一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针制造技术

本发明专利技术公开了一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，包括ApaI(rs7975232)SNP位点多态性设计的引物和探针、BsmI(rs1544410)SNP位点多态性设计的引物和探针、FokI(rs2228570)SNP位点多态性设计的引物和探针、TaqI(rs731236)SNP位点多态性设计的引物和探针和采用人类GAPDH基因作为监控样本DNA提取质量的内控引物探针，本发明专利技术采用ARMS‑PCR结合蝎型探针技术可以在一管内标记不同荧光基团，可以实现多重PCR检测，同时只有当蝎型探针和扩增的模板完全互补时候才能打开颈环结构，其荧光信号的产生都是源于分子内杂交，分子内杂交反应快速有效，优先于可能与之竞争的副反应，可提供更强的荧光信号，更短的信号响应时间，同时与传统的双标记探针相比，具有更强的错配区分能力。

【技术实现步骤摘要】
一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针
本专利技术涉及一种引物和探针，特别涉及一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，属于分子生物学检测领域。
技术介绍
维生素D(vitaminD)为固醇类衍生物，是一种人体所需的非常重要而又特殊的脂溶性维生素，又称抗佝偻病维生素。人类获取维生素D的主要来源是阳光照射和食物摄取。我们皮肤中有一种7-脱氢胆固醇，它经过紫外线中UVB的照射后转化为维生素D3。皮肤中产生的维生素D3通过血流输送到肝脏，在那里转化为25-羟维生素D3，然后再进一步运输到肾脏和单核巨噬细胞系统中，完成由25-羟维生素D3转化为1,25(OH)2维生素D3的过程，从而成为具有生物活性的维生素D。1,25(OH)2维生素D3作为一种激素重新进入循环，调节小肠、肾脏和骨骼对钙的吸收与代谢，促进骨骼的生长和重构。近年来越来越多的研究发现，维生素D缺乏和不足已经成为一个日益严重的全球性问题。各国的研究均提示大量不同遗传背景的人群处于维生素D不足和缺乏状态。目前尚无有关国内人群中维生素D缺乏状况的大样本量研究。根据对部分地区部分人群的研究发现，维生素D缺乏同样是一个相当严重的问题，在各个年龄阶段都十分普遍，而且与季节有明显关系，我们的研究发现在大城市的市民中，无论男性还是女性、无论年龄高低，维生素D缺乏和不足均存在相当高的发生率。仅11.1％的男性和9.3％的女性处于维生素D充足状态，有88.9％的男性和90.7％的女性为维生素D不足或缺乏。由此看来，维生素D的状况至少在城市中不容乐观，其原因除了与气候条件、空气污染、穿衣习惯、饮食习惯(奶制品的摄入不足)有关外，可能还与生活方式的改变、户外活动的减少、防紫外线用品和体重的增加有关。维生素D受体基因(vitaminD(1,25-dihydroxyvitaminD3)receptor,VDR),位于12q13.11，全长63.5kb，有11个外显子，mRNA长4,775nt，编码428个氨基酸残基组成的维生素D受体(VDR)蛋白，是维生素D3的核激素受体，该蛋白也是胆石酸的第二受体。影响维生素D受体基因活性相关的基因位点主要ApaI、BsmI、FokI及TaqI等基因。目前常用的针对SNP位点多态性检测方法主要有：基于直接测序进行SNP基因型的分型。存在设备昂贵，PCR扩增产物需要开盖处理，极易造成室内气溶胶污染，影响结果的准确性等问题。基于PCR凝胶电泳进行分型，PCR扩增后，经凝胶电泳在紫外光下见到根据片段大小区分开的产物条带，根据条带的有无判断目标SNP位点的基因型。存在气溶胶污染的问题，结果以图片的形式呈现，判读过程依赖主观因素，容易出错的问题。基于单碱基延伸法检测SNP，基本原理与直接测序方法相同,从本质上讲是测SNP位点一个碱基的序列,所以也被称作Mini-Sequencing。该方法目前已经在多种仪器平台上得到应用,包括:毛细管DNA测序仪,飞行时间质谱仪,偏振光酶标仪。缺点是实验步骤与测序一样多,存在气溶胶污染的问题，在做多重分析时往往成功率降低,需要优化条件。基于ARMSPCR(探针法)，基本原理是当等位基因引物3’末端和模板DNA完全匹配时可以高效扩增；当等位基因引物3’末端和模板发生错配时则扩增效率很低，结合Taqman探针法可以实现等位基因的区分，缺点是判断标准需要引入相对CT差来判断，同时一管中无法区分SNP基因型，无法进行多重PCR分型。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，以解决上述
技术介绍
中提出的问题。为实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，包括ApaI(rs7975232)SNP位点多态性设计的引物和探针、BsmI(rs1544410)SNP位点多态性设计的引物和探针、FokI(rs2228570)SNP位点多态性设计的引物和探针、TaqI(rs731236)SNP位点多态性设计的引物和探针和采用人类GAPDH基因作为监控样本DNA提取质量的内控引物探针。作为本专利技术的一种优选技术方案，所述ApaI(rs7975232)SNP位点多态性设计的引物和探针包括VDR受体基因ApaI(rs7975232)正向扩增引物和反向扩增引物，所述VDR受体基因ApaI(rs7975232)正向扩增引物的序列特征和反向扩增引物的序列特征如下：VDR受体基因ApaI(rs7975232)正向扩增引物：(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGGtA(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGaCA(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGaGCA(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTaGGCA(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGGtC(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGaCC(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGaGCC(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTaGGCCVDR受体基因ApaI(rs7975232)反向扩增引物：TCCTAAATGCACGGAGAAGTCACT。作为本专利技术的一种优选技术方案，所述BsmI(rs1544410)SNP位点多态性设计的引物和探针包括VDR受体基因BsmI(rs1544410)反向扩增引物和正向扩增引物，所述VDR受体基因BsmI(rs1544410)反向扩增引物的序列特征和正向扩增引物的序列特征如下：VDR受体基因BsmI(rs1544410)反向扩增引物：(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAATtT(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAAgGT(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAcTGT(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAG本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，其特征在于，包括ApaI(rs7975232)SNP位点多态性设计的引物和探针、BsmI(rs1544410)SNP位点多态性设计的引物和探针、FokI(rs2228570)SNP位点多态性设计的引物和探针、TaqI(rs731236)SNP位点多态性设计的引物和探针和采用人类GAPDH基因作为监控样本DNA提取质量的内控引物探针。/n

【技术特征摘要】
1.一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，其特征在于，包括ApaI(rs7975232)SNP位点多态性设计的引物和探针、BsmI(rs1544410)SNP位点多态性设计的引物和探针、FokI(rs2228570)SNP位点多态性设计的引物和探针、TaqI(rs731236)SNP位点多态性设计的引物和探针和采用人类GAPDH基因作为监控样本DNA提取质量的内控引物探针。


2.根据权利要求1所述的一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，其特征在于：所述ApaI(rs7975232)SNP位点多态性设计的引物和探针包括VDR受体基因ApaI(rs7975232)正向扩增引物和反向扩增引物，所述VDR受体基因ApaI(rs7975232)正向扩增引物的序列特征和反向扩增引物的序列特征如下：
VDR受体基因ApaI(rs7975232)正向扩增引物：
(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGGtA
(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGaCA
(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGaGCA
(HEX)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTaGGCA
(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGGtC
(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGGaCC
(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTGaGCC
(FAM)CCCGGCGGTGCTGCCGTTGAGTGTCTGCCGGG-BHQ1-HEG-ACAGGAGCTCTCAGCTaGGCC
VDR受体基因ApaI(rs7975232)反向扩增引物：
TCCTAAATGCACGGAGAAGTCACT。


3.根据权利要求1所述的一种人维生素D受体基因分型检测用的引物和探针，其特征在于：所述BsmI(rs1544410)SNP位点多态性设计的引物和探针包括VDR受体基因BsmI(rs1544410)反向扩增引物和正向扩增引物，所述VDR受体基因BsmI(rs1544410)反向扩增引物的序列特征和正向扩增引物的序列特征如下：
VDR受体基因BsmI(rs1544410)反向扩增引物：
(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAATtT
(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAAgGT
(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAcTGT
(HEX)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGcATGT
(FAM)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAATtC
(FAM)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAAgGC
(FAM)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGAcTGC
(FAM)CCCGGCTTCTGAGGAACTAGATAAGCAGCCGGG-BHQ1-HEG-AGAGCCTGAGTATTGGGcATGC
VDR受体基因BsmI(rs1544410)正向扩增引物：
CTGTGGTGTGTGGACGCTGA。

【专利技术属性】
技术研发人员：王知丰，秦付军，吴书展，
申请(专利权)人：郑州华沃生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：河南;41