一种检测猪眼肌面积的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与猪眼肌面积相关的SNP标记及其检测方法和用途，其中，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242处，具有T/G多态性；该SNP标记的基因型为GG的猪相较于基因型为TT和TG的猪具有较大的眼肌面积。本发明专利技术所提供的与猪眼肌面积相关的SNP标记的确定，可以辅助选择眼肌面积大的猪优势品种，缩短了育种周期，提高了育种效率和育种精度。

【技术实现步骤摘要】
一种检测猪眼肌面积的SNP标记及其应用
本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种检测猪眼肌面积的SNP标记、方法和用途。
技术介绍
我国是世界上猪肉生产和猪肉消费的第一大国，近些年来，随着猪肉总量和人民生活水平的提高，对高品质的猪肉需求也越来越高。眼肌也叫背最长肌，是猪全身最鲜嫩的肉，是高品质猪肉的代表。眼肌面积是指猪背最长肌的横断面面积，是评定猪生长性能和胴体产肉能力的主要指标，眼肌面积的增加可以提高胴体瘦肉率，降低背膘厚，提高饲料利用率。眼肌面积是一个数量性状，现有技术中的研究表明，影响数量性状的既有数目众多的微效基因的共同作用，又有效应较大的主效基因的主导作用。微效多基因在基因组中的分布也并不是随机的，通常是具有相同或相关功能的基因聚集在彼此相近的染色体区域，形成紧密连锁的基因簇，即数量性状基因座(Quantiativetraitlocus，QTL)。目前，关于生长性状主基因和QTL检测方面的研究报道很多，也取得了一些进展。在所研究的候选基因中，以生长激素(Growthhormone，GH)基因，类胰岛素生长因子-1(Insulin-likegrowthfactor-1，IGF-1)基因和PIT1基因等的研究较多。很多学者发现，外源生长激素可提高猪的日增重、瘦肉率和饲料转化率，并降低背膘厚，但对不同品种而言，GH的效应有所不同。Cassas-Carrillo等将GH基因和IGF-1基因作为猪生长性状和胴体性状的候选基因，对不同基因型与生长性状和胴体性状的关系进行了分析，结果表明GH和IGF1的不同基因型与性状显著相关。此外，Yu等通过候选基因分析法发现，PIT1基因是与猪出生重和背膘厚相关的主基因，且该基因被定位于Andersson等发现的第13号染色体上与生长速度有关的QTL中。但是，候选基因法不能检测位置功能的基因，QTL定位置信区间比较大且会受到不同家系群体的影响，同样不能满足需求。随着猪基因组测序和高密度SNP的开发，使得全基因组关联分析(GWAS)能够对众多重要性状的候选基因进行鉴定。全基因组关联分析(Genome-WideAssociationStudy，GWAS)是指在数百或数千个个体的大群体中，对全基因组范围内单核苷酸多态性(SNP)进行基因分型，进而将基因型与记录的表型值进行群体水平的统计学分析，基于得到的统计量和P值，筛选出最有可能影响该性状的SNPs标记。其最早由Risch和Merikangas等人提出，他们认为该方法的检测效率要比连锁分析更高，检测力更强。同时，可以在大群体中对数量经济性状和复杂疾病的真正致因突变及候选基因进行定位。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上。SNP具有分布广，密度高，多态性丰富，和易于高通量自动化检测等优点，因而常作为全基因组关联分析的标记。然而，目前仍缺少功能明确、效应显著且可直接用于育种的与猪眼肌面积相关的SNP标记，因此，有必要深入地研究和探索猪眼肌面积这一性状的调控机理和遗传机制，提供与猪眼肌面积相关的SNP分子标记，以利用其选育高品质猪肉的猪种，实现我国猪育种理论和技术水平的提升。
技术实现思路
为了克服上述问题，本专利技术人进行了锐意研究，发现了与猪眼肌面积相关的SNP标记，其位于猪参考基因组Sscrofa10.2的Chr4：134,993,242处，具有T/G多态性，可以通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选眼肌面积大的猪品系，所得猪个体品质更高的猪品系具有重要的经济效益与社会价值，从而完成了本专利技术。具体来说，本专利技术的目的在于提供以下方面：第一方面，提供一种与猪眼肌面积相关的SNP标记，其中，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242处，具有T/G多态性。其中，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242bp处的SNP标记的基因型为GG的猪，相较于基因型为TT和TG的猪具有较大的眼肌面积。第二方面，提供一种第一方面所述的SNP标记的获取方法，其中，所述方法包括以下步骤：步骤1，提取猪的基因组DNA；步骤2，对猪全基因组内的SNP进行基因型检测；步骤3，获取猪的眼肌面积表型数据，并与步骤2中的基因型数据进行关联分析。第三方面，提供一种用于检测第一方面所述SNP标记的引物对，其中，所述引物对为P1和P2，所述引物对的核苷酸序列分别如SEQIDNO.2和SEQIDNO.3所示。第四方面，提供一种检测第一方面所述SNP标记的方法，其中，所述方法包括以下步骤：步骤i，扩增含有SNP标记的目的片段；步骤ii，对扩增产物进行测序，检测SNP标记。第五方面，提供一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积的方法，其中，所述方法包括检测猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242bp处的基因型的步骤。第六方面，提供一种第一方面所述SNP标记或第二方面所述方法获得的SNP标记在鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积方面的应用。第七方面，提供一种第一方面所述SNP标记或第二方面所述方法获得的SNP标记在筛选大眼肌面积猪群体方面的应用，其中，所述应用包括以下步骤：步骤I，提取待测猪的基因组DNA；步骤II，检测待测猪国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242bp处的SNP位点的基因型；步骤III，根据基因型筛选大眼肌面积猪群体。第八方面，提供一种猪眼肌面积性状的遗传改良方法，其中，所述方法包括确定种猪的第一方面所述的SNP标记，并根据SNP标记做出继代选择的步骤。其中，种猪的继代选择国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242bp处的SNP位点的基因型为GG的个体，淘汰该SNP位点基因型为TT和TG的个体。本专利技术所具有的有益效果包括：(1)本专利技术所提供的与猪眼肌面积相关的SNP，可以增加优良猪种的选育速度，加快猪分子育种的步伐；(2)本专利技术所提供的与猪眼肌面积相关的SNP，可以从一定程度上为高瘦肉率和大眼肌面积的猪育种提供切实可行的方案，提高猪生产企业的经济效益，同时可以正向利益驱动SNP分型芯片市场的发展与繁荣；(3)本专利技术所提供的与猪眼肌面积相关的SNP，可以通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选眼肌面积大的猪品系，所得猪个体品质更高的猪品系具有重要的经济效益与社会价值。具体实施方式下面通过优选实施方式和实施例对本专利技术进一步详细说明。通过这些说明，本专利技术的特点和优点将变得更为清楚明确。在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。本专利技术针对目前猪育种标记少的缺陷，采用全基本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与猪眼肌面积相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242处，具有T/G多态性。/n

【技术特征摘要】
20191210 CN 20191126044291.一种与猪眼肌面积相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242处，具有T/G多态性。


2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述位于国际猪基因组10.2版本参考序列4号染色体上第134,993,242bp处的SNP标记的基因型为GG的猪，相较于基因型为TT和TG的猪具有较大的眼肌面积。


3.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于核苷酸片段SEQIDNO.1所示核苷酸序列的第151bp处，其差异导致眼肌面积的不同。


4.一种权利要求1至3之一所述的SNP标记的获取方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
步骤1，提取猪的基因组DNA；
步骤2，对猪全基因组内的SNP进行基因型检测；

【专利技术属性】
技术研发人员：唐中林，陈云，易国强，王斌虎，
申请(专利权)人：中国农业科学院深圳农业基因组研究所，
类型：发明
国别省市：广东;44