结直肠恶性息肉的诊断标记物及其用途制造技术

本发明专利技术提供与结直肠恶性息肉相关的miRNA标记物，检测所述miRNA标记物的试剂及其用途。

【技术实现步骤摘要】
结直肠恶性息肉的诊断标记物及其用途
本专利技术属于分子辅助诊断领域，具体涉及在结直肠恶性息肉诊断中的应用。
技术介绍
结直肠癌(Colorectalcancer，CRC)是全球范围内最常见的恶性肿瘤之一，其发病率居我国消化系统恶性肿瘤第2位，且呈上升趋势，严重危害生命健康。1974年Morson提出结直肠腺瘤癌变的序贯学说，认为绝大多数结直肠癌起源于腺瘤，并且现在这一腺瘤-腺癌转变已被公认为最经典的结直肠癌发生方式。因此对结直肠癌密切相关的腺瘤进行早期诊治，能有效降低结直肠癌的发生率，改善患者预后。目前，内镜下切除和外科手术为结直肠腺瘤的两种主要治疗方式。相对于外科手术，内镜切除治疗结直肠腺瘤存在创伤小、恢复快、费用低廉等优点，并且随着内镜技术的不断发展，内镜治疗的适应症也在不断扩大。对于较小的结直肠腺瘤，内镜切除安全有效，复发率较低，已成为首选治疗方式，但对于较大直径腺瘤仍存在争议。《中国结直肠癌诊疗规范(2015版)》中认为，直径＞2.5cm的结直肠息肉癌变率较高，推荐行淋巴结清扫；《中国临床肿瘤学会(CSCO)结直肠癌诊疗指南(2017版)》则对于直径＞2.5cm的结直肠息肉的治疗策略相对模糊，将手术治疗作为可选方案。复旦大学附属中山医院内镜中心作为国内结直肠肿瘤内镜治疗的较大中心，结合本中心的临床经验和随访数据，发现即便直径＞2.5cm的结直肠息肉，其内镜切除后复发率、转移率也较低，因此外科手术所带来的风险及收益仍需进一步研究。另外，对于较大息肉在初次诊断时，病灶癌变及浸润程度的判断也影响后续治疗方案的重要因素。多点活检是对于病灶初次进行病理诊断的主要方法，但内镜下活检病理结果与切除术后病理结果存在一定的差异，研究报道这种差异率高达39.8％。近年来超声内镜虽然被逐渐应用于直肠息肉内镜切除术前评估中，但其对病灶癌变程度判断的准确性仍不理想，并受设备限制和操作医生经验的影响较大。由此可见，目前的术前诊断方法无法反映病灶的真实情况，不能达到对息肉性质和侵及深度的明确诊断。基于此种临床治疗决策需求，建立一种合适的结直肠腺瘤分子分型方法，准确预测病灶的癌变程度，帮助医师作出合理的治疗方案，有望将一部分此类病例从传统的外科手术变为内镜治疗，使患者受益的同时也从一定程度上节约了医疗资源。近年来，基于表观遗传学的肿瘤特征性分子标志物的研究为肿瘤分类检测提供了新的途径，microRNA在其中扮演着重要角色。Michael等首次通过研究提出结直肠肿瘤组织中存在特异性miRNA表达谱(MICHAELMZ,etal.MolCancerRes,2003)；另有研究人员通过对CRC组织及与其配对的正常组织中的miRNA表达水平进行测定，发现了多种差异miRNA表达。本领域尚无结直肠癌的早期诊断和预后评估的miRNA及其机制的报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供检测miRNA的试剂及其在结直肠恶性息肉诊断中的用途。本专利技术第一方面提供一种分离的来自哺乳动物的RNA，包含选自以下miRNA中的任意一种或两种、三种、四种、五种或更多种或其功能片段或其pri-miRNA或pre-miRNA，或与它们具有至少70％相同性的变体：has-miR-129-5p、has-miR-150-3p、has-miR-193a-3p、has-miR-195-3p、has-miR-214-3p、has-miR-345-5p、has-miR-378a-5p、has-miR-584-5p、has-miR-16-5p、has-miR-21-5p、has-miR-1228-3p。在一个或多个实施方案中，所述RNA包含选自SEQIDNO:1-12中的任意一种或两种、三种、四种、五种或更多种的序列或其功能片段或其pri-miRNA或pre-miRNA，或与它们具有至少70％相同性的变体。在一个或多个实施方案中，所述RNA至少包含以下任一组miRNA或其功能片段或其pri-miRNA或pre-miRNA，或与它们具有至少70％相同性的变体：(1)has-miR-150和has-miR-193a；(2)has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；(3)has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；(4)has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；(5)has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；(6)has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；(7)has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；(8)has-miR-345、has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；(9)has-miR-584、has-miR-345、has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；或(10)has-miR-129、has-miR-584、has-miR-345、has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a。本专利技术第二方面提供检测RNA的引物或探针，所述RNA如本文第一方面所述。在一个或多个实施方案中，所述引物包含SEQIDNO:13-SEQIDNO:24中任一项所述的序列或与其具有至少90％序列相同性的变体。在一个或多个实施方案中，所述引物包含SEQIDNO:25-SEQIDNO:37中任一项所述的序列或与其具有至少90％序列相同性的变体。本专利技术第三方面提供记载有RNA的序列的介质，所述RNA如本文第一方面所述。所述介质用于与RNA测序数据比对以确定所述RNA的存在或含量。在一个或多个实施方案中，所述RNA的序列选自以下miRNA中的任意一种、两种、三种、四种、五种或更多种的序列：has-miR-129-5p、has-miR-150-3p、has-miR-193a-3p、has-miR-195-3p、has-miR-214-3p、has-miR-345-5p、has-miR本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测RNA的引物或探针，所述RNA包含选自以下miRNA中的任意或其功能片段或其pri-miRNA或pre-miRNA，或与它们具有至少70％相同性的变体：has-miR-129-5p、has-miR-150-3p、has-miR-193a-3p、has-miR-195-3p、has-miR-214-3p、has-miR-345-5p、has-miR-378a-5p、has-miR-584-5p、has-miR-16-5p、has-miR-21-5p、has-miR-1228-3p。/n

【技术特征摘要】
1.检测RNA的引物或探针，所述RNA包含选自以下miRNA中的任意或其功能片段或其pri-miRNA或pre-miRNA，或与它们具有至少70％相同性的变体：has-miR-129-5p、has-miR-150-3p、has-miR-193a-3p、has-miR-195-3p、has-miR-214-3p、has-miR-345-5p、has-miR-378a-5p、has-miR-584-5p、has-miR-16-5p、has-miR-21-5p、has-miR-1228-3p。


2.如权利要求1所述的引物或探针，所述RNA至少包含以下任一组miRNA或其功能片段或其pri-miRNA或pre-miRNA，或与它们具有至少70％相同性的变体：
(1)has-miR-150和has-miR-193a；
(2)has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；
(3)has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；
(4)has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；
(5)has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；
(6)has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；
(7)has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；
(8)has-miR-345、has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；
(9)has-miR-584、has-miR-345、has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a；或
(10)has-miR-129、has-miR-584、has-miR-345、has-miR-21、has-miR-195、has-miR-16、has-miR-214、has-miR-1228、has-miR-378a、has-miR-150和has-miR-193a，
优选地，所述引物包含SEQIDNO:13-SEQIDNO:24中任一项所示的序列或与其具有至少90％序列相同性的变体；
优选地，所述引物包含SEQIDNO:25-SEQIDNO:37中任一项所示的序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：钟芸诗，许剑民，彭海翔，蔡世伦，陈涛，李冰，王勇，阿依木克地斯·亚力孔，齐志鹏，孙迪，吕振涛，徐恩盼，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，骏实生物科技上海有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31