HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法技术

本发明专利技术公开一种HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法。其中所述HLA的一个SNP检测试剂盒包括引物一、引物二、探针一以及探针二；所述HLA的一个SNP检测方法包括以下步骤：获得待测样品的基因组DNA，利用所述引物一、所述引物二、所述探针一和所述探针二，以所述基因组DNA为模板，进行荧光PCR扩增，收集并分析荧光信号，从而获取HLA的一个SNP等位基因扩增量的比值。本发明专利技术HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法提高了检测HLA的一个SNP的准确性和灵敏度。提高了检测HLA的一个SNP的准确性和灵敏度。提高了检测HLA的一个SNP的准确性和灵敏度。

【技术实现步骤摘要】
HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学领域，特别涉及一种HLA的一个SNP检测试剂盒和HLA的一个SNP检测方法。

技术介绍

[0002]非亲属供体造血干细胞的人类白细胞抗原(HLA)与患者的HLA不匹配，导致非亲属供体造血干细胞的移植存在危及生命的风险，这因此限制了造血干细胞移植在血液病治疗领域的广泛应用。研究显示，上述HLA的不匹配可能与高度多态性的主要组织相容性复合体(MHC)的遗传变异有关。随后，研究人员在这个MHC中发现了单核苷酸多态性(SNP)，SNP进一步被确定是影响造血干细胞移植后效果的决定因素。也即，患者的SNP与供体的SNP的不匹配，提高了患者接受非亲属供体造血干细胞移植后的死亡风险。而且，患者接受非亲属供体造血干细胞移植后的死亡风险随着不匹配的SNP数量的增加而提高。因此，了解HLA的SNP含量，有助于在非亲属供体造血干细胞移植前评估移植的风险；并可以根据SNP的含量，来合理选择MHC更加匹配的非亲属供体干细胞来降低术后并发症。
[0003]HLA的rs394657 SNP是人染色体chr6:32219246(GRCh38.p12)上的一个二等位多态性的SNP位点，所述位点的变异是A或G的转换(在其互补链上则为T或C)。所述rs394657 SNP的基因型是AA、AG(GA)或GG。所述AA是双链rs394657 SNP的位点均为A的纯合型，所述GG是双链rs394657 SNP的位点均为G的纯合型，所述AG(GA)是一条rs394657 SNP链的位点为A，另一条 rs394657 SNP链的位点为G的杂合型。
[0004]目前临床应用的检测HLA的SNP方法包括直接测序法，PCR-基因芯片法和PCR-溶解曲线法，上述三种检测方法的准确性和灵敏度较低。
[0005]上述内容仅用于辅助理解专利技术的技术方案，并不代表承认上述内容是现有技术。

技术实现思路

[0006]本专利技术的主要目的是提出一种HLA的一个SNP检测试剂盒和检测方法，旨在提高检测HLA的rs394657 SNP的准确性和灵敏度。
[0007]为实现上述目的，第一方面，本专利技术提出一种HLA的一个SNP检测试剂盒，包括：
[0008]引物一，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；
[0009]引物二，核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；
[0010]探针一，包括如SEQ ID No.3所示的核苷酸序列一和分别连接所述核苷酸序列一5
’
端和3
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端的荧光基团；以及
[0011]探针二，包括如SEQ ID No.4所示的核苷酸序列二和分别连接所述核苷酸序列二5
’
端和3
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端的荧光基团。
[0012]可选地，所述核苷酸序列一的5
’
端连接FAM荧光基团，所述核苷酸序列一的3
’
端连接NFQ-MGB荧光基团；所述核苷酸序列二的5
’
端连接VIC荧光基团，所述核苷酸序列二的3
’
端连接NFQ-MGB荧光基团。
[0013]第二方面，本专利技术还提出一种HLA的一个SNP检测方法，包括以下步骤：
[0014](1)获得待测样品的基因组DNA；
[0015](2)利用引物一、引物二、探针一和探针二，以所述基因组DNA为模板，进行荧光PCR扩增，并收集荧光信号；
[0016](3)分析所述荧光信号的强度，获取HLA的一个SNP等位基因的扩增量的比值；
[0017]其中，所述引物一的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述引物二的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；所述探针一包括如SEQ ID No.3所示的核苷酸序列一和分别连接所述核苷酸序列一5
’
端和3
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端的荧光基团；所述探针二包括如SEQ ID No.4所示的核苷酸序列二和分别连接所述核苷酸序列二5
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端和 3
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端的荧光基团。
[0018]可选地，所述核苷酸序列一的5
’
端连接FAM荧光基团，所述核苷酸序列一的3
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端连接NFQ-MGB荧光基团；所述核苷酸序列二的5
’
端连接VIC荧光基团，所述核苷酸序列二的3
’
端连接NFQ-MGB荧光基团。
[0019]本专利技术HLA的一个SNP检测试剂盒包括特异性地引物一、引物二、探针一以及探针二；本专利技术HLA的一个SNP检测方法，通过获得待测样品基因组 DNA，利用所述引物一、所述引物二、所述探针一和所述探针二，以所述基因组DNA为模板，进行荧光PCR扩增，收集并分析荧光信号，从而获取HLA 的一个SNP等位基因的扩增量的比值。通过所述引物一和所述引物二分别特异性地扩增rs394657 SNP的序列，所述探针一特异性地检测rs394657 SNP的一单拷贝，所述探针二特异性地检测rs394657 SNP的另一单拷贝；如此，提高了检测的准确性和灵敏度。而且，本专利技术检测试剂盒和检测方法的操作简单，大大缩短了检测时间，节省了大量的人力和物力，具有广泛的临床应用价值。
附图说明
[0020]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图示出的结构获得其他的附图。
[0021]图1为实施例一的检测结果图；
[0022]图2为实施例二的检测结果图。
[0023]本专利技术目的的实现、功能特点及优点将结合实施例，参照附图做进一步说明。
具体实施方式
[0024]下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术的一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0025]本专利技术提出一种HLA的一个SNP检测试剂盒，包括引物一、引物二、探针一以及探针二，所述引物一核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述引物二核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；所述探针一包括如SEQ ID No.3所示的核苷酸序列一和分别连接所述核苷酸序列一5
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端和3
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端的荧光基团；所述探针二包括如SEQ ID No.4所示的核苷酸序列二和分别连接所
述核苷酸序列二5
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端和3
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端的荧光基团。
[0026]在本专利技术中，通过引物设计软件(例如Primer Premier 5)，以HLA的 rs394657 SNP序列为模板，设计所述引物一、所述引物二、所述探针本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种HLA的一个SNP检测试剂盒，其特征在于，包括：引物一，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；引物二，核苷酸序列如SEQ ID No.2所示；探针一，包括如SEQ ID No.3所示的核苷酸序列一和分别连接所述核苷酸序列一5
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端和3
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端的荧光基团；以及探针二，包括如SEQ ID No.4所示的核苷酸序列二和分别连接所述核苷酸序列二5
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端和3
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端的荧光基团。2.如权利要求1所述的HLA的一个SNP检测试剂盒，其特征在于，所述核苷酸序列一的5
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端连接FAM荧光基团，所述核苷酸序列一的3
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端连接NFQ-MGB荧光基团；所述核苷酸序列二的5
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端连接VIC荧光基团，所述核苷酸序列二的3
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端连接NFQ-MGB荧光基团。3.一种HLA的一个SNP检测方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)获得待测样品的基因组DNA；(2)利用引物一、引物二、...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑仲征，杜可明，贺青青，徐祥，袁志阳，
申请(专利权)人：上海荻硕贝肯医学检验所有限公司深圳荻硕贝肯精准医学有限公司上海荻硕贝肯基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：