用于细胞识别和整合的核酸制造技术

本公开内容提供了包含归巢、靶向、穿过细胞质和/或穿过靶细胞(例如，患病细胞，如癌细胞)或细胞群(例如，组织)的核膜的“zip编码”序列的核酸序列和核酸递送构建体，以及允许将该核酸或核酸递送系统的至少一部分整合到该靶细胞的基因组中的整合序列。本公开内容还提供了非天然形成的核酸构建体和递送系统，该核酸构建体和递送系统包含该Zip编码和整合序列以及可共价或非共价连接至该核酸构建体和系统的一个或多个货物分子。本文还提供了使用本文所述的靶细胞特异性核酸构建体和系统诊断和治疗诸如癌症的疾病的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于细胞识别和整合的核酸交叉引用本申请要求于2019年7月18提交的美国临时专利申请号62/875,887以及于2018年9月25日提交的62/736,323的权益，这些申请出于所有目的通过引用以其整体并入本文。序列表本申请包含序列表，该序列表已经以ASCII格式电子提交，并且通过引用以其整体并入本文。所述ASCII副本创建于2019年9月23日，命名为54774-702_601_SL.txt，大小为793,770字节。
技术介绍
转座元件(TE或转座子)是一种DNA序列，其可以改变其在基因组中的位置，有时会产生或逆转突变并改变细胞的遗传同一性和基因组大小。转座元件先前已与包括癌症在内的各种疾病相关，但需要更好地了解它们与疾病发作的关系(如果存在)。例如，癌症是美国第二大最常见的死亡原因，每天有1,600多例与癌症相关的死亡，每年接近600,000例。2015年诊断出约165万的新癌症病例，并且由于人口因素和生活方式因素，癌症的发病率正在增加。因此，对于检测和治疗癌症以及其他慢性、感染性或年龄相关性疾病的灵敏、有效且尤其是细胞、组织和/或器官特异性的组合物和方法存在未满足的需求。
技术实现思路
在多个方面，本公开内容提供了包含脱氧核糖核酸序列的核酸构建体，该脱氧核糖核酸序列指导该构建体在体内(向性)迁移至靶组织。该构建体可包含衍生自转座子的两个或更多个序列，例如3’序列和5’序列，以用于整合到靶组织的细胞中。在多个方面，本公开内容描述了多种药物组合物，该药物组合物包含指导该构建体在体内(向性)迁移至靶组织或靶细胞的序列。在一些情况下，本公开内容提供了一种药物组合物，包含治疗有效量的核酸构建体，所述核酸构建体包含a)第一脱氧核糖核酸(DNA)序列，所述第一脱氧核糖核酸序列指导所述核酸构建体在体内迁移至预选组织；以及b)第二脱氧核糖核酸序列，所述第二脱氧核糖核酸序列指导所述核酸构建体的区域在体内整合到所述预选组织的细胞的基因组中；其中组合物被配制用于施用至受试者。在一些实施方案中，所述第一脱氧核糖核酸序列来自与所述预选组织的所述细胞相同的细胞类型。在一些实施方案中，所述受试者是人。在一些实施方案中，所述第一脱氧核糖核酸序列迁移至白细胞。在一些实施方案中，所述第一脱氧核糖核酸序列迁移至胰腺细胞。在一些实施方案中，所述第一脱氧核糖核酸序列迁移至肺细胞。在一些实施方案中，当施用至所述受试者时，所述核酸构建体穿过所述预选组织的所述细胞的核膜。在一些实施方案中，所述第一脱氧核糖核酸序列与SEQIDNO:203–SEQIDNO:277和SEQIDNO:282中任一个的至少12个碱基具有至少90％的同一性。在一些实施方案中，所述第一脱氧核糖核酸序列的长度为至少400个碱基对。在一些实施方案中，所述第一脱氧核糖核酸序列的长度为400个碱基对至20,000个碱基对。在一些实施方案中，所述第二脱氧核糖核酸序列与转座子序列具有至少90％的同源性。在一些实施方案中，所述转座子是II型转座子。在一些实施方案中，所述II型转座子通过水平基因转移将自身整合到所述预选组织的所述细胞的所述基因组中。在一些实施方案中，所述核酸构建体包含至少一个另外的脱氧核糖核酸序列。在一些实施方案中，所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含组织选择性启动子。在一些实施方案中，所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含用于并入所述基因组的第二整合信号。在一些实施方案中，所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含编码肽或蛋白的序列。在一些实施方案中，所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含用于确保所述肽或蛋白仅在所述预选组织的所述细胞内表达的序列。在一些实施方案中，所述肽或所述蛋白编码肿瘤抑制肽或肿瘤抑制蛋白。在一些实施方案中，所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是多发性骨髓瘤肿瘤抑制基因。在一些实施方案中，所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是胰腺癌肿瘤抑制基因。在一些实施方案中，所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是肺癌肿瘤抑制基因。在一些实施方案中，所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是视网膜母细胞瘤易感基因(retinoblastomasusceptibilitygene，RB)、肾母细胞瘤(WT1)、神经纤维瘤病1型(NF1)、家族性腺瘤性息肉病(familialadenomatosispolyposiscoli，FAP)、vonHippel-Lindau综合征(vonHippel-Lindausyndrome，VHL)、野生型p53或超阻遏物p53(superrepressorp53)中的任一种。在一些实施方案中，所述肽或所述蛋白编码抗原蛋白。在一些实施方案中，所述抗原蛋白在施用于所述受试者后在所述细胞中被特异性地翻译。在一些实施方案中，所述药物组合物还包含货物。在一些实施方案中，所述货物是荧光团或放射性同位素。在一些实施方案中，所述货物是治疗性药物。在一些实施方案中，所述货物共价连接至所述核酸构建体。在一些实施方案中，所述制剂包含纳米颗粒或阳离子聚合物。在多个方面，本公开内容提供一种载体，包含第一序列或另外的核酸序列，所述第一序列与SEQIDNO:203–SEQIDNO:277或SEQIDNO:282中任一个的至少12个碱基具有至少90％的序列同一性。在一些实施方案中，所述另外的核酸序列与本文所述的转座子序列具有至少90％的同源性。在一些实施方案中，所述转座子是II型转座子。在一些实施方案中，所述II型转座子通过水平基因转移将自身整合到所述预选组织的所述细胞的所述基因组中。在一些实施方案中，所述载体包含至少两个另外的核酸序列。在一些实施方案中，所述至少两个另外的核酸序列包含组织选择性启动子和转座子序列。在一些实施方案中，所述至少两个另外的核酸序列包含至少两个转座子序列。在一些实施方案中，所述另外的核酸序列包含编码肽或蛋白的序列。在一些实施方案中，所述肽或所述蛋白编码肿瘤抑制肽或肿瘤抑制蛋白。在一些实施方案中，所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是多发性骨髓瘤肿瘤抑制基因。在一些实施方案中，所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是胰腺癌肿瘤抑制基因。在一些实施方案中，肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是肺癌肿瘤抑制基因。在一些实施方案中，所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是视网膜母细胞瘤易感基因(RB)、肾母细胞瘤(WT1)、神经纤维瘤病1型(NF1)、家族性腺瘤性息肉病(FAP)、vonHippel-Lindau综合征(VHL)、野生型p53或超阻遏物p53中的任一种。在一些实施方案中，所述载体共价连接至货物。在一些实施方案中，所述货物是荧光团或放射性同位素。在一些实施方案中，所述货物是治疗性药物。在多个方面，本公开内容提供了两种或更多种所述载体的文库。在多个方面，本公开内容提供了一种用于治疗癌症的方法，所述方法包括：施用有效量的核酸构建体，所述核酸构建体包含指导货物迁移至患有所述癌症的受试者的组织的核酸序列，其中组合物被配制用于施用至受试者。在一些实施方案中，所述癌症是肺癌。在一些实施方案中，所述癌症是多发性骨髓瘤。在一些实施方案中，所述癌症是胰腺癌。在一些实施方案中，所述核酸构建体本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种药物组合物，包含：/n治疗有效量的核酸构建体，所述核酸构建体包含：/na)第一脱氧核糖核酸序列，所述第一脱氧核糖核酸序列指导所述核酸构建体在体内迁移至预选组织；以及/nb)第二脱氧核糖核酸序列，所述第二脱氧核糖核酸序列指导所述核酸构建体的区域在体内整合到所述预选组织的细胞的基因组中；/n其中组合物被配制用于施用至受试者。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180925 US 62/736,323;20190718 US 62/875,8871.一种药物组合物，包含：
治疗有效量的核酸构建体，所述核酸构建体包含：
a)第一脱氧核糖核酸序列，所述第一脱氧核糖核酸序列指导所述核酸构建体在体内迁移至预选组织；以及
b)第二脱氧核糖核酸序列，所述第二脱氧核糖核酸序列指导所述核酸构建体的区域在体内整合到所述预选组织的细胞的基因组中；
其中组合物被配制用于施用至受试者。


2.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第一脱氧核糖核酸序列来自与所述预选组织的所述细胞相同的细胞类型。


3.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述受试者是人。


4.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第一脱氧核糖核酸序列迁移至白细胞。


5.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第一脱氧核糖核酸序列迁移至胰腺细胞。


6.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第一脱氧核糖核酸序列迁移至肺细胞。


7.根据权利要求1所述的药物组合物，其中当施用至所述受试者时，所述核酸构建体穿过所述预选组织的所述细胞的核膜。


8.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第一脱氧核糖核酸序列与SEQIDNO:203–SEQIDNO:277和SEQIDNO:282中任一个的至少12个碱基具有至少90％的同一性。


9.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第一脱氧核糖核酸序列的长度为至少400个碱基对。


10.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第一脱氧核糖核酸序列的长度为400个碱基对至20,000个碱基对。


11.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述第二脱氧核糖核酸序列与转座子序列具有至少90％的同源性。


12.根据权利要求11所述的药物组合物，其中所述转座子是II型转座子。


13.根据权利要求12所述的药物组合物，其中所述II型转座子通过水平基因转移将自身整合到所述预选组织的所述细胞的所述基因组中。


14.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述核酸构建体包含至少一个另外的脱氧核糖核酸序列。


15.根据权利要求14所述的药物组合物，其中所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含组织选择性启动子。


16.根据权利要求14所述的药物组合物，其中所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含用于并入所述基因组的第二整合信号。


17.根据权利要求14所述的药物组合物，其中所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含编码肽或蛋白的序列。


18.根据权利要求14所述的药物组合物，其中所述至少一个另外的脱氧核糖核酸序列包含用于确保所述肽或蛋白仅在所述预选组织的所述细胞内表达的序列。


19.根据权利要求17所述的药物组合物，其中所述肽或所述蛋白编码肿瘤抑制肽或肿瘤抑制蛋白。


20.根据权利要求19所述的药物组合物，其中所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是多发性骨髓瘤肿瘤抑制基因。


21.根据权利要求19所述的药物组合物，其中所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是胰腺癌肿瘤抑制基因。


22.根据权利要求19所述的药物组合物，其中所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是肺癌肿瘤抑制基因。


23.根据权利要求19所述的药物组合物，其中所述肿瘤抑制肽或所述肿瘤抑制蛋白是视网膜母细胞瘤易感基因(RB)、肾母细胞瘤(WT1)、神经纤维瘤病1型(NF1)、家族性腺瘤性息肉病(FAP)、vonHippel-Lindau综合征(VHL)、野生型p53或超阻遏物p53中的任一种。


24.根据权利要求17所述的药物组合物，其中所述肽或所述蛋白编码抗原蛋白。


25.根据权利要求24所述的药物组合物，其中所述抗原蛋白在施用于所述受试者后在所述细胞中被特异性地翻译。


26.根据权利要求1所述的药物组合物，其中所述药物组合物还包含货物。


27.根据权利要求26所述的药物组合物，其中所述货物是荧光团或放射性同位素。


28.根据权利要求26所述的药物组合物，其中所述货物是治疗性药物。


29.根据权利要求26所述的药物组合物，其中所述货物共价连接至所述核酸构建体。


30.根据权利要求26所述的药物组合物，其中所述制剂包含纳米颗粒或阳离子聚合物。


31.一种载体，包含第一序列和另外的核酸序列，所述第一序列与SEQIDNO:203–SEQIDNO:277和SEQIDNO:282中任一个的至少12个碱基具有至少90％的同一性。


32.根据权利要求31所述的载体，其中所述另外的核酸序列与转座子序列具有至少90％的同源性。


33.根据权利要求31所述的载体，其中所述转座子是II型转座子。


34.根据权利要求33所述的载体，其中所述II型转座子通过水平基因转移将自身整合到所述预选组织的所述细胞的所述基因组中。


35.根据权利要求31所述的载体，所述载体包含至少两个另外的核酸序列。


36.根据权利要求35所述的载体，其中所述至少两个另外的核酸序列包含组织选择性启动子和转座子序列。


37.根据权利要求35所述的载体，其中所述至少两个另外的核酸序列包含至少两个转座子...

【专利技术属性】
技术研发人员：里昂·伯纳尔米兹拉西，马修·查尔斯·廷德尔，
申请(专利权)人：爱默蕾大学，科迪卡兹治疗解决方案公司，
类型：发明
国别省市：美国;US