检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物、产品及方法技术

本发明专利技术提供了一种检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物、产品及方法，所述引物组合物包括致病基因NF1CDS区域及致病基因NF1上下游2M内的SNP位点的引物，本发明专利技术能够在检测SNP位点的同时检测胚胎中的致病位点，通过家系与胚胎中致病位点的连锁关系构建单体型从而进行胚胎植入前单基因遗传学检测，所述试剂盒对男方、女方和胚胎进行单体型分析和致病位点直接测序检测，测序得到携带致病位点的胚胎所对应的单体型为风险染色体，则另外一条为正常染色体，扩大了胚胎植入前单基因遗传学检测的应用范围，可以应用于由于新发突变或者其他原因无法获得完整家系的情况。

【技术实现步骤摘要】
检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物、产品及方法
本专利技术涉及胚胎移植检测
，尤其涉及一种检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物、产品及方法。
技术介绍
单基因病是由一个或一对等位基因突变引起的疾病，其遗传方式及再发风险符合孟德尔规律。大部分单基因病目前没有有效的治疗方法。胚胎植入前单基因遗传学检测(PreimplantationGeneticTestingforMonogenic，PGT-M)通过对胚胎进行遗传学检测，选择正常胚胎移植从而避免因选择性流产给孕妇及家庭带来的伤害。直接对胚胎致病位点进行检测，有可能因等位基因脱扣(Alleledrop-out,ADO)而导致误诊。采用单核苷酸多态性(single-nucleotidepolymorphism，SNP)连锁分析结合变异位点检测，可避免胚胎囊胚细胞单细胞扩增过程中的ADO。SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是人类可遗传变异中最常见的一种。位于一条染色体特定区域的一组相互关联，并倾向于以整体遗传给后代的单核苷酸多态性的组合，被称作单体型(haplotype)。利用SNP位点构建家系单体型，通过连锁关系可以将致病基因所在的染色体与正常染色体区分开来，从而判断胚胎是否携带致病基因，可以避免胚胎直接检测中因等位基因脱扣而导致的误诊，提高异常胚胎的检出率，改善妊娠结局。现有技术利用SNP连锁分析的方法进行胚胎植入前单基因遗传学检测需要完整的家系样本(例如男方、女方、先证者；或者男方、男方父母、女方、女方父母；或者男方、女方、其他家系成员等)通过连锁分析进行单体型构建、区分风险染色体，从而对胚胎进行单体型分析，选择不携带风险染色体的胚胎。不足之处是，当受检者没有完整家系时，无法通过连锁关系区分风险染色体。Ⅰ型神经纤维瘤是一种常染色体显性遗传病，其中约半数患者由于NF1基因的新发变异导致(GeneReviews，LastRevision:June6,2019)，患病个体的后代有50％的风险遗传变异的NF1等位基因，新发变异家系无法通过家系连锁关系区分风险染色体。因此，有必要研究一种检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物、产品及方法来应对现有技术的不足，以解决或减轻上述一个或多个问题。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术提供了一种检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物、产品及方法，能够在检测SNP位点的同时检测胚胎中的致病位点，通过家系与胚胎中致病位点的连锁关系构建单体型从而进行胚胎植入前单基因遗传学检测，所述试剂盒对男方、女方和胚胎进行单体型分析和致病位点直接测序检测，测序得到携带致病位点的胚胎所对应的单体型为风险染色体，则另外一条为正常染色体，扩大了胚胎植入前单基因遗传学检测的应用范围，可以应用于由于新发突变或者其他原因无法获得完整家系的情况。一方面，本专利技术提供一种检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物，所述引物组合物包括致病基因NF1CDS区域及致病基因NF1上下游2M内的SNP位点的引物。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述致病基因NF1为人类致病基因NF1。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述致病基因NF1CDS及内含子区域的序列为SEQIDNO：143-338。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述致病基因NF1上下游2M内的SNP位点的引物序列为SEQIDNO：1-142和339-462。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述引物组合物包括SEQIDNO：1-462的全部引物对。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种胚胎植入前的检测产品，所述检测产品由所述的引物组合物制备而成。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述检测产品为检测试剂盒。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述检测试剂盒包括：用于文库构建的反应试剂，包括：特异性结合引物、通用PCR引物、多重PCR聚合酶、DNA连接酶、末端修复酶、dNTPs和反应缓冲液；用于纯化PCR的反应产物的试剂，包括产物纯化磁珠及缓冲液。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种实现方式，所述检测试剂盒还包括阴性质控品和阳性质控品。如上所述的方面和任一可能的实现方式，进一步提供一种胚胎植入前的检测方法，通过所述的检测产品实现，所述检测方法包括以下步骤：S1：对家系致病基因NF1CDS区域及上下游2M内的SNP位点进行引物设计，引物组合物包括SEQIDNO：1～462的全部引物对；S2：提取男方、女方基因组DNA，获得胚胎的囊胚滋养层细胞，并进行全基因组扩增；S3：对以上男方、女方、胚胎样本，利用致病基因CDS区域及上下游2M引物富集目标区域DNA，并进行测序、基因组生物信息学分析，获得胚胎致病位点测序信息和目标区域SNP基因型；S4：根据男方、女方和携带致病变异胚胎的与致病基因紧密连锁的有效SNP位点构建单体型，从而区分风险染色体；S5：利用已构建好的单体型确定全部胚胎细胞单体型，从而判断胚胎基因变异信息；S6：选择不致病的胚胎可供移植。与现有技术相比，本专利技术可以获得包括以下技术效果：1)受检者需要进行胚胎植入前单基因遗传学检测，经常因为新发变异等原因无法获得完整家系无法进行家系单体型构建，导致检测不能进行，本专利技术选择新发变异概率高的NF1基因，利用携带致病位点的胚胎囊胚细胞与男方、女方一起构建单体型，从而进行胚胎植入前单基因遗传学检测；2)本专利技术所使用的用携带致病位点的胚胎囊胚细胞与男方、女方一起构建单体型的方法同样可以应用于其他基因无家系的情况，例如携带者筛查检出男方女方相同基因变异而无家系等；3)本专利技术扩大了胚胎植入前单基因遗传学检测可应用的范围，经过实验证明效果可靠。当然，实施本专利技术的任一产品并不一定需要同时达到以上所述的所有技术效果。【附图说明】为了更清楚地说明本专利技术实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其它的附图。图1是本专利技术一个实施例提供的男方、女方、子代胚胎3单体型结果图；图2是本专利技术一个实施例提供的所有样本单体型结果图。其中，图中：“_”部分表示致病位点边界，M0、M1表示正常女，F1表示正常男，F0表示致病男，a0区域表示男方有效位点，非a0区域表示女方有效位点，b0表示该位点发生脱扣。【具体实施方式】为了更好的理解本专利技术的技术方案，下面结合附图对本专利技术实施例进行详细描述。应当明确，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物，其特征在于,所述引物组合物包括致病基因NF1 CDS区域及致病基因NF1上下游2M内的SNP位点的引物。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测携带风险染色体的胚胎的引物组合物，其特征在于,所述引物组合物包括致病基因NF1CDS区域及致病基因NF1上下游2M内的SNP位点的引物。


2.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于，所述致病基因NF1为人类致病基因NF1。


3.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于，所述致病基因NF1CDS区域及内含子的引物序列为SEQIDNO：143-338。


4.根据权利要求3所述的引物组合物，其特征在于，所述致病基因NF1上下游2M内的SNP位点的引物序列为SEQIDNO：1-142和339-462。


5.根据权利要求4所述的引物组合物，其特征在于，所述引物组合物包括SEQIDNO：1-462的全部引物对。


6.一种胚胎植入前的检测产品，其特征在于，所述检测产品由上述权利要求1-5之一所述的引物组合物制备而成。


7.根据权利要求6所述的检测产品，其特征在于，所述检测产品为检测试剂盒。


8.根据权利要求7所述的检测产品，其特征在于，所述检测试剂盒包括：
用于文库构建的反应试剂，包括：...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨蕾蕾，费嘉，张丽娜，乔国枝，
申请(专利权)人：北京嘉宝仁和医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11