山羊绒毛性状相关的InDel标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于山羊育种领域，具体涉及山羊绒毛性状相关的InDel标记及其应用。本发明专利技术的山羊绒毛性状相关的InDel标记，所述InDel标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明专利技术提供的InDel分子标记，不受山羊品种、年龄等限制，可用于山羊产绒性状的早期选育，甚至刚出生即可进行准确地筛选，可显著促进绒山羊品种的育种进程。操作简便，极大缩短绒山羊的育种周期。

【技术实现步骤摘要】
山羊绒毛性状相关的InDel标记及其应用
本专利技术属于山羊育种领域，具体涉及山羊绒毛性状相关的InDel标记及其应用。
技术介绍
山羊(CapraHircus)在一万年前的近东新月沃土地区被人类驯化。山羊是适应性强、地理分布最广的家畜，其生命力顽强，在极端复杂的自然环境下适应性很强，可在寒冷、炎热、干旱、高海拔、潮湿等气候条件下繁衍生存。由于每个地区自然条件差异很大，经过长期的自然选择和人工驯化，山羊逐渐演化成各个地区的具有不同遗传特点、外貌特征、生产性能的品种。绒山羊是一类以生产山羊绒为主的山羊品种。我国西起新疆荒漠和青藏高原，东至辽东半岛都有绒山羊的分布，各个地区绒山羊品种在遗传特征和生产性能上都有差异，例如在体型大小、羊绒细度、羊绒长度、羊绒弯曲度和羊绒产量等方面都有所不同。传统的山羊育种存在周期长、成本高以及方法繁琐等问题。近年来，分子标记辅助育种得到快速发展，相比传统育种方法，分子育种大大加快了选育效率，节省了育种时间，使得育种学家可以在分子水平上不断探索并选育更优良的家畜品种。但仍然缺乏山羊绒毛形状相关的分子标记。InDel(insertion/deletion，插入/缺失)在基因组上数量多、分布广。InDel标记是近年来发展的一种新型共显性分子标记，以PCR技术为基础，检测方便、经济有效，且准确性高、稳定性好。因此，InDel标记已经广泛应用于动植物的基因型鉴定、遗传多样性分析、基因定位以及功能标记开发等。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种山羊绒毛性状相关的InDel标记。本专利技术的再一目的在于提供上述InDel标记的引物。本专利技术的再一目的在于提供上述InDel标记的应用。本专利技术的再一目的在于鉴定高产绒山羊和低产绒或无绒山羊的方法。根据本专利技术具体实施方式的山羊绒毛性状相关的InDel标记，所述InDel标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。SEQIDNO.1：gttaaaggcttatactactgacaaatagcagcccatctcatgatatcccttaccttcaatcaaaagtaatcacattcaacacaatatttatctccttatttttaaaaagtatttaatttaaaaatttaaacattaatctttgacttcccattatagatattaataatttatcaagaacatatacatataccttatgccagactgttctaggagttttgcaactcgttttatttgacatgaggtcactggtgaccaaacaaaaactgtttcagtggaggcaggggctaaatcacaacacaagacagaggagagaatgagaagagaggaattagacagtaaacagaagcaactctcttgaggaattgcattctaaaaggaagaaaagaaatgggataaaagagatgtgtttaaggatgttttgttttgaagtttgggagacactatactgtgctagtaagtgcataagactgttcagttcagtcgctcagttgtgtccgactctttgcgaccccatgaattacagcacgccaggcctgtaccagtaaagaaaacaaaaaacaaaaaatgatgcaggagagagaa本专利技术定位到一段缺失片段，绒山羊在LHX2周围发生片段的缺失率比非绒山羊高很多，特别是在乌珠穆沁绒山羊品种中完全缺失。LHX2(LIMhomeobox2)基因，亦称作LH-2或L2，是LIM同源结构域转录因子家族中的重要成员之一。研究表明，LHX2大量表达于毛囊的前体细胞中，与毛囊发育的周期变化有着密切关系，影响着毛发的生长发育。毛囊发育周期包括生长期、退行期和休止期，LHX2在生长期处于高表达状态，是山羊绒毛产生和再生的重要调节因子。因此，本专利技术判断LHX2基因以及该基因周围的基因组变异会影响绒毛的生长。根据本专利技术具体实施方式的山羊绒毛性状相关的InDel标记的特异性引物，引物序列如下：正向引物：5'-CAGTACGGAGCAAGTAAACGG-3'；反向引物：5'-TGGCTGTGATCAAACTTACAACC-3’。本专利技术提供上述山羊绒毛性状相关的InDel标记的应用，尤其是在鉴定产绒山羊和非产绒山羊方面和绒山羊品种选育方面。根据本专利技术具体实施方式的鉴定产绒山羊和非产绒山羊的方法，所述方法包括利用山羊绒毛性状相关的InDel标记进行鉴定的步骤，所述InDel标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。本专利技术的InDel标记位于山羊参考基因组(CaprahircusARS1)第11号染色体第94272264-94272845bp处，所述InDel标记为缺失/插入多态性。绒山羊和非绒山羊的DNA序列，在该区段有显著差异，通过提取山羊的DNA进行PCR扩增，然后通过胶带判断出基因型。根据本专利技术具体实施方式的鉴定产绒山羊和非产绒山羊的方法，通过引物对所述InDel标记进行PCR扩增，引物序列为正向引物：5'-CAGTACGGAGCAAGTAAACGG-3'；反向引物：5'-TGGCTGTGATCAAACTTACAACC-3'。本专利技术对来自国内不同地区的山羊品种进行了基因型与产绒相关验证，发现本专利技术所提供的InDel分子标记在不同品种的山羊群体中基因频率差异显著。缺失基因型在产绒山羊品种中的频率高达66.7％以上，尤其乌珠穆沁绒山羊为100％，而在非产绒山羊中该等位基因缺失频率均在8.3％以下。因此，当山羊的LHX2基因座基因型为InDel标记缺失纯合时，判断山羊具有高产绒性状；当山羊的LHX2基因座基因型为带有InDel标记序列(此处的带有InDel标记序列是指插入/插入、插入/缺失基因型)时，判断山羊为低产绒或非产绒性状。本专利技术还提供一种山羊LHX2基因插入缺失突变的检测方法，包括以下步骤：以待测山羊个体全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增出待测InDel所在的核苷酸片段，对PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定山羊个体LHX2基因插入缺失突变位点的基因型。本专利技术的有益效果：(1)本专利技术提供与山羊绒毛性状相关的InDel分子标记，序列位置：第11号染色体第94272264-94272845bp的序列；其不受山羊品种、年龄等限制，可用于山羊产绒性状的早期选育，甚至对于刚出生的山羊也能进行准确地筛选，从而显著促进绒山羊品种的育种进程；(2)检出中国山羊品种LHX2基因座InDel多态性的方法准确可靠，操作简便。(3)中国山羊品种LHX2基因座的InDel位点的检出，为山羊产绒性状的标记辅助选择提供了科学依据。附图说明为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.山羊绒毛性状相关的InDel标记，其特征在于，所述InDel标记位于山羊参考基因组第11号染色体第94272264-94272845bp处，所述InDel标记为缺失/插入多态性。/n

【技术特征摘要】
1.山羊绒毛性状相关的InDel标记，其特征在于，所述InDel标记位于山羊参考基因组第11号染色体第94272264-94272845bp处，所述InDel标记为缺失/插入多态性。


2.根据权利要求1所述的山羊绒毛性状相关的InDel标记，其特征在于，所述InDel标记的核苷酸序列如SEQIDNO.1所示。


3.权利要求1所述的山羊绒毛性状相关的InDel标记的特异性引物，其特征在于，所述引物序列如下：
正向引物：5'-CAGTACGGAGCAAGTAAACGG-3'；
反向引物：5'-TGGCTGTGATCAAACTTACAACC-3'。


4.权利要求1所述的山羊绒毛性状相关的InDel标记的应用。


5.权利要求1所述的山羊绒毛性状相关的InDel标记在绒山羊品种选育方面的应用。


6.权利要求1所述的山羊绒毛性状相关的InDel标记...

【专利技术属性】
技术研发人员：韩虎，李勇，方铭，杨漫漫，陈涛，魏强，王然，张兴举，
申请(专利权)人：深圳市华大农业应用研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44