用于阿尔茨海默氏病的小RNA预测因子制造技术

技术编号:27889881 阅读:17 留言:0更新日期:2021-03-31 02:09
本公开提供了用于评估阿尔茨海默氏病(AD)活动的方法和试剂盒,包括在经历AD治疗或AD候选治疗的患者中以及在动物和细胞模型中。具体而言,本公开提供了生物标志物(sRNA预测因子),其是疾病活动的二元预测因子,并且可用于检测和/或评估AD疾病阶段、等级和进展、预后以及对疗法或候选疗法的反应。所述生物标志物在药物发现和临床试验的背景下进一步有用,以鉴定对疾病的治疗有用的候选药物干预(或其他疗法)。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于阿尔茨海默氏病的小RNA预测因子优先权本申请要求2018年7月25日提交的美国临时申请号62/703,172的权益和优先权,所述申请的内容以引用方式整体并入本文。
技术介绍
阿尔茨海默氏病(Alzheimer’sdisease,AD)是最常见的神经退行性疾病,因为它占所有痴呆病例的近70%,并影响多达20%的80岁以上的个体。大脑中各种形态学和组织学变化是现代AD神经病理学的标志。具体而言,已观察到两种神经学现象:淀粉样斑块和神经元纤维缠结。疾病进展可分为各Braak阶段,其中根据脑中缠结神经元的位置和变化的严重性,已将疾病传播区分为六个阶段:BraakI/II阶段:跨内嗅区(颞叶)阶段,临床上无症状病例;BraakIII/IV阶段:边缘区阶段,初期阿尔茨海默氏病;以及BraakV/VI阶段:新皮质阶段,完全发展的阿尔茨海默氏病。阿尔茨海默氏病患者开始表现出早期症状,诸如像记住最近的事件以及形成新的记忆之类的记忆困难。视觉空间和语言问题常常跟随或伴随涉及记忆的早期症状的发作。随着疾病的进展,个体慢慢失去进行日常生活活动的能力,并且最终,注意力、言语能力、解决问题、推理以及所有形式的记忆都受到严重损害。事实上,AD的进展常常伴随着人格的变化,诸如冷漠感、愤怒、依赖感、攻击性增加、妄想症和偶尔不适当的性行为。在AD的后面阶段,个体可能无法沟通,表现出完全混乱的体征并且卧床不起。阿尔茨海默氏病有两种类型:早发性和晚发性,并且这两种类型都有遗传成分。早发性AD患者在30多岁与60多岁中期之间开始出现症状并且非常罕见,而作为最常见的类型,晚发性AD患者在患者60多岁中期出现体征和症状。已知晚发性AD涉及遗传风险因素,即19号染色体上的载脂蛋白E(APOE)的一种形式APOEε4,其会增加人的风险。目前,尚无AD的治愈方法,并且可用的治疗通常最多只能暂时减缓症状恶化。此外,阿尔茨海默氏病只有在死亡后通过尸检中的脑组织和病理检查才能得到绝对诊断。因此,鉴定疾病修正疗法是药物干预和药物发现的主要目标。然而,由于没有临床上有意义的生物标志物来帮助药物发现和开发,这些努力受到了阻碍。此类生物标志物需要是可获得的、预后的和/或疾病特异性的。包括药物干预的治疗干预的发现和研究将受益于与潜在疾病过程相关的生物标志物的可用性。例如,需要用于评估阿尔茨海默氏病活动的诊断测试,以帮助在受影响的个体中进行治疗和决策,以及在药物发现和临床试验(包括患者入组、分层和疾病监测)中用作生物标志物。
技术实现思路
本公开提供了用于评估阿尔茨海默氏病(AD)活动的方法和试剂盒,包括在经历AD治疗或AD候选治疗的患者中以及在动物和细胞模型中。具体而言,本公开提供了生物标志物(sRNA预测因子),其是疾病活动的二元预测因子,并且可用于检测和/或评估AD疾病阶段、等级、进展、预后以及对疗法或候选疗法的反应。生物标志物在药物发现和临床试验的背景下进一步有用,以鉴定对疾病的治疗或管理(例如治疗或进展监测)有用的候选药物干预(或其他疗法)。在各个方面和实施方案中,本专利技术涉及检测来自受试者或患者的细胞或生物样品中的阿尔茨海默氏病或阿尔茨海默氏病活动的二元小RNA(sRNA)预测因子。sRNA序列被鉴定为存在于AD实验队列的样品中,而不存在于比较队列的任何样品中(“阳性sRNA预测因子”)。因此,本专利技术检测作为二元预测因子的sRNA,其对阿尔茨海默氏病表现出100%特异性。在一些实施方案中,本专利技术提供了一种用于评估受试者或患者中的AD活动的方法。所述方法包括提供来自表现出AD的症状和体征的受试者或患者的生物样品,并且确定样品中一个或多个sRNA预测因子的存在、不存在或水平。sRNA预测因子的存在或水平与疾病活动相关。阳性sRNA预测因子包括来自表2A、表4A和表7A(SEQIDNO:1-403)的一个或多个sRNA预测因子。例如,阳性sRNA预测因子可包括来自表2A(SEQIDNO:1至46)的一个或多个sRNA预测因子,其在AD患者的脑组织样品的sRNA序列数据中被鉴定,但是在非疾病对照以及各种其他非阿尔茨海默氏病的神经退行性疾病对照(例如帕金森氏病(Parkinson’sdisease))中不存在。在一些实施方案中,一个或多个预测因子的相对或绝对量与疾病阶段或严重性相关。在一些实施方案中,阳性sRNA预测因子包括来自表4A(SEQIDNO:47-254)的一个或多个sRNA预测因子,其在AD患者的脑脊液(CSF)样品的sRNA序列数据中被鉴定,但是在健康对照以及各种其他非阿尔茨海默氏病的神经退行性疾病对照(例如帕金森氏病)中不存在。在一些实施方案中,阳性sRNA预测因子包括来自表4A(SEQIDNO:255-403)的一个或多个sRNA预测因子,其在AD患者的血清样品的sRNA序列数据中被鉴定,但是在健康对照以及各种其他非阿尔茨海默氏病的神经退行性疾病对照(例如帕金森氏病)中不存在。在一些实施方案中,样品中存在的预测因子的数量或预测因子中的一个或多个预测因子的积累与AD的进展或潜在的疾病或活动性症状的严重性直接相关。在一些实施方案中,阳性sRNA预测因子包括来自表5(SEQIDNO:58、189、78、172、193、97、122、215、248、164、120、93、126、253,112、144、213、244、123、222、150、240、52、220、221、169、165和212)的一个或多个sRNA预测因子,它们与AD进展的Braak阶段相关(例如在CSF样品中)。在一些实施方案中,阳性sRNA预测因子包括来自表8(SEQIDNO:257、270、272、273、279、286、288、314、319、325、332、341、374、391和393)的一个或多个,它们与AD进展的Braak阶段相关(例如在血清样品中)。在一些实施方案中,确定来自表2A、表4A和/或表7A(SEQIDNO:1-403)中的一个或多个的至少1、2、3、4或5个sRNA或至少10个sRNA或至少40个sRNA的存在、不存在或水平。在一些实施方案中,还确定了至少一个阴性sRNA预测因子的存在或不存在,其在非AD样品诸如健康对照中被独特地鉴定。在一些实施方案中,针对样品测试了包含来自表2A、表4A和/或表7A的阳性预测因子的sRNA套组。在一些实施方案中,所述套组可包含来自表2A、表4A和/或表7A的至少2个或至少5个或至少10个或至少20个或至少25个sRNA。在一些实施方案中,所述套组包含来自表2A、表4A和/或表7A的所有sRNA。例如,样品对于表2A、表4A和/或表7A中的至少约2、3、4或5个sRNA预测因子可呈阳性,这表明活动性疾病,并且更严重或晚期的疾病与约10、15或约20个sRNA预测因子相关。在一些实施方案中,表2A、表4A和/或表7A中的sRNA预测因子的相对或绝对量与疾病等级或严重性(例如Braak阶段)直接相关。通常,至少1、2、3、4或5个阳性预测因子的存在可预测AD活动。在一些实施方案中,针对本文档来自技高网
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【技术保护点】
1.一种用于评估受试者中的阿尔茨海默氏病的方法,所述方法包括:/n提供来自表现出一种或多种阿尔茨海默氏病症状的受试者的生物样品,或提供从所述样品中提取的RNA,/n确定所述样品中一个或多个阳性sRNA预测因子的存在或不存在,其中所述一个或多个阳性sRNA预测因子的存在指示阿尔茨海默氏病活动。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180725 US 62/703,1721.一种用于评估受试者中的阿尔茨海默氏病的方法,所述方法包括:
提供来自表现出一种或多种阿尔茨海默氏病症状的受试者的生物样品,或提供从所述样品中提取的RNA,
确定所述样品中一个或多个阳性sRNA预测因子的存在或不存在,其中所述一个或多个阳性sRNA预测因子的存在指示阿尔茨海默氏病活动。


2.如权利要求1所述的方法,其中所述sRNA预测因子包括来自表2A、表4A和/或表7A(SEQIDNO:1-403)的一个或多个sRNA预测因子。


3.如权利要求2所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表2A(SEQIDNO:1-46)的一个或多个sRNA预测因子。


4.如权利要求2所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表4A(SEQIDNO:47-254)的一个或多个sRNA预测因子。


5.如权利要求2所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表7A(SEQIDNO:255-403)的一个或多个预测因子。


6.如权利要求2所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表5(SEQIDNO:58、189、78、172、193、97、122、215、248、164、120、93、126、253,112、144、213、244、123、222、150、240、52、220、221、169、165和212)的一个或多个预测因子。


7.如权利要求2所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表8(SEQIDNO:257、270、272、273、279、286、288、314、319、325、332、341,374、391和393)的一个或多个预测因子。


8.如权利要求1所述的方法,其中确定至少十个sRNA预测因子的存在或不存在。


9.如权利要求8所述的方法,其中确定来自表2A、表4A和/或表7A(SEQIDNO:1-403)的至少两个sRNA的存在或不存在。


10.如权利要求9所述的方法,其中确定来自表2A、表4A和/或表7A的至少五个sRNA的存在或不存在。


11.如权利要求9所述的方法,其中确定来自表2A、表4A和/或表7A的至少十个sRNA的存在或不存在。


12.如权利要求1所述的方法,其中确定至少一个阴性sRNA预测因子的存在或不存在。


13.如权利要求1至12中任一项所述的方法,其中所述样品是生物流体。


14.如权利要求13所述的方法,其中所述生物流体选自血液、血清、血浆、尿液、唾液或脑脊液。


15.如权利要求1至12中任一项所述的方法,其中所述样品是实体组织,所述实体组织任选地是脑组织。


16.如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中所述sRNA的存在或不存在通过定量或定性PCR测定来确定。


17.如权利要求16所述的方法,其中sRNA的存在或不存在使用荧光染料或荧光标记的探针来确定。


18.如权利要求17所述的方法,其中sRNA的存在或不存在使用荧光标记的探针来确定,所述探针还包含淬灭剂部分。


19.如权利要求1至18中任一项所述的方法,其中sRNA使用茎环RT引物进行扩增。


20.如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中sRNA的存在或不存在使用杂交测定来确定。


21.如权利要求20所述的方法,其中所述杂交测定采用包含sRNA特异性探针的杂交阵列。


22.如权利要求1至15中任一项所述的方法,其中所述sRNA的存在或不存在通过核酸测序来确定,并且所述样品中的sRNA通过包括从单个sRNA序列中修剪3’测序衔接子的方法来鉴定。


23.如权利要求1至22中任一项所述的方法,其中所述受试者尚未被诊断为患有AD。


24.如权利要求1至22中任一项所述的方法,其中所述受试者具有BraakI/II阶段。


25.如权利要求1至22中任一项所述的方法,其中所述受试者具有BraakIII/IV阶段。


26.如权利要求1至22中任一项所述的方法,其中所述受试者具有BraakV/VI阶段。


27.如权利要求22至26中任一项所述的方法,其中重复所述方法。


28.如权利要求27所述的方法,其中以每年至少约一次,或每六个月至少约一次,或每月至少一次,或每周至少一次的频率对受试者进行评估。


29.如权利要求1至28中任一项所述的方法,其中所述受试者正经历用于AD或AD症状的疗法或候选疗法。


30.一种用于评估受试者中的阿尔茨海默氏病的方法,其包括:
提供来自受试者的生物样品,所述受试者具有与阿尔茨海默氏病进展相关的一种或多种突变,或提供从所述样品中提取的RNA;
确定一个或多个阳性sRNA预测因子的存在、不存在或水平,作为阿尔茨海默氏病活动和/或进展的指示。


31.如权利要求30所述的方法,其中至少一个sRNA预测因子来自表2A、表4A或表7A(SEQIDNO:1-403)。


32.如权利要求31所述的方法,其中所述sRNA预测因子的存在或不存在使用选自以下的方法来确定:具有sRNA特异性引物和/或探针的定量或定性PCR;杂交测定sRNA特异性探针;或使用3’测序衔接子的计算修剪的核酸测序。


33.如权利要求32所述的方法,其中所述sRNA预测因子的存在或不存在使用实时PCR来确定。


34.如权利要求30至33中任一项所述的方法,其中sRNA的存在或不存在使用荧光染料或荧光标记的sRNA特异性探针来确定。


35.如权利要求34所述的方法,其中sRNA的存在或不存在使用荧光标记的sRNA特异性探针来确定,所述探针还包含淬灭剂部分。


36.如权利要求30至35中任一项所述的方法,其中sRNA使用茎环RT引物进行扩增。


37.如权利要求36所述的方法,其中sRNA的存在或不存在使用具有sRNA特异性探针的杂交测定来确定。


38.如权利要求37所述的方法,其中所述杂交测定采用包含sRNA特异性探针的杂交阵列。


39.如权利要求30至32中任一项所述的方法,其中所述sRNA的存在或不存在通过核酸测序来确定,并且所述样品中的sRNA通过包括修剪3’测序衔接子的方法来鉴定。


40.如权利要求30至39中任一项所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表2A(SEQIDNO:1至46)的一个或多个sRNA预测因子。


41.如权利要求30至39中任一项所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表4A(SEQIDNO:47-245)的一个或多个sRNA预测因子。


42.如权利要求30至39中任一项所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表7A(SEQIDNO:255-403)的一个或多个sRNA预测因子。


43.如权利要求30至39中任一项所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表5(SEQIDNO:58、189、78、172、193、97、122、215、248、164、120、93、126、253,112、144、213、244、123、222、150、240、52、220、221、169、165和212)的一个或多个预测因子。


44.如权利要求30至39中任一项所述的方法,其中所述阳性sRNA预测因子包括来自表8(SEQIDNO:257、270、272、273、279、286、288、314、319、325、332、341,374、391和393)的一个或多个预测因子。


45.如权利要求30至44中任一项所述的方法...

【专利技术属性】
技术研发人员:D·W·萨尔兹曼A·P·萨尔兹曼N·C·福斯特N·S·雷
申请(专利权)人:斯纳利蒂克斯股份有限公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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