一种用于海洋溢油环境检测的细菌群落基因芯片制造技术

本发明专利技术提供一种检测海洋溢油环境细菌群落的基因芯片，包括有芯片载体，以及固定在芯片载体上的探针。本发明专利技术芯片所使用的探针可以快速、高通量地对溢油海水中的细菌群落进行检测，最大可以检测20个类群的微生物信息，从而为海洋溢油环境细菌群落的监测提供有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。

【技术实现步骤摘要】
一种用于海洋溢油环境检测的细菌群落基因芯片
本专利技术属于分子检测
，具体涉及一种海洋溢油环境细菌群落检测基因芯片及应用，本专利技术的芯片能识别海洋环境中不同程度溢油污染相关细菌群落变化。
技术介绍
随着石油进口与日俱增，油轮往来频繁，石油勘探、开发加剧，我国周边海域的溢油事件逐年增加。海洋溢油污染影响养殖业、捕捞业、滨海旅游业等的健康发展，目前，已经造成了严重的生态环境破坏和巨大的经济损失。对海洋溢油环境进行生态学检测，对保护海洋生态环境可持续健康发展至关重要。海洋环境监测包括化学监测和生物监测。生物监测主要是对海洋环境中的浮游生物、底栖生物、海草、红树植物、珊瑚、大肠杆菌等生物种类组成和数量分布进行监测，缺少对海洋细菌群落的监测。细菌作为一类多样性最高的生命形式，在海洋环境中承担着重要的生态功能(碳循环，氮循环，硫循环，磷循环和金属循环等)。细菌复杂的群落结构、功能、相互作用和动态变化对海洋生态功能的维持有着重要意义。针对溢油刺激，海洋原位微生物会对环境变化做出应激响应，一些具有石油烃降解能力的微生物会在环境中富集，根据环境中各个细菌种类的组成和数量分布，可以预测溢油对海洋微生态的影响。因此，针对海洋溢油环境检测指示细菌种类组成和数量分布，对建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系来说十分必要。目前针对海洋溢油环境尚未有针对性的细菌群落检测方案，针对常见微生物的监测主要是利用传统的分离培养方法。这种监测方法繁琐、耗时、耗力，不适合对多种细菌同时进行监测。亟需发展高通量、高效、便捷的海洋溢油环境细菌群落监测技术。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是提供一种检测海洋溢油环境细菌群落的基因芯片及应用，即可平行、快速、高通量的检测海洋溢油环境细菌群落，使基因芯片技术更好的应用于海洋环境监测，从而弥补现有技术的不足。本专利技术的一种检测海洋溢油环境细菌群落的基因芯片，包括有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中Conexibacteraceae、Frankiaceae、Geodermatophilaceae、Hyphomonadaceae、Hyphomonas、Maricaulis、Nisaea、Oceanicaulis、Phyllobacteriaceae、Rickettsiaceae、Desulfotignum、Alteromonadales、Alcanivoracaceae、Chromatiaceae、Gammaproteobacteria、Halochromatium、Planctomyces、Gemmata、Planctomycetaceae、mitochondria的探针。其中用于检测Conexibacteraceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:1-3中的任一种或几种；用于检测Frankiaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:4-5中的任一种或几种；用于检测Geodermatophilaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:6-8中的任一种或几种；用于检测Hyphomonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:9-11中的任一种或几种；用于检测Hyphomonas微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:12-14中的任一种或几种；用于检测Maricaulis微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:15-18中的任一种或几种；用于检测Nisaea微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:19-20中的任一种或几种；用于检测Oceanicaulis微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:21-22中的任一种或几种；用于检测Phyllobacteriaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:23-24中的任一种或几种；用于检测Rickettsiaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:25-26中的任一种或几种；其中，用于检测Desulfotignum微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:27-29中的任一种或几种；用于检测Alteromonadales微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:30-32中的任一种或几种；用于检测Alcanivoracaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:33-35中的任一种或几种；用于检测Chromatiaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:36-38中的任一种或几种；用于检测Gammaproteobacteria微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:39-42中的任一种或几种；用于检测Halochromatium微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:43-45中的任一种或几种；用于检测Planctomyces微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:46-48中的任一种或几种；用于检测Gemmata微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:49-51中的任一种或几种；用于检测Planctomycetaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:52-54中的任一种或几种；用于检测mitochondria微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:55中的任一种或几种；在本专利技术的基因芯片上还固定有杂交阳性对照质控探针、杂交阴性对照质控探针、表面化学质控探针中的任一种或几种，其中杂交阳性对照质控探针(PC)的核苷酸序列为SEQIDNO:56；杂交阴性对照质控探针(NC)的核苷酸序列为SEQIDNO:57；表面化学质控探针(CK)的核苷酸序列为SEQIDNO:58，是一条用HEX染料标记的40个T的寡核苷酸序列。这些荧光探针点的位置可作为芯片上DNA微阵列坐标，在芯片检测过程中起到定位探针位置的作用。本专利技术芯片所使用的探针可以快速、高通量地对溢油海水中的细菌群落进行检测，最大可以检测20个类群的微生物信息，从而为海洋溢油环境细菌群落的监测提供有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。附图说明图1：海洋溢油环境细菌群落基因芯片的布局图；图2：海洋溢油细菌群落基因芯片的特异性检测图；图3：海洋溢油细菌群落基因芯片的灵敏性检测图；图4：海洋溢油细菌群落基因芯片用于检测不同污染区的细菌群落图。具体实施方式下面结合实施例对本专利技术进行详细的描述，下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常可按常规条件，如J.萨姆布鲁克(Sambrook)等编写的《分子克隆实验指南》中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件运行。实施例1：20个海洋溢油环境微生物类群的确定已有的海洋环境监测基因芯片基于Phylochip进行，包含的物种本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测海洋溢油环境细菌群落的基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包括有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中Conexibacteraceae、Frankiaceae、Geodermatophilaceae、Hyphomonadaceae、Hyphomonas、Maricaulis、Nisaea、Oceanicaulis、Phyllobacteriaceae、Rickettsiaceae、Desulfotignum、Alteromonadales、Alcanivoracaceae、Chromatiaceae、Gammaproteobacteria、Halochromatium、Planctomyces、Gemmata、Planctomycetaceae、mitochondria的探针。/n

【技术特征摘要】
1.一种检测海洋溢油环境细菌群落的基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包括有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中Conexibacteraceae、Frankiaceae、Geodermatophilaceae、Hyphomonadaceae、Hyphomonas、Maricaulis、Nisaea、Oceanicaulis、Phyllobacteriaceae、Rickettsiaceae、Desulfotignum、Alteromonadales、Alcanivoracaceae、Chromatiaceae、Gammaproteobacteria、Halochromatium、Planctomyces、Gemmata、Planctomycetaceae、mitochondria的探针。


2.如权利要求1所述的基因芯片，其特征在于，所述的探针，其中用于检测Conexibacteraceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:1-3中的任一种或几种；
用于检测Frankiaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:4-5中的任一种或几种；
用于检测Geodermatophilaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:6-8中的任一种或几种；
用于检测Hyphomonadaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:9-11中的任一种或几种；
用于检测Hyphomonas微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:12-14中的任一种或几种；
用于检测Maricaulis微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:15-18中的任一种或几种；
用于检测Nisaea微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:19-20中的任一种或几种；
用于检测Oceanicaulis微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:21-22中的任一种或几种；
用于检测Phyllobacteriaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:23-24中的任一种或几种；
用于检测Rickettsiaceae微生物的核酸探针，其核苷酸序列为SEQIDNO:25-26中的任一种或几种；...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵维，王兴彪，王敬敬，侍浏洋，朱婉瑜，张小霞，黄志勇，
申请(专利权)人：中国科学院天津工业生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：天津;12