利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法技术

本发明专利技术涉及生物技术领域及遗传育种领域，具体涉及利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法。本发明专利技术提供了BE_tag1

【技术实现步骤摘要】
利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法


[0001]本专利技术涉及生物
及家禽遗传资源领域，具体涉及利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法。

技术介绍

[0002]白耳黄鸡，属蛋用型早熟地方品种，也称白银耳鸡、上饶地区白耳鸡、江山白耳鸡，因耳叶白色而得名。该鸡是中国国家地理标志产品，2006年被列为国家级畜禽遗传资源保护名录。然而，在养殖推广白耳黄鸡的过程中，由于技术门槛和养殖成本较低，一些养殖户将白耳黄鸡与外来鸡种随意交配，以杂交后代冒充白耳黄鸡在市场销售，严重影响白耳黄鸡品牌。
[0003]目前针对白耳黄鸡的研究还不多见，尤其是对白耳黄鸡品种的鉴定，尚处于研究空白。

技术实现思路

[0004]本专利技术主要目的是提供一种利用特异性SNPs和/或INDELs位点鉴定白耳黄鸡的方法，为白耳黄鸡品种的鉴定和保护提供技术支持。
[0005]为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0006]本专利技术目的之一提供一种白耳黄鸡的鉴定方法，利用特异性SNPs和/或INDELs位点进行鉴定；所述特异性SNPs位点包括以下任意一个或几个：
[0007]BE_tag2位于鸡1号染色体190447715处，基因CCDC90B第2内含子，白耳黄鸡基因型为TT；
[0008]BE_tag4位于鸡3号染色体31115624处，基因ABCC10第2内含子，白耳黄鸡基因型为GG；
[0009]BE_tag5位于鸡5号染色体58105433处，基因NIN第29外显子，白耳黄鸡基因型为TT；
[0010]BE_tag6位于鸡6号染色体24835856处，基因SH3PXD2A第3内含子，白耳黄鸡基因型为GG；
[0011]BE_tag7位于鸡7号染色体31856227处，基因LRP1B第1内含子，白耳黄鸡基因型为TT；
[0012]BE_tag9位于鸡12号染色体1737573处，基因PRKCD的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为GG；
[0013]BE_tag10位于鸡14号染色体6552214处，基因TBL3第21内含子，白耳黄鸡基因型为GG；
[0014]BE_tag11位于鸡18号染色体2826699处，基因HS3ST3B1与基因METRNL之间，白耳黄鸡基因型为CC；
[0015]BE_tag12位于鸡19号染色体6892943处，基因LOC101749175第2内含子，白耳黄鸡
基因型为TT；
[0016]BE_tag13位于鸡23号染色体5353166处，基因LOC112530206的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为CC；
[0017]BE_tag14位于鸡24号染色体5226317处，基因SIDT2的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为CC；
[0018]BE_tag15位于鸡Z染色体70634838处，基因CORO2A与基因LOC101748661之间，白耳黄鸡基因型为AA。
[0019]进一步地，所述特异性INDELs位点包括以下任意一个或几个：
[0020]BE_tag1位于鸡1号染色体66034245处，基因SOX5第9内含子，白耳黄鸡基因型为TT/TT，突变基因型为缺失TT；
[0021]BE_tag3位于鸡2号染色体16154066处，基因APBB1IP第1内含子，白耳黄鸡基因型为插入TCAGG//TCAGG，插入片段TCAGG；
[0022]BE_tag8位于鸡10号染色体4305866处，基因TBC1D2B第11内含子，白耳黄鸡基因型为
‑‑
(缺失片段DNA片段为TGTT)。
[0023]进一步地，所述SNPs特异性位点的检测引物：
[0024]用于检测所述标记BE_tag2的引物为BE_P2f和BE_P2r所示两条单链DNA：
[0025]BE_P2f：TCAAGATGAAGTCTGATGCT；
[0026]BE_P2r：TGATTCTGTGCTGAAGGTT；
[0027]用于检测所述标记BE_tag4的引物为BE_P4f和BE_P4r所示两条单链DNA：
[0028]BE_P4f：CTGTATCCTTGTCTCTTGTCT；
[0029]BE_P4r：CATTCCGCCTCTTGTTCA；
[0030]用于检测所述标记BE_tag5的引物为BE_P5f和BE_P5r所示两条单链DNA：
[0031]BE_P5f：GTGAGGTGGTTCGTTAGG；
[0032]BE_P5r：AATACAGGCTGAAGTGGTAA；
[0033]用于检测所述标记BE_tag6的引物为BE_P6f和BE_P6r所示两条单链DNA：
[0034]BE_P6f：CCTGGTGGTAGAGATGGTA；
[0035]BE_P6r：CTTCCTGAGTAGTCAACAATC；
[0036]用于检测所述标记BE_tag7的引物为BE_P7f和BE_P7r所示两条单链DNA：
[0037]BE_P7f：AGGCATTACTGTAGTTGTCT；
[0038]BE_P7r：TGTGAAGGTGTATGGAATTG；
[0039]用于检测所述标记BE_tag9的引物为BE_P9f和BE_P9r所示两条单链DNA：
[0040]BE_P9f：TGTGGCTCTGTCTCTGAA；
[0041]BE_P9r：CTTGCTGTCCGAGTTCTC；
[0042]用于检测所述标记BE_tag10的引物为BE_P10f和BE_P10r所示两条单链DNA：
[0043]BE_P10f：GCTTGGAAGAGAACATTGC；
[0044]BE_P10r：CATTCACAACATAAGAGGAGAC；
[0045]用于检测所述标记BE_tag11的引物为BE_P11f和BE_P11r所示两条单链DNA：
[0046]BE_P11f：GTAATGCTCAGACCAACAG；
[0047]BE_P11r：GACCTCCTTCATCTTAATGC；
[0048]用于检测所述标记BE_tag12的引物为BE_P12f和BE_P12r所示两条单链DNA：
[0049]BE_P12f：CAAGAGTGAAGGTGGTGAA；
[0050]BE_P12r：TGATACAACAGGACATTGGT；
[0051]用于检测所述标记BE_tag13的引物为BE_P13f和BE_P13r所示两条单链DNA：
[0052]BE_P13f：GCTGCTGATGATGCTGAG；
[0053]BE_P13r：TCCAGGTCACAGTAAGTCTAT；
[0054]用于检测所述标记BE_tag14的引物为BE_P14f和BE_P14r所示两条单链DN本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种白耳黄鸡的鉴定方法，其特征在于，利用特异性SNPs和/或INDELs位点进行鉴定；所述特异性SNPs位点包括以下任意一个或几个：BE_tag2位于鸡1号染色体190447715处，基因CCDC90B第2内含子，白耳黄鸡基因型为TT；BE_tag4位于鸡3号染色体31115624处，基因ABCC10第2内含子，白耳黄鸡基因型为GG；BE_tag5位于鸡5号染色体58105433处，基因NIN第29外显子，白耳黄鸡基因型为TT；BE_tag6位于鸡6号染色体24835856处，基因SH3PXD2A第3内含子，白耳黄鸡基因型为GG；BE_tag7位于鸡7号染色体31856227处，基因LRP1B第1内含子，白耳黄鸡基因型为TT；BE_tag9位于鸡12号染色体1737573处，基因PRKCD的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为GG；BE_tag10位于鸡14号染色体6552214处，基因TBL3第21内含子，白耳黄鸡基因型为GG；BE_tag11位于鸡18号染色体2826699处，基因HS3ST3B1与基因METRNL之间，白耳黄鸡基因型为CC；BE_tag12位于鸡19号染色体6892943处，基因LOC101749175第2内含子，白耳黄鸡基因型为TT；BE_tag13位于鸡23号染色体5353166处，基因LOC112530206的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为CC；BE_tag14位于鸡24号染色体5226317处，基因SIDT2的UTR5区域，白耳黄鸡基因型为CC；BE_tag15位于鸡Z染色体70634838处，基因CORO2A与基因LOC101748661之间，白耳黄鸡基因型为AA。2.根据权利要求1所述的鉴定方法，其特征在于，所述特异性INDELs位点包括以下任意一个或几个：BE_tag1位于鸡1号染色体66034245处，基因SOX5第9内含子，白耳黄鸡基因型为TT/TT，突变基因型为缺失TT；BE_tag3位于鸡2号染色体16154066处，基因APBB1IP第1内含子，白耳黄鸡基因型为插入TCAGG//TCAGG，插入片段TCAGG；BE_tag8位于鸡10号染色体4305866处，基因TBC1D2B第11内含子，白耳黄鸡基因型为
‑‑
(缺失片段DNA片段为TGTT)。3.根据权利要求1所述的鉴定方法，其特征在于，所述SNPs特异性位点的检测引物：用于检测所述标记BE_tag2的引物为BE_P2f和BE_P2r所示两条单链DNA：BE_P2f：TCAAGATGAAGTCTGATGCT；BE_P2r：TGATTCTGTGCTGAAGGTT；用于检测所述标记BE_tag4的引物为BE_P4f和BE_P4r所示两条单链DNA：BE_P4f：CTGTATCCTTGTCTCTTGTCT；BE_P4r：CATTCCGCCTCTTGTTCA；用于检测所述标记BE_tag5的引物为BE_P5f和BE_P5r所示两条单链DNA：BE_P5f：GTGAGGTGGTTCGTTAGG；BE_P5r：AATACAGGCTGAAGTGGTAA；用于检测所述标记BE_tag6的引物为BE_P6f和BE_P6r所示两条单链DNA：
BE_P6f：CCTGGTGGTAGAGATGGTA；BE_P6r：CTTCCTGAGTAGTCAACAATC；用于检测所述标记BE_tag7的引物为BE_P7f和BE_P7r所示两条单链DNA：BE_P7f：AGGCATTACTGTAGTTGTCT；BE_P7r：TGTGAAGGTGTATGGAATTG；用于检测所述标记BE_tag9的引物为BE_P9f和BE_P...

【专利技术属性】
技术研发人员：王克华，郭军，韩威，李国辉，曲亮，胡玉萍，
申请(专利权)人：雪亿科技成都有限公司，
类型：发明
国别省市：