耗尽的群体以及未选择的群体；以及
(c)进行第三选择，所述第三选择包括从所述未选择的群体富集(i)CD4+细胞和(ii)CD8+细胞中的另一种，所述富集由此生成富集(i)CD4+T细胞和(ii)CD8+T细胞中的另一种的第三耗尽的群体。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)包含以下中的至少一种：
(i)少于为或约5％CD57+T细胞；
(ii)一定频率的CD57+T细胞，所述频率是所述生物样品中存在的CD57+T细胞的频率的少于为或约35％；
(iii)CD4+T细胞，其中至少为或约95％的所述CD4+T细胞是CD57-；以及
(iv)CD8+T细胞，其中至少为或约95％的所述CD8+T细胞是CD57-。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含单采术产物或白细胞单采术产物。
7.一种富集T细胞的方法，所述方法包括从含有包含原代人T细胞的单采术产物或白细胞单采术产物的生物样品去除CD57+T细胞，从而生成T细胞的耗尽的群体，其中所述耗尽的群体包含的CD57+T细胞少于所述生物样品，并且其中所述耗尽的群体包含以下中的至少一种：
(i)少于为或约5％CD57+T细胞；
(ii)一定频率的CD57+T细胞，所述频率是所述生物样品中存在的CD57+T细胞的频率的少于为或约35％；
(iii)CD4+T细胞，其中至少为或约95％的所述CD4+T细胞是CD57-；以及
(iv)CD8+T细胞，其中至少为或约95％的所述CD8+T细胞是CD57-。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体中至少为或约95％的CD4+T细胞包含CD57-CD4+T细胞。
9.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体中至少为或约95％的CD8+T细胞包含CD57-CD8+T细胞。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体中至少为或约95％的CD4+T细胞和至少为或约95％的CD8+T细胞分别包含CD57-CD4+T细胞和CD57-CD8+T细胞。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体中至少为或约95％的CD3+T细胞包含CD57-CD3+T细胞。
12.根据权利要求7-11中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体是第一耗尽的群体，并且所述方法还包括从所述第一耗尽的群体选择CD4+T细胞，从而生成作为CD57-CD4+T细胞的富集的群体的第二耗尽的群体和未选择的群体。
13.根据权利要求12所述的方法，其中所述方法还包括从所述未选择的群体选择CD8+T细胞，从而生成作为CD57-CD8+T细胞的富集的群体的第三耗尽的群体和第二未选择的群体。
14.根据权利要求7-11中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体是第一耗尽的群体，并且所述方法还包括从所述第一耗尽的群体选择CD8+T细胞，从而生成作为CD57-CD8+T细胞的富集的群体的第二耗尽的群体和未选择的群体。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述方法还包括从所述未选择的群体选择CD4+T细胞，从而生成作为CD57-CD4+T细胞的富集的群体的第三耗尽的群体和第二未选择的群体。
16.根据权利要求7-11中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体是第一耗尽的群体，并且所述方法还包括从所述第一耗尽的群体选择CD3+T细胞，从而生成作为CD57-CD3+T细胞的富集的群体的第二耗尽的群体和未选择的群体。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)中CD57+T细胞的频率是所述生物样品中CD57+T细胞的频率的少于约或约35％、30％、20％、10％、5％、1％或0.1％。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)包含少于约或约3％、少于约或约2％、少于约或约1％、少于约或约0.1％或者少于约或约0.01％CD57+T细胞。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)不含或基本上不含CD57+T细胞。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)中幼稚样T细胞的频率比所述生物样品中幼稚样T细胞的频率大至少约或约10％、20％、30％、40％或50％。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述幼稚样T细胞对选自CD45RA、CD27、CD28和CCR7的标记中的一种或多种呈表面阳性。
22.根据权利要求1-21中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)中CD27+T细胞的频率比所述生物样品中相应细胞的频率大至少约或约10％、20％、30％、40％或50％。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)中CD28+T细胞的频率比所述生物样品中相应细胞的频率大至少约或约10％、20％、30％、40％或50％。
24.根据权利要求1-23中任一项所述的方法，其中所述耗尽的群体(任选地所述第一耗尽的群体、所述第二耗尽的群体或所述第三耗尽的群体)中CD27+/CD28+T细胞的频率比所述生物样品中相应细胞的频率大至少约或约10％、20％、30％、40％或50％。
25.根据权利要求4-6、13、15和17-24中任一项所述的方法，其还包括将所述第二耗尽的群体和所述第三耗尽的群体任选地以为或约1:3与为或约3:1之间、任选地为或约1:1的比率组合，从而生成包含所述第二耗尽的群体和所述第三耗尽的群体的耗尽的群体。
26.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述方法产生T细胞组合物，所述T细胞组合物包含至少为或约90％、至少为或约95％、至少为或约97％、至少为或约99％或至少为或约99.9％CD57-CD4+T细胞。
27.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述方法产生T细胞组合物，所述T细胞组合物包含至少为或约90％、至少为或约95％、至少为或约97％、至少为或约99％或者至少为或约99.9％CD57-CD8+T细胞。
28.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述方法产生T细胞组合物，所述T细胞组合物包含至少为或约90％、至少为或约95％、至少为或约97％、至少为或约99％或者至少为或约99.9％CD57-CD3+T细胞。
29.根据权利要求28所述的方法，其中所述组合物中CD4+与CD8+T细胞的比率在3:1与1:3之间、在2:1与1:2之间、在1.5:1与1:1.5之间或在1.2:1与1:1.2之间，每个都包含端值。
30.根据权利要求28或权利要求29所述的方法，其中所述组合物中CD4+与CD8+T细胞的比率是为或约1:1。
31.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中所述原代T细胞来自人受试者。
32.根据权利要求1-31中任一项所述的方法，其中所述原代T细胞来自患有疾病或病症的受试者。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述疾病或病症是癌症。
34.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中所述原代T细胞来自健康受试者。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的方法，其中所述生物样品包含CD4+和CD8+细胞。
36.根据权利要求1-35中任一项所述的方法，其中去除所述CD57+T细胞包括基于免疫亲和力的选择。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述基于免疫亲和力的选择包括使细胞与能够与CD57特异性结合的抗体接触并回收未与所述抗体结合的细胞，从而实现阴性选择，其中使回收的细胞耗尽CD57+细胞。
38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，其中任选地所述第一、第二和/或第三选择中的富集细胞包括基于免疫亲和力的选择。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述第一、第二和/或第三选择富集CD4或CD8T细胞，并且所述基于免疫亲和力的选择是通过以下方式来实现：使细胞分别与能够与CD4或CD8特异性结合的抗体接触，并回收与所述抗体结合的细胞，从而实现阳性选择，其中使回收的细胞富集CD4+细胞或CD8+细胞。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述选择富集CD3T细胞，并且所述基于免疫亲和力的选择是通过以下方式来实现：使细胞与能够与CD3特异性结合的抗体接触，并回收与所述抗体结合的细胞，从而实现阳性选择，其中使回收的细胞富集CD3+细胞。
41.根据权利要求37-40中任一项所述的方法，其中将所述抗体固定在固体表面上，任选地其中所述固体表面是磁粒。
42.根据权利要求37-40中任一项所述的方法，其中将所述抗体固定在亲和色谱基质上或附着至亲和色谱基质。
43.根据权利要求42所述的方法，其中所述抗体还包含能够与固定在所述基质上的结合试剂形成可逆键的一种或多种结合配偶体，借此所述抗体在所述接触期间与所述色谱基质可逆地结合。
44.根据权利要求43所述的方法，其中所述结合试剂是与所述结合配偶体可逆地结合的链霉亲和素突变蛋白。
45.根据权利要求44所述的方法，其中：
参考SEQIDNO:66中所示氨基酸序列中的链霉亲和素中的位置，在对应于位置44至47的序列位置，所述链霉亲和素突变蛋白包含氨基酸序列lle44-Gly45-Ala46-Arg47；或者
参考SEQIDNO:66中所示氨基酸序列中的链霉亲和素中的位置，在对应于位置44至47的序列位置，所述链霉亲和素突变蛋白包含氨基酸序列Va144-Thr45-Ala46-Arg47。
46.根据权利要求43-45中任一项所述的方法，其中所述结合配偶体是链霉亲和素结合肽。
47.根据权利要求46所述的方法，其中所述链霉亲和素结合肽选自Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys(SEQIDNO:69)、Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)3-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys(SEQIDNO:78)、SAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK(SEQIDNO:79)、Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)3-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys(SEQIDNO:70)、Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)2-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys(SEQIDNO:71)和Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)2Gly-Gly-Ser-Ala-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys(SEQIDNO:72)。
48.根据权利要求46或权利要求47所述的方法，其中所述链霉亲和素结合肽具有序列SAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK(SEQIDNO:79)。
49.根据权利要求43-48中任一项所述的方法，其还包括，在使所述样品中的细胞与所述亲和色谱基质接触后，施加竞争试剂以破坏所述结合配偶体与结合试剂之间的键，从而回收与所述抗体结合的细胞。
50.根据权利要求49所述的方法，其中所述竞争试剂是生物素或生物素类似物。
51.根据权利要求42-50中任一项所述的方法，其中所述色谱基质填充于分离容器中，所述分离容器是柱。
52.根据权利要求1-51中任一项所述的方法，其中包含原代T细胞的所述生物样品是用低温保护剂配制的样品。
53.根据权利要求6-52中任一项所述的方法，其中所述单采术或白细胞单采术样品是用低温保护剂配制的样品。
54.一种刺激T细胞的方法，所述方法包括在刺激条件下孵育输入组合物的T细胞，从而生成T细胞的刺激的群体，其中所述输入组合物是通过根据权利要求1-53中任一项所述的方法产生的。
55.根据权利要求54所述的方法，其中所述输入组合物包含以下中的至少一种：
(i)少于为或约5％CD57+T细胞；
(ii)至少为或约95％CD57-T细胞；
(iii)至少为或约90％CD57-CD4+T细胞；
(iv)至少为或约90％CD57-CD8+T细胞；以及
(v)至少约或约90％CD57-CD3+T细胞。
56.一种刺激T细胞的方法，其包括在刺激条件下孵育输入组合物的T细胞，从而生成T细胞的刺激的群体，其中所述输入组合物包含以下中的至少一种：
(i)少于为或约5％CD57+T细胞
(ii)至少为或约95％CD57-T细胞；
(iii)至少为或约90％CD57-CD4+T细胞；
(iv)至少为或约90％CD57-CD8+T细胞；以及
(v)至少为或约90％CD57-CD3+T细胞。
57.根据权利要求56所述的方法，其中所述刺激条件包括刺激试剂的存在，所述刺激试剂能够激活TCR复合物的一种或多种组分的一个或多个细胞内信号传导结构域和一种或多种共刺激分子的一个或多个细胞内信号传导结构域。
58.根据权利要求57中任一项所述的方法，其中所述刺激试剂包含(i)一级药剂，所述一级药剂与TCR复合物的成员特异性结合，任选地与CD3特异性结合，以及(ii)二级药剂，所述二级药剂与T细胞共刺激分子特异性结合，任选地其中所述共刺激分子选自CD28、CD137(4-1-BB)、OX40或ICOS。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述一级和二级药剂中的至少一种包含抗体或其抗原结合片段。
60.根据权利要求58或权利要求59所述的方法，其中所述一级药剂是抗CD3抗体或其抗原结合片段，并且所述二级药剂是抗CD28抗体或其抗原结合片段。
61.根据权利要求59或权利要求60所述的方法，其中所述抗原结合片段是选自以下的单价抗体片段：Fab片段、Fv片段和单链Fv片段(scFv)。
62.根据权利要求58-61中任一项所述的方法，其中所述一级药剂是抗CD3Fab，并且所述二级药剂包含抗CD28Fab。
63.根据权利要求58-62中任一项所述的方法，其中所述一级药剂和所述二级药剂各自存在于或附着在固体支持物的表面上。
64.根据权利要求63所述的方法，其中所述固体支持物是或包含珠，任选地顺磁珠。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述固体支持物是具有表面附着的抗CD3和抗CD28抗体的顺磁珠，并且所述刺激试剂是以少于约或约3:1的珠与细胞的比率存在。
66.根据权利要求65所述的方法，其中所述刺激试剂是以为或为约1:1的珠与细胞的比率存在。
67.根据权利要求58-62中任一项所述的方法，其中所述一级药剂和所述二级药剂可逆地结合在包含多个链霉亲和素分子或链霉亲和素突变蛋白分子的寡聚颗粒试剂的表面上。
68.根据权利要求67所述的方法，其中所述链霉亲和素分子或所述链霉亲和素突变蛋白分子结合至或能够结合至生物素、抗生物素蛋白、生物素类似物或生物素突变蛋白、抗生物素蛋白类似物或抗生物素蛋白突变蛋白和/或其生物活性片段。
69.根据权利要求67或权利要求68所述的方法，其中参考SEQIDNO:66中所示的氨基酸序列，在对应于残基44至47的氨基酸残基处，所述链霉亲和素突变蛋白分子包含氨基酸序列Val44-Thr45-Ala46-Arg47或Ile44-Gly45-Ala46-Arg47。
70.根据权利要求67-69中任一项所述的方法，其中所述链霉亲和素突变蛋白分子包含：
a)SEQIDNO:70-73、78、85-89中的任一项中所示的氨基酸序列；
b)如下氨基酸序列：其展现与SEQIDNO:70-73、78、85-89中的任一项至少约或约85％、86％、87％、88％、89％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性，并且含有对应于Val44-Thr45-Ala46-Arg47或Ile44-Gly45-Ala46-Arg47的氨基酸序列，和/或与生物素、生物素类似物或链霉亲和素结合肽可逆地结合；或者
c)a)或b)的与生物素、生物素类似物或链霉亲和素结合肽可逆地结合的功能片段。
71.根据权利要求67-70中任一项所述的方法，其中所述链霉亲和素突变蛋白分子包含SEQIDNO:73中所示的氨基酸序列。
72.根据权利要求67-70中任一项所述的方法，其中所述链霉亲和素突变蛋白分子包含SEQIDNO:78中所示的氨基酸序列。
73.根据权利要求67-72中任一项所述的方法，其中所述一级药剂和所述二级药剂各自包含链霉亲和素结合肽。
74.根据权利要求73所述的方法，其中所述链霉亲和素结合肽选自Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys(SEQIDNO:69)、Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys-(GlyGlyGlySer)3-Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys(SEQIDNO:70)、Trp-Ser-His-Pro-Gln...
【专利技术属性】
技术研发人员：S·库珀，D·科塞特，R·拉森，J·泰奥，
申请(专利权)人：朱诺治疗学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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