单核苷酸多态性rs1553607744在检测着色性干皮病基因中的应用制造技术

本发明专利技术公开了单核苷酸多态性rs1553607744在检测着色性干皮病基因中的应用，属于生物医药技术领域；本发明专利技术所保护的一个技术方案是：检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备检测与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；可以将检测该新位点rs1553607744的物质及其他物质(如其他与色性干皮病相关的单核苷酸多态性物质)联合用于检测着色性干皮病。

【技术实现步骤摘要】
单核苷酸多态性rs1553607744在检测着色性干皮病基因中的应用
本专利技术涉及单核苷酸多态性rs1553607744在检测着色性干皮病基因中的应用，属于生物医药

技术介绍
着色性干皮病(xerodermapigmentosum，XP)是一种常染色体隐性遗传疾病。患者临床表现症状多样，以皮肤、眼、神经系统改变最为常见。典型临床表现为皮肤对日光高度敏感、皮肤色素沉着、暴露部位皮肤易发生光损伤和皮肤癌变。皮肤损害通常出现于6个月～3岁，好发于面部、颈部、前臂伸侧等曝光部位。早期皮损可见雀斑样改变、水疱、色素脱失、皮肤干燥、萎缩或瘢痕形成，后期逐渐出现多发性日光角化病，角化棘皮瘤及多种皮肤恶性肿瘤。着色性干皮病患者患皮肤癌的概率约为正常人的1000倍，几乎90％的患者会在十多岁发生基底细胞癌、鳞状细胞癌、黑色素瘤等皮肤癌。紫外线照射可诱发DNA损伤，DNA损伤和基因结构异常所致的癌基因和抑癌基因表达或功能上的异常，是细胞恶性转化的前提。DNA损伤主要通过修复系统(核苷酸切除修复和转位合成)完成。DNA修复在修复DNA损伤、维持细胞遗传稳定性中起重要作用，对预防皮肤癌至关重要。核酸切除修复最重要的功能是修复由紫外线照射引起的光产物、致癌原引起的庞大化合物以及化疗药物产生的DNA交联。通常情况下核苷酸切除修复包括整组修复及转录偶联修复，其中，整组修复可修复整基因组范围内的损伤。核酸切除修复过程包括DNA损伤识别、损伤周围DNA链开放、DNA酶切、合成新的互补DNA链和连接。DNA切除修复系统相关基因缺陷是着色性干皮病的主要病因，当紫外线诱导DNA损伤后，修复系统障碍，导致疾病发生。有8种基因与着色性干皮病相关：XPA、XPB、XPC、XPD、XPE、XPF、XPG和XPV，目前我国报道的患者多为XPC(着色性干皮病基因组C)型，XPC基因缺陷与着色性干皮病色素型相关，并易发生皮肤肿瘤。XPC基因位于3号染色体(3p25)，由16个外显子组成，长约17kb，其编码核苷酸切除修复复合物中的DNA损伤结合蛋白，对识别和结合DNA光产物非常重要，是XPC复合物(XPC-HHR23B)的重要组成部分。该复合物是整组修复最初的识别因子，在泛基因组核酸切除修复的早期阶段识别并结合损伤DNA，启动DNA修复功能，维持细胞的遗传稳定性。XPC蛋白水平表达的高低是影响细胞损伤识别的关键因子之一。在OMIM数据库中已在XPC基因编码区发现多个单核苷酸多态性位点与着色性干皮病相关，虽然其遗传流行病学取得了一些研究进展，但仍有许多患者的致病基因或突变尚未鉴定出来。
技术实现思路
本专利技术的目的在于单核苷酸多态性rs1553607744在着色性干皮病检测产品方面的新用途。本专利技术所述新用途主要包括：(1)检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备检测与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。(2)检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备鉴定或者辅助鉴定与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。(3)检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备筛查着色性干皮病产品中的应用。(4)检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备治疗着色性干皮病产品中的应用。(5)XPC基因中的单核苷酸多态性在制备检测着色性干皮病产品中的应用，所述单核苷酸多态性是refSNPID为rs1553607744的DNA序列多态性。(6)XPC基因中的单核苷酸多态性在制备鉴定或者辅助鉴定着色性干皮病基因的产品中的应用：所述单核苷酸多态性是refSNPID为rs1553607744的DNA序列多态性。(7)XPC基因中rs1553607744的多态性在制备筛查着色性干皮病产品中的应用。(8)XPC基因中rs1553607744的多态性在制备产前筛查着色性干皮病产品中的应用。(9)含有检测XPC基因中rs1553607744的多态性的物质的产品，包括以下任意一种产品：检测与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品；鉴定或辅助鉴定与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品；筛查着色性干皮病患者产品；制备着色性干皮病治疗性产品。本专利技术所述检测XPC基因中rs1553607744的多态性的物质含有扩增包括rs1553607744在内的基因组DNA片段的PCR引物。在本专利技术的实施例中，所述着色性干皮病具体为中国汉族着色性干皮病家系。位点rs1553607744是人类3号染色体上的一个二等位多态性的SNP位点(GRCh37.p13chr3NC_000003.11:g.14214366C>T)；基因组DNA上rs1553607744位点位于XPC基因第2外显子最后一个碱基299位后面内含子的第一个碱基(NM_004628:exon2:c.299+1G>A)，位于剪切区；位点rs1553607744的变异是置换(C/T，在其互补链上则为G/A)；所述rs1553607744基因型是CC、CT或TT；所述CC是rs1553607744位点的野生纯合型，所述CT是rs1553607744位点的突变杂合型，所述TT是rs1553607744位点的突变纯合型。本专利技术通过对患者基因的全外显子组测序分析、突变的剪切位点对XPC基因mRNA转录本的影响、XPC蛋白的表达情况等方面的研究，证明了rs1553607744的多态性与着色性干皮病相关。本专利技术的有益效果：本专利技术通过对着色性干皮病家系进行外显子测序、DNA及转录本Sanger测序分析、免疫印迹分析，鉴定了着色性干皮病基因组C--XPC基因上一个致病的单核苷酸变异位点rs1553607744。该变异位点定位于XPC基因2号外显子后的内含子区内，具有选择性剪切功能，与该基因的截短转录本、提前终止的蛋白相关。实验证明，rs1553607744的C碱基置换为T与XPC基因转录的截短型转录本相关，该截短型转录本是XPC基因第二外显子序列上一段68个碱基片段的缺失所致(NM_004628.5:c.265_332del)；该截短型转录本可影响XPC的蛋白表达，序列缺失使其在第2外显子上产生了提前终止密码子，XPC蛋白翻译提前终止，XPC蛋白缺陷可致着色性干皮病发生。针对该其编码区序列设计诊断引物，专利技术检测试剂盒应用于PCR体外扩增DNA，结合Sanger测序，检测着色性干皮病XPC基因rs1553607744位点的基因分型，可应用于疾病临床基因诊断及孕早期筛查等应用。rs1553607744位点的隐性纯合突变型(TT)可通过影响选择性剪切功能，产生截短的转录本，并在第2外显子翻译时产生提前终止密码子，导致XPC蛋白缺陷，致着色性干皮病。rs1553607744位点的杂合突变型CT可与其他XPC上影响XPC蛋白表达及功能的杂合型突变共同组成复合杂合突变，而导致着色性本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备检测与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。/n

【技术特征摘要】
1.检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备检测与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。


2.检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备鉴定或者辅助鉴定与着色性干皮病相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。


3.检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备筛查着色性干皮病产品中的应用。


4.检测XPC基因中rs1553607744的多态性或基因型的物质在制备治疗着色性干皮病产品中的应用。


5.XPC基因中的单核苷酸多态性在制备检测着色性干皮病产品中的应用，其特征在于：所述单核苷酸多态性是refSNPID为rs1553607744的DNA序列多态性。


6.XPC基因中的单核苷酸多态性在制备鉴定或者辅助鉴定着色性干皮病基因的产品...

【专利技术属性】
技术研发人员：何黎，吴文娟，王梓旭，
申请(专利权)人：昆明医科大学第一附属医院，
类型：发明
国别省市：云南;53