基于黄牛LOC107131166基因CNV标记的生长性状分子标记辅助选择方法技术

本发明专利技术公开了一种基于黄牛LOC107131166基因CNV标记的生长性状分子标记辅助选择方法：利用QPCR技术，以待测牛基因组DNA为模板，分别用两对引物P1、P2对LOC107131166基因的CNV区域和内参基因BTF3的部分片段进行扩增，最后利用2*2

【技术实现步骤摘要】
基于黄牛LOC107131166基因CNV标记的生长性状分子标记辅助选择方法
本专利技术涉及家畜分子生物学检测领域，具体涉及一种基于QPCR技术检测牛LOC107131166基因CNV标记的方法。
技术介绍
DNA分子标记(DNAmolecularmarker)，是反映个体和种群间基因组特异性的DNA片段。分子标记包括限制性片段长度多态性标记(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)、随机扩增基因组DNA多态性标记(RandomAmplifiedPolymorphicDNA，RAPD)、扩增片段长度多态性标记(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism，AFLP)、微卫星DNA(Microsatellite，MS)和单核苷酸多态性标记(SingleNucleotidePolymorphisms，SNP)。拷贝数变异(CNV)是指长度为1kb至数Mb的有关DNA片段拷贝数突变，包括DNA单一片段的扩增、缺失、插入、倒置等，也包括复杂的染色体扩增、缺失和插入的各种组合，其比SNPs(SingleNucleotidePolymorphisms)和Indels覆盖范围更广，因此，遗传效应更大。近年来SNP研究相对较多，而对CNV的研究相对较少。CNV具有片段长度大、普遍存在、且覆盖的基因组范围广等优点，因此对畜禽性状可能造成显著影响。随着黄牛基因组测序图谱的逐渐完善，建立CNVs图谱对促进黄牛经济性状和功能性状的研究以及遗传改良具有重要意义。邱奕雁等研究表明，PTH可能通过LOC107131166(cAMP)/蛋白激酶A(PKA)信号通路促进共转录因子CITED1出入细胞核，特异性地调节OC及ALP基因的表达，参与骨代谢的调节。目前，尚未见有关LOC107131166基因CNV对地方黄牛及其他选育牛品种生长性状影响的文献报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种基于黄牛LOC107131166基因CNV标记的生长性状分子标记辅助选择方法。为达到上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：一种检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：以待测牛个体基因组DNA为模板，以引物对P1以及引物对P2为引物，分别通过实时定量PCR扩增LOC107131166基因的拷贝数变异区域以及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定个体LOC107131166基因的拷贝数变异类型。优选的，所述的拷贝数变异区域位于牛LOC107131166基因参考基因组序列AC_000179.1的52332801位到52340800位。优选的，所述的拷贝数变异类型是根据2*2-ΔΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，2*2-ΔΔCt>2；缺失型，2*2-ΔΔCt<2；正常型，2*2-ΔΔC＝2。优选的，所述的引物对P1为：上游引物F1：5’-GGTGGAATCCCCACACTCAG-3’下游引物R1：5’-GAGAGTCACGAGCCCTCAAC-3’；所述的引物对P2为：上游引物F2：5’-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3’下游引物R2：5’-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3’；基于引物对P1扩增的PCR产物片段大小为120bp，基于引物对P2扩增的PCR产物片段大小为166bp。优选的，所述的实时定量PCR所用的扩增体系包括10ng/μL模板1μL以及10μmol/L的引物对P1或P2所对应的上、下游引物各0.5μL。优选的，所述的实时定量PCR所用的反应程序为：95℃预变性2min；95℃变性10s，60℃退火20s，共39个循环。上述检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的方法在牛分子标记辅助选择育种中的应用。优选的，在云岭牛、夏南牛及皮南牛中具有缺失型拷贝数变异类型的个体在生长性状上较优；在秦川牛中，具有正常型拷贝数变异类型的个体在生长性状上较优。优选的，所述的生长性状选自体高、十字部高、体斜长、胸围、腹围、管围、胸宽、胸深、臀围、腰角宽、坐骨端宽、头长、额宽、尻长、体重中的一种或多种。优选的，所述的拷贝数变异区域作为拷贝数变异位点，与云岭牛的体高和管围具有显著的相关性、与夏南牛的体高具有显著的相关性、与皮南牛的尻长具有显著的相关性、与秦川牛的坐骨端宽具有显著的相关性。一种检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的试剂盒，该试剂盒包括上述引物对P1及引物对P2。本专利技术的有益效果体现在：本专利技术通过实时定量PCR技术检测在牛群体中LOC107131166基因的拷贝数变异类型，LOC107131166基因拷贝数变异与牛重要生长性状的关联分析结果表明，LOC107131166基因的拷贝数变异(CNV)位点具有显著影响云岭牛、夏南牛、皮南牛以及秦川牛生长性状优势的分子标记。本专利技术与高通量测序、基因芯片等方法相比，快速、简单、成本低，能够准确的鉴定个体的拷贝数类型，从而可以通过对个体进行早期选择，加快牛优良生长性状的选育进程。附图说明图1为本专利技术实施例中进行QPCR(LOC107131166基因)绘制的扩增曲线。图2为本专利技术实施例中进行QPCR(LOC107131166基因)绘制的溶解曲线。图3为本专利技术实施例中LOC107131166基因拷贝数变异在牛群体中的分布。具体实施方式下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步详细说明，所述实施例是对本专利技术的解释，而不是对本专利技术保护范围的限制。基于前期的牛基因组重测序研究发现的牛LOC107131166基因CNV区域(位于LOC107131166基因参考基因组序列AC_000179.1的52332801位到52340800位)，结合LOC107131166基因的功能以及CNV的调节机制，进一步揭示了LOC107131166基因的拷贝数变异与牛生长性状的关联性，从而为地方黄牛以及相关选育品种的分子育种提供重要的依据。具体说明如下。1.样品的采集及基因组DNA提取(1)血样采集和数据收集表1.试验动物样品信息本专利技术中共采集605个个体的血样(表1)，样本均为2岁以上(24～36月龄)成年母牛，血液的采集方法为颈静脉采血，用冰盒带回实验室，于-80℃储存；同时进行基础数据收集和测定：采样时对相应个体进行基础数据(体高、十字部高、体斜长、胸围、腹围、管围、胸宽、胸深、臀围、腰角宽、坐骨端宽、头长、额宽、尻长以及体重等生长性状)采集和录入，以用于后期的关联分析。(2)血样DNA的提取利用酚-氯仿法对样品进行基因组DNA提取：①冷冻血样(主要为血细胞)室温解冻，吸取2mL于2.0mL离心管中，4℃、12000rpm离心10min；弃掉液体，保留沉淀，加入1.5mL的PBS缓冲液，涡旋震荡本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：/n以待测牛基因组DNA为模板，通过实时定量PCR分别扩增LOC107131166基因的拷贝数变异区域以及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定牛LOC107131166基因的拷贝数变异类型。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：
以待测牛基因组DNA为模板，通过实时定量PCR分别扩增LOC107131166基因的拷贝数变异区域以及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定牛LOC107131166基因的拷贝数变异类型。


2.如权利要求1所述一种检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的拷贝数变异区域位于LOC107131166基因参考基因组序列AC_000179.1的52332801位到52340800位。


3.如权利要求1所述一种检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的拷贝数变异类型是根据2*2-ΔΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，2*2-ΔΔCt>2；缺失型，2*2-ΔΔCt<2；正常型，2*2-ΔΔCt＝2。


4.如权利要求1所述一种检测牛LOC107131166基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的拷贝数变异区域的部分片段的扩增引物对为：
上游引物F1：5’-GGTGGAATCCCCACACTCAG-3’
下游引物R1：5’-GAGAGTCACGAGCCCTCAAC-3’；
所述的BTF3基因的部分片段的扩增引物对为...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘贤，黄永震，丁晓婷，蔡雯雯，丁涵，徐美芳，彭巍，黄殷琪，李欣淼，吴胜军，李志明，张子敬，王二耀，茹宝瑞，
申请(专利权)人：河南省畜牧总站，
类型：发明
国别省市：河南;41