与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其获取和应用制造技术

本发明专利技术涉及分子标记技术领域，特别涉及一种与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其获取和应用，该SNP分子标记通过采集长白猪耳样，提取DNA并进行质量检测，进行基因分型得到SNP分型数据，获得‑种与长白猪总乳头数相关的分子标记，该SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在序列的第101位碱基处存在一个A/G的等位基因突变，引起所示序列的核苷酸产生多态性，当该核苷酸序列上的第101位核苷酸为G时，长白猪有更多的总乳头数。

【技术实现步骤摘要】
与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其获取和应用
本专利技术涉及分子生物标记技术和遗传育种领域，具体涉及一种与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其获取和应用。
技术介绍
猪乳头数是一个具有中等遗传力的复杂性状，其遗传力评估值大多介于0.2～0.5之间(BORCHERS,Norbert,REINSCH,etal.Teatnumber,hairinessandsetofearsinaPiétraincross：variationandeffectsonperformancetraits[J].ArchivfurTierzucht,2002,45(5).)，作为衡量母猪哺育能力的一个重要繁殖性状，直接影响着母猪的带仔能力以及仔猪的成活率。尤其当产仔数很高的时候，乳头数多少的重要性更加明显。因此，开发和利用新的分子选育标记来提高猪乳头数量对于实现种猪繁殖性能遗传改良具有重要的科学意义和产业价值。全基因组关联分析(genome-wideassociationstudy,GWAS)是一种在关联分析基础上，利用群体水平的连锁不平衡，对全基因组范围内的遗传标记进行检验，来定位影响表型性状的遗传因素的分析方法(HirschhornJN,DalyMJ.Genome-wideassociationstudiesforcommondiseasesandcomplextraits[J].Naturereviewsgenetics,2005,6(2)：95-108.；乔贤,张磊,李晓凯,等.全基因组关联分析在畜禽重要经济性状中的研究进展[J].家畜生态学报,2017,38(10)：1-9.)。GWAS分析在全基因组范围内寻找与目标性状显著关联的SNP位点，并通过连锁不平衡分析进一步确定候选基因，为解析复杂数量性状的遗传基础提供了有效的分析手段。本专利使用412头长白猪耳样，提取DNA并进行质量检测，由GeneSeekPorcine50KSNP高密度芯片进行基因分型得到基因型数据，使用R语言的MVP包(XLiuetal.IterativeUsGAeofFixedandRandomEffectModelsforPowerfulandEfficientGenome-WideAssociationStudies[J].PlosGenetics,2016,12(2)：e1005767.；YinL,ZhangH,TangZ,etal.rmvp：Amemory-efficient,visualization-enhanced,andparallel-acceleratedtoolforgenome-wideassociationstudy[J].bioRxiv,2020.)，结合MLM、GLM和FarmCPU模型，筛选出与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记，为长白猪总乳头数的选择和提高提供新的分子标记，对猪的育种具有重要意义。本专利技术筛选的SNP分子标记与长白猪总乳头数的相关性达到显著水平，不仅为总乳头数性状的相关研究提供新的遗传基础而且能够有效改善种猪繁殖性状，从而提高经济效益。
技术实现思路
本专利技术的目的在于，提供一种与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记及其获取和应用。本专利技术提供的SNP分子标记ASGA0094541，为国际长白猪参考基因组Sscrofa11.1版本9号染色体14808871个核苷酸位点，该位点碱基多态性为A或G。此外，本专利技术提供了检测该位点的上下游引物序列，以便进行高效检测。本专利技术通过优选该SNP分子标记的优势等位基因及对该位点的快速检测，能够筛选与长白猪总乳头数相关的SNP，为长白猪的遗传选育提供新的分子标记资源与标记辅助选择应用基础。为实现上述目的，本专利技术所采取的技术方案：与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记为ASGA0094541，其为国际长白猪参考基因组Sscrofa11.1版本9号染色体14808871个核苷酸位点，该位点碱基是A或G，对应位于核酸序列表SEQIDNO：1第101位核酸位点。本专利技术提供了用于扩增上述所述的SNP分子标记的引物或鉴定上述所述SNP分子标记的探针。本专利技术提供了含有如上述所述引物或探针的试剂盒。本专利技术提供了一种如上述所述的SNP分子标记在长白猪遗传育种中的应用。本专利技术提供了一种应用上述所述的SNP分子标记选育/辅助选育高/低总乳头数性状的长白猪品种或品系的方法，所述方法是：提取长白猪的基因组DNA，检测9号染色体的第14808871位点的脱氧核苷酸，测出第14808871位点的脱氧核苷酸为A或G，确定待测长白猪的基因型是AA型、GA或GG型，据育种需求，选择AA型、GA或GG型基因的长白猪进行下一步的选种和/或育种，所述GG型基因的长白猪乳头总数远高于AA和GA型。进一步说明，所述AA基因型为长白猪第9号染色体的第14808871位点的脱氧核苷酸为A的纯合体，GG基因型为长白猪第9号染色体的第14808871位点的脱氧核苷酸为G的纯合体。本专利技术提供了如上述所述的试剂盒在选育/辅助选育高总乳头数性状的长白猪品种或品系的用途。本专利技术提供了一种获取与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记的方法，所述方法是：提取长白猪的耳组织的总DNA，对总DNA进行质量控制、分析得到基因型数据；统计长白猪的个体总乳头数数据作为表型，利用全基因组关联分析技术，获得与长白猪总乳头数性状显著关联的SNP；所述质量控制标准为：去除个体检出率≥90％，SNP检出率≥90％，最小等位基因频率≥0.05，哈迪-温伯格平衡p值≥10-7；所述全基因组关联分析采用混合线性模型为：Yijklmn＝μ+Gi+HYSj+Linek+Parityl+IDm+εijklmn其中，是第m个个体总乳头数性状原始表型值；u是群体均值；Gi是ASGA0094541分子标记基因型效应(固定效应)；HYSj是出生场别、出生年份和出生季节联合效应(固定效应)；Linek是品系效应(固定效应)；Parityl是出生胎次效应(固定效应)；IDm是个体加性效应(随机效应)，假定服从正态分布：表示个体效应方差；εijklmn是模型残差效应，服从正态分布：表示残差方差。本专利技术的有益效果在于：本专利技术筛选并确定影响长白猪总乳头数相关的SNP的分子标记，提供一种用于鉴定与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记以及试剂盒，最终建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种长白猪提高总乳头数的遗传改良中，从而可以快速准确地对长白猪进行选育，加快育种进程，提高后代长白猪的繁殖性能，提高企业利润，增加核心竞争力。通过检测ASGA0094541标记基因型辅助选育多乳头数长白母猪，可通过选留GG纯合的核心群长白母猪，增加乳头总数，提高仔长白猪营养水平。本专利技术可通过在体外采用基因芯片技术检测长白猪的基因型，作为非诊断目的的评价长白猪的乳头数，与目前的PCR-RFLP等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。附图说明本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为ASGA0094541，其为国际长白猪参考基因组Sscrofa11.1版本9号染色体14808871个核苷酸位点，该位点碱基是A或G，对应位于核酸序列表SEQ ID NO：1第101位核酸位点。/n

【技术特征摘要】
1.与长白猪总乳头数相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为ASGA0094541，其为国际长白猪参考基因组Sscrofa11.1版本9号染色体14808871个核苷酸位点，该位点碱基是A或G，对应位于核酸序列表SEQIDNO：1第101位核酸位点。


2.用于扩增权利要求1所述的SNP分子标记的引物或鉴定权利要求1所述SNP分子标记的探针。


3.含有如权利要求2所述引物或探针的试剂盒。


4.一种如权利要求1所述的SNP分子标记在长白猪遗传育种中的应用。


5.一种应用权利要求1所述的SNP分子标记选育/辅助选育高/低总乳头数性状的长白猪品种或品系的方法，其特征在于，所述方法是：提取长白猪的基因组DNA，检测9号染色体的第14808871位点的脱氧核苷酸，测出第14808871位点的脱氧核苷酸为A或G，确定待测长白猪的基因型是AA型、GA或GG型，据育种需求，选择AA型、GA或GG型基因的长白猪进行下一步的选种和/或育种，所述GG型基因的长白猪乳头总数远高于AA和G...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭猛，赵云翔，夏攀洁，李明琼，江威，梁林，黄蕾，冼际鹏，陆斌，
申请(专利权)人：广西扬翔股份有限公司，广西扬翔农牧有限责任公司，广西扬翔猪基因科技有限公司，广西贵港秀博基因科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：广西;45