利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法、引物、试剂盒及应用技术

本发明专利技术公开了一种利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法、引物、试剂盒及应用。该方法为：检测待测猪的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A，确定待测猪的基因型是GG还是AA，GG基因型猪背膘厚高于AA基因型猪；使用所述引物对所述试剂盒按所述方法检测待测猪的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A，确定待测猪的基因型是GG还是AA；选择AA基因型的猪进行育种，可获得更薄背膘厚性状的猪。用该方法选择猪的性状，可使猪背膘厚变薄约0.83cm，从而获得生产性能更高的猪。用该方法对猪育种，可缩短选取优良种猪时间，降低育种花费。

【技术实现步骤摘要】
利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法、引物、试剂盒及应用
本专利技术属于分子生物学
，涉及一种利用猪2号染色体(v11.1)自5′末端起第71588075位G>A多态性位点辅助检测猪达100kg体重背膘厚性状的方法、引物、专用试剂盒及应用，即一种利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法、引物、试剂盒及应用。
技术介绍
猪的达100kg体重背膘厚不仅与瘦肉率有关，与生长速度也存在强相关，因此，其在育种上的价值很高，一直是猪育种目标的重要组成部分。但是，达100kg体重背膘厚的测定时段为猪只体重在85-110kg范围，只能在猪长成之后才能测定。对其成年后测定一方面会加大育种成本，另一方面会拉长世代间隔，减缓遗传进展速度，对其进行早期选择优势明显。分子生物技术、芯片技术、测序技术的飞速发展为猪达100kg体重背膘厚等数量性状开展育种更早、更准确、进展更快速的分子育种提供了研究基础。而且，由于猪的器官大小和人比较相似，是人类研究的一种重要的模式动物，因此，找到猪对达成年体重背膘有影响的基因有可能对人类的肥胖的研究提供一定的借鉴意义。
技术实现思路
本专利技术的目的是：克服现有技术的不足，提供一种利用国际猪基因组11.1版本(v11.1)参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位G>A多态性位点辅助检测猪达100kg体重背膘厚性状的方法、引物、专用试剂盒及应用，即一种利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法、引物、试剂盒及应用。本专利技术的技术方案如下：本专利技术提供一种利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法，即一种利用国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体g.71588075G>A多态性位点辅助检测猪达100kg体重背膘厚性状的方法，该方法为：检测待测猪的猪2号染色体(v11.1)自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A，亦即检测待测猪的国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A，确定待测猪的基因型是GG还是AA，GG基因型的猪的背膘厚高于AA基因型的猪的背膘厚；所述GG基因型为国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体(v11.1)自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体；所述AA基因型为国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体(v11.1)自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸为A的纯合体。进一步地，所述检测待测猪的猪2号染色体(v11.1)自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A的方法具体为测序分析。进一步地，所述测序分析包括PCR扩增和对PCR扩增产物进行测序的步骤；所述PCR扩增所用的引物对满足如下条件:以待测猪的基因组DNA为模板使用该引物对进行PCR扩增得到的扩增产物，含有猪2号染色体(v11.1)自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸。进一步地，所述PCR扩增所用的引物对，是根据国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体(v11.1)g.71588075G>A上下游序列信息，设计并合成的一对引物，具体如下：U(上游引物)：5’-GAGATGGCTTCACTGAGG-3’(序列表中的序列1)；D(下游引物)：5’-ATCAACAAGGCTGAGGAC-3’(序列表中的序列2)。即：所述PCR扩增所用的引物对，是由序列表中的序列1所示的核苷酸和序列表中的序列2所示的核苷酸组成的引物对。进一步地，采用所述引物对，以待测猪的基因组DNA为模板，进行PCR扩增；根据待测猪的基因组DNA的不同，得到的扩增产物的DNA片段为序列表中的序列3所示的核苷酸序列或序列表中的序列4所示的核苷酸序列。进一步地，所述的待测猪，具体可为大白猪。可选用大白猪的血液、体液或其它组织的细胞作为生物样本，取大白猪的细胞核的2号染色体上的基因组DNA作为模板，使用上游引物U和下游引物D进行PCR扩增。本专利技术还提供一种上述检测方法中所用到的用于扩增含有g.71588075G>A多态性位点的DNA片段的引物对；所述引物对，是根据国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体g.71588075G>A上下游序列信息，设计并合成的一对引物，具体为：上游引物U：5’-GAGATGGCTTCACTGAGG-3’，即序列表中的序列1所示的核苷酸；下游引物D：5’-ATCAACAAGGCTGAGGAC-3’，即序列表中的序列2所示的核苷酸；亦即：所述引物对，是由序列表中的序列1所示的核苷酸和序列表中的序列2所示的核苷酸组成的引物对。本专利技术还提供一种上述检测方法中使用的，利用猪2号染色体g.71588075G>A多态性位点辅助检测猪达100kg体重背膘厚性状的试剂盒，它包括由序列表中的序列1所示的核苷酸和序列表中的序列2所示的核苷酸组成的引物对。进一步地，所述试剂盒，用于以大白猪的基因组DNA为模板，使用引物对即上游引物U和下游引物D进行PCR扩增；PCR扩增反应体系为：基因组DNA200ng，10×PCR扩增缓冲液5μl，dNTPs10mM，上游引物、下游引物各50ng，TaqDNA聚合酶0.75U，Mg2+2.5mmol/L，用ddH2O补充反应体系至50μl；其中，所述的上游引物、下游引物为：上游引物U：5’-GAGATGGCTTCACTGAGG-3’，即序列表中的序列1所示的核苷酸；下游引物D：5’-ATCAACAAGGCTGAGGAC-3’，即序列表中的序列2所示的核苷酸；所述的基因组DNA，是选用大白猪的血液、体液或其它组织的细胞作为生物样本，取大白猪的细胞核的2号染色体上的基因组DNA获得的。本专利技术还提供一种上述检测方法中所用到的用于扩增含有g.71588075G>A多态性位点的DNA片段的引物对，即一种由序列表中的序列1所示的核苷酸和序列表中的序列2所示的核苷酸组成的引物对，在制备辅助检测猪达100kg体重背膘厚性状的试剂盒中的应用。本专利技术还提供以上所述的检测方法、所述的引物对、所述的试剂盒，在猪的育种中的应用。以上所述的检测方法、所述的引物对、所述的试剂盒，均可用于培育具有更薄背膘厚性状的猪，从而应用于猪的育种中。培育具有更薄背膘厚性状的猪的方法包括：使用所述的引物对和所述的试剂盒，按所述的方法，检测待测猪的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A，确定待测猪的基因型是GG还是AA；选择AA基因型的猪进行育种，可获得更薄背膘厚性状的猪。猪2号染色体(v11.1)自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸存在一个脱氧核糖核苷酸的差异(G/A)，该单核苷酸多态被命名为g.71588075G>A。AA纯合基因型群体背膘厚比GG纯合基因型群体背膘厚本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法，即一种利用国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体g.71588075G>A多态性位点辅助检测猪达100kg体重背膘厚性状的方法，其特征在于，该方法是：检测待测猪的国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A，确定待测猪的基因型是GG还是AA，GG基因型的猪的背膘厚高于AA基因型的猪的背膘厚；所述GG基因型为国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体；所述AA基因型为国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸为A的纯合体。/n

【技术特征摘要】
1.一种利用猪2号染色体基因多态性位点辅助检测猪背膘厚性状的方法，即一种利用国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体g.71588075G>A多态性位点辅助检测猪达100kg体重背膘厚性状的方法，其特征在于，该方法是：检测待测猪的国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A，确定待测猪的基因型是GG还是AA，GG基因型的猪的背膘厚高于AA基因型的猪的背膘厚；所述GG基因型为国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体；所述AA基因型为国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸为A的纯合体。


2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述检测待测猪的国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸是G还是A的方法为测序分析；所述测序分析包括PCR扩增和对PCR扩增产物进行测序两个步骤；所述PCR扩增所用的引物对满足如下条件:以待测猪的基因组DNA为模板使用该引物对进行PCR扩增的产物，含有国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体自5′末端起第71588075位脱氧核糖核苷酸。


3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：
所述PCR扩增所用的引物对，是根据国际猪基因组11.1版本参考序列中的猪2号染色体g.71588075G>A上下游序列信息，设计并合成的一对引物，具体如下：
上游引物U：5’-GAGATGGCTTCACTGAGG-3’，即序列表中的序列1所示的核苷酸；
下游引物D：5’-ATCAACAAGGCTGAGGAC-3’，即序列表中的序列2所示的核苷酸；
亦即：所述PCR扩增所用的引物对，是由序列表中的序列1所示的核苷酸和序列表中的序列2所示的核苷酸组成的引物对。


4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于：以待测猪的基因组DNA为模板，采用所述引物对，进行PCR扩增，得到的扩增产物的DNA片段为序列表中的序列3所示的核苷酸序列或序列表中的序列4所示的核苷酸序列。


5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：
所述待测猪为大白猪；所述的测序分析方法包括：以大白猪的基因组DNA为模板，使用上游引物U和下游引物D进行PCR扩增；
PCR扩增反应体系为：基因组DNA200ng，10×PCR扩增缓冲液5μl，dNTPs10mM，上游引物、下游引物各50ng，TaqDNA聚合酶0.75U，Mg2+2.5mmol/L，用ddH2O补充反应体系至50μl；
上游引物U：5’-GAGATGGCTTCACTGAGG-3’，即序列表中的序列1所示的核苷酸；
下游引物D：5’-ATCAACAAGGCTGAGGAC-3’，即序列表中的序列2所示的核苷酸；
PCR扩增程序为：95℃变性5min；然后95℃变性20s，59℃退火30s，72℃...

【专利技术属性】
技术研发人员：宋欣，黄黎威，马微微，方艳红，顿涛，李会智，
申请(专利权)人：上海新农科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31