本发明专利技术公开了一种胎儿亲子关系鉴定方法，包括选定具有多样性差异的位点组；获得外周血游离DNA中各个位点的深度分布，白细胞DNA中各个位点的基因型，以及待检疑父DNA中各个位点的基因型；基于随机信息位点集G1，获得胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度记为P1；基于必然信息位点集G2，获得胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度记为P2；选取和待检孕妇和待检疑父无亲缘关系的随机男性DNA样本N个记为Fi,再计算每位随机男性对应的P2(i)；按照H＝P2/P1和Hi＝P2(i)/P1分别计算H值和Hi值，并根据H值与{Hi}的显著性差异确定待检疑父与待检孕妇所怀胎儿的亲子关系；该鉴定方法不依赖对胎儿进行分型，适用于更低浓度的孕妇游离DNA样本，该方法操作简单且鉴定准确率高。该方法操作简单且鉴定准确率高。
【技术实现步骤摘要】
一种胎儿亲子关系鉴定方法
[0001]本专利技术涉及亲子鉴定
，具体涉及一种胎儿亲子关系鉴定方法。
技术介绍
[0002]目前，针对胎儿的亲子鉴定方法，一般是在胎儿到达13～14周后通过羊水 穿刺，或通过绒毛膜活检等获得样本，再采用亲子鉴定试剂盒对供精方进行亲 子鉴定，并判定胎儿的生物学父亲；然而，该方法需要获取羊水以及胎儿绒毛 膜样本，对孕妇或胎儿造成不必要的医疗风险，而且样本获取时需要胎儿达到 一定周数，检测时间存在一定限制。
[0003]
技术实现思路
[0004]本专利技术的目的在于提供一种胎儿亲子关系鉴定方法，该方法无需获取羊水 或胎儿绒毛膜，能够避免医疗风险；此外，该方法无需对胎儿进行分型，适用 于更低浓度的孕妇游离DNA样本。
[0005]为了实现本专利技术的上述目的，特采用以下技术方案：
[0006]本专利技术第一方面提供一种胎儿亲子关系鉴定方法，所述鉴定方法包括如下 步骤：
[0007](a)根据孕妇人群的基因序列，选定具有多样性差异的位点组，并记为G；
[0008](b)获取待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA，并分 别对待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA中与G相同的位 点进行高深度测序，并根据测序结果获得外周血游离DNA中各个位点的深度分 布，白细胞DNA中各个位点的基因型，以及待检疑父DNA中各个位点的基因型；
[0009](c)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和外周血游离DNA中 各个位点的深度分布，选取位点集，并记为G1，G1选取条件为：测序深度高 于阈值时，该位点上至少有2种多态性位点，且对应于白细胞DNA上为纯合子； 随后，对选取的G1上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在 待检孕妇外周血DNA中的浓度，并记为P1，其中，P1为使得式1取得最大值 的p值，
[0010][0011]式1中，p为胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度，Xi为相应位点的 多态性深度分布；
[0012](d)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和待检疑父DNA中各 个位点的基因型，选取位点集，并记为G2，G2选取条件为：待检孕妇白细胞 DNA和待检疑父DNA为不同基因型纯合子的位点；随后，基于待检孕妇外周血 游离DNA在G2上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在待检 孕妇外周血DNA中的浓度，并记为P2，其中，P2为使得式2取得最大值的p 值，
[0013][0014](e)选取和待检孕妇和待检疑父无亲缘关系的随机男性DNA样本N个， 并记为Fi,再根据步骤(d)计算每位随机男性对应的P2(i)，其中，i为1， 2，3
…
N；
[0015](f)按照H＝P2/P1和Hi＝P2(i)/P1分别计算H值和Hi值，并根据H值 与{Hi}的显著性差异确定待检疑父与待检孕妇所怀胎儿的亲子关系。
[0016]优选地，所述步骤(f)中，根据H值与{Hi}的显著性差异确定待检疑父与 待检孕妇所怀胎儿的亲子关系包括：
[0017]若H值显著大于{Hi}，则待检疑父与待检孕妇所怀胎儿为亲子关系，若H 值与{Hi}没有显著性差异，则待检疑父与待检孕妇所怀胎儿为非亲子关系。
[0018]优选地，所述步骤(a)中，孕妇人群中孕妇数量不低于50人。
[0019]优选地，所述步骤(b)中，高深度测序的深度不低于20
×
。
[0020]优选地，所述步骤(c)中，所述阈值为20
×
。
[0021]优选地，所述步骤(e)中，N大于20。
[0022]优选地，所述步骤(f)中，采用t检验判断H值与{Hi}的显著性差异。
[0023]与现有技术相比，本专利技术的有益效果至少包括：
[0024]本专利技术鉴定方法通过获取待检孕妇外周血游离DNA中胎儿DNA浓度，并运 用两种不同的方法进行定量，再通过定量浓度的差异来鉴定亲子关系；该鉴定 方法不依赖对胎儿进行分型，适用于更低浓度的孕妇游离DNA样本，此外，该 方法操作简单且鉴定准确率高。
具体实施方式
[0025]下面将结合实施例对本专利技术技术方案的实施例进行详细的描述。以下实施 例仅用于更加清楚地说明本专利技术的技术方案，因此只作为示例，而不能以此来 限制本专利技术的保护范围。
[0026]需要注意的是，除非另有说明，本申请使用的技术术语或者科学术语应当 为本专利技术所属领域技术人员所理解的通常意义。
[0027]本专利技术实施例提供一种胎儿亲子关系鉴定方法，该鉴定方法包括如下步 骤：
[0028](a)根据孕妇人群的基因序列，选定具有多样性差异的位点组，并记为G；
[0029](b)获取待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA，并分 别对待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA中与G相同的位 点进行高深度测序(深度＞20
×
)，并根据测序结果获得外周血游离DNA中各 个位点的深度分布，白细胞DNA中各个位点的基因型，以及待检疑父DNA中各 个位点的基因型；
[0030](c)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和外周血游离DNA中 各个位点的深度分布，选取位点集，并记为G1，G1选取条件为：测序深度高 于20
×
时，该位点上至少有2种多态性位点，且对应于白细胞DNA上为纯合子； 随后，对选取的G1上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在 待检孕妇外周血DNA中的浓度，并记为P1，其中，P1为使得式1取得最大值 的p值，
[0031][0032]式1中，p为胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度，Xi为相应位点的 多态性深度分布；
[0033](d)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和待检疑父DNA中各 个位点的基因型，选取位点集，并记为G2，G2选取条件为：待检孕妇白细胞 DNA和待检疑父DNA为不同基因型纯合子的位点；随后，基于待检孕妇外周血 游离DNA在G2上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在待检 孕妇外周血DNA中的浓度，并记为P2，其中，P2为使得式2取得最大值的p 值，
[0034][0035](e)选取和待检孕妇和待检疑父无亲缘关系的随机男性DNA样本N个， 并记为Fi,再根据步骤(d)计算每位随机男性对应的P2(i)，其中，i为1， 2，3
…
N；
[0036](f)按照H＝P2/P1和Hi＝P2(i)/P1分别计算H值和Hi值，若H值显著 大于{Hi}，则待检疑父与待检孕妇所怀胎儿为亲子关系，若H值与{Hi}没有显 著性差异，则待检疑父与待检孕妇所怀胎儿为非亲子关系。
[0037]本专利技术上述鉴定方法通过获取待检孕妇外周血游离DNA中胎儿DNA浓度， 并运用两种不同的方法进行定量，再通过定量浓度的差异来鉴定亲子关系；该 鉴定方法不依赖对本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种胎儿亲子关系鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：(a)根据孕妇人群的基因序列，选定具有多样性差异的位点组，并记为G；(b)获取待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA，并分别对待检孕妇外周血游离DNA、白细胞DNA以及待检疑父DNA中与G相同的位点进行高深度测序，并根据测序结果获得外周血游离DNA中各个位点的深度分布，白细胞DNA中各个位点的基因型，以及待检疑父DNA中各个位点的基因型；(c)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和外周血游离DNA中各个位点的深度分布，选取位点集，并记为G1，G1选取条件为：测序深度高于阈值时，该位点上至少有2种多态性位点，且对应于白细胞DNA上为纯合子；随后，对选取的G1上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度，并记为P1，其中，P1为使得式1取得最大值的p值，式1中，p为胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度，Xi为相应位点的多态性深度分布；(d)基于待检孕妇白细胞DNA中各个位点的基因型和待检疑父DNA中各个位点的基因型，选取位点集，并记为G2，G2选取条件为：待检孕妇白细胞DNA和待检疑父DNA为不同基因型纯合子的位点；随后，基于待检孕妇外周血游离DNA在G2上多态性位点的深度分布采用最大似然法获得胎儿DNA在待检孕妇外周血DNA中的浓度，并记为...
【专利技术属性】
技术研发人员：曾丰波，杨功达，
申请(专利权)人：武汉蓝沙医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：
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