一种通过rs524533来特异性检测少肌症的试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了一种通过检测rs524533来特异性检测少肌症的试剂盒。该试剂盒包括检测rs524533号SNP位点的特异性引物对及特异性荧光探针对、用于荧光定量PCR检测的常规组件等。本发明专利技术的试剂盒通过同时检测与少肌症遗传易感性密切相关的rs524533上的单核苷酸多态性位点基因型来评估个体少肌症遗传易感性。

【技术实现步骤摘要】
一种通过rs524533来特异性检测少肌症的试剂盒
本专利技术涉及基因工程
中SNP分型检测领域，具体涉及一种通过检测rs524533来特异性检测少肌症的试剂盒。
技术介绍
少肌症又叫肌肉衰减综合症(Sarcopenia)，是一种随年龄增加，以骨骼肌肌纤维质量下降、肌肉力量减小、肌肉耐力及代谢能力下降、结缔组织和脂肪增多等为主要特征的老年慢性代谢性疾病。少肌症往往使老年人的活动能力降低，行走、坐立、登高和提重物等日常动作受影响，逐渐“手无缚鸡之力”。肌肉功能下降，导致老年人意外摔伤的几率升高40％。据统计，50％死于意外的老人，其死因是因为摔倒。少肌症老人患行动不便的风险是同龄老人的2-5倍，严重影响老人的生活质量和自理能力。少肌症除增加残疾和丧失生活自理能力的风险外，还会促使骨质疏松、关节炎等疾病的发展，它同时也是诱发高血压、糖尿病、高血脂等老年疾病的重要原因。少肌症已成为全球残疾和死亡的主要原因之一。在70岁以下的老年人中有13％-24％患有少肌症，在80岁以上的人群中患病率高达50％甚至更高。与少肌症相关的年度经济损失超过了1000亿美元。过去有关候选基因的大量研究已经表明，很多基因与人类肌肉量的变化相关。与人体瘦体重指数(LMI)相关的40％以上的基因变异可以产生性状差异。随着分子遗传学的进展，人们发现少肌症是多基因遗传病，许多国家都在开展少肌症的遗传关联研究。至今为止至少已通过分子遗传学手段检出了20个人类基因或染色体区域并被报道与少肌症相关。此外，遗传学和分子流行病学的证据均表明遗传因子涉及决定在特定饮食或用药情况下增加或损失肌肉量的易感性，以及在少肌症患者中发生其它相关疾病的高危险性。目前候选基因已经很多，但是绝大部分都在检测准确性上有待于进一步的提高。至于检测少肌症基因的方法，目前常规的检测方法包括限制性片段长度多态性法(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)，其原理是当变异影响到某一限制性内切酶的酶切位点时，简单地通过酶切处理患者的PCR产物继而电泳检测是否有变异的方法。但是这种方法存在耗时长，操作繁琐，准确度不高等缺点。也有利用PCR结合DNA测序方法进行基因多态性位点的检测，但是这种方法在大规模人群筛查或检测多个基因多个位点的应用受到一定限制。因此有必要建立一种高通量、高效能、低成本的少肌症易感基因SNP分型方法，以实现临床快速检测或规模化人群筛查。
技术实现思路
本专利技术提供了一种通过检测rs524533来特异性检测少肌症的试剂盒。本专利技术的目的之一是提供一种少肌症易感基因SNP分子标记的筛选方法，所述方法为通过分析弗雷明汉心脏病研究(FHS)、堪萨斯城骨质疏松研究样本(KCOS)、妇女健康初步计划(WHI)这三个样本的基因组序列以及通过双能X-射线分析仪测量的四肢肌肉含量，发现了分子标记位点rs524533，位置在6号染色体44240559，所述突变为C/T与人的肌肉含量直接相关。本专利技术根据NCBI上公开的rs524533分子标记序列提供一种6p21.1染色体上rs524533分子标记的扩增引物对，所述引物对的上游引物：ACATCTTCTGTTTCATTGCC；下游引物：TTCTCTCCATATCCCTGTT；扩增片段大小：260bp。同时提供了一对检测引物对，基因型一荧光探针序列：5’-FAM-CTCTGCACTcTCCTGTACT-TAMRA-3’；基因型二荧光探针序列：5’-VIC-CTCTGCACTtTCCTGTACT-TAMRA-3’。染色体6p21.1上的rs524533SNP检测芯片可用于单独或并行检测染色体6p21.1区段C/T的突变。所述检测芯片采用本领域常规的构建方法制备获得。本专利技术提供一种检测少肌症遗传易感性的试剂盒。该试剂盒包括：检测rs524533SNP多态性基因型的特异性引物对SEQIDNO：2和3所示；PCR反应组件(包括Taq酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、反应缓冲液、去离子水等)。本专利技术的主要优点：本专利技术从染色体6p21.1上鉴定获得rs524533SNP标记可以用于鉴定人少肌症症状，所述鉴定具有准确性好，特异性高的优点；本专利技术的检测方法步骤简单，SNP位点检测可通过一步PCR即可完成，含有SNP位点的目标序列的扩增，避免了反复多次PCR等复杂操作过程中存在的诸多不确定因素，因而可大大提高检测准确率，体现了精确的同时定性、定量分析特征。附图说明图1是rs524533的凝胶迁移率(EMSA)实验结果图。图2是rs524533的双荧光素酶报告基因实验结果图。具体实施方式实施例1SNP分子标记的获得本专利技术共使用三个样本，包括弗雷明汉心脏病研究(FHS)、妇女健康倡议研究非洲裔美国人(WHI-AA)亚样本以及堪萨斯城骨质疏松症研究(KCOS)。前两个样本是从美国基因型和表型数据库(dbGAP)中获得，第三个样本是与少肌症研究专家邓红文教授课题组合作的样本。其中，FHS做为发现样本，WHI-AA和KCOS样本做为验证样本。1，发现样本(FHS)FHS是一个纵向前瞻性的队列，包括跨越三代欧洲血统的16000多名参与者。第一代由居住在美国马萨诸塞州弗明汉镇的5209名参与者组成。第二代是第一代成员的成年子女及其配偶，共有5124名参与者。第三代由4000多名参与者组成，他们是第一代的孙辈。第一代参与者在第22或24次检查期间接受了双能量X射线仪器(DXA)的扫描。此仪器不仅能够测量骨密度，而且能够精确测量身体组分包括脂肪和肌肉的含量。第二代参与者在第6或7次检查期间接受了DXA扫描，第三代参与者在第2次检查期间接受了DXA扫描。2，验证样本第一个验证样本是WHI-AA样本，它是通过dbGaP访问的WHI观察研究的子样本，共包括845名非洲裔美国人参与者。通过AffymetrixSNP6.0微阵列进行基因分型，以及HologicQDRDXA仪器进行肌肉含量的测定。第二个验证样本是KCOS样本，共包含2286名参与者。同样通过AffymetrixSNP6.0微阵列进行基因分型，以及HologicQDRDXA仪器进行肌肉含量的测定。3，表型处理在所有样本中，使用步进回归法筛查性别、年龄、年龄平方、身高、身高平方、以及从基因组数据计算出的前5个主成分(用于衡量种群分层效应)等协变量的显著性。为了校正脂肪含量的影响，脂肪含量也用于协变量校正。原始肌肉含量经过协变量校正后的残差使用正态分布的分位数来正态化。正态化后的残差用于下游关联分析。4，基因分型及质控所有样本使用高通量基因分型芯片分型。质控在样本层面以及SNP层面实现。在样本层面，使用plink软件分析X染色体推断性别，并和问卷调查表中的性别做比较。性别不符的个体从数据中删除。在SNP层面，不符合哈-温平衡的SNP从数据中删除。由于FHS是家系样本，其中不符合孟德本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测少肌症的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括能特异性检测与少肌症相关的SNP 位点的探针和引物。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测少肌症的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括能特异性检测与少肌症相关的SNP位点的探针和引物。


2.如权利要求1所述的试剂盒，所述试剂盒包括能特异性检测rs524533的探针和引物。


3.如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中包括SEQIDNO：2-5所述的引物或探针序列。
...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡文珠，张垒，裴育芳，
申请(专利权)人：胡文珠，
类型：发明
国别省市：江苏;32