一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂制造技术

本发明专利技术公开了一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂，所述SNP位点位于MAT2B基因内含子2中，其存在GG、GT、TT三种基因型，其基因型显著影响牛肉品质。当样本基因型为GG时，该个体的屠宰酸度和胴体深均显著高于其他基因型个体；当样本基因型为GG时，该个体的肾脏脂肪含量和胴体胸深均显著高于基因型为TT个体，该个体的腰部肉厚显著低于基因型为TT个体。本发明专利技术为进一步构建优良高品质肉质性状的核心牛群奠定基础，为未来优质肉牛早期选育提供分子理论依据。

【技术实现步骤摘要】
一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂
本专利技术涉及家畜分子育种
，具体地，涉及一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂。
技术介绍
中国西门塔尔牛是我国于20世纪50年代从国外引进后自主培育的大型乳肉役兼用品种，因其体质强健，适应性强，乳、肉、役性能俱佳，而成为国内饲养最多，分布最广泛的品种，是目前我国肉牛产业中的主导品种。牛肉作为我国日常饮食不可缺少的肉类品种，其较高的营养价值被大众所认可，提高肉牛产业的生产效率，生产更多安全优质的牛肉产品成为制约该产业发展的重要问题。中国西门塔尔牛作为主要的肉乳兼用品种，具有良好的产肉性能和生长发育性能，在我国牛业生产中得到广泛的推广应用。屠宰率、胴体长、胴体深、胴体胸深、腰部肉厚是牛的重要胴体性状；屠宰酸度是衡量肉质风味的重要肉质性状；肾脏脂肪重量可用于评估脂肪沉积，这些相关性状都是进行牛遗传育种与生产性能测定的重要指标。甲硫氨酸腺苷转移酶(Methionineadenosyltransferase，MAT)在ATP酶的作用下，以蛋氨酸为底物，催化生成S腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine，SAM)。SAM是生物体最主要的甲基供体，因此在调控体内DNA、蛋白以及组蛋白的甲基化修饰中甲硫氨酸腺苷转移酶具有至关重要的作用。MAT家族有三个编码基因，即MAT1A、MAT2A、MAT2B，MATI、MATII、MATIII是存在于哺乳动物体内的三种MAT复合体。MAT1A编码产生1催化亚基组成MATI与MATIII两个复合体，只在正常肝脏中高表达；MAT2A编码2催化亚基，与MAT2B编码的调控亚基共同调控MATII活性，MAT2A在不正常的肝脏中表达，而MAT2B在人的各种组织和细胞中广泛表达。目前，MAT2B基因的研究主要集中在肝癌细胞的增殖与凋亡等方面。MAT2B在正常肝脏中表达量极低，在HCC和肝硬化组织中表达上调。研究发现乙肝病毒X蛋白(HBX)能够通过NF-kB和CREB信号通路诱导MAT2A和MAT2B表达，从而减少SAM产生，并进而抑制肝癌细胞凋亡，促进肝癌细胞生长。干扰MAT2B基因表达后，肝癌细胞的迁移作用受到明显抑制。MAT2B基因与猪肌内脂肪含量密切相关，构建MAT2B基因过表达和干扰载体转染猪肌内脂肪细胞，观察脂肪细胞脂质的聚积及成脂标志基因的表达，发现MAT2B基因可以促进猪肌内脂肪细胞的分化。
技术实现思路
本专利技术的目的是为了克服现有技术的上述不足，提供一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂。本专利技术的第一个目的是提供一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂。本专利技术的第二个目的是提供检测所述的SNP位点基因型的引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO.1～2所示。本专利技术的第三个目的是提供所述试剂，或所述引物的任意一种或几种在制备评价中国西门塔尔牛肉品质性状的试剂盒中的应用。本专利技术的第四个目的是提供所述试剂，或所述引物的任意一种或几种在评价中国西门塔尔牛肉品质性状中的应用。本专利技术的第五个目的是提供一种评价中国西门塔尔牛肉品质性状的试剂盒。本专利技术的第六个目的是提供一种评价中国西门塔尔牛肉品质性状的方法。本专利技术的第七个目的是提供所述试剂、所述引物、所述试剂盒中的一种或几种在中国西门塔尔牛育种中的应用。为了实现上述目的，本专利技术是通过以下方案予以实现的：本研究通过PCR-RFLP的方法对127头中国西门塔尔牛进行SNP筛选及其与肉品质性状的相关分析。发现中国西门塔尔牛MAT2B基因第二内含子5’端的第2382个碱基的位置存在一个G>T的SNP位点，该位点的优势基因为T，优势基因型为TT。同时结果显示该SNP位点处于中度多态并使用χ2检验证明，该SNP位点处于哈代温伯格平衡状态，表明个体受到人工选择的影响较小，群体遗传性较好。MAT2B基因的SNP位点与中国西门塔尔牛肉品质性状的相关分析结果显示，该SNP位点与屠宰率、肾脏脂肪、屠宰酸度、胴体长、胴体深、胴体胸深、腰部肉厚具有显著相关性(P<0.05)，GG基因型个体的肾脏脂肪、屠宰酸度、胴体深、胴体胸深均高于GT、TT型，且显著高于TT型，表明GG基因型个体拥有更好的肉用经济性能。GT基因型的个体屠宰率显著高于TT型，GG基因型的个体胴体长显著高于GT基因型，示该SNP位点与肾脏脂肪重量具有显著相关性。因此示该SNP位点能够作为影响肾脏脂肪量、屠宰酸度、胴体长、胴体深、胴体胸深、腰部肉厚的分子标记。因此本专利技术要求保护一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂，所示试剂用于检测位于MAT2B基因第二内含子5’端的第2382个碱基的SNP位点基因型：当样本基因型为GG时，该个体的屠宰酸度和胴体深均显著高于其他基因型个体；当样本基因型为GG时，该个体的胴体长均显著高于GT基因型个体；当样本基因型为GG时，该个体的肾脏脂肪含量和胴体胸深均显著高于基因型为TT个体，该个体的腰部肉厚显著低于基因型为TT个体。优选地，所述试剂为引物。本专利技术还要求检测所述的SNP的引物，其核苷酸序列如SEQIDNO.1～2所示。上游序列：5’-GAGAAGGAAGTTTCGTGTTTGG-3’(SEQIDNO.1)；下游序列：5’-ACAACCTGATGCTTTACTGGAA-3’(SEQIDNO.2)。本专利技术还要求保护所述试剂，或所述引物的任意一种或几种在制备评价中国西门塔尔牛肉品质性状的试剂盒中的应用。以及所述试剂，或所述引物的任意一种或几种在评价中国西门塔尔牛肉品质性状中的应用。本专利技术还要求保护一种评价中国西门塔尔牛肉品质性状的试剂盒，包括所述的试剂。优选地，包括所述引物。更优选地，还包括PCR试剂。进一步更优选地，所述PCR试剂为TaqPCRMix和去离子水。最优选地，一种评价中国西门塔尔牛肉品质性状的试剂盒，包括核苷酸序列如SEQIDNO.1～2所示的引物、TaqPCRMix和去离子水；其使用方法为：以样本DNA为模板，进行PCR扩增，其中，PCR反应体系(20μL)：TaqPCRMix10μL，核苷酸序列如SEQIDNO.1～2所示引物各0.5μL，模板DNA2μL，去离子水7μL；PCR反应程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，退火30s，72℃延伸1min，循环35次；延伸72℃5min；(1)扩增产物进行测序：扩增产物的5’端的第460个碱基(即ENSBTAT00000016399.4的5’端的75194919碱基)处：为G的单峰时候，样本基因型为GG；为T的单峰时候，样本基因型为TT；为G/T重叠峰，样本基因型为GT；或者(2)对PCR扩增产物进行TaqI-V2单酶切，酶切体系为10μL：cu本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂，其特征在于，所示试剂用于检测位于MAT2B基因第二内含子5'端的第2382个碱基的SNP位点基因型：/n当样本基因型为GG时，该个体的屠宰酸度和胴体深均显著高于其他基因型个体；/n当样本基因型为GG时，该个体的胴体长均显著高于GT基因型个体；/n当样本基因型为GG时，该个体的肾脏脂肪含量和胴体胸深均显著高于基因型为TT个体，该个体的腰部肉厚显著低于基因型为TT个体。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测与中国西门塔尔牛肉品质性状的显著相关的SNP位点基因型的试剂，其特征在于，所示试剂用于检测位于MAT2B基因第二内含子5'端的第2382个碱基的SNP位点基因型：
当样本基因型为GG时，该个体的屠宰酸度和胴体深均显著高于其他基因型个体；
当样本基因型为GG时，该个体的胴体长均显著高于GT基因型个体；
当样本基因型为GG时，该个体的肾脏脂肪含量和胴体胸深均显著高于基因型为TT个体，该个体的腰部肉厚显著低于基因型为TT个体。


2.根据权利要求1所述试剂，其特征在于，所述试剂为引物。


3.检测权利要求1中所述的SNP位点基因型的引物，其特征在于，其核苷酸序列如SEQIDNO.1～2所示。


4.权利要求1或2所述试剂，或权利要求3所述引物的任意一种或几种在制备评价中国西门塔尔牛肉品质性状的试剂盒中的应用。


5.权利要求1或2所述试剂，或权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜平，阮梦茹，赵志辉，
申请(专利权)人：广东海洋大学，
类型：发明
国别省市：广东;44