【技术实现步骤摘要】
一个基因的甲基化水平在辅助诊断癌症中的应用
本专利技术涉及医学领域,特别涉及一个基因的甲基化水平在辅助诊断癌症中的应用。
技术介绍
肺癌是一种发生于支气管粘膜上皮的恶性肿瘤,近几十年来,其发病率和死亡率一直呈上升趋势,为全世界发病率和死亡率最高的癌症。尽管最近几年在诊断方法、手术技术及化疗药物等方面均有新进展,但肺癌患者总的5年生存率仅为16%,主要是由于大部分肺癌患者就诊时己发生转移从而失去了手术根治机会。研究表明,肺癌的预后与分期直接相关,I期肺癌5年生存率为83%,II期为53%,III期为26%,IV期为6%。因此,降低肺癌患者死亡率的关键在于早诊断早治疗。目前主要的肺癌诊断方法有如下几种:(1)影像学方法:例如胸部X射线和低剂量螺旋CT。但胸部X射线很难发现早期肺癌。低剂量螺旋CT虽然可以发现肺内小结节,但是假阳性率高达96.4%,给被检查者带来不必要的心理负担。同时,胸部X射线和低剂量螺旋CT由于辐射的原因不宜频繁使用。另外,影像学方法也往往受设备和医生看片经验,以及有效读片时间的影响。(2)细胞学方法:例如痰液细胞学检查、支气管镜下刷片或取活检、支气管肺泡灌洗液细胞学检查等。痰液细胞学检查和支气管镜下刷片或取活检对于周围性肺癌的灵敏度较低。同时支气管镜下刷片或取活检、支气管肺泡灌洗液细胞学检查操作比较繁琐,且体检者舒适度不佳。(3)目前常用的血清肿瘤标志物:癌胚抗原(CEA)、糖类抗原(CA125/153/199)、细胞角蛋白19片段抗原(CYFRA21-1)和神经元特异性烯醇化酶(NSE)等。 ...
【技术保护点】
1.甲基化MGRN1基因作为标志物在制备产品中的应用;所述产品的用途为如下中的至少一种:/n(1)辅助诊断癌症或预测癌症患病风险;/n(2)辅助区分良性结节和癌症;/n(3)辅助区分癌症不同亚型;/n(4)辅助区分癌症不同分期;/n(5)辅助诊断肺癌或预测肺癌患病风险;/n(6)辅助区分肺部良性结节和肺癌;/n(7)辅助区分肺癌不同亚型;/n(8)辅助区分肺癌不同分期;/n(9)辅助诊断胰腺癌或预测胰腺癌患病风险;/n(10)辅助诊断食管癌或预测食管癌患病风险;/n(11)辅助区分肺癌和胰腺癌;/n(12)辅助区分肺癌和食管癌;/n(13)辅助区分胰腺癌和食管癌;/n(14)确定待测物对癌症的发生是否存在阻碍或促进作用。/n
【技术特征摘要】
1.甲基化MGRN1基因作为标志物在制备产品中的应用;所述产品的用途为如下中的至少一种:
(1)辅助诊断癌症或预测癌症患病风险;
(2)辅助区分良性结节和癌症;
(3)辅助区分癌症不同亚型;
(4)辅助区分癌症不同分期;
(5)辅助诊断肺癌或预测肺癌患病风险;
(6)辅助区分肺部良性结节和肺癌;
(7)辅助区分肺癌不同亚型;
(8)辅助区分肺癌不同分期;
(9)辅助诊断胰腺癌或预测胰腺癌患病风险;
(10)辅助诊断食管癌或预测食管癌患病风险;
(11)辅助区分肺癌和胰腺癌;
(12)辅助区分肺癌和食管癌;
(13)辅助区分胰腺癌和食管癌;
(14)确定待测物对癌症的发生是否存在阻碍或促进作用。
2.用于检测MGRN1基因甲基化水平的物质在制备产品中的应用;所述产品的用途为如下中的至少一种:
(1)辅助诊断癌症或预测癌症患病风险;
(2)辅助区分良性结节和癌症;
(3)辅助区分癌症不同亚型;
(4)辅助区分癌症不同分期;
(5)辅助诊断肺癌或预测肺癌患病风险;
(6)辅助区分肺部良性结节和肺癌;
(7)辅助区分肺癌不同亚型;
(8)辅助区分肺癌不同分期;
(9)辅助诊断胰腺癌或预测胰腺癌患病风险;
(10)辅助诊断食管癌或预测食管癌患病风险;
(11)辅助区分肺癌和胰腺癌;
(12)辅助区分肺癌和食管癌;
(13)辅助区分胰腺癌和食管癌;
(14)确定待测物对癌症的发生是否存在阻碍或促进作用。
3.用于检测MGRN1基因甲基化水平的物质和储存有数学模型建立方法和/或使用方法的介质在制备产品中的应用;所述产品的用途为如下中的至少一种:
(1)辅助诊断癌症或预测癌症患病风险;
(2)辅助区分良性结节和癌症;
(3)辅助区分癌症不同亚型;
(4)辅助区分癌症不同分期;
(5)辅助诊断肺癌或预测肺癌患病风险;
(6)辅助区分肺部良性结节和肺癌;
(7)辅助区分肺癌不同亚型;
(8)辅助区分肺癌不同分期;
(9)辅助诊断胰腺癌或预测胰腺癌患病风险;
(10)辅助诊断食管癌或预测食管癌患病风险;
(11)辅助区分肺癌和胰腺癌;
(12)辅助区分肺癌和食管癌;
(13)辅助区分胰腺癌和食管癌;
(14)确定待测物对癌症的发生是否存在阻碍或促进作用;
所述数学模型按照包括如下步骤的方法获得:
(A1)分别检测n1个A类型样本和n2个B类型样本的MGRN1基因甲基化水平;
(A2)取步骤(A1)获得的所有样本的MGRN1基因甲基化水平数据,按照A类型和B类型的分类方式,通过二分类逻辑回归法建立数学模型;
所述数学模型的使用方法包括如下步骤:
(B1)检测待测样本的MGRN1基因甲基化水平;
(B2)将步骤(B1)获得的所述待测样本的MGRN1基因甲基化水平数据代入所述数学模型,得到检测指数;然后比较检测指数和阈值的大小,根据比较结果确定所述待测样本的类型是A类型还是B类型;
所述A类型样本和所述B类型样本为如下中的任一种:
(C1)肺癌样本和无癌对照;
(C2)肺癌样本和肺良性结节样本;
(C3)肺癌不同亚型样本;
(C4)肺癌不同分期样本;
(C5)肺癌样本和食管癌样本;
(C6)肺癌样本和胰腺癌样本;
(C7)胰腺癌样本和食管癌样本;
(C8)胰腺癌样本和无癌对照;
(C9)食管癌样本和无癌对照。
4.储存有数学模型建立方法和/或使用方法的介质在制备产品中的应用;所述产品的用途为如下中的至少一种:
(1)辅助诊断癌症或预测癌症患病风险;
(2)辅助区分良性结节和癌症;
(3)辅助区分癌症不同亚型;
(4)辅助区分癌症不同分期;
(5)辅助诊断肺癌或预测肺癌患病风险;
(6)辅助区分肺部良性结节和肺癌;
(7)辅助区分肺癌不同亚型;
(8)辅助区分肺癌不同分期;
(9)辅助诊断胰腺癌或预测胰腺癌患病风险;
(10)辅助诊断食管癌或预测食管癌患病风险;
(11)辅助区分肺癌和胰腺癌;
(12)辅助区分肺癌和食管癌;
(13)辅助区分胰腺癌和食管癌;
(14)确定待测物对癌症的发生是否存在阻碍或促进作用;
所述数学模型按照包括如下步骤的方法获得:
(A1)分别检测n1个A类型样本和n2个B类型样本的MGRN1基因甲基化水平;
(A2)取步骤(A1)获得的所有样本的MGRN1基因甲基化水平数据,按照A类型和B类型的分类方式,通过二分类逻辑回归法建立数学模型;
所述数学模型的使用方法包括如下步骤:
(B1)检测待测样本的MGRN1基因甲基化水平;
(B2)将步骤(B1)获得的所述待测样本的MGRN1基因甲基化水平数据代入所述数学模型,得到检测指数;然后比较检测指数和阈值的大小,根据比较结果确定所述待测样本的类型是A类型还是B类型;
所述A类型样本和所述B类型样本为如下中的任一种:
(C1)肺癌样本和无癌对照;
(C2)肺癌样本和肺良性结节样本;
(C3)肺癌不同亚型样本;
(C4)肺癌不同分期样本;
(C5)肺癌样本和食管癌样本;
(C6)肺癌样本和胰腺癌样本;
(C7)胰腺癌样本和食管癌样本;
(C8)胰腺癌样本和无癌对照;
(C9)食管癌样本和无癌对照。
5.试剂盒,包括用于检测MGRN1基因甲基化水平的物质;所述试剂盒的用途为如下中的至少一种:
(1)辅助诊断癌症或预测癌症患病风险;
(2)辅助区分良性结节和癌症;
(3)辅助区分癌症不同亚型;
(4)辅助区分癌症不同分期;
(5)辅助诊断肺癌或预测肺癌患病风险;
(6)辅助区分肺部良性结节和肺癌;
(7)辅助区分肺癌不同亚型;
(8)辅助区分肺癌不同分期;
(9)辅助诊断胰腺癌或预测胰腺癌患病风险;
(10)辅助诊断食管癌或预测食管癌患病风险;
(11)辅助区分肺癌和胰腺癌;
(12)辅助区分肺癌和食管癌;
(13)辅助区分胰腺癌和食管癌;
(14)确定待测物对癌症的发生是否存在阻碍或促进作用。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒中还含有权利要求3或4中所述的储存有数学模型建立方法和/或使用方法的介质。
7.系统,包括:
(D1)用于检测MGRN1基因甲基化水平的试剂和/或仪器;
(D2)装置,所述装置包括单元A和单元B;
所述单元A用于建立数学模型,包括数据采集模块、数据分析处理模块和模型输出模块;
所述数据采集模块用于采集(D1)检测得到的n1个A类型样本和n2个B类型样本的MGRN1基因甲基化水平数据;
所述数据分析处理模块能够基于所述数据采集模块采集的n1个A类型样本和n2个B类型样本的MGRN1基因甲基化水平数据,按照A类型和B类型的分类方式,通过二分类逻辑回归法建立数学模型;
所述模型输出模块用于输出所述数据分析处理模块建立的数学模型;
所述单元B用于确定待测样本类型,包括数据输入模块、数据运算模块、数据比较模块和结论输出模块;
所述数据输入模块用于输入(D1)检测得到的待测者的MGRN1基因甲基化水平数据;
所述数据运算模块用于将所述待测者的MGRN1基因甲基化水平数据代入所述数学模型,计算得到检测指数;
所述数据比较模块用于将所述检测指数与阈值进行比较;
所述结论输出模块用于根据所述数据比较模块的比较结果输出所述待测样本的类型是A类型还是B类型的结论;
所述A类型样本和所述B类型样本为如下中的任一种:
(C1)肺癌样本和无癌对照;
(C2)肺癌样本和肺良性结节样本;
(C3)肺癌不同亚型样本;
(C4)肺癌不同分期样本;
(C5)肺癌样本和食管癌样本;
(C6)肺癌样本和胰腺癌样本;
(C7)胰腺癌样本和食管癌样本;
(C8)胰腺癌样本和无癌对照;
(C9)食管癌样本和无癌对照。
8.根据权利要求1-7中任一所述的应用或试剂盒或系统,其特征在于:所述MGRN1基因甲基化水平为MGRN1基因中如下(e1)-(e8)所示片段中全部或部分CpG位点的甲基化水平;
所述甲基化MGRN1基因为MGRN1基因中如下(e1)-(e8)所示片段中全部或部分CpG位点甲基化;
(e1)SEQIDNo.1所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段;
(e2)SEQIDNo.2所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段;
(e3)SEQIDNo.3所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段;
(e4)SEQIDNo.4所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段;
(e5)SEQIDNo.5所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段;
(e6)SEQIDNo.6所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段;
(e7)SEQIDNo.7所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段;
(e8)SEQIDNo.8所示的DNA片段或与其具有80%以上同一性的DNA片段。
9.根据权利要求8所述的应用或试剂盒或系统,其特征在于:所述“全部或部分CpG位点”为MGRN1基因中SEQIDNo.1至SEQIDNo.8所示8个DNA片段中的任意一个或多个CpG位点;
或
所述“全部或部分CpG位点”为MGRN1基因中SEQIDNo.3、SEQIDNo.4和SEQIDNo.6所示3个DNA片段中的任意一个或多个CpG位点;
或
所述“全部或部分CpG位点”可为MGRN1基因中SEQIDNo.4所示的DNA片段中如下35项所示CpG位点的全部或任意34项或任意33项或任意32项或任意31项或任意30项或任意29项或任意28项或任意27项或任意26项或任意25项或任意24项或任意23项或任意22项或任意21项或任意20项或任意19项或任意18项或任意17项或任意16项或任意15项或任意14项或任意13项或任意12项或任意11项或任意10项或任意9项或任意8项或任意7项或任意6...
【专利技术属性】
技术研发人员:韦玉杰,王俊,狄飞飞,
申请(专利权)人:南京腾辰生物科技有限公司,
类型:发明
国别省市:江苏;32
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