一种改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种方法及其应用，它涉及分子遗传学领域，本发明专利技术通过筛选出猪PABPN1基因分子标记，建立猪分子标记辅助育种方法，为猪肌内脂肪含量遗传改良提供基因标记和技术方法。本发明专利技术依据PABPN1 5’调控区‑719位点存在C到A的突变，通过荧光素酶报告基因检测系统发现，将‑719位点C定点突变成A后其启动子活性显著降低，与肌内脂肪含量高的民猪PABPN1基因mRNA表达量低相一致。通过检测猪基因组中PABPN1调控区该‑719位点的基因型可以作为与猪肌内脂肪含量相关的分子标记，不仅方法简便快速，而且不受环境影响，并可实现早期选种。本发明专利技术应用于育种领域。
【技术实现步骤摘要】
一种改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种方法及其应用
本专利技术涉及分子遗传学领域，具体涉及了一种提高猪肌内脂肪含量的育种方法。
技术介绍
我国是世界猪肉生产和消费第一大国，猪肉是我国人民的主体肉食，约占肉类消费总量的50～60％。随着人们生活水平的提高和经济条件的改善，人们对饮食的要求发生了改变：从之前的“吃饱”转变到了现在的“吃好”，改良肉质、生产优质猪肉已成为养猪业亟待解决的重要问题。肌内脂肪是评价猪肉品质的一个重要指标，其含量决定着肉质优劣，增加肌内脂肪含量能够改善肉的颜色、嫩度、风味和多汁性，提高口感。因此，肌内脂肪性状的遗传改良是当前猪遗传育种工作者研究的重点。现有研究表明，肌内脂肪是多基因决定的复杂数量性状(Quintanillaetal.,2011)，其含量与猪群的遗传背景密切相关，在品种间甚至品种内品系间存在着显著差异。民猪是生长于我国东北地区的优良地方猪种，肌内脂肪含量显著高于引进的瘦肉型猪种(大白、长白)，肉质优良、鲜嫩多汁。本研究团队利用基因组重测序技术比较了民猪和大白猪的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)，发现民猪多态性丰富，并且存在着大量特有的SNPs，为进一步分析民猪优良特性的分子基础提供了基础。
技术实现思路
本专利技术通过筛选出猪PABPN1基因分子标记，建立猪分子标记辅助育种方法，为猪肌内脂肪含量遗传改良提供基因标记和技术方法。通过判断猪PABPN1基因5’调控区突变位点的多态性来进行选种，并人为地应用该突变位点实现高抗病性猪的育种。具体为该方法是基于SNP位点开发的，该方法是通过检测猪基因组中PABPN1调控区-719位点的基因型实现的，选择出PABPN1调控区-719位点的基因为A的猪，即为筛选出的目标，对该目标猪进行育种，即完成所述的改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种。本专利技术基于所述的SNP位点开发的检测方法为PCR产物直接测序法。本专利技术用于将权利要求1所述的SNP位点进行基因分型的引物对，所述的引物序列如下所示：PABPN1_F0：AAAAGGACTGACTGCATGTAGAGG；PABPN1_R1：GGCGAGCTAGGAGTCCATT；本专利技术的基于所述的SNP位点开发的检测方法的应用，它用于猪育种。多聚腺嘌呤结合蛋白核1(polyAbindingproteinnuclear1,PABPN1)基因在生命活动中发挥着重要作用，本专利技术以肌内脂肪含量具有明显差异的民猪和大白猪的背最长肌、以及民猪的背最长肌和半腱肌为实验材料(Liuetal.2017)，通过高通量测序在转录组水平比较分析了差异表达基因，鉴定肌内脂肪候选基因，发现PABPN1基因的表达量存在着差异，且在前脂肪细胞分化过程中PABPN1的表达量降低，提示着PABPN1在肌内脂肪形成中发挥着重要作用。本专利技术通过进一步的实验发现猪PABPN15’调控区-719位点的C到A突变在体外试验中改变了PABPN1启动子的活性，两者差异显著，可见检测与突变相关联的分子标记不仅方法简便快速，而且不受环境影响，并可实现早期选种。通过对民猪和大白猪PABPN1基因5’调控区的对比，找到5处核苷酸序列的不同。其中，本专利技术对-719位点的C>A多态性进行了群体遗传学分析，发现在肌内脂肪含量存在明显差异的民猪和大白猪该位点等位基因的分布存在着明显的差异，民猪A等位基因频率显著高于大白猪(77.3％vs0)，大白猪C等位基因频率显著高于民猪(100％vs22.7％)，进一步提示该点突变与民猪肌内脂肪含量高有关。本专利技术对-719位点的C>A多态性进行了进一步研究。研究表明突变PABPN1基因-719位点(C突变为A)后，荧光素酶报告基因活性显著降低，提示该点突变有抑制PABPN1基因转录的功能；PABPN1基因-719位点为CC基因型个体，PABPN1基因表达量显著高于AA基因型个体；并且肌内脂肪含量高的民猪A等位基因发生的频率显著低于瘦肉型的大白猪；因此通过分子标记选择PABPN1基因-719位点为A基因的猪只组建基础群进行育种，对于提高猪群体的肌内脂肪含量具有重要的育种意义。本专利技术包含以下有益效果：本专利技术通过实验发现猪PABPN15’调控区-719位点C到A的突变在体外试验中显著增加了PABPN1启动子的活性，两者差异显著，可见检测与突变相关联的分子标记不仅方法简便快速，而且不受环境影响，并可实现早期选种。附图说明图1为PCR扩增猪PABPN1基因5’调控区的电泳图；图中，泳道1为DL2000marker，泳道2为目的条带；图2为荧光素酶检测猪PABPN1基因的启动子不同长度片段的活性示意图；图3为突变载体0.7K-pGL3*鉴定结果示意图；图4为突变-719位点后荧光素酶报告系统检测载体表达变化示意图，可见突变该片段后，其启动活性显著降低；图5为PCR扩增猪PABPN1基因5’调控区多态性片段的电泳图，泳道1为DL2000marker，泳道2为目的条带。具体实施方式具体实施方式一：本实施方式的一种改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种方法，该方法是基于SNP位点开发的，该方法是通过检测猪基因组中PABPN1调控区-719位点的基因型实现的，所述的-719位点位于SeqIDNo：1第376位碱基处，选择出PABPN1调控区-719位点为A等位基因的猪，即为筛选出的目标，对该目标猪进行育种，即完成所述的提高猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种；采用如下所示的引物对进行PCR扩增以用于PABPN1调控区-719位点的基因分型：PABPN1_F0：AAAAGGACTGACTGCATGTAGAGG；PABPN1_R1：GGCGAGCTAGGAGTCCATT。具体实施方式二：本实施方式与具体实施方式一不同的是：检测猪基因组中PABPN1基因调控区-719位点的基因型的方法为PCR产物直接测序法。其它与具体实施方式一相同。具体实施方式三：本实施方式与具体实施方式一不同的是：所述的改良猪肌内脂肪含量的育种具体步骤如下：(1)获得待检测猪的基因组DNA；(2)以上述猪基因组DNA为模板，采用如下引物对进行扩增，获得含有-719位点的PABPN1基因的5’调控区片段；PABPN1_F0：AAAAGGACTGACTGCATGTAGAGG；PABPN1_R1：GGCGAGCTAGGAGTCCATT；(3)通过琼脂糖凝胶电泳对上述扩增产物进行检测；(4)对PCR产物进行测序分析，检测上述PABPN1基因的5’调控区片段内-719位点多态性；(5)选择PABPN1基因的5’调控区内-719位点的等位基因为A的猪，即为筛选出的目标；(6)对筛选出的目标猪进行育种，即完成所述的改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种方法，其特征在于：该方法是基于SNP位点开发的，该方法是通过检测猪基因组中PABPN1调控区-719位点的基因型实现的，所述的-719位点位于Seq ID No：1第376位碱基处，选择出PABPN1调控区-719位点为A等位基因的猪，即为筛选出的目标，对该目标猪进行育种，即完成所述的提高猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种；/n采用如下所示的引物对进行PCR扩增以用于PABPN1调控区-719位点的基因分型：/nPABPN1_F0：AAAAGGACTGACTGCATGT AGAGG；/nPABPN1_R1：GGCGAGCTAGGAGTCCATT。/n
【技术特征摘要】
1.一种改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种方法，其特征在于：该方法是基于SNP位点开发的，该方法是通过检测猪基因组中PABPN1调控区-719位点的基因型实现的，所述的-719位点位于SeqIDNo：1第376位碱基处，选择出PABPN1调控区-719位点为A等位基因的猪，即为筛选出的目标，对该目标猪进行育种，即完成所述的提高猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种；
采用如下所示的引物对进行PCR扩增以用于PABPN1调控区-719位点的基因分型：
PABPN1_F0：AAAAGGACTGACTGCATGTAGAGG；
PABPN1_R1：GGCGAGCTAGGAGTCCATT。
2.根据权利要求1所述的一种改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种方法，其特征在于：检测猪基因组中PABPN1基因调控区-719位点的基因型的方法为PCR产物直接测序法。
3.根据权利要求1所述的一种改良猪肌内脂肪含量的PABPN1分子标记育种方法，其特征在于所述的改良猪肌内脂肪含量的育种具体步骤如下：
(1)获...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘娣，张冬杰，汪亮，李忠秋，杨秀芹，马红，
申请(专利权)人：黑龙江省农业科学院畜牧研究所，
类型：发明
国别省市：黑龙江;23
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