一种肤质基因检测方法技术

本发明专利技术提供一种肤质基因检测方法，通过将35对肤质基因位点的引物对预混包装，方便检测，实现了一个反应体系的多基因变异分析，降低成本的同时大大提高了检测通量和效率。通过二代测序解决了现有技术中存在的检测肤质基因位点时灵敏度低、操作复杂、成本高等问题。

【技术实现步骤摘要】
一种肤质基因检测方法
本专利技术应用于基因检测
，具体涉及一种肤质基因检测方法。
技术介绍
随着经济的发展和生活水平的提高，现代女性越来越注重皮肤的保养，不惜花费大量金钱在护肤保养方面，包括抗氧化产品、防晒产品等等。但是不同个体的自身肤质情况不同，盲目的使用护肤品可能达不到理想的效果。根据研究表明，不同个体的肤质差异高达60％的原因归咎于自身的遗传因素，即体内参与抗氧化、抗糖化、抵御紫外线等作用的酶的基因多态性不同。例如rs1050450这个位点的基因型为GG的个体的抗氧化能力高于基因型为AA的个体，这是因为基因型为GG的个体具有高GPx1活性，而GPx1是机体最主要的抗氧化系统之一的谷胱甘肽过氧化物酶家族(GSH-Px)中的成员，其广泛存在于机体内的各个组织，可以清除可溶性自由基和一些有机过氧化物，从而达到抗氧化、减缓皮肤衰老速度的作用。于是就可以据此检测结果针对基因型为AA的个体订制抗氧化能力高的护肤产品。因此，利用基因检测手段，明确个体的肤质基因位点的多态性，可以针对个体的基因特性，实现产品的私人订制，这不仅能够有效的改善肤质问题还能避免盲目的高消费。目前针对基因多态性检测的技术很多，普遍使用的技术包括基于Tm值和溶解曲线的荧光定量PCR法和一代测序等等，这些技术有的操作繁琐，有的无法实现多位点的同时检测，使得目前在临床上对于多态性检测技术应用仍不理想，一直无法满足临床检测需求。随着高通量测序技术的发展，二代测序(NGS)越来越多的被应用基因检测项目，第二代测序技术以其可高效率地完成大量序列的检测，同时精度可以达到99.99％。二代测序技术在保证检测精度的同时还可以一次对成千上万个样本进行处理。
技术实现思路
本专利技术针对现有技术中存在的检测肤质基因位点时灵敏度低、操作复杂、成本高等问题，提供一种肤质基因检测方法。本专利技术基于二代测序技术，具有高灵敏度、低成本、操作简单、通量高等特点，可以同时一次性检测35个相关基因位点。本专利技术解决其技术问题是采用以下技术方案实现的：一种肤质基因检测方法，包括人类皮肤抗氧化相关基因位点：GPX1基因上的rs1050450位点、SOD2基因上的rs4880位点、NQO1基因上的rs1800566位点、NFE2L2基因上的rs35652124位点，美白祛斑相关基因位点：基因间区上的rs1015362位点、HERC2基因上的rs12913832位点、基因间区上的rs4911414位点、SLC45A2基因上的rs16891982位点，抗糖化相关基因位点：AGER基因上的rs1800624、rs1800625位点，皮肤保湿相关基因位点：基因间区上的rs11103631位点、AQP3基因上的rs17553719位点、ZNF100基因上的rs10412066位点、OR10K2基因上的rs12239443位点，抗痤疮相关基因位点：DDB2基因上的rs1060573、rs747650位点、SELL基因上的rs7531806位点、TGFB2基因上的rs1159268位点，紫外线抵御相关基因位点：MC1R基因上的rs11648785位点、SLC45A2基因上的rs35391位点，抵御妊娠纹相关基因位点：基因间区上的rs7787362位点、SRPX基因上的rs35318931位点，皮肤抗衰老相关基因位点：WTAPP1基因上的rs1799750位点、基因间区上的rs322458位点，皮肤抗疤痕相关基因位点：NEDD4基因上的rs8032158位点、基因间区上的rs873549位点、基因间区上的rs1511412位点，清除污染相关基因位点：GSTP1基因上的rs1695位点、EPHX1基因上的rs1051740位点，抗皱纹相关基因位点：APOBEC1基因上的rs73064632位点、MTMR2基因上的rs566204位点、KRT40基因上的rs75202326位点、DLGAP1基因上的rs11876749位点，抗敏抗炎相关基因位点：RTEL1基因上的rs6010620位点、TMEM232基因上的rs7701890位点中一个或多个样本肤质相关基因位点的检测。进一步的，所述基因位点的扩增引物对序列如SEQIDNO.1-SEQIDNO.70所示。进一步的，所述基因位点的扩增引物对中包含用于高通量测序的芯片接头序列，正向引物用于高通量测序的芯片接头序列为AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTTAAGGCGA，反向引物用于高通量测序的芯片接头序列为CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTACCGAATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATC。进一步的，所述扩增引物中同时包含用于序列分析时的index序列，一次拆分序列和二次拆分序列分别为TACCGAAT和TAAGGCGA。进一步的，一种肤质基因检测方法，包括以下步骤：1)取含有EDTA抗凝剂血液样本进行核酸提取；2)预混35个所述基因位点对应的35对扩增引物；3)将步骤1)得到的DNA和步骤2)预混好的引物混合液一起加入到多重PCR反应液里面，进行多重PCR扩增反应；4)扩增产物利用产物纯化试剂盒进行纯化，完成测序文库制备；5)将步骤4)制备完成的测序文库定量后进行高通量测序(NGS)；6)测序结束后,利用生物信息统计法，根据每个位点的引物进行拆分，得到每个位点对应的片段的扩增序列总条数，再统计出野生型纯合/杂合/突变纯合序列条数占对应位点扩增序列总条数的百分比，通过计算出的百分比进行基因分型判读。进一步的，所述步骤2)中35个基因位点扩增引物的摩尔比依次为：0.2～0.3:0.1～0.3:0.3～0.5:0.3～0.5:0.3～0.5:0.1～0.3:0.3～0.5:0.2～0.3:0.1～0.2:0.3～0.4:0.3～0.4:0.3～0.5:0.1～0.3:0.55～0.65:0.25～0.3:0.25～0.3:0.25～0.3:0.3～0.4:0.25～0.3:0.4～0.5:0.55～0.65:0.3～0.4:0.9～1.0:0.1～0.3:0.2～0.3:0.1～0.3:0.1～0.3:0.1～0.3:0.1～0.3:0.2～0.3:0.05～0.2:0.1～0.3:0.2～0.3:0.4～0.6:0.1～0.3。进一步的，所述35个基因位点扩增引物的摩尔比依次为0.23：0.2：0.4：0.43：0.4：0.2：0.4：0.23：0.18：0.33：0.33：0.4：0.2：0.6：0.3：0.3：0.3：0.33：0.3：0.43：0.58：0.35：0.98：0.2：0.3：0.2：0.2：0.2：0.2：0.3：0.1：0.2：0.25：0.5：0.25。进一步的，所述步骤3)中多重PCR扩增反应条件为：预变性：94℃，1分钟；35个扩增循环：变性：94℃，30秒；退火：60℃，30秒；延伸：72℃，30秒本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种肤质基因检测方法，其特征在于，包括人类皮肤抗氧化相关基因位点：GPX1基因上的rs1050450位点、SOD2基因上的rs4880位点、NQO1基因上的rs1800566位点、NFE2L2基因上的rs35652124位点，美白祛斑相关基因位点：基因间区上的rs1015362位点、HERC2基因上的rs12913832位点、基因间区上的rs4911414位点、SLC45A2基因上的rs16891982位点，抗糖化相关基因位点：AGER基因上的rs1800624、rs1800625位点，皮肤保湿相关基因位点：基因间区上的rs11103631位点、AQP3基因上的rs17553719位点、ZNF100基因上的rs10412066位点、OR10K2基因上的rs12239443位点，抗痤疮相关基因位点：DDB2基因上的rs1060573、rs747650位点、SELL基因上的rs7531806位点、TGFB2基因上的rs1159268位点，紫外线抵御相关基因位点：MC1R基因上的rs11648785位点、SLC45A2基因上的rs35391位点，抵御妊娠纹相关基因位点：基因间区上的rs7787362位点、SRPX基因上的rs35318931位点，皮肤抗衰老相关基因位点：WTAPP1基因上的rs1799750位点、基因间区上的rs322458位点，皮肤抗疤痕相关基因位点：NEDD4基因上的rs8032158位点、基因间区上的rs873549位点、基因间区上的rs1511412位点，清除污染相关基因位点：GSTP1基因上的rs1695位点、EPHX1基因上的rs1051740位点，抗皱纹相关基因位点：APOBEC1基因上的rs73064632位点、MTMR2基因上的rs566204位点、KRT40基因上的rs75202326位点、DLGAP1基因上的rs11876749位点，抗敏抗炎相关基因位点：RTEL1基因上的rs6010620位点、TMEM232基因上的rs7701890位点中一个或多个样本肤质相关基因位点的检测。/n...

【技术特征摘要】
1.一种肤质基因检测方法，其特征在于，包括人类皮肤抗氧化相关基因位点：GPX1基因上的rs1050450位点、SOD2基因上的rs4880位点、NQO1基因上的rs1800566位点、NFE2L2基因上的rs35652124位点，美白祛斑相关基因位点：基因间区上的rs1015362位点、HERC2基因上的rs12913832位点、基因间区上的rs4911414位点、SLC45A2基因上的rs16891982位点，抗糖化相关基因位点：AGER基因上的rs1800624、rs1800625位点，皮肤保湿相关基因位点：基因间区上的rs11103631位点、AQP3基因上的rs17553719位点、ZNF100基因上的rs10412066位点、OR10K2基因上的rs12239443位点，抗痤疮相关基因位点：DDB2基因上的rs1060573、rs747650位点、SELL基因上的rs7531806位点、TGFB2基因上的rs1159268位点，紫外线抵御相关基因位点：MC1R基因上的rs11648785位点、SLC45A2基因上的rs35391位点，抵御妊娠纹相关基因位点：基因间区上的rs7787362位点、SRPX基因上的rs35318931位点，皮肤抗衰老相关基因位点：WTAPP1基因上的rs1799750位点、基因间区上的rs322458位点，皮肤抗疤痕相关基因位点：NEDD4基因上的rs8032158位点、基因间区上的rs873549位点、基因间区上的rs1511412位点，清除污染相关基因位点：GSTP1基因上的rs1695位点、EPHX1基因上的rs1051740位点，抗皱纹相关基因位点：APOBEC1基因上的rs73064632位点、MTMR2基因上的rs566204位点、KRT40基因上的rs75202326位点、DLGAP1基因上的rs11876749位点，抗敏抗炎相关基因位点：RTEL1基因上的rs6010620位点、TMEM232基因上的rs7701890位点中一个或多个样本肤质相关基因位点的检测。


2.如权利要求1所述一种肤质基因检测方法，其特征在于：所述基因位点的扩增引物对序列如SEQIDNO.1-SEQIDNO.70所示。


3.如权利要求2所述一种肤质基因检测方法，其特征在于：所述基因位点的扩增引物对中包含用于高通量测序的芯片接头序列，正向引物用于高通量测序的芯片接头序列为AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTTAAGGCGA，反向引物用于高通量测序的芯片接头序列为CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTACCGAATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATC。


4.如权利要求3所述一种肤质基因检测方法，其特征在于：所述扩增引物中同时包含用...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄娟，韩勋领，罗锋，谢海迎，
申请(专利权)人：重庆浦洛通基因医学研究院有限公司，
类型：发明
国别省市：重庆;50