用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的InDel分子标记和方法技术

本发明专利技术公开了用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR‑5的InDel分子标记和方法，属于植物分子生物学领域。本发明专利技术的InDel分子标记序列如SEQ ID NO:1所示，用于扩增该标记的引物InDel‑3，其序列为F:ggggatggcagttttac；R:gaatcttcatttcgtggtg。方法如下：提取坛紫菜的丝状体或叶状体基因组DNA，使用InDel‑3引物进行PCR扩增，扩增产物电泳检测，若可检测到一条长度为89bp的特异性条带，则判断该坛紫菜为HR‑5品系。本方法只需一次简单的PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳即可鉴别HR‑5品系，操作简单，快速，不受环境因素影响。

【技术实现步骤摘要】
用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的InDel分子标记和方法
本专利技术属于植物分子生物学领域，具有涉及一种用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的InDel分子标记和方法。
技术介绍
紫菜(Pyropia/Porphyraspp.)因味道鲜美、营养价值高，被人们广泛食用，在中日韩三国被大规模栽培。紫菜栽培不仅产生了较大的经济价值，而且对栽培海区的生态修复也具有重要效果。目前，在我国被大规模人工栽培的紫菜有温水性的坛紫菜(Pyropiahaitanensis)和偏冷水性的条斑紫菜(Pyropiayezoensis)，前者主要被栽培在福建、浙江和广东三省，后者被栽培于江苏和山东二省。2017年，我国紫菜产业规模达72977hm2,年产量135251t,居世界首位，其中坛紫菜的产量约占全国紫菜总产量的78％。但它的产值却与产量只占22％左右的条斑紫菜相当，其主要原因是两种紫菜所适用的加工方式不同所致。紫菜的藻体厚薄不仅制约着初级产品的加工方式，也影响了二次产品的附加值提升。条斑紫菜因藻体薄，适合于全自动机械化加工，初级产品经二次精深加工后，可被制成高附加值的可用于制作寿司等的菜饼。坛紫菜则因藻体较厚，绝大部分被加工成价值低廉的初级饼菜进行销售，无法再次加工成具有高附加值的二次产品。近年来，以厚度为选育目标，已选育出数个薄叶型的坛紫菜新品系，其中HR-5品系的藻体厚度远低于传统的坛紫菜栽培种，且具有生长快、主要光合色素和色素蛋白含量高以及壳孢子放散量大等优良特性(DingHC,LvF,WuHX,YanXH.SelectionandcharacterizationofanimprovedstrainproducedbyinterspecieshybridizationbetweenPyropiasp.fromIndiaandPyropiahaitanensisfromChina.Aquaculture,2018,491:177-183)。HR-5品系的初步海区中试结果显示，该品系适宜大规模的生产栽培，其鲜菜有望被二次深加工成具有较高附加值的产品(DingHC,WangTG,ZhangP,LuYD,YanXH.High-temperatureresistanceofthethin-bladestrainofPyropiahaitanensisanditspilotcultivationinmariculturefarm.JournalofAppliedPhycology,2020,32:2261-2270)。为了将HR-5品系培育成一个可推广的新品种，需要得到该品系的可靠特异性标记，用于种质鉴定和产权保护。传统的紫菜种质鉴定主要是采用形态学和细胞学方法，主要是利用叶状体的颜色、边缘细胞分布方式、精子囊和果孢子囊的分裂式及染色体数目等作为指标，且主要是用于种的鉴定。对于紫菜种内的不同品系，因它们一般只有颜色的细微区别，难以依据形态学和细胞学的特征进行品系鉴定。近年来，特异性DNA分子标记在紫菜种内品系的鉴定中得到了一些应用。其中，插入/缺失(InDel,insertion/deletion)标记是一种基于自身全基因组序列开发的新型分子标记类型，反映了基因组同一位点处序列不同大小核苷酸片段的插入/缺失情况，广泛分布于基因组中。目前，基于全基因组开发的InDel标记由于其特异性强、重复性好等优势，已被广泛应用于水稻(Oryzasativa)、番茄(Solanumlycopersicum)等多种作物的遗传研究领域，但在紫菜中尚无相关报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种可快速、准确地鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的InDel分子标记和方法。本专利技术的目的通过下述技术方案实现：一种用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的InDel标记，其核苷酸序列如SEQIDNO:1所示，具体为：ggggatggcagttttacgggcgcgagccgagcgccgcggcggtggtcgtggtcgggtgacctcggtcgagcaccacgaaatgaagattc。扩增上述标记的引物的序列如SEQIDNO:2和SEQIDNO:3所示，具体如下：F：ggggatggcagttttac(SEQIDNO:2)；R：gaatcttcatttcgtggtg(SEQIDNO:3)。上述InDel分子标记或引物在鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5中的应用。一种用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的方法，包括如下步骤：(1)提取坛紫菜的丝状体或叶状体基因组DNA；(2)使用权利要求2所述的引物进行PCR扩增；(3)扩增产物电泳检测；若可检测到一条长度为89bp的特异性条带，则判断该坛紫菜为HR-5品系。与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：(1)本专利技术采用DNA分子标记技术鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5，结果准确、可靠，且不受环境因素影响。(2)本专利技术提供的InDel分子标记具有检测结果稳定，操作快捷，稳定性好，检测成本低廉。附图说明图1为用InDel-3引物对坛紫菜各品系的丝状体DNA扩增产物电泳结果；其中：M为100bpDNALadderMarker；1-3为坛紫菜薄叶品系HR-5；4-15为坛紫菜其他品系。图2为用InDel-3引物对室内培养的坛紫菜各品系的叶状体DNA扩增产物电泳结果；其中：M为100bpDNALadderMarker；1-3为坛紫菜薄叶品系HR-5；4-15为坛紫菜其他品系。图3为用InDel-3引物对海区栽培的坛紫菜各品系的叶状体DNA扩增产物电泳结果；其中：M为100bpDNALadderMarker；1-3为坛紫菜薄叶品系HR-5；4-15为坛紫菜其他品系。具体实施方式以下实施例将结合附图对本专利技术作进一步的说明。实施例1(1)DNA的提取：收集坛紫菜薄叶品系HR-5和其他品系的丝状体，提取它们的基因组DNA，通过测定OD值和1％琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量。(2)引物筛选：根据坛紫菜基因组的InDel位点两侧序列设计引物，以提取的各品系丝状体基因组DNA为模板，使用所设计的引物分别进行PCR扩增。PCR反应体系为：20ng/μL的DNA模板2μL，TaqMix7.5μL，10μmol/L的引物-F和引物-R各0.4μL，加ddH2O至15μL。反应程序为：94℃预变性5min；40个循环：94℃变性30s，退火(温度视引物而定)30s，72℃延伸30s；72℃延伸10min，4℃保温。取1.5μLPCR扩增产物，与loadingbuffer混匀后在6％非变性聚丙烯酰胺凝胶中电泳，电泳条件：缓冲液1×TBE，电压130V，时间4.0h，随后利用银染显色法对电泳产物进行检测。发现InDel-3引物可在HR-5品系中扩增出89bp的特异性条带，而在其他品系中扩增出156bp的条带，结果如图1所示。所述InDel-3引物其序列为本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示。/n

【技术特征摘要】
1.用于鉴定坛紫菜薄叶品系HR-5的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记的序列如SEQIDNO:1所示。


2.扩增权利要求1所述的InDel分子标记的引物，其特征在于,所述引物的序列如SEQIDNO:2和SEQIDNO:3所示。


3.权利要求1所述的InDel分子标记或权利要求2所述的引...

【专利技术属性】
技术研发人员：费勤娇，丁洪昌，严兴洪，
申请(专利权)人：上海海洋大学，
类型：发明
国别省市：上海;31