本发明专利技术提供了一种用于检测肝癌的试剂组合，所述试剂组合包括用于检测OTX1基因的以下甲基化位点中至少一个的甲基化水平的检测试剂：cg23229261、cg10122865。与此同时，本发明专利技术还提供了该试剂组合的用途，以及包括该试剂组合的试剂盒。使用本发明专利技术的试剂组合，在组织样本中能以至少0.846的特异性和0.860的灵敏度以及0.914的曲线下面积对肝癌进行预测，在血浆的游离DNA样本中，能以至少0.8298的特异性和0.778的灵敏度以及0.8823的曲线下面积对肝癌进行预测，本发明专利技术试剂组合以较少的标志物就能够在临床上以高灵敏度和好特异性对肝癌进行检测，成本和时间均得到节约；在临床上，在肝脏恶变的早期阶段就能灵敏和特异性地检出。
【技术实现步骤摘要】
一种用于检测肝癌的试剂组合，试剂盒及其用途
本专利技术属于分子生物学检测领域，具体地，属于肝癌检测领域，更具体地，涉及肝癌基因标志物的甲基化水平的检测。
技术介绍
肝癌是世界上最常见的和最致命的疾病之一，危害极大的恶性肿瘤。肝癌起病隐匿，早期无特异性症状，大多数肝癌患者在就诊时已是中晚期，手术治愈率低，生存期短。目前，血清甲胎蛋白(alphafetalprotein，AFP)和超声检查是当前临床上诊断肝癌常用而又重要的方法，然而其灵敏度和特异度并不理想。AFP筛查的灵敏度只能达到40-60％，许多早期肝癌患者的AFP水平总是维持在一个正常水平；而在相当一部分肝病患者中也存在着AFP异常升高的情况；超声检测则非常依赖于仪器和人为操作，受医疗资源分布的限制和医生的经验影响；超声造影和穿刺等检查则存在操作复杂、创伤等缺点，不适用于早筛早诊。寻找准确、稳定、有效的肝癌分子标志物对肝癌进行早期诊断、早期治疗具有重要意义。肿瘤标志物检测是近年发展起来的用于检测疾病的方法，而寻找准确、稳定、有效的肝癌分子标志物对肝癌进行早期诊断、早期治疗具有重要意义。而随着科学界对肿瘤的认识逐渐深入，越来越多的研究证实细胞表观遗传水平的改变是肿瘤发生与发展的关键事件。DNA甲基化、组蛋白修饰及miRNA表达异常均属于表观遗传学改变，而肿瘤发生的核心环节也与DNA异常甲基化相关。DNA甲基化检测稳定性好，易于检测且其异常程度常与癌症的进展相关，是最具肿瘤早筛潜力的标志物，目前已有基于DNA甲基化检测的结直肠癌、胃癌等肿瘤辅助诊断产品获得FDA或CFDA的认证，但尚无肝癌的筛查产品获批上市。很多研究通过检测外周血中的肿瘤细胞或DNA甲基化变化，寻找用于肝癌早期诊断的标志物。美国ExactSciences公司基于甲基化检测的早期肝癌筛查临床研究显示，在135例HCC(HepatocellularCarcinoma)病例和308例对照参与的临床试验中，这一血液检测在诊断早期HCC患者时达到了71％的灵敏度度和90％的特异性。该项目获得了FDA突破性医疗器械认定，但其临床研究主要基于欧美人群且存在灵敏度偏低的缺陷；专利CN107164508A通过检测9个基因的5-羟甲基胞嘧啶含量检测肝癌，其具有较优良的检测性能，灵敏度为90％，特异性为91.3％，但其入组的样本并不包含肝硬化、肝炎等肝癌高风险人群，因此可能存在特异性偏低的不足。因此，本领域需求一种基于DNA甲基化检测的兼具高灵敏度高特异性的肝癌诊断产品，在肝癌的早期阶段即能进行检出。
技术实现思路
本专利技术通过在TCGA和GEO数据库搜集和构建肝癌相关的甲基化大数据集，采用生物信息学方法筛选出有应用开发潜力的肝癌DNA甲基化标志物，通过大量研究，申请人发现OTX1基因的甲基化位点的甲基化水平与肝癌有着密切的联系。第一方面，本专利技术提供一种用于检测肝癌的试剂组合，所述试剂组合包括用于检测OTX1基因的以下甲基化位点中至少一个的甲基化水平的检测试剂：cg23229261、cg10122865。进一步地，所述试剂组合包括用于检测OTX1基因的以下两个甲基化位点的甲基化水平的检测试剂：cg23229261和cg10122865。进一步地，所述试剂组合还包括用于检测OTX1基因的甲基化位点cg21472506的甲基化水平的检测试剂。在一个具体的实施方案中，所述试剂组合检测以下区域的甲基化水平：CGATTTTGCTCCACGCCTGCCGGCCAGAGCCTCCCGGCGTTTCTTCCGCCCCAGCGGAGTGCGCTGGGGCGCGCCAGGGCTAGGCCCGCCGGAGGAGCGCGTCCCCAGCCTTCCGCGCACAGAGCCGCATCCCGCCCCGCCCTGCGCTGGACTGGTTCAAGCTTCCGCCTCG(SEQIDNO:1)。使用本专利技术的试剂组合，在组织中能以至少0.846的特异性和0.860的灵敏度以及0.914的曲线下面积对肝癌进行预测，在血浆的游离DNA中，能以至少0.8298的特异性和0.778的灵敏度以及0.8823的曲线下面积对肝癌进行预测，本专利技术试剂组合以较少的标志物就能够在临床上以高灵敏度和好特异性对肝癌进行检测，成本和时间均得到节约；在临床上，在肝脏恶变的早期阶段就能灵敏和特异性地检出。在一些具体的实施方案中，所述试剂组合进一步包括用于检测以下基因中任意至少一个的甲基化水平的检测试剂：GRASP、PAK1、PPFIA1，以及ZNF397OS。所述试剂组合进一步包括用于检测以下基因中任意至少两个的甲基化水平的检测试剂：GRASP、PAK1、PPFIA1，以及ZNF397OS。所述试剂组合进一步包括用于检测以下基因中任意至少三个的甲基化水平的检测试剂：GRASP、PAK1、PPFIA1，以及ZNF397OS。所述试剂组合进一步包括用于检测以下四个基因的甲基化水平的检测试剂：GRASP、PAK1、PPFIA1，以及ZNF397OS。在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂可以是检测整个基因平均甲基化水平的检测试剂。在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂也可以是检测一个基因片段的平均甲基化水平的检测试剂。在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂也可以是检测一个基因启动子区域或其片段的平均甲基化水平的检测试剂。在一些具体的实施方案中，所述甲基化水平的检测试剂还可以是检测基因的一个或多个甲基化位点的检测试剂。本领域技术人员能够选择检测GRASP、PAK1、PPFIA1，以及ZNF3970S的甲基化水平的检测试剂。例如，中国专利CN110904225提及了GRASP与肝癌相关、中国专利CN106947830提及了PPFIA1与肝癌相关、中国专利CN1659287提及了PAK1与肝癌相关。在一个具体的实施方案中，所述试剂组合进一步包括用于检测GRASP基因整个基因平均甲基化水平的检测试剂。在一个具体的实施方案中，所述试剂组合进一步包括用于检测中国专利CN110904225中GRASP基因扩增片段的平均甲基化水平的检测试剂：CGCAGCCGCCACCCCTGGGCCCCCAGCGGACGAGCTGTACGCGGCGCTGGAGGACTATCACCCTGCCGAGCTGTACCGCGC(SEQIDNO:2)。在一个具体的实施方案中，所述试剂组合进一步包括用于检测GRASP基因以下基因片段的平均甲基化水平的检测试剂：CGGTCCCGACCCCGGGACCCCCTGCCGCAGCCGCCACCCCTGGGCCCCCAGCGGACGAGCTGTACGCGGCGCTGGAGGACTATCACCCTGCCGAGCTGTACCGCGCGCTCGCCGTGTCCGGGGGCACCCTGCCCCGCCGAAAGGTGCGTCCCCCGCCCGCCTTCAGGATCTGCTCAGC本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于检测肝癌的试剂组合，所述试剂组合包括用于检测OTX1基因的以下甲基化位点中至少一个的甲基化水平的检测试剂：cg23229261、cg10122865。/n
【技术特征摘要】
1.一种用于检测肝癌的试剂组合，所述试剂组合包括用于检测OTX1基因的以下甲基化位点中至少一个的甲基化水平的检测试剂：cg23229261、cg10122865。
2.根据权利要求1所述的试剂组合，其中，所述所述试剂组合包括用于检测OTX1基因的以下甲基化位点的甲基化水平的检测试剂：cg23229261、cg10122865。
3.根据权利要求1所述的试剂组合，其中，所述试剂组合还包括用于检测OTX1基因的甲基化位点cg21472506的甲基化水平的检测试剂。
4.根据权利要求1所述的试剂组合，其中，所述试剂组合进一步包括用于检测以下基因中至少一个的甲基化水平的检测试剂：GRASP、PAK1、PPFIA1，以及ZNF397OS。
5.根据权利要求1所述的试剂组合，其中，所述试剂组合进一步包括用于检测以...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈明，郭鑫武，洪梅，刘让蛟，戴立忠，
申请(专利权)人：圣湘生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：湖南;43
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