鉴别尖塘鳢鱼种的SNPs及基于SNPs的AS-PCR引物组及其检测方法与应用技术

本发明专利技术公开了鉴别尖塘鳢鱼种的SNPs及基于SNPs的AS

【技术实现步骤摘要】
鉴别尖塘鳢鱼种的SNPs及基于SNPs的AS-PCR引物组及其检测方法与应用


[0001]本专利技术属于动物分子生物学DNA标记技术与应用领域，具体涉及鉴别尖塘鳢鱼种的 SNPs及基于SNPs的AS-PCR引物组及其检测方法与应用。

技术介绍

[0002]云斑尖塘鳢(Oxyeleotris marmoratus)和线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolatus)在分类学上均隶属于鲈形目(Perciformes)，鰕虎鱼亚目(Gobioidei)，塘鳢科(Eleotridae)，尖塘鳢属 (Oxyeleotris)，均为中国从国外引进的名特优鱼类。
[0003]云斑尖塘鳢，英文名为marble goby，俗称泰国笋壳鱼，原产于泰国、越南等东南亚国家，其体表黄褐色，斑纹明显，外形美观，市场售价高，但养殖过程大吃小现象严重，影响养成成活率。线纹尖塘鳢，英文名为Sleepy cod，俗称澳洲笋壳鱼，原产于澳大利亚，生长速度较云斑尖塘鳢快，但因其体表颜色黑，外形不及云斑尖塘鳢美观，市场售价相对云斑尖塘鳢较低，但其具有性格温顺，生长速度较快、耐粗饲等优点，目前养殖的也较多。有研究表明，以云斑尖塘鳢为母本，线纹尖塘鳢为父本，杂交得到的杂交尖塘醴后代，比亲本自交后代生长速度快，表现出显著的超亲杂种优势，而且由于杂交尖塘醴生长速度快，且兼具线纹尖塘鳢耐粗饲优点，该杂交种深受养殖户的喜爱，因而大量出现在市面上。由于目前市场上云斑尖塘鳢、线纹尖塘鳢和杂交尖塘醴(线纹尖塘鳢
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云斑尖塘鳢
♂r/>)均有养殖，且因为三种尖塘醴形态相似，体色会随环境改变而发生一定的改变，特别是苗期不易区分，所以仅仅从外形很难辨认出是哪种尖塘醴。
[0004]现有的鉴别云斑尖塘鳢和线纹尖塘鳢的方法为基于线粒体COI基因设计的特异性引物，该特异性引物可在线纹尖塘鳢中扩增获得170bp的单一产物，而在云斑尖塘醴中无产物，通过PCR扩增产物的有无，可以区分两个物种。但因为线粒体属于母体遗传，杂交尖塘醴线粒体与母本云斑尖塘鳢线粒体相同，所以很难应用线粒体基因来鉴别杂交尖塘醴。
[0005]SNP作为新一代遗传标记因其遗传稳定，分布广泛且有利于发展自动化分析，目前被广泛应用于疾病检测、种质鉴定和动植物遗传育种方面。但目前尚无SNP相关技术在鉴别尖塘鳢鱼种中的应用。
[0006]因此，亟待开发出一种更为有效的检测方法，能有效鉴别云斑尖塘鳢、线纹尖塘鳢和杂交尖塘醴。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的在于提供SNP标记在尖塘鳢鱼种鉴别中的应用；
[0008]本专利技术的另一目的在于提供一种AS-PCR引物组；
[0009]本专利技术的另一目的在于提供一种试剂；
[0010]本专利技术的另一目的在于提供一种试剂盒；
[0011]本专利技术的另一目的在于提供一种鉴别尖塘鳢鱼种的AS-PCR检测方法；
[0012]本专利技术的另一目的在于提供上述AS-PCR引物组或上述的试剂或上述的试剂盒在尖塘鳢鱼种鉴别中的应用。
[0013]本专利技术所采取的技术方案是：
[0014]本专利技术的第一个方面，提供：
[0015]SNP标记在尖塘鳢鱼种鉴别中的应用，该SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列中；
[0016]其中，上述SEQ ID NO.1所示序列自5
’
端起，第77位测序峰图为单峰且碱基为G判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为G/C判定为杂交尖塘醴；和/或
[0017]第238位测序峰图为单峰且碱基为T判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为T/C判定为杂交尖塘醴；和/或
[0018]第320位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/A判定为杂交尖塘醴；和/或
[0019]第333位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/A判定为杂交尖塘醴；和/或
[0020]第345位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为T判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/T判定为杂交尖塘醴；和/或
[0021]第371位测序峰图为单峰且碱基为G判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为G/A判定为杂交尖塘醴；和/或
[0022]第403位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/C判定为杂交尖塘醴；和/或
[0023]第429位测序峰图为单峰且碱基为T判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为T/C判定为杂交尖塘醴；和/或
[0024]第449位测序峰图为单峰且碱基为T判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为T/A判定为杂交尖塘醴；和/或
[0025]第478位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为T判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/T判定为杂交尖塘醴；和/或
[0026]第516位测序峰图为单峰且碱基为G判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为G/C判定为杂交尖塘醴；和/或
[0027]第547位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/G判定为杂交尖塘醴；和/或
[0028]第563位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/G判定为杂交尖塘醴；和/或
[0029]第569位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/G判定为杂交尖塘醴；和/或
[0030]第629位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/C判定为杂交尖塘醴；和/或
[0031]第670位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/G判定为杂交尖塘醴；和/或
[0032]第674位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为
TCCCTG(A/G)CCATTCCCTCTCCAGCATATGCTTCTTCATCATCAGATAAAGCACAAAGT TTTCTACCAAAAGAGCTTCGTTCCTTAAGCCCTTC(A/G)CTTCC(A/G)GTAGGAACG TCAACTGTCCAACCAGAGA(C/T)AAATGAGTCAAGAAACAGCTCACCGGCCCAAGCT TCTACTTTTCAGTGTGAGGACATCAACTCCCTGCCAT-3
’
。
[0042]上述21个SNP位点筛选自90个尖塘醴样本的SIMC1基本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.SNP标记在尖塘鳢鱼种鉴别中的应用，其特征在于，所述SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列中；其中，所述SEQ ID NO.1所示序列自5
’
端起，第77位测序峰图为单峰且碱基为G判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为G/C判定为杂交尖塘醴；和/或第238位测序峰图为单峰且碱基为T判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为T/C判定为杂交尖塘醴；和/或第320位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/A判定为杂交尖塘醴；和/或第333位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/A判定为杂交尖塘醴；和/或第345位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为T判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/T判定为杂交尖塘醴；和/或第371位测序峰图为单峰且碱基为G判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为G/A判定为杂交尖塘醴；和/或第403位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/C判定为杂交尖塘醴；和/或第429位测序峰图为单峰且碱基为T判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为T/C判定为杂交尖塘醴；和/或第449位测序峰图为单峰且碱基为T判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为T/A判定为杂交尖塘醴；和/或第478位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为T判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/T判定为杂交尖塘醴；和/或第516位测序峰图为单峰且碱基为G判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为G/C判定为杂交尖塘醴；和/或第547位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/G判定为杂交尖塘醴；和/或第563位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/G判定为杂交尖塘醴；和/或第569位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/G判定为杂交尖塘醴；和/或第629位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为C判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/C判定为杂交尖塘醴；和/或第670位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/G判定为杂交尖塘醴；和/或第674位测序峰图为单峰且碱基为C判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为A判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为C/A判定为杂交尖塘醴；和/或第701位测序峰图为单峰且碱基为A判定为云斑尖塘鳢、为单峰且碱基为G判定为线纹尖塘鳢，为双峰且碱基为A/G判定为杂交尖塘醴；和/或
第787位测序峰图为单峰且碱基为G判定为云斑尖塘鳢、...

【专利技术属性】
技术研发人员：樊佳佳，马冬梅，朱华平，林明辉，池金泉，
申请(专利权)人：广州锐沣渔业发展有限公司，
类型：发明
国别省市：