7种苹果品种特异性分子标记及其筛选方法和应用技术

本发明专利技术公开了我国大面积栽培的7种苹果主栽品种的特异性分子标记及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super‑GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；（3）对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点，并对SNP进行过滤，以提高SNP的准确性；（4）根据每个品种的分型结果筛选7种苹果中至少有一个品种与其他品种不同的位点；（5）根据上述筛选策略，最终筛选到10个鉴定7种苹果的SNP位点；（6）基于这些位点标记开发出一种简便、快速、可靠鉴定7种苹果的PCR方法，7种苹果品种的鉴定方法对于我国传统苹果品种栽培模式继承和研究、新品种培育研究、资源保护、种苗繁育，以及我国老旧果园更新换代具有重要的应用价值。

【技术实现步骤摘要】
7种苹果品种特异性分子标记及其筛选方法和应用
本专利技术涉及7种苹果品种特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物

技术介绍
苹果为蔷薇科(Rosaceae)苹果亚科(Maloideae)苹果属(MalusMILL.)植物。我国苹果种植面积和产量均占全世界40％以上，栽培模式以传统的乔化或矮化中间砧为主。目前国外引进矮化自根砧经过十几年的试验示范推广，已在新建果园广泛采用，且产生极为明显的生产优势。我国一些国外引进、种植时间较长的品种，也开始适应新的种植模式。国光苹果是一种原产于美国的苹果栽培种，培育于1700年代末期，1600年发现的偶然实生苗，1872年传入日本。大约1905年传入中国，1980年时，北京的国光苹果的栽培已经占苹果总栽培面积的50--60％，引进的百年间，国光苹果一直是我国最重要的苹果品种之一。金冠又称金帅，也称黄香蕉或黄元帅。美国引时品种，是1914年AndersonH.Mullins在美国西维几尼亚州Clay县自家的果园内发现的偶然实生树。曾是我国栽培面积较广的传统优良品种之一，也是世界苹果栽培面积较大的品种。蜜脆是西北农林科技大学于2001年从美国引进的品种，该品种由Macoun(果肉芳香)为母本，Honeygold(味甜、肉脆)为父本杂交而来，树势中庸偏强，一年生枝条略显褐色，成花容易，较丰产，稳产性好。金粉苹果由意大利引进，是新红星苹果(红蛇果)与金冠的杂交品种，意大利桑西公司独家产权。枝条紧凑，生长力强，产量高而稳定，无大小年现象。根据2007年ISAFRUIT欧洲口味小组的评估，它是欧盟12个最普通品种中最好的一个。甜石头1号和甜石头2号品种由意大利引进，产量高而且稳定，无大小年。果肉结实，酸度低，含糖量高，有芳香味，口感宜人。华红是中国农科院果树研究所选育的大型、优质、晚熟、耐贮、抗性强的红色苹果新品种，于1998年通过辽宁省品种审定委员会审定。较红富士、乔纳金、新红星抗寒性强，抗旱、抗褐斑能力强，表现高产稳产。本专利技术涉及的上述7个品种，是我国近100年来引进和自主培育种植的主要苹果品种，曾在我国苹果种植产业中占据重要地位，也在我国近年来新品种培育和引进中发挥重要作用。7种苹果品种的鉴定方法对于我国传统苹果品种栽培模式继承和研究、新品种培育研究、资源保护、种苗繁育，以及我国老旧果园更新换代具有重要的应用价值。
技术实现思路
本专利技术提供一种7种苹果品种的特异性分子标记的筛选方法，并应用该方法筛选到10个品种特异的SNP标记，基于这些标记开发出一种简便、快速、可靠鉴定7种苹果品种的PCR方法，为从源头上准确控制苹果品种奠定技术基础。本专利技术所述的7种苹果品种包括华红、国光、金粉、金冠、蜜脆、甜石头1号和甜石头2号。为解决上述技术问题，本专利技术采用下述技术方案予以实现：首先，本专利技术提供一种利用简化基因组测序技术Super-GBS筛选7种苹果品种的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：(1)利用品种已知且品种准确的华红、国光、金粉、金冠、蜜脆、甜石头1号和甜石头2号苹果品种为样品，取叶片提取基因组DNA；(2)按照简化基因组测序技术Super-GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；(3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；(4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；(5)根据每个品种的分型结果，筛选每个品种内所有个体分型完全一致、分型一致位点没有个体缺失，且与其他品种不同的位点；最终筛选到10个SNP位点，具体见表1。表17种苹果品种的SNP位点CHROMPOS华红国光金粉金冠蜜脆甜石头1号甜石头2号Chr13394447TTCCCTTTTTTTCTChr13892687GGAGGGGGGGGGGGChr131097850TTTTTTTTTTCTTTChr132013013TTTTTTCTTTCTCTChr132445156CCCCCCCCCCACCCChr132657812AAACAAAAAAAAAAChr139771208GGGGGTGGGGGTGGChr139959202ATAAATATATAAAAChr1310896391GTTTGTGTTTTTGTChr1312043966AAAAAGAAAAAAAA利用表1中的SNP位点，针对性的设计出SNP位点鉴定引物，具体引物序列如下：表2表1中SNP位点鉴定引物信息其次，本专利技术提供一种利用PCR方法鉴定7种苹果品种的方法，包括如下步骤：(1)根据表1位点所在的基因组位置设计特异性的PCR扩增引物，见表2；(2)提取苹果品种标准样和盲样叶片基因组DNA；(3)利用能够扩增出SNP位点的引物进行PCR扩增，见表2；(4)将获得的PCR产物进行一代测序；(5)序列信息对照表SNP位点进行分析和品种鉴定。本专利技术的有益效果：对7种苹果品种的的组培苗、嫁接苗、成品苗能够准确的区分，确保育种企业对品种的把控，减少繁育过程中误差造成的经济损失。附图说明下面结合附图对本专利技术的具体实施方式作进一步详细的说明。图1附图为利用筛选到的华红、国光、金粉、金冠、蜜脆、甜石头1号和甜石头2号共7种苹果品种的10个特异SNP标记构建进化树，能够准确的区分7种苹果品种。具体实施方式实施例1本实施例提供一种利用简化基因组测序技术Super-GBS筛选华红、国光、金粉、金冠、蜜脆、甜石头1号和甜石头2号共7种苹果品种特异性SNP分子标记的方法，包括如下步骤：(1)利用品种已知的4株华红、4株国光、4株金粉、12株金冠、4株蜜脆、3株甜石头1本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.能够准确鉴定7种苹果主栽品种包括华红、国光、金粉、金冠、蜜脆、甜石头1号和甜石头2号的SNP位点，其特征在于，包括10个SNP位点，具体位点及SNP位点鉴定引物信息见表1和表2：/n表1 7种苹果品种的SNP位点/n

【技术特征摘要】
1.能够准确鉴定7种苹果主栽品种包括华红、国光、金粉、金冠、蜜脆、甜石头1号和甜石头2号的SNP位点，其特征在于，包括10个SNP位点，具体位点及SNP位点鉴定引物信息见表1和表2：
表17种苹果品种的SNP位点















CHROM
POS
华红
国光
金粉
金冠
蜜脆
甜石头1号
甜石头2号


Chr13
394447
TT
CC
CT
TT
TT
TT
CT


Chr13
892687
GG
AG
GG
GG
GG
GG
GG


Chr13
1097850
TT
TT
TT
TT
TT
CT
TT


Chr13
2013013
TT
TT
TT
CT
TT
CT
CT


Chr13
2445156
CC
CC
CC
CC
CC
AC
CC


Chr13
2657812
AA
AC
AA
AA
AA
AA
AA


Chr13
9771208
GG
GG
GT
GG
GG
GT
GG


Chr13
9959202
AT
AA
AT
AT
AT
AA
AA


Chr13
10896391
GT
TT
GT
GT
TT
TT

【专利技术属性】
技术研发人员：周扬颜，黄晓毅，厉龙飞，王彦娟，尼秀媚，
申请(专利权)人：山东大丰园农业有限公司，潍坊科技学院，
类型：发明
国别省市：山东;37