一种与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用制造技术

一种与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用，本发明专利技术提供了一种与苦荞壳厚度相关的分子标记的SSR引物组，包括21对引物，其核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1～42所示，本发明专利技术还提供了该SSR引物组的筛选方法及应用方法。本发明专利技术提供的SSR分子标记可将易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)和普通苦荞(厚壳)种质区分开来,操作简单、重现性好、准确度高,可有效克服用田间苗期表型鉴定方法难以准确区分易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)和普通苦荞(厚壳)组建的后代代资源群体的缺点,在薄壳苦荞种质资源鉴别及分子标记辅助育种中具有重要作用。

【技术实现步骤摘要】
一种与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用
本专利技术涉及植物分子标记辅助种质资源鉴别与育种
，特别是涉及一种利用分子标记快速鉴定易脱壳苦荞(薄壳或裂壳)种质的方法。
技术介绍
苦荞的加工与利用与水稻、小麦、玉米等主粮加工利用相比，更具区域性和特色性。荞麦食品早已成为各地脍炙人口的美食名片，比其特色美味更吸引人的是荞麦的营养成份，荞麦具有显著区别于其他谷物食材的特质，在功能健康食品中具有“不可替代”理由。尤其在临床营养已经开始进入“个体化营养干预”的发展阶段，研发能够满足消费者需求的功能化细分食品，需要多样化的食材原料，荞麦就是理想的资源之一。苦荞皮壳是指荞麦籽粒的外种皮，占籽粒总重量的25％-30％，是荞麦籽粒的天然保护层，具有柔韧而坚实的结构，是苦荞籽粒木质化程度最高的部位，苦荞仁脆性大，仁与壳之间缝隙较小，导致苦荞脱壳难。苦荞脱壳效率，主要是检查是否能保存完整的苦荞仁，完整的苦荞仁对苦荞加工产品的价值有一定的影响。目前苦荞的脱壳工艺，需要高温蒸煮熟化后进行机械磨盘式脱壳，整半仁率仅能达到37.6％。随着消费者对苦荞加工产品的热爱，针对苦荞壳的厚度相关研究，培育易脱壳表型(薄壳或裂壳)品种已成为苦荞的重点。近年来，随着分子生物学和基因组学研究的不断深入，DNA分子标记技术的研究与应用得到了迅速的发展。DNA分子标记反映了DNA水平上生物个体间的遗传差异，其技术广泛应用在物种起源、种质鉴定、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等，具有数量丰富、多态性高、不受环境影响、检测快速等优点。目前DNA分子标记的方法主要有RFLP、RAPD、SSR、AFLP和SNP等。微卫星标记(microsatellite)又被称为短串联重复序列(shorttandemrepeats，STRs)或简单重复序列(simplesequencerepeats，SSR)，是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸，甚至更多核苷酸为基本单位组成的串联重复序列片段，其长度大多在200bp以内，普遍存在于真核生物和原核生物基因组中，分布于编码区和非编码区。由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，具有扩增稳定，特异性高，共显性，开发成本相对低等优点，因此微卫星标记的应用非常广泛。SSR标记完全符合作物品种鉴别的4个基本准则，即环境的稳定性、品种间变异的可识别性、最小的品种内变异和实验结果的可靠性，其已成为作物种质资源鉴定的一种理想分子标记，该标记可通过比较材料之间的扩增条带，就可以较好地将同一物种的不同品种的亲缘关系进行有效鉴定评价，鉴定结果客观公正、可靠性高。
技术实现思路
本专利技术涉及与苦荞壳厚度相关的分子标记及其应用，本专利技术是鉴定苦荞壳厚度的分子标记是基于对易脱壳米荞1503米55-1(薄壳或裂壳)和品苦1号(厚壳)组建的F2代资源群体定位结果筛选得到36个基因，根据36个基因的SSR位点开发SSR引物。36个基因的筛选和定位方法参考本专利专利技术人团队在CN110419401A公开的相关内容，在开发的SSR引物中经过筛选，选择50对引物对表1所示的编号1-6的材料包括父母本，F2材料中易脱壳、正常壳各2份进行筛选，筛选得到21对引物可以有效地区分易脱壳和正常壳的材料。利用21对引物对对F2代资源群体98个单株为模板进行PCR扩增，将所得的扩增产物通过聚丙烯酰胺凝胶毛细管电泳检测，结合单株表型，将控制该性状的基因进行定位。本分专利技术提供了一种与苦荞壳厚度相关的分子标记的SSR引物组，包括21对引物，其核苷酸序列如序列表SEQIDNo.1～42所示。本专利技术还提供了一种与苦荞壳厚度相关的分子标记SSR引物组的筛选方法，包括以下步骤：1)对苦荞易脱壳基因初步定位结果中候选基因36个，对所获得基因序列进行处理并检查该序列中的SSR位点；2)设计SSR标记的引物序列(引物序列的具体设计方法可参考本专利专利技术人团队在CN110195126A中公开的相关内容)；3)从田间获取易脱壳F2群体单株以及父母本植株的嫩绿叶片,提取其总DNA；4)用步骤2)所设计的SSR标记的引物序列扩增步骤3)中编号1-6的材料，编号1-6的材料包括父、母本，F2材料中易脱壳、正常壳苦荞各2份；5)获得在步骤3)中编号1-6的苦荞材料中有差异的SSR标记,其序列如序列表所示。具体各引物的上游序列(5'-3')和下游序列(5'-3')如下表1所示。表1引物上游序列(5'-3')下游序列(5'-3')P1CGACTGCGTTGAGTTCAAAAAAACCGCCATCTTCACAAACP2GTTTCTTCCGTTCGCTTTGTGTTTTGCTCTGTTCCGTTGP6CTTCGTCCAGGTCGATCATTAGGGTTCTTTGTGATGGCACP7TAACTTTTTGCTCGTTCCCCTTCCATCATGTCCGTTCAAAP10CGAGATTGGAATAGACCGGAGCATCATTCCAGCAATCCTTP14TGACATTCCGGGAAAAGAAGAGTTGGATCGCAGAGGAAAAP16GATAATTGAGCGGTTTGGGAGATCCGTCGACACAGTCTGAP20TTGAGTTTGTTGGTGGACGAGACGTTGCCTCCTTAGATGCP23AGCGTGCTGAAGTTCATGTGACCATGCTCAAAATCGGTGTP24CCGATTCGGTTATTCGATTGCTCGTAAGGTGGATTGGCATP25AATAGCTTCGAGGCTTTCCCTGAGGCATGAGTCTTCTGCTP26GAATGGAATATGGAGGAGCAAACGGTATTACCAACCCAGCAP27CAACTACGCATGTGCCATCTATGACAGGCGAGAGGAAGAAP28TGTGGAGAGGGATGTTTGTTCATGCAACGTACAAGCCACACP32AGAAGCGTGATCAAGGGAAATACCCATCCGTTTTCAGGTCP35GAACAGGTGGAATCCCTTCACAGCTACGAGCCTATGATGTTGP37GTCGGTTTTGGAATTGGATGAGGCATACGTTTTCGGATTGP39TGGTCTTCTGGTTTTCC本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与苦荞壳厚度相关的分子标记的SSR引物组，其特征在于，包括21对引物，其核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1～42所示。/n

【技术特征摘要】
1.一种与苦荞壳厚度相关的分子标记的SSR引物组，其特征在于，包括21对引物，其核苷酸序列如序列表SEQIDNo.1～42所示。


2.一种与苦荞壳厚度相关的分子标记SSR引物组的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
1)对苦荞易脱壳基因初步定位结果中候选基因36个，对所获得基因序列进行处理并检查该序列中的SSR位点；
2)设计SSR标记的引物序列；
3)从田间获取易脱壳F2群体单株以及父母本植株的嫩绿叶片,提取其总DNA；
4)用步骤2)所设计的SS...

【专利技术属性】
技术研发人员：马名川，张丽君，刘龙龙，刘璋，曹晓宁，
申请(专利权)人：山西省农业科学院农作物品种资源研究所，
类型：发明
国别省市：山西;14